《黄帝内经》在解释人为什么得病时，将疾病划分为两类，即阴病或阳病。《素问?调经论》说：“夫邪之生也，或生于阴，或生于阳。其生于阳者，得之风雨寒暑；其生于阴者，得之饮食居处，阴阳喜怒。”虽然《灵枢?百病始生》也曾提出了上、中、下三部分类法，但这种分类也是以阴阳为基础的，“三部之气，或起于阴，或起于阳”，二者在本质上完全相同。
在《内经》成书后的几千年里，人们总觉得中医病因分类有些笼统，不能真实反映发生在身体上疾病的全部，所以不断有人提出新的病因分类方法。晋代陶弘景第一次提出病因三分法，即“一为内疾、一为外发、三为它犯”。宋代陈言进一步将其概括为内因、外因、不内外因。
随着历史的发展，现代人在当代科学方法的影响下，越来越不满意阴阳分类、也不满意三因分类，认为这些分类法过于笼统、粗疏，标准不明确，分类方法欠严谨，于是不断有人提出新的分类：
1984年《中医基础理论》将病因分为七类：即六淫、疫疠、七情内伤、饮食劳逸、外伤、痰饮、瘀血；
1987年《中医病因病机学》将病因分为六类：即自然因素（天时、地理、生物因素）、生活因素（饮食、劳逸）、情志因素、体质因素、内生因素（痰饮、瘀血）、其它因素（外伤、中毒、社会因素）。
1987年成肇智也将病因分为六类：时气外感（各种外感病因）、情志过激、饮食不调、劳作失度、外物伤人（外伤和中毒）、先天遗传。
从上面可以看出，后人的病因分类丰富了许多，从三因变成了七类，但是不是分得越细越科学呢？可能未必。
对疾病成因的解释，不同医学可以有不同角度，西医学的病因就与中医大不相同，这是正常的。但不论哪种病因的解释，它必须与所依据的医学理论为基础。中医的医病，无论三分也好，七分也罢，它必须与中医的理论系统配套。否则的话，就不能叫中医病因，而只能叫张三病因，或者李四病因。
那么，中医理论的基础框架是什么呢？我们上面已经说过，人类生命是共生体结构，中医的研究对象并非是肉体的解剖结构，而是藏象生命系统——第二生理系统。所以中医病因的归纳，并不是以肉体解剖系统出发的，而是以第二生理系统为出发点，它是站在第二生理系统的角度来看待疾病，这与我们目前许多人理解的中医病因大不相同。
从上面这个新理论框架去看，我们会意外发现，《黄帝内经》关于病因的分类（阴病阳病），仍是最为科学的病因分类。这种分类，正好与人类的双子星式的生命结构吻合。除此之外，我们还找不到一个更直观、更简明的分类法，它与我们对中医的新定义、新定位恰好吻合，充分体现了“一个核心两个关系”。
因此，《黄帝内经》说病因只能分为阴病和阳病两类，“夫邪之生也，或生于阴，或生于阳。其生于阳者，得之风雨寒暑（宇宙自然）；生于阴者，得之饮食起居，阴阳喜怒（肉体解剖系统）”，已经说得再明白不过了，如果再进一步说明，即阳病从外来，阴病从内来。
这里有一个十分重要的问题：什么是阴阳病呢？根据《黄帝内经》以及我们对内经的理解，大约可以得出下面三种解释：
第一种，凡是病从身体以外来的为阳病，反之为阴病；
第二种，凡是阳经得病为阳病，反之为阴病；
第三种，凡是藏象病为阳病，凡是解剖体形病为阴病。
这三种解释中，表面看起来差别很大，其实仔细研究一下，这三种解释都是一回事，都是从疾病来源的方向上做出的。为什么这样说呢？藏象生命体获得宇宙精气只有两个来源，一是通过自身的经络系统直接从人体以外截获宇宙精气，二是通过解剖形体器官加工宇宙精气，然后通过与之相连的经络输送到藏象中去。这样一来就会具体出现四种情况，而每一种情况又可以包括两种可能性：
1 身体外空间中精气来源有误；
A太过
B不及
2 由于藏象本身的盛衰问题，导致藏象与精气之间存在生克关系；
A盛——生与克
B衰——生与克
3 通过饮食进入人体的宇宙精气本身存在问题（成色、变异）；
A太过
B不及
4 被利用的人体器官存在健康问题，导致提取的精气存在质量问题；
A盛——生与克
B衰——生与克
这样一来，中医的疾病理论很符合太极生二仪，二仪生四象，四象演八卦的《周易》精神：藏象生命系统（太极）——阴阳疾病（两仪）——宇宙精气的太过与不及、藏象与被利用器官的盛与衰（四象）——二种来源的太过与不及，两种主体的盛衰生克（八卦）。由此我们还可以将每一项细分为八个小方面，例如，当宇宙空间精气太过时，会出现藏象盛时的生、盛时的克，衰时的生、衰时的克四种情况；当宇宙空间精气不及时，同样会出现盛时的生、盛时的克，衰时的生、衰时的克四种情况。诸种变化恰恰合为64卦之数。
如果我们再回头看一下从宋代以后乃至现代的病因分类，就会感觉到有点别扭，有画蛇添足之嫌，甚至是南辕北辙。当我们自作聪明，而将病因划分为六类或者七类的时候，那仅仅是从人类解剖系统来考虑病因，受到西医理论的影响。表面上看是进步了，其实已经背离了中医的完整理论系统。
因此写下中医“阴阳”这两个字的人是圣人，圣人无过。从中医立足的角度讲，圣人写下的句句是真理，问题在于我们是否能全部理解。当我们不理解的时候，最好也不要指责圣人，也可能是我们站错了位置，看不到圣人们已经看到的东西。
大家知道，现代医学对于疾病的分类，完全是按照身体的部位和症状来区分，比如说五十种常见的疾病就是按此来分类，如鼻、喉、肺及胸部常见的疾病有：过敏、气喘、鼻窦炎、感冒、流行性感冒、喉咙炎、喉咙痛、急性支气管炎；胃、腹部及消化系统常见的疾病有：恶心和呕吐、腹泻、便秘、痔疮、胃溃疡与胃炎、胃病所引起的胸闷或上腹部不舒服、肠躁症胀气与胀痛，等等。这种分类有一个好处，那就是简单明了而且十分具体。
因此讨论到这里，我们又遇到了一个极为重要的问题，那就是中医为什么要从疾病的来源上区分疾病呢？关于这个问题，由于《内经》中没有明确说明，我们只能推测。
首先，它证明了我们的假设是正确的。中医是以藏象生命为核心的医学，它的疾病分类中没有考虑形体的因素，因为藏象生命结构与解剖形体差异甚大，不能以形体的部位来划分疾病。同时，藏象生命与形体生命生理功能不同，也不能按疾病的症状来分类。
其次，它说明疾病的基本原因。现代医学中的病因有很多，如高血脂的原因基本上有两条，高胆固醇、高甘油三酯；过敏性鼻炎的病因就更多了，有花粉、有粉尘、有化妆品等等。中医用疾病的来源，一下子就指明了病因。天下病虽然种类众多，但都是不正常的宇宙之精惹的祸，具有去繁就简之效。
第三，通过这种区分法也指明了病位及治疗原则。阳病是病邪主要侵犯阳经中的阴气部分，而阴病则是病邪主要侵犯阴经中的阳气部分，由此也指明了一条治病的原则，那就是“阳病治阴，阴病治阳”。