过去的一致说法，都是袁世凯出卖了维新志士。但据近年来史学家的研究考证，事情似乎有了一定的变化与转机，那就慈禧发动政变在前，袁世凯告密在后。
以袁世凯的老奸巨滑，在没有最后角逐之前，他决不会轻举妄动，不论是帝党、后党，哪一方他都得罪不起。荣禄是袁世凯晋升得势的恩人，这对追求实利不以道德为准绳的他来说，越过这层障碍并不困难，但只要他稍有异动，或者说稍有不慎，那将不是他“诛荣禄如杀一狗耳”，而是荣禄杀他“如诛一狗耳”。光绪是高高在上的皇帝，他也不敢得罪，尽管光绪无权，可要整治袁世凯这样的臣下，还不是分分钟就可搞定的事吗？
袁世凯被逼到了一根细细的钢丝上，并且不走还不行。可只要一迈脚，身子就会失去平衡，摔得粉身碎骨。
事实真相是，袁世凯将维新党人的“杀禄围园”计划藏在了肚里，当时并未告密，而是从北京匆匆返回天津。在天津的他得知慈禧发动了宫廷政变，心头真是又惊又惧。结局已见分晓，现在不是他杀荣禄与慈禧，而是荣禄与慈禧决定他的命运与生死了。他心里十分清楚，戊戌政变的起因在于权力之争，并非他与谭嗣同的密谋泄露，不然的话，他就不可能全身回到天津了。但是，密谋暂时没有泄露并不等于永远不被泄露。怎么办？是将维新党人的计划继续深埋心中，还是向荣禄和盘托出？一时间，他彷徨无主，怎么也拿不定主意。不说吧，又担心维新党人有所招供。说了吧，对自己很是不利。在一个有着几千年专制皇权的国度，出卖百姓崇奉的皇帝，毫无疑问将被置于全体国人鞭挞拷问的境地；况且慈禧已是风烛残年，年轻的光绪一旦重新执政，那时的他，必将死无葬身之地，遭致诛灭九族之祸。并且就是说了，因有参与之嫌，且未及时告密，还有“马后炮”的投机之意，不仅难以博得慈禧、荣禄的欢颜，很有可能会加速他的灭亡。那两天的袁世凯，可真是绞尽脑汁、左右为难。说，还是不说？于他而言，真与哈姆雷特“生存，还是死亡”的命题相似，有着同等重要的意义。
两相权衡，袁世凯最终还是选择了说！
他说了，尽管情况不妙，或许还有一条生路。而不说，只是死路一条。因为他不说，并不等于别人不说，维新党人是一个群体，不少机密属于“共享”，他可以相信谭嗣同不说，但难保那些被捕获而知内情的其他维新党人面对严刑拷打的审讯能够守口如瓶。只要透出半点口风，他袁世凯哪怕有十条小命也将玩完。
于是，袁世凯先告密于荣禄，荣禄再呈于慈禧。谭嗣同在戊戌政变中根本就没有引起慈禧的注意与重视，这便是直到政变发生四天之后，才有捉拿他的通缉令发布的缘故。如果说谭嗣同死于袁世凯之手，那可真是半点也没有冤枉他。袁世凯的告密并未直接造成维新变法的失败，但无疑起到了推波助澜的作用，致使包括“戊戌六君子”在内的大批维新党人被捕被杀、被革被逐，所有维新变法的成果尽遭毁弃。据说囚在瀛台的光绪不恨慈禧，说“我确实有对不起太后的地方，她把我拿下是应该的”；也不恨荣禄，说“他是太后的人，他为太后办事，这也是对的”；独有袁世凯，一直到死，都是他心头最为痛快之人。他先是在纸上常常提笔写下“袁世凯”三字撕碎；犹不解恨，后来便画一只乌龟，在龟背上填写袁世凯姓名贴在墙上，用小竹弓一个劲地射击；一阵射击过后，再一把扯下，剪成碎片，“令片片作蝴蝶飞……凡以此为常课。”
就戊戌变法的结果及评价而言，康有为、梁启超等维新领袖及戊戌六君子是人们心目中的变法英雄，光绪是人们同情的受害者，慈禧、荣禄是既得利益者，最倒霉的似乎只有袁世凯一人。政变发生第七天，有人对荣禄说：“袁世凯奉诏杀你，既同谋又出首，此人首鼠两端，不是东西！”荣禄为他辩解道：“袁世凯是我的人，无所谓首鼠两端。”决定袁世凯命运的关键人物还是慈禧，袁世凯虽然告密，但慈禧仍将他归于维新一党，且参与围园密谋证据确凿，“居心叵测”，加之并未主动自首，所以“欲置之重典”。这“重典”会有多重？在一个“人治”社会里，不论轻重与否，只要慈禧一句话，袁世凯的脑袋就得搬家。所幸荣禄出面，力保相救，总算将功折过，就此逃过一劫。而最要命的是历史评说，长期以来，袁世凯在戊戌变法中都扮演了一个鼻梁涂白的不光彩角色，背上了“卖主求荣”的骂名。
