从现存历史文献来看，春秋时期人们对各种疾病的产生原因开始进行科学探讨和总结。《周礼》称“春时有瘠首疾，夏时有痒疥疾，秋时有疟寒疾，冬时有嗽上气疾”；《札记》称“孟春行秋令，则民大疫”；“季春行夏令，则民多疾疫”，都巳发现了时令、气候的变化与疾病流行的关系。公元前541年，秦名医医和为晋平公诊病时，阐述了“阴、阳、风、雨、晦、明”六气致病说，这是见诸文字的我国最早的病因学说。《诗》《书》《易》等典籍中，都有许多关于热病、寄生虫病、不孕症、浮肿等疾病较为正确的描述。
认识疾病是为了战胜疾病。春秋时期，先民对药物的认识和使用方法更加丰富和系统。《周礼》将中药材整理归纳为“五药”（草、木、石、虫、谷）。《诗》中提及葛、苓、芍、药、蒿等五十余种药物。《礼记》规定：“孟夏月也……聚蓄百药”，说明当时已有特定的集中采药的活动。《周礼》称：“凡疗病以五毒攻之”“疡医学……副杀之齐”，表明当时医生巳将矿物质腐蚀剂广泛应用于疮疡外科，稍后成书的《山海经》更是集我国古代中医药知识之大成，它记载了一百四十六种药物（其中植物五十九种，动物八十三种，矿物四种），可治数十种疾病，用药方法有食服、佩带、涂抹等许多类，还可预防六十多种疾病（其中防蛊八种，防疫四种，强身壮体二十五种，防五官病八种，防皮肤外科病八种，防脏器诸病四种，防兽疫一种，避孕两种），尤其是其中所载两种避孕药物，是世界上最早记载的计划生育用药，充分显示了我国古代的医学水平之高超。
春秋时期，名医辈出，其最优异的代表为扁鹊（前5～前4世纪）。史载扁鹊根据不同地区、不同情况，分别行“带下医（妇科）”“耳目痹医（五官科）”“小儿医”等，说明中医早巳有较完备的分科。扁鹊还将“信巫不信医”列入“六不治”之中，说明中医学已经毅然与宗教迷信分道扬鏣，卓然独立，自觉地担负起救死扶伤、匡世济民的重任。不过，此时的中医学尚处于积累经验的滥筋阶段。
《周礼》载有“食医”，并对各类饮食的寒热温凉及四季的五味所宜都有明确的规定。春秋时，对养生的记载更具体了，例如：《左传》载医和治晋侯病指出是“近女室，疾如蛊”的结果，已经注意到房室起居对养生的关系，并对四时、五节、六气等与健康的关系引起重视。《古今医统》载范蠡有“服饮药饵”的办法，授术于孔安国等，“寿皆百岁，面如童颜”。春秋战国时期，由于诸子百家学说的兴起对养生学也有很大促进。老子、庄子一派提出“归真返璞”“清净无为”的养生理论，并编制了导引、吐纳等一整套方法，对后世影响很大。例如《老子》说“淡然无为，神气自满，以此为不死之药”。《庄子·刻意篇》说“吹呵呼吸，吐故纳新，熊经鸟申，为寿而已矣”。
这里包括两方面养生的方法：一是充分认识到吸纳新鲜空气，吐出废浊之气，才能维持生命，保健延年；一是提倡运动，可以加强新陈代谢，促进机体各方面的机能。
管子认为“精”是气的物质基础，是人生命之源泉，故主张存精以养生。如《管子·内业篇》：“精气者，气之精者也”“精存自生，其外安荣，内脏以为泉源”。此外，他还提出存精的具体方法：“爱欲静之，遇乱正之，勿引勿摧，福将自归”，即节欲存精是也。《吕氏春秋》强调精、气、神和形体的统一，是生命的根本。如《尽数篇》说“故精神安乎形，而年寿得长也”。老、庄主张“静”以养神可以长生；吕不韦却主张动，认为“流水不腐，户枢不矮。吕氏以外，于华于也是主动的，他认为：“营卫之行，无失厥常，六府化谷，津液布扬，故能长久而不敝。流水之不腐，以其游故也：户枢之不蠹，以其运故也。”孔子则主张要动静结合，如《孔子家语》载：“若夫智士仁人将身有节，动静以义，喜怒以时，无害其性，虽得寿焉，不亦宜夫。”
此外，诸子还都认识到自然环境与人体健康的关系，提出“天人相应”的观点。
例如：老于说“人法地，地法天，天法道，道法自然”；庄子说“天地者，万物之父母也”。但老庄是主张消极的顺乎自然的；管子则主张主动地与自然相适应，如《管于·五行篇》说“人与天调，然后天地之美生”；荀子则更积极地主张改造自然，提出“制天命而用之”的口号，有“人定胜天”的思想。
先秦诸子的养生思想与实践，到了《内经》可谓来了一个大总结，它从医学的角度来讨论养生问题。《内经》对人的生长发育过程，有很精妙的观察与概括；对衰老、变老的机理，有很确实的认识：还明确提出“治未病”的观点，对预防病变、保健延年有极其重要的意义。《内经》对于养生的原则主要有两条：一是调摄精神与形体，提高防病、防老机能；二是适应外界环境，避免外邪侵袭。《上古天真论》说：
“法于阴阳，和于术数，食饮有节，起居有常，不妄作劳，故能形与神俱，而尽终其天年，度百岁而去”，是比较全面的概括。《四气调神大论》中，则更具体地阐述了四季的不同养生方法。此外，还记载了许多具体的养生术，如《异法方宜论》的导引等。《内经》的理论，对后世影响很大；历代的养生著作，多数是在《内经》的基础上发展起来的。
战国时期，出现了我国医学文献中最早的一部典籍——《黄帝内经》。全书共十八篇，分《素问》和《灵枢》各九篇，《素问》主要论述脉理和病因，《灵枢》主要论述经络和针刺。它总结了战国之前的医疗成就和治疗经验，系统地阐述了人体生理、病理，以及疾病的诊断、治疗和预防等问题，确立了中医学的独特的理论体系，从而奠定了中医学的理论基础。《黄帝内经》在阐述医学理论的同时，还对当时哲学领域的一系列重大问题，诸如阴阳、五行、天人关系、形神关系等进行了深入的探讨。它一方面用当时的先进哲学思想为指导，推动了中医学的发展，另一方面又在业已取得重大成就的中医学的基础上，丰富和提高了先秦以采的唯物主义哲学思想。尤其难能可贵的是，《黄帝内经》中许多内容大大超过了当时世界其他国家的医学水平。
在形态学方面，它对人体骨骼、血脉的长度、内脏器官的大小和容量等的记载，基本上与实际情况吻合。如它称人的食管与肠的比是1： 35，非常接近现代解剖学得出的数据（1：37）。在血液循环方面，它提出“心主身之血脉”，认识到血液在脉管内是“流行不止，环周不休”的，对动静脉也有一定的了解。这些，比英国哈维于1628年发现血液循环早了一千多年。稍后成书的《难经》是一部堪与《黄帝内经》相媲美的古典医籍，共八十一篇，托名扁鹊所著，以答问形式阐发《内经》本旨，内容十分丰富，包括生理、病理、诊断、治疗等各个方面，对《黄帝内经》的不足多有补充，同样成为后世指导临床实践的理论基础。