关于马皇后劝谏朱元璋施以轻刑的事情还有两件。一次是有一个吴兴的巨富沈秀，因其家财万贯，便被人叫做沈万三。传言说他富可敌国，而且还愿意主动出三分之一的资产来扩建南京城，同时也可以出钱犒赏三军。朱元璋非但没有领情，反而勃然大怒，认为沈秀如此做法是在侮辱朝廷，竟欲代朝廷而赏军士，甚为不吉，于是下令将其斩首。马皇后便又谏道，既有法律，则惩不法者。可沈秀只是一富翁，并未触犯法律，他即使不祥，也是其自己不祥，与国家何干？朱元璋觉得有理，便下令将其免去死刑，改为流放。另一次是朱元璋在元宵节微服外出，在观灯时见一灯上写着：女子肩并肩，乘风荡舟去。忽然少一人，却向月边住。这谜面本无问题，可是谜底却赫然写着四个字：好双大脚！朱元璋立即联想起皇后便是一双大脚，立即大发雷霆，要把写谜的人找出来，施以重罚。若找不出，祸及全城。马皇后闻之，急忙向朱元道劝道，自己本是大脚，乃自己之选择，为何要听别人乱语？而且百姓乃朝廷子民，仅仅戏言一二，岂可与犯罪同论？朱元璋听后，怒火竟消失了，便收回成命，让满城百姓免去了一场灾难。
正是马皇后的仁德思想，才让朱元璋少了许多杀戮，从而救了许多无辜人的性命。这一点在历朝历代的皇后身上是比较少见的。马皇后常常劝朱元璋处事不应在盛怒冲动之时，因为其怒时，往往没有理智，容易量刑过重，不如交给宫正司处理，这样便可以更加公正地给犯罪的人判罪。
朱元璋脾气暴躁，其妻秉性纯善，如此中和，方才使明朝初期有了一派欣欣向荣的景象。
但同时，马皇后对犯错之人，也不是一律助其免去灾祸。
朱元璋有个特别的习惯，在朝廷上时常有留大臣吃饭的习惯，称之为“会食”。有一次，当朝廷又一次会食时，马皇后私下通过别人将饭菜取来一些尝了尝，发现饭菜烹制不良，味道寡薄，一定是后勤人员做的手脚。她便立即将此发现禀报朱元璋。朱元璋闻之，立即便将相关人士召来，责令其整改；若有违法的，则交相关官员处理。
马皇后在法制方面便是这样以仁厚为宗旨。她帮助朱元璋赏罚分明，以求减少滥杀无辜，同时也保证朝廷免受损失。朱元璋有此贤后，处理朝政时才少了不少偏差。
如此皇帝与皇后，绝配也！
狠帝仁后的互补
朱元璋是贫寒出身，所以知道民间若要稳定，国家需要的是什么。而马皇后在平时也时常向朱元璋建议，国家初定，人心初稳，仅靠皇上一人之力，恐怕难以达到天下大治。所以，她建议皇上多纳贤才，发挥其专长，以补充国家之人才。马皇后所提的“愿得贤人共理天下”是朱元璋用来指导自己治天下的准则之一。
马皇后倡导君臣皆过俭朴的生活，她首先自己能够以身作则，也建议朱元璋以及朝臣们奉行节俭。可是她并不是一味地省钱，她建议在培养人才方面大力投入，为的是国家的昌盛久安。
当太学落成后，一大批学生从全国各地应招而来，足有两千余人。马皇后立即考虑到了他们的吃穿费用，她认为这是不能马虎的事。朱元璋在这个问题上一丝不苟，由朝廷对他们进行供给，不让他们在费用问题上出现半点差错。可是此时马皇后却提出了更进一步的问题：该如何安排他们的父母妻小的生活？朱元璋见皇后提出这个问题，心中惭愧，表示自己并没有考虑这么多。马皇后便提出，若能在各地专设学仓，以供各位学生的父母妻小吃住，这样诸贤才才会尽心竭力，用心地为朝廷做事。朱元璋闻之，心中大喜，因为马皇后提的建议不仅显出其爱才心理，也表现出她思想的深刻、细腻的一面，而自己竟完全没有考虑到这个问题，马皇后的优点正好弥补了自己的不足。他立即照办，专设“红板仓”，赐粮给太学生之家。后来，这个制度一直沿袭了下去，在整个明朝，皆未改变。这在为国家输送人才，同时在从贫苦人之中发现人才方面都取得了很好的成绩。所以，相对于其他朝代，明朝拥有更多的才学之士。这个结果虽然跟明朝历代天子的施政方针有关，但同马皇后的这个建议是密不可分的。