就本质而言，袁世凯不仅同情维新，还真属维新一派，此后的事实将充分证明这一点。并且就维新变法这一事件本身而言，1914年，身为民国正式大总统的他，不仅追认“戊戌六君子”为先烈，还在京师建立祠宇，将事实宣付清史馆立传。当然，他这样做，也不排除对当年的出卖之举有着一定的忏悔与掩盖之意。
袁世凯简直像个魔术大师，眼看就要身败名裂，死无葬身之地的他，竟然摇摇晃晃地走过了那根细细的钢丝绳而安然无恙，除了投机取巧，也不能不归结于他运气不错。
将功折过，袁世凯的性命保住了，地位也保住了，走过一段人生的低潮期，他又开始往上升迁，进入了人生的第三个重要阶段。1899年6月16日，袁世凯升任工部右侍郎，年底署理山东巡抚。1900年3月14日实授山东巡抚，正式成为实权在握的一方诸侯，这也是他由军权伸向政权而迈出的关键一步。这一年，以山东、直隶为中心的义和团运动爆发。如何对待在自己管辖的地盘上如火如荼的义和团，是剿，还是抚？于袁世凯来说，又是一场新的考验。做对了，就是继续晋升的资本；而一旦出错，人命关天，后果不堪设想。在讲究实利的袁世凯眼里，事情无所谓是非与对错，只要于己有利，就是错，也会勇往直前，否则，他会立时退避三舍。
在处置义和团事件上，他还真动了不少脑筋，具有个人的分析、判断与见解。义和团宣传“扶清灭洋”，能否“扶清”，一时难见分晓，但“灭洋”之论，对西方列强深有了解的袁世凯自然嗤之以鼻。义和团宣传的请神附体、刀枪不入，特别是神乎其神的表演确实迷惑了不少官员百姓，这对十分讲究风水迷信，相信命由天定的袁世凯来说，多少也有些疑疑惑惑。耳听为虚，眼见为实，崇尚实干精神的他决定亲自检验一番。那些吹嘘刀枪不入的神汉，此前之所以多次表演成功，是因为买通关节、内外配合之故。而袁世凯则动真格的，在他的严格监督下，哪有什么刀枪不入的肉体？于是乎，一枪一个，两枪一双，中弹者当即毙命。神话就此破灭，所有的吹嘘在一瞬间化为泡影。
谎言一旦戳穿，袁世凯毫不犹豫地举起了屠刀，对山东境内的义和团予以坚决镇压。据他自己对外国人所言，他在山东前后共杀拳民四千多人。
慈禧利用义和团剿灭洋人为己报仇，竟然丧失理智地向西方十一国列强同时宣战，袁世凯对辖内洋人洋教施以有效的保护措施；清廷多次令他派兵驰援勤王，他就是抗旨不遵；部下主动请缨，他也不准允；后又积极参与刘坤一、张之洞等人发起的东南互保运动之中……袁世凯这样做，无疑保存了自己的实力，他不派兵勤王，也就避免了像其他几支武卫军那样在八国联军的打击下，几乎全军覆没的下场。庚子之乱后，清廷五支武卫军，只剩下袁世凯这支保存得相当完整的武卫右军，成为清末唯一拥兵自重的大臣。但他违抗朝廷圣旨，如若惹恼生性多疑、手段残忍的慈禧，决不会有什么好果子吃。对待慈禧太后，他与其他封疆大吏一样，唯恐巴结不及、效命不够。
每次觐见，总是诚惶诚恐，回话时战战兢兢生怕说错了什么，一场召见下来，由于紧张过度，以致全身都是汗水。因此，袁世凯走的又是一着险棋，但他又不能不这样做。他不能听凭拳民驱洋教杀洋人造成混乱无法收拾，他更清楚地知道，以其编练的虽是国内一流劲旅的新军对付强大的八国联军，无疑以卵击石，除了像其他四支勤王的武卫军那样遭致覆亡的命运外，不会有更好的下场。事情既然做了，他只有尽快想法弥补，继续走荣禄的门子，向慈禧表达忠心。北京陷落后，慈禧让他接济经费，他半点不敢怠慢，先后派人送去白银二十一万两，绸缎二百匹及大量食物。仓促逃亡的慈禧得了袁世凯接济，心头的感激自不待言。慈禧到达西安，他奉送大批军火以供保卫之用。和约将成之际，他作好迎接慈禧回銮的充分准备。
