海都军剽悍异常，多次打败中央的军队。忽必烈命皇孙甘麻喇率大将士土哈等与海都鏖战于杭爱山。在薛灵哥河（今蒙古人民共和国争楞格河）甘麻喇被打得大败。幸亏土土哈率领钦察军奋力死战，甘麻喇才得杀出重围。但哈喇和林已陷于敌军之手。忽必烈见局势严重，决定亲征海都。于至元二十六年（公元1289年）七月他从上都出发，来到漠北。但海都的军队却已闻风逃跑了。忽必烈起用老将伯颜镇守哈喇和林。
伯颜与海都大战七日，边战边退。诸将认为他怯敌，愤愤地说：“将军如害怕海都，何不把兵权交给太傅？”伯颜说：“海都孤军深入，行到半路就打击他，他必然会逃跑；诱敌深入，就能一战擒敌。诸位要想速战速决，倘若海都逃脱，谁负其责？”诸将说：“自然是我等负责。”伯颜只得纵军出击，海都见势不妙，率军逃跑了。伯颜把玉昔帖本儿邀至军中，交出带兵的符竹，然后来到大同待命。后来忽必烈知道他含冤蒙屈，便召他还朝，官复原职，仍旧统领军队。
元朝中央政府与反叛者的战争进入了相持不下难分胜负的状态。雄才大略的忽必烈没等到叛乱平定，便于至元三十一年（公元1294年）撒手而去，平叛的重担落在了他的汗位继承人皇孙元成宗铁穆耳的肩上。
三、元武宗：从亲兄弟手中抢走帝位
元武宗海山元武宗海山之母答已姓弘吉剌氏，为元成宗之兄答剌麻八剌之妃，海山是长子，海山另有一弟名爱育黎拔力八达。成宗末年，海山被封为怀宁王，出镇漠北和林，成为镇边亲王，掌握军权，爱育黎拔力八达居京师。
大德九年（1305年），皇太子德寿突然死亡，因成宗别无他子，海山兄弟二人作为成宗的亲侄，是理所当然的皇太子人选。而此时成宗的病情日渐严重，故帝位继承人问题就成了朝野注目的焦点。
大德十一年（1307年）春正月成宗卒。经过一番宫廷斗争，五月海山在上都即帝位，时年27岁。立母弟爱育黎拔力八达为太子。
1.先下手为强：海山母弟拘捕皇后
当时，成宗的皇后伯牙吾氏居中用事，害怕海山兄弟一旦被立为皇太子，致大权旁落，遂令答已妃与少子爱育黎拔力八达出居怀州。大德十年（1306年）十二月，答已妃母子到达怀州，所过郡县，悉令撤去华丽的供帐与丰盛的食物，并严令下属不得扰民，受到沿途百姓的拥护。身在漠北的海山闻知母亲与母弟被贬怀州，心中颇为不满，但又无可奈何，不敢轻举妄动，只得静观事态发展。
大德十一年（公元1307年）正月，成宗病逝，伯牙吾后下敕自己垂帘听政，召元世祖庶孙、安西王阿难答入京辅政。当时，外朝诸臣在帝位继承问题上分为两大派，一派以左丞相阿忽台为首，还有平章八都马辛、前中书平章伯颜、中政院使怯烈、道兴等人，支持由伯牙吾后称制，安西王阿难答辅政；另一派以右丞相哈剌哈孙为首，还有阿沙不花等人，认为阿难答是旁支，既不能继承帝位，亦无资格辅政，皇后称制亦不妥当，帝位应由怀宁王海山或爱育黎拔力八达继承。
右丞相哈剌哈孙得知伯牙吾后要称制的决定后，故意不参加百僚会议，将京城百司的符印都收到自己手里，命人将府库封闭，自己日夜守在宫门之外，伯牙吾后一天下达好几次命令，让他将权力交付安西王阿难答，哈剌哈孙就是不听，各种文书也不签署，无法执行。阿忽台与诸王明里铁木儿等人欲寻机谋害哈剌哈孙，然后奉皇后正式临朝，由于哈剌哈孙部下戒备森严，阿忽台等人亦不敢贸然行动。双方就这样相持了两个月之久。