一言之功，竟至于此！马皇后无疑是明朝的一个颇具影响的人物！
马皇后不仅支持为朝廷纳贤，同时也抵制任人唯亲。朱元璋当上皇帝后，便欲考虑为马皇后的亲戚加官晋爵。可是马皇后知道他的这个想法时，却坚决予以制止。她认为，“任人唯亲”的做法在其他朝代屡有发生，可是也屡屡出现状况。无论是否亲属，只要他是贤才，便可积极起用；若不是有才能之人，再近的亲属也不应当封官。考虑到他们与自己毕竟是亲戚一场，便给以足够的金银，令其一生衣食无忧，便可足矣。朱元璋按照马皇后的这个建议，不仅对她的亲属如此处理，对其他朝臣的亲属也是如此作为，重点以选拔才能为主，果然让朝廷集结了更多的有才之士，为明朝后来的发展打下了一个更为坚实的基础。
朱元璋在成为皇帝之后，时常小心谨慎地观察朝臣，担心他们功高震主。他认为，既然自己可以夺取他人的天下，别人也可以夺取自己的江山，所以他时常用重典来“警世”。在他的“警惕”下，许多朝臣无故掉了脑袋，都是因为朱元璋的一丝猜忌，以致人心惶惶，不知什么时候如此命运便会降临到自己头上。于是，有不少朝臣都提前辞官，防祸加于身。马皇后见状，心中不满，便责备朱元璋如此滥杀无辜，有违治国之道，偏离仁厚渐远。更重要的是，如此一来朝廷贤才流失严重，或被杀或辞官，如果长久下去，朝廷若有一天无人可用，那么大明江山将会是一种什么样子呢？朱元璋时时受到马皇后的提醒，心中感动。面对这一家之良妻、国之良母，他引以为豪，认为马皇后更胜唐之长孙皇后。而马皇后则说，她只是衷心地希望朱元璋能够做一个好皇帝，而自己做一个好的妻子。今日富贵了，也莫忘了贫苦时的生活，要时时以百姓为念，时时以共同与自己打江山的群臣为念。朱元璋对妻子更是敬佩，于是后来在处理朝政时，也给予了她更多的参与机会。
不任人唯亲之举，的确与唐时的长孙氏颇为相似，也同样高明！可惜她的夫君却够狠，马皇后虽然时时劝谏，但也只是在一定程度上限制了朱元璋的杀戮行为，未能从根本上改变朱元璋的嗜杀状况。
如百姓一般的家庭管理
因为马皇后是从一名普通百姓一步步走到国母的位置的，所以她富贵时并没有忘记贫穷时的生活，她力求节俭，对自己的要求非常严格，同时对别人却非常宽厚。她正是秉持这样的原则来给丈夫提建议并教育儿女的。
她对后宫的管理是出色的。鉴于历史经验与教训，她从不与朱元璋其他宠妃互相猜忌争斗，而是力求与她们和睦相处。她对她们每一个人都关爱有加，情同姐妹。那个时代没出现因为权弱受欺而产生野心的嫔妃，马皇后也算是功不可没。马皇后的贤德与大度深深地打动了每一个后宫嫔妃，她们也把她当成姐姐一样看待，彼此相处得非常融洽。对于普通宫女，她也有如对待儿女一样对待她们。在马皇后眼里，这些宫女与嫔妃从无高低贵贱之分。在这样一种和睦的氛围中，朱元璋当然会多子多福，他一共有二十六个儿子、十六个女儿。他的儿女如此众多，在历史各朝各代都能名列前茅。虽然这些儿女并不是马皇后一人所生，但正是她主持后宫异常到位，才有了这样的幸福成果。