中国的古代学问大多数存在这样的问题：读得懂但理解不了。《易经》如此，《黄帝内经》如此，五运六气学说也如此。
《素问?六元正纪大论》说：“五运六气之应见。”这是此学说的正式得名。但再往下就没有具体的说明了，我们看到的仅仅是土运、金运、木运……湿土、燥金、风木等名词，还有一些推算方法。至于这门学说是干什么用的？却没有说明白。
现在的研究者几乎都认为，运气学是古代中医推算气候变化及疾病发生规律的一门学科，或有人将它称为“医学气象学”。现在通行的高等中医院校的教材中认为：五运就是金、木、水、火、土、五行、五方之气的运动，它既是用以说明形成气候变化的地面因素，同时也是古代用以解释宇宙运动变化规律的一个哲学概念。六气就是存在于空间的风、寒、暑、湿、燥、火六种气候变化要素，属气候变化的空间因素。五运六气学说，就是运用五运六气的运动节律及其相互化合，来解释天体运行对气候变化，以及天体运行、气候变化对生物及人类的影响。至于为什么五运六气就一定指气候变化，大家谁都没有说，好像是约定俗成的。
但我们认为，以上的结论很可能是错误的，中医的五运六气根本不是推算地球气候变化的方法。为什么呢？
首先，“五运六气是推算气候变化的方法”的结论，但是缺少直接的证据。
不可否认，在中医五运六气的记载中，涉及大量与气候、气象有关的名词，比如说季节、节气、时间、黄道等等，但《黄帝内经》中没有一条记载可以直接告诉我们说：五运六气就是推算气候的方法。所以“运气学说是推算气候”的结论，缺少最为直接的证据，它只是我们后人的一种推测、假设而已。
其实，在历史上，人们对运气学的看法并不统一，有的人认为它是原版《黄帝内经》中的东西，但也有许多人却认为它是后人，尤其是汉唐代以后人伪造的。这场架一直吵到宋朝，现在的人们也在争论。如果运气学确实可以推算长期气候的变化，那么对于我们这样一个农业民族而言，它是多么重要，早应该无争议的发扬光大了。从这些争吵中，我们看到的却是“运气学不能推算长期气候”的事实。而且，中国历史上用运气学作为农业生产指导的政府行为，或者历法也不见于记载。
从另一个角度讲，即使我们在运气学中看到了许多关于季节、节气等名词，我们也不能就此认为它一定与气候变化有关，这是一个常识。我们知道，地球气候的变化与时间、空间确实有关，而五运六气的推算方法中也确实十分重视时空因素。但是，如果我们需要从其它角度来研究大的时间、空间范围，来说明其它问题时，我们同样要用到上述这些名词。比如说，我们在发射航天飞机时，就必须考虑黄道与赤道的角度，还要考虑地球倾角几万年的变化规律。难道这也与气象有关吗？
其次，地球表面的气候变化，一个重要的因素是受地球轨道的影响。根据现代的研究，地球轨道存在2万年、4万年、10万年的循环，相应地，地球气候的变化也存在如此大的循环规律，比如说，上一个冰河期结束到现在，时间已经过去了一万多年，再过几千年，可能我们会迎来下一个冰河期。而五运六气研究的时间周期最长不超过60年，这相对于几万年而言，是一个极小的数值，这个数值对地球气象的影响关系，目前还没有明确的证据。
地球气候除了受轨道原因而存在大跨度的变化以外，地球自身的气候也似乎有变化周期的存在，它也是不稳定的。据竺可贞的研究，秦到西汉时中国的气温明显偏高，东汉及魏晋南北朝气温偏低，唐代的气温再次升高，这中间的时间跨度同样不能以运气学的60年来计算，而要用几百年、甚至上千年来计算。
例如，公元300年-500年间，全球气候类型突变，导致欧洲到中国西北部的大面积干旱，欧洲历史上最大一次难民潮开始了。中国相对应的时期是魏晋南北朝，这个时期的特点就是北方游牧民族大量南迁，在中原地区建立政权，史称“五胡十六国”。所以这次气候的大变迁也是以200年的时间跨度来计算的，同样不能纳入60甲子。