驻兵按台山的怀宁王海山，听到成宗驾崩的消息后，立即赶回和林，派康里脱脱先行入京探听消息。康里脱脱来到京师，前来拜见哈剌哈孙，哈剌哈孙命康里脱脱急回和林，通知海山率兵入京。一面遣使至怀州，迎爱育黎拔力八达回京。但是，此时伯牙吾后为切断海山与京城的联络，已下密令给通政使只儿哈郎，不给康里脱脱驿马。康里脱脱之兄阿沙不花见事情紧急，与同知通政院事察乃密谋，把文书日期改为伯牙吾后令下的前一天，于是康里脱脱得乘驿马而返。
答已妃与爱育黎拔力八达接到哈剌哈孙使者的报告后，立即返京，并派王傅李孟日夜兼程先行回京打探。李孟至京师后直奔哈剌哈孙住处。正要进门，迎面撞见一人，太监打扮，李孟见已不能回避，便主动上前问候，那人说是奉皇后派遣，来探望丞相病情。李孟急中生智，说自己正是为丞相看病的，说完急急走入内室。不想那名太监亦跟了进来。李孟见了哈剌哈孙，长揖不拜，取过哈剌哈孙右手，假装诊脉，哈剌哈孙见此情形，也就与李孟谈病。待伯牙吾后的使者去后，才与李孟谈及京城形势，令李孟速回，催促爱育黎拔力八达尽快入京。
爱育黎拔力八达入京后，忙派人去请诸王秃剌。原来阿忽台勇猛力大，而秃剌的力气更在阿忽台之上，爱育黎拔力八达是请秃剌来对付阿忽台。
三月一日，爱育黎拔力八达在住处大厅两侧埋伏下卫士，然后诈称怀宁王海山派使者来京，召安西王及阿忽台入府邸议事。于是阿难答、阿忽台及明里铁木儿三人一同应邀前来。即至爱育黎拔力八达邸中，被引入大厅，大厅内空无一人。等了很长时间不见来人，方知上当。三人抢步而出，但为时已晚，大厅已被卫士团团包围，但众人惧怕阿忽台，不敢上前。
这时秃剌排众而出，直奔阿忽台，只几个回合，阿忽台就被掀翻在地，众卫士一拥而上，用铁索将其牢牢捆好。阿难答与明里铁木儿没什么本领，乖乖地束手就擒。旋即以乱祖宗家法的罪名将阿难答、明里铁木儿以及阿忽台等人处死，并将伯牙吾后禁锢在宫内，与外朝隔绝。
大局已定，爱育黎拔力八达以太子身份监国，诸王阔阔出、牙忽都等进言道：“今罪人已经正法，宫禁已然肃清，太子系世祖曾孙，宜早正大位，以定天下人心。”
爱育黎拔力八达何尝不想继承皇位，但他深知握重兵镇守漠北的亲兄亦对皇位虎视眈眈，而且海山继位更是名正言顺，于是说道：“诸王何出此言！罪人潜结宫闱，乱我家法，所以将其诛之，我的本心绝非觊望神器，怀宁王是我胞兄，宜正大位。”
2.兄弟斗法：哥哥海山当仁不让
海山接到已粉碎安西王等人篡位企图的报告后，心中虽然高兴，但由于摸不清爱育黎拔力八达的意图，不免有些疑惑，和林的诸王勋威都劝海山立即宣告登基，被海山拒绝。
元仁宗爱育黎拔力八达海山和爱育黎拔力八达二人到底谁来继承帝位，也着实令答已妃为难。论长幼之序，应由海山继位，但答已妃却又偏爱少子。于是她劝海山放弃帝位。