袁世凯摸准老佛爷的脾性与心思，一年多的逃亡生涯，使她受足了气吃够了苦，回京的她，需要的就是金钱、体面、豪华与排场。他献给慈禧的，首先是两座豪华的彩棚，一座扎在保定车站，一座落在北京城门，犹如“凯旋门”一样让败逃而回的慈禧在灿烂的鲜花、亮丽的彩灯照耀下，产生一种虚幻的凯旋而归的感觉，踏着虽老迈踉跄但自豪无比的步伐，回到她舒舒服服的安乐窝——颐和园。其次，袁世凯献上的是以巧取豪夺手段搜刮弄来的一百万两银子，在当时国库空空如也的情况下，一百万两白花花的银子，乐得慈禧太后笑眯了双眼。最后，袁世凯别出心裁地准备了两只供太后赏玩的鹦鹉，当李莲英将鸟笼捧到离慈禧两三尺远的地方时，两只鹦鹉突然亮开嗓门清脆地叫道：“老佛爷吉祥如意！”“老佛爷平安！”慈禧见状，简直笑开了怀，一年来所有的窝囊委屈随着鸟儿殷切的叫声顿时烟消云散。袁世凯发现，老佛爷是真正地高兴了，直到这时，他心中的一块石头才终于落下。
于是，“众望所归”的袁世凯被清廷正式任命为直隶总督兼北洋大臣，成为大清帝国的实际“宰相”。后又一身兼任督办商务大臣、电政大臣、铁路大臣等八个大臣之职，权势远远超过当年的曾国藩与李鸿章。
于是，清朝末期一个新的时代——袁世凯时代就此拉开帷幕。
这是一个被史家与大众忽略了的多少算得上充满生机、焕然一新的时代，其中最亮丽的出彩之处，便是被称为“清末新政”的社会变革。清末新政无论就改革的广度，还是力度与深度，都超过了戊戌维新变法。慈禧为打消顾虑，清除镇压“百日维新”的负面影响，推动这场新的改革，赦免了康有为、梁启超、孙中山三人之外的其他所有维新派、革命派党人。就实质及影响而言，清末新政的有力推动者、实际执行者便是大权在握的袁世凯。一位采访过袁世凯的美国记者称他“素质全面”，具有“异常才智”，“虽然不是清国的改革之父，但他能让改革继续下去”，“清廷革创之政，几乎均出其手。”可见袁世凯是清末新政中名副其实的改革“旗手”。只因他后来称帝自为，一生中的诸多功绩被有意无意给抹杀殆尽了。
具体而言，袁世凯的清末新政改革主要表现在以下几个方面：
一、增练新军。借助小站练军经验，袁世凯以“滚雪球”的方式扩练新军，使得北洋新军增至六镇八九万人，占当时全国新军总数一半以上，成为日后主宰中国长达二十多年之久的强大力量。他的计划，是要编练三十六镇新军。
二、创建巡警。袁世凯参照西法创设警务总局，开办巡警学堂。1902年8月接收被八国联军占领的天津时，因不准清廷在天津周围二十里内驻扎军队，袁世凯灵机一动，从北洋新军中抽调三千军人编为巡警，进行一番警务训练后堂而皇之地开进天津，明知内情的外国人也无法干涉。不久，袁世凯又在所辖范围内建立起一个遍及城乡的警察网。后清廷设立巡警部，直隶经验成为样板推向全国。
三、改革司法制度。1906年9月，清廷根据西方“三权分立”原则改革官制，改变传统的司法、行政不分状况。袁世凯在天津县率先改革试办，并设立专门学堂培养司法人才。他还改良监狱，制定监禁制度，对完善清末司法制度有着积极的推动作用。
四、推行地方自治。地方自治是西方民主政治的一种表现，清廷预备立宪，令直隶等省先行试办。袁世凯领命后马上创办自治局，成立自治研究所，开展普及自治教育活动。并严格按照西方的一套循序渐进，制订有关章程，开会讨论，完成选举，成立议事会等。这些能够体现西方资产阶级民主精神的程序制度，对铁板一块的封建专制统治无疑是一种强大的冲击与解构。