就现实而言，地球气象的变化是一个世界性的难题，中长期天气预报根本不可能做到。因为影响地球气候变化的原因很多，各种原因之间的关系也很复杂，完全是混沌式的。比如说，虽然地球轨道是决定气候的根本原因，但它只能决定季节的划分，至于今年冬天下不下雪，下多少雪，轨道是无能为力的。我们身边就有很好的证据。
北京地区这十几年来气候变化很大，春天与夏天几乎没有明显的分界，冬天与秋天的气温也不像以前那样明显。至于降雨量，更是比以前少了许多。但这些变化却不是地球轨道能解决的问题，它是由许多地球表面原因引起的。
所以，地球气候是一个最不稳定的系统。有人说，一只蝴蝶在中国沿海扇动几下翅膀，美国就有可能发生滔滔洪水。影响它的因素有很多很多，例如：1991年菲律宾纳图博火山爆发，就使1992年到1993年的地球表面平均温度降低了0.20℃。此外，地形、地貌、植物、洋流等都可以影响到全球或者局部地区的气象变化。因此，聪明的中国祖先不会发明一套推算不准的方法。
第三、正是由于地球气候受地球表面的影响巨大，所以人类的活动才能严重地干涉气候的变化。人类文明发生以来，尤其是工业文明以来，人类的活动对地球气候的影响越来越大，
比如说，从1958年-1991年，地球大气中的二氧化碳的浓度（PPM值）从315增加到了360。二氧化碳浓度的增高，直接导致地球大气升温。据统计，从19世纪以来，因为人为因素的影响，地球温度平均升高了0.50℃，温室效应笼罩了全球，使影响地球气候的许多因素都发生了剧烈的改变，从而导致了整个大气环流的异常。
厄尔尼诺现象就是大气升温的直接表现。从上个世纪80年代以来，人们发现，每隔几年秘鲁沿海的水温就要升高，加热了沿海大气，而太平洋西端的热带海洋的水温则要降低，冷却了周围的大气。这种不正常的温度升降，使大气环流混乱，改变了全球许多地方的降水模式。
因此，世界上不存在一种长期可以套用的气候推算模式，中国人也不可能发明这种模式。我们不能因为热爱，就替古人大唱赞歌。
从另外一个角度看，我们也可以验实“五运六气是推算气候变化”的结论是不正确的。因为既然它是推算气象的方法，那么就一定可以验证，而验证的实际结果呢？在20世纪80年代，不少学者利用气象资料，依据五运六气推算方法，进行回溯验证，得出的结果居然是截然相反的。
有人利用现有几年的气象资料，根据五运六气进行推算，认为这一理论适合中国广大的地区，总符合率在50%以上，河南地区的符合率高达98.3%。还有人利用古史的自然灾害资料，推算公元前193年-公元4年间的气象变化，并与五运六气理论进行对照，结果发现符合率86%。
但也有完全相反的结论。学者张年顺对河南三千年气象资料总结分析后认为，运气学说推断的符合率最高仅有21.4%，提出运气学不能用来推断河南气候异常变化；他还对中国五百年旱涝气象资料进行分析，其符合率最高的为昆明，达50.6%，其它地方的符合率自然不高。他得出运气学不能进行长期天气预报的结论。
首先，用五运六气推算现代气候的变化，思路肯定不正确。正如我们以上讲到的，现代气候变化中，人为的因素很大，不可能用古代的一种方法来推算现代的变化。其次，上述两种截然相反的结论说明，在推算气候方面，五运六气并没有人们想象的那样灵，否则结论不可能是相反的。
五运六气学说出现在中医里，它必须与整个中医理论协调，它必须纳入整个中医理论的框架中来。但在所有的研究中，我们感觉到两者并不贴切，有点牵强附会。因为中医理论的核心是藏象系统，而不是我们的解剖生理系统。因此，当我们从解剖生理的角度去考虑自然气象与人体的关系时，就已经背离了中医理论的核心。
所以我们认为，五运六气学尽管很精细地研究时间与空间的因素，但却不是为了推算地球气候的变化。那么它是用来推算什么的呢？我们推测，五运六气是用来推算人体藏象系统与宇宙精气之间的相互关系的。