海山听后沉默不语，退至内室，召康里脱脱入内。对他说：“论功，我镇守朔方十年，论年，我次序居长，帝位本应由我继承，我母以星命劝我，实在没有道理。天道茫茫，未来之事谁能预知？假使我即位之后，施法行政上合天心，下孚民望，虽一日之短，亦足名垂万世。怎么能以阴阳家之言而违背祖宗重托！之所以出现这种情况，我想一定是任事大臣擅权专杀，他们害怕我即位后治其罪，才设此奸谋蛊惑母亲。你赶快回京，替我查明真情，速回报我！”
康里脱脱受命即行。海山也亲率数万大军缓缓向京城而来。
康里脱脱驰至大都，入见答已妃，转告海山之意，并说海山已率大军前来，答已妃闻听愕然一愣，随即说道：“运祚长短之说虽出自术家。但我也是为他着想，他既然如此说，就叫他赶快回来吧。”
诸王秃刺等人见答已妃表态了，齐声说：“臣下诩戴怀宁王为帝，决无二心。”于是爱育黎拔力八达遣使北迎海山。海山则疑虑颇深，遣使还报答已妃说：“您若真心立我，请派阿沙不花前来。”
答已妃与爱育黎拔力八达见海山如此疑心，召康里脱脱对他说：“只因我信阴阳家之言，才致嫌隙产生，你赶快回去为我弥缝缺失，使我骨肉无间，算是你的大功。”康里脱脱答道：“太母太弟不必过虑，臣跟随怀宁王多年，颇见信任，我一定推诚竭忠为您开释，以为报效。”
阿沙不花被命奉迎海山，至野马川与海山大军相遇，阿沙不花向海山详细解释答已妃与爱育黎拔力八达之意，并具述安西王谋变始末，及诸王群臣推戴的意思，说：“太子监国是为防备不测，以待陛下，臣以万死保证绝无他意。”海山听了非常高兴，下令大军继续前进。
当行至旺古察，海山远远望见康里脱脱疾驰而来，亦加速迎上前去，让康里脱脱与之共载。康里脱脱又向海山致上答已妃与爱育黎拔力八达之意，海山十分感动，下令大军加速前进，并命令阿沙不花带着葡萄酒和锦绣等礼物回报母妃及母弟。
答已妃接到阿沙不花的回报后，与爱育黎拔力八达一起前往上都迎接海山，请王大臣亦随同前往，并在上都召开诸王会议，决定奉海山为嗣皇帝。于是海山遂在上都即皇帝位，这就是元武宗。
武宗即位后，作为对母弟的回报，立爱育黎拔力八达为皇太子，成为皇位的法定继承人。同时下令废除成宗皇后伯牙吾氏，命其出居东安州。不久，又以与安西王阿难答通奸，破坏祖宗之法的罪名，诏其自尽。伯牙吾后无计可施，吃药自杀。
四、元文宗：天无二日，谋杀皇兄
元代争夺皇位的斗争异常尖锐。武宗海山是通过其母弟“先发制人”发动宫廷政变登上皇帝宝座的，因此，元文宗图帖睦尔武宗即位之初便立弟为皇太子。同时，兄弟俩之间曾达成协议，兄终弟及、叔侄相承，即在仁宗爱育黎拔力八达死后，由武宗的长子和世继承大统。
不曾想，这兄弟俩自此种下了两家后代为争夺帝位而残杀的祸根。
延祐三年（公元1316年）仁宗撕毁前约，立嫡子硕德八剌为太子，将武宗长子和世封为周王，令其出镇云南。和世就任途中纠合陕西行省丞相阿思罕等，以关中兵北上问鼎，兵败，逃往阿尔泰山西北集聚力量。英宗硕德八剌即位，对堂弟图帖睦尔（武宗之次子）心怀恐惧，命他出居海南。
从此，武仁后代矛盾加深。
至治三年（公元1323年）八月五日铁木儿发动“南坡之变”，弑英宗，迎嗣晋王也孙铁木儿为帝，是为泰定帝。泰定帝上台后，在1324年将图帖睦尔召回京城