风波过后，杨涟率直的个性更加显著。他以主持正道自任，无论是地位特殊的妃嫔，还是巧于弄权的太监，他都敢于得罪。在光宗病故到熹宗即位的非常时期中，杨涟不计个人荣辱安危，为维持政局的稳定，殚思竭虑，其正直敢言的本色表现得淋漓尽致。
这年九月，光宗即位不满一月，便撒手尘寰。李选侍挟持皇长子由校居住乾清宫，意在擅权。杨涟与大学士方从哲等商量，决定让皇长子与李选侍分开居住。当下众大臣直趋乾清宫，守卫乾清宫的太监受李选侍指使，持梃不许大臣们进宫。杨涟挺身而出，大骂太监：“奴才！我等奉皇帝之召而来。现在皇帝已经晏驾，皇长子年纪尚小，你们不许我等入见，想图谋不轨吗？”乾清宫太监被杨涟如此斥骂，方才退去。杨涟与众大臣立即入宫，拜见皇长子，商定正式登极的日子，并簇拥皇长子去文华殿受群臣参拜。一行人走到中宫，有一群太监蜂拥而出，大叫：‘你们拉少主到哪里去？少主年纪小，害怕见人。”有的太监甚至拉住皇长子的衣角，想从杨涟等大臣手中夺回皇长子。正当众人在乱纷纷拉扯时，杨涟奋力冲前，格开太监，大声说：“殿下是群臣之主，四海九州莫非臣子，殿下会惧怕什么人！”硬是将皇长子拥到了文华殿，受群臣参拜。礼毕，大臣们将皇长子送到慈庆宫暂住。
转眼皇长子的登极之日将临，而李选侍依然占据应该由皇帝居住的乾清宫不肯退出，以至皇长子只得住在太子宫中。杨涟与周嘉谟、左光斗等大臣商议，认为李选侍非移出乾清宫不可。九月初五日，宫中传出消息，说李选侍将推迟移宫日期。杨涟等众大臣立即群集皇长子暂住的慈庆宫外。杨涟要大学士方从哲代表众大臣请李选待立即移宫，方氏态度暖昧。于是杨涟大声辩论，并说：“除非将我杀掉，否则，选侍今日不移宫，我决不离开！”其音洪亮，响彻御座。皇长子由校看着这一幕，亦不由叹道：“这位胡子官真是忠臣！”随后，由校派人宣谕，令众大臣暂退。杨涟复上疏，指出李选侍居乾清宫不走，名义上是保护皇长子，实则图谋擅权，因此宫必不可不移。在杨涟以及一些正直大臣的拼命抗争下，李选侍当日被迫移出了乾清宫。翌日，皇长子由校即帝位，住进乾清宫，是为熹宗。从初一到初六，杨涟只身露坐在宫门外，五昼夜不曾合眼，因忧虑而须发尽白。当时人都说杨涟在移宫中，立下了大功。然而，正因此事得罪了李选侍及宫中太监，受到攻击，于同年十二月去官还乡。
天启二年（1622年）杨涟复出，担任礼科都给事中，旋升太常少卿。三年冬，拜为右佥都御史，四年春，进左副都御史。他的地位渐高，正直敢言的本色不变，锐气不减当年。他上疏弹劾魏忠贤，是他一贯疾恶如仇、敢犯权贵的再次体现。
杨涟不惜身家性命，弹劾的魏忠贤是个什么人物呢？
魏氏原是河间肃宁（今属河北）的一个无赖汉，因赌破家，遂在二十二岁时自阉入宫做了太监。入宫之初只是看管库房，也无甚了得。后来同熹宗乳母客氏拉上关系，讨得熹宗欢喜，逐渐升为司礼监秉笔太监，成为宫中最有权势的人物之一。魏氏权势渐长，渐露骄横跋扈之态。对上架空皇帝，对内威慑后妃。他还选取精壮太监编练禁军，将皇宫内闹得乌烟瘴气。在外又控制朝臣，顺我者昌，逆我者亡，霸气十足。八十多名大臣拜在他的门下，形成阉党。其骨干有“五虎”“、五彪”、“十狗”“、十孩儿”、“四十孙”之称。《明史》上说，魏氏“自内阁六部、四方总督巡抚，遍置死党”。他还控制了厂卫特务机构，鹰爪四布，无论什么人，只要对他稍有不满，被特务侦知便有灭顶之灾。一时间朝廷上以后，光宗再召见大臣，都要杨涟一同前来。
