奴隶制度在带来了血腥压迫、残酷剥削的同时，也迎来了伴随着生产力的发展和专门的脑力劳动者的出现而导致的各类科学的自觉形成。在奴隶社会时期，我国的中医药物学正式从一般的生产技术和生活常识、原始宗教和哲学思辨、艺术体育等中分离出来（当然仍和它们保持着不可分割的密切联系），形成较其他国家和民族医药知识色彩迥异，独具特点的科学体系。
殷墟出土的甲骨文中，能辨认的已有二十余种疾病，大体按人体部位记述病名，如病首、病目等，另有小疾（小儿病）、疙育（产妇病）
等名目。甲骨文的“蛊”字像虫在皿中，表示人体腹中的寄生虫，“龋”字像虫蛀齿，这是世界上关于龋齿的最早记录。这些，都说明了从夏、商朝开始，我们的祖先已经较科学地将各种疾病分门别类，进行认识和抬疗。殷墟出土的文物中有壶、盂、勺、盘、陶槎、头梳等全套盥洗用具。在殷墟还发掘出较完善的专门化的畜圈、厕所、水沟等卫生设施。史载商朝第一个国王汤所任用的相伊尹，也是一个杰出的中医药家。伊尹（前16世纪～前15世纪）先辈为优氏（小国君）厨师，所以他也善烹调，初为汤王的奴隶厨师。伊尹喜医学、擅长保健术，常与汤王谈论调味药和延年益寿之道。《甲乙经·序》称他精于本草药性，炮制汤液，这是我国医药史上的一大跃进，标志着方剂的诞生。据传伊尹撰有《汤液经法》一书，被后世奉为医方之鼻祖（惜此书汉代散佚，《伤寒杂病论》中许多药物都选自此书）。伊尹为我国历史上有名可考的第一位烹调大师和医药学家，开创了中医“医食同源”的传统。殷商一代，人们对医药学的认识突飞猛进，如商王武丁就讲过：“若药弗瞑眩，厥疾弗瘳（愈）”，强调对症下药的重要性。
他还指出，在制汤液前需将药材“哎咀（咬嚼）”，慎重选药。
西周时，政府制定了一系列对于环境卫生和个人卫生的合理要求，如“头有疮则沐，身有疡则浴”；人畜便泄必须“离沟井”，人有病，应“内外皆除，彻亵衣，加新衣”等等。当时，人们已能不但从外部条件寻找预防疾病的措施（《左传》所谓“土厚水深，民之不疾”），还能从人的自身内因探求发病的根源（《札记》所谓“百病怒起”“忧郁生疾”）。同时，人们还初步总结出了一些优生优育的规律（《札记》称“三十日壮，有室；”《左传》说“男女同姓，其生不蕃”等等）。
西周始，中医有了分科。《周礼》载医分食医、疾医、疡医、兽医四科，一套较完整的医疗组织和医疗制度也初步形成，医师“掌医之政令，聚毒药以供医事”，医疗过程必须有病历记录和报告制度：“凡民之有疾病者分而治之，死终则各书其所以而人于医师。”对医生定期进行严格考核：“岁终则稽其医事，以制其食：十全为上，十失一次之，十失二次之，十失三次之，十失四为下。”直至春秋时期，“学在官府”，显然，医生的培养、任命、供职、行医、考核、俸禄，全由官府掌管。这一方面保障子中医事业的存在和发展，另一方面，也使中医事业受到了一些限制和束缚。