杨涟对魏忠贤横行霸道、误国殃民的恶劣行径深恶痛绝。为了消除社稷的隐患，他不避祸患，率先向熹宗揭露魏忠贤“怙逆作威、专权乱政、欺君藐法、无日无天、大负圣恩、大干祖制”的二十四条大罪：以阉人身份擅权拟旨，坏祖宗二百余年的政体；除退顾命大臣周嘉谟；亲乱贼而仇忠义；构党逐退清正官员王纪、钟羽正；一手把持“枚卜”大权，不许众望所归的孙慎行、盛以弘复出；颠倒铨政，掉弄机权；天子之怒易解，忠贤之怒难解；置宫中有贤德之妃于死地；令已有身孕的裕妃自尽；设计使皇后流产；擅杀先帝老奴王安；毁人居室，大建牌坊，茔地规格超过帝王；滥袭恩荫，用人唯私；诬陷国戚，动摇中宫；诬良乡生员章士魁开矿并致之死；幽置槛阱，恣意蝦掠，视士命如草菅；停给事中周士仆升迁，致吏部不得专铨除，言官不敢司封驳；大明之律令可以不守，忠贤之律不能不遵；玩言官于股掌，使煌煌天语，朝夕纷更；利用东厂行快私仇、倾陷之事；勾结奸细潜入境内；创立内操，宫中练兵；进香涿州，摆出皇帝出巡排场；皇上略施薄惩，魏氏进有傲色，退有怨言。这二十四条大罪，杨涟在疏中条条点明出处，以示言之有据。在疏末又一针见血地指出：方今宫中府中，大事小事，无一不是魏忠贤专擅，反觉皇上为名，忠贤为实。实在不能容忍下去了。
杨涟此疏把自己推到了与魏忠贤公开对立的地步，结果必然十分危险。按照此疏所列的罪状，每条均可置魏氏于死地。然而，魏氏当时正在权力的顶峰，一旦不倒，杨涟的处境就特别艰难。他早已明白“此言一出，忠贤之党断不能容臣”。因此向熹宗表明自己的心迹：尽管如此，但我不怕。因为只有除去魏忠贤，才会出现“内治外安，新开太平气象”的局面。这等气魄和境界，确实是值得人们敬仰的。
杨涟还慎重考虑了奏疏递交的方式。为了保证奏疏能直达熹宗之手，避免中途耽搁或被人做手脚，他决定采取在早朝时直接面奏。可是，熹宗经常“免朝”，他不愿让奏疏在手中停留太久，只好采取转交的方式。当天，杨涟就将奏疏送到会极门，让太监转交皇帝。
会极门太监中，魏忠贤早已安插了亲信。杨涟奏疏一到，他的亲信发现，连忙报魏。魏忠贤一听，心中十分害怕，忙与死党王体乾和客氏密商对策，决定扣留杨涟此疏，不令熹宗看到，并假借圣旨切责杨涟。
杨涟自然不肯就此罢休。他决定俟熹宗召见大臣时，同魏忠贤当面对质。杨涟的态度被魏忠贤探知，他又生出奸计，决定先避杨的锐气，千方百计使熹宗多日不御朝。后来，熹宗出见大臣时，魏忠贤又组织了数百名太监簇拥在熹宗周围，并令大臣不得接近奏事。致使杨涟无法与魏忠贤对质御前。
魏忠贤、客氏、王体乾三人又在熹宗面前演出了一幕丑剧。他们在宫中见到熹宗时，魏忠贤“扑通”跪倒在地，痛哭流涕，诉说自己对皇帝的一腔忠诚，为了避免大臣诬以专权，请求辞去东厂兼职。客氏凭藉熹宗乳母的特殊身份，在一旁极力为魏忠贤辩解开脱，谗言杨涟等不怀好心，欲置魏于死地。王体乾则不失时机地歪曲杨涟奏疏的原意。三人同台唱戏，一时惹得熹宗龙颜大怒，不辨真伪是非，便下令严旨切责杨涟。
杨涟受到无端指责，立时引起众大臣的普遍义愤。都给事中魏大中，佥都御史左光斗，礼部右谕德缪昌期，给事中陈良训、许誉章，御史袁化中、林汝翥、黄尊素等七十余人，群起参劾魏忠贤。内阁重臣叶向高、礼部尚书翁正春等也上疏建议将魏忠贤驱逐出下，宫廷内外，都是魏忠贤一人说了算。正直大臣没有半点立足之地和发言之权。
蓄谋已久的阉党终于在天启四年十月，借会推吏部尚书之事，矫旨斥责杨涟“大不敬，无人臣礼”，削籍为民，即使到了这等地步，魏忠贤仍不肯罢手，又利用汪文言案陷害杨涟。
汪文言是徽州歙人，当时正担任内阁中书。在京城与东林人士魏大中、左光斗、杨涟、赵南星等往来密切。给事中阮大铖与他们有隙，便唆使人弹劾汪文言结党营私，想把他们一网打尽。魏忠贤接到劾汪文言疏后，如获至宝，遂将汪文言下狱。“五彪”之一的许显纯等严刑逼供，要汪文言诬告杨涟、魏大中、左光斗等人贪污受贿。汪文言是个血性侠义汉子，虽受到百般酷刑的拷打，仍不肯承认。有时被逼到急处，仰天大呼：“世上岂有贪赃杨大洪！”大洪，是杨涟的别字。直到被严刑拷打致死，汪文言也不肯顺从魏党的旨意，诬陷杨涟等人。汪文言死后，许显纯等人遂采取最为卑鄙的做法，伪造汪文言口供，说杨涟等受辽东经略熊廷弼贿银二万两，为熊开脱罪过。魏党便利用这个伪供，派遣缇骑将杨涟从家乡逮至京城。
杨涟的廉正，人所共知。因此，当听说缇骑以受贿的罪名逮捕杨涟时，家乡的士民立时轰动。数万群众集至道中，将缇骑团团围住，不准缇骑逞凶。目睹此情此景，杨涟心中感慨万端。他生怕一旦事情激化，会招致阉党对士民的报复，于是跪倒在成千上万父老乡亲面前，热泪盈眶，一再恳请众人散开。瞬间，人群死一般的沉寂。随后，人们又慢慢地让出一条道，看着杨涟在缇骑的吆喝下，踏上黄尘滚滚的道路。走出人群后，杨涟一再回首，人群中先是妇稚发出低微的抽泣，接着声音愈来愈响，终于众乡人发出一片嚎啕大哭声。
杨涟一路北上，沿途州县的百姓纷纷赶来，争睹义士风采。士民们用古朴庄重的形式，设醮焚香，祈求上天保佑。河南各地有数千士民，自备干粮，护送杨涟，直到黄河边。从家乡到京城，三千余里，杨涟在缇骑的押送下，骑着一匹小驴，受尽了颠沛流离之苦。
杨涟自知此去北京，难免一死，遂在途中写了《被逮赴都揭》剖明自己的心迹。他说这次事件是魏党以“莫须有”的罪名杀“赤心人。”“我早已知道会有今日，我不想辩白。不是不能辩、不敢辩。我一生所辩的都是国家大是大非，大安大危，我不会为自己的名利胜负、利害去辩论。相信天下后世自有公论。”他还写了一封家书托人捎给卧病在床的老母，表示自己此行虽然“祸福俱未可知”，但“名德”将流传天下后世。百般叮嘱家人要忍耐、小心。到了北京，杨涟即被投入镇抚司。许显纯亲自主审，令杨涟交出赃银。杨涟无辜受诬，自然不肯承认，于是遭到酷法严刑的拷打。当时镇抚司刑讯“犯人”的手段是出名的凶狠，这次秉承阉党的旨意，拷打时更百般歹毒，以致审讯过后，杨涟已体无完肤，鲜血淋漓，惨不忍睹。以后许显纯又令人日夜折磨杨涟，非要他承认受贿不可。杨涟骨气傲然，誓死不从。他在《狱中血书》中说：“我今身任副宪，曾受顾命，自当践行圣人“托孤寄命，临大节而不可夺”的教诲，岂能自诬。面对阉党的残酷刑法，杨涟慨然写道：“大笑，大笑，，还大笑！刀砍东风，于我何有哉！”胆气之豪，溢于字里行间。
在狱中，杨涟在血肉淋漓中，不忘母亲的养育之恩，又给母亲留下绝笔，表示“无能侍养左右，儿九泉之恨也。”给诸子留下的遗言是：“收敛我尸后，还当刻苦读书”。豪迈宫。然而熹宗宠幸魏忠贤和客氏已久，又先入为主，听信了阉党的谗言，居然将此事交由魏忠贤处理。魏当即以皇帝的名义，严厉斥责众大臣。并布置死党寻找机会和借口，一定要将杨涟等人置于死地。
七月十五后的一天夜半，许显纯突然提审杨涟。在阴森森的刑讯室里，摆满了各式各样的残毒刑具。许显纯看着已经被拷掠得不成人形的杨涟，尖声问道：“你招还是不招？”
杨涟瘦削的脸庞上，目光依然锐利。他斥骂许显纯：“当初熊廷弼在辽阳时，我就有疏参劾他的错误，他恨我欲杀，我哪有受贿并为之开脱罪过的道理？至于‘移宫’一案，我们当初的目的是防患于未然，并无其他用意。你们现在昧着良心栽赃杀人，连猪狗都不如！”许显纯气得暴跳如雷，举起铁棍，对着杨涟头面乱打，满口牙齿都被打落，血流盈面。杨涟将满口血齿喷向许显纯，仍骂不绝口。这个杀人不眨眼的刽子手歹念顿起，顺手操起一只七寸长的大铁钉，对着杨涟前胸钉了进去。立时，鲜血喷溅而出。许显纯还不歇手，直到铁钉穿透胸脯。一代忠臣就这样惨死在阉党手中。
杨涟死后，阉党下令七日之内不许家人领尸。这时正值七月盛夏，北京城热犹得如烤炉，杨涟家人在七日后将其尸领回时，仅存残骨一具。其子扶柩南下，士民闻知杨涟死时的惨烈，沿路有数万人哭送。阉党还不就此罢手，下令继续对杨涟家属“追赃”。杨涟生前廉正为官，死后财产全部折算不及千金，俱被没收。年迈的老母和体弱的妻子无处安身，只得寄居城楼，靠杨涟两个儿子乞讨过活。这时阉党追赃令急，知府李行志为杨涟节义所感，亲自写了募捐榜，四处张贴，知县夏之令将募捐箱放置城墙四门，并带头捐俸。一时士民纷纷解倾囊相助，甚至连卖菜小贩、乞丐等都争相尽力而为。终于凑得万余两银子，当作“赃银”交了上去。但未交足。阉党中“十狗”之首的吏部尚书周应秋秉承魏忠贤旨意，严令追缴不足部分，结果杨涟家中的老仆被杖而死，杨涟幼子被惊吓死。
杨涟冤死后三年，熹宗死，明毅宗朱由检继位，是为明代末帝崇祯。魏忠贤劣迹终于败露，畏罪自裁。崇祯皇帝下令褒奖当初为魏氏害死的忠臣，杨涟被追赠为太子太保、兵部尚书，缢号“忠烈”杨涟被害的冤案，终得大白于天下。
无私心方正 办案自公道
钱若水任同州推官的时候，这个州的知州性情急躁，常常以个人主观来判断案件，有不对时，若水一再与他争辩，如他的意见不被知州采纳，就对知州说：“只好陪你受罚赔出俸钱，以铜赎罪了。”不久，案件果真被朝廷及上司驳回，州官全部被以赎铜论处。知州为此感到惭愧，并对大家道歉，但不久他又是这样。前后像这样的情况已有好多次。
有一富有人家的小女仆，逃亡出去不知去向。小女仆的父母告到州府。知州命令录事参军审理这案件。录事参军曾经向这富人借过钱，但富人没有借给他，他就断处富家父子几人一起杀害小女仆，把她尸体扔弃河里，以致找不到尸体。他们有的被指为首犯，有的被指为帮凶，都应处死。富家父子受不了拷打，都屈打成招。结案上报，州府有关官员复审，没有异议，大家都认为是事实。唯独钱若水对此案表示怀疑，把这案件搁置了好几天，不立即判决。录事参军亲自到钱若水推事厅堂辱骂他，说：“你收受这富家的钱财，想要从死罪中开脱他们吗？”钱若水笑着解释说：“现在他们几个人已判定死罪，之中，流露出杨涟的拳拳赤子心，柔柔儿女情。
一天，钱若水来到州府，支开左右的人后对知州说：“若水之所以搁置这个案件，是在暗中派人去查访这个小女仆的下落，现在已经找到了。”知州惊奇地说：“现在她在哪里？”钱若水便秘密地派人把这小女仆送到知州住所。知州就把门帘放下，叫人把小女仆的父母带来，问他们说：“现在你们见到你们的女儿，还能认得她吗？”他们答道：“怎么不认识！”于是知州叫人从门帘内推出小女仆给他们辨认。她父母见了，哭泣着道：“是我们的女儿啊！”知州又叫人把富家父子带来，并叫人打开他们身上的枷锁，释放了他们。富家父子大声痛哭，不肯离去，说道：“如果没有使君大人的恩赐，我们一家人被灭族啦！”知州说：“这都是推官对你们的恩赐，并不是我。”他们父子就到钱若水办事官厅，但若水闭门拒不接见他们，叫人对他们说：“这是知州大人自己找寻到这小女仆的，与我没有什么关系。”他们进不了大门，就绕着墙激动大哭。他们回家后把全部钱财拿出来施舍给和尚，叫和尚给钱若水祈祷赐福。
知州因为钱若水替这几个人平反昭雪冤情，打算替他奏明皇上论功行赏。钱若水坚决推辞，说道：“我钱若水办案只求公正，好人不被冤死罢了。论功赏赐不是我的本心。倘若朝廷为这给我赏赐，那将把录事参军置于什么境地啊！”知州听了十分叹服，说：“像你这样，更使人钦佩，谁也比不上你啊！”录事参军非常惭愧，亲自登门，向钱若水磕头道歉。钱若水说：“案情复杂，一时难于查清楚，偶然有过错总是难免的，有什么值得道歉的呢？”从此远近的人知道这件事后，都称赞钱若水。
不久，宋太宗听到这件事，立即越级提升了钱若水，从推事幕职半年中升为知制诰，两年之内又被提升为枢密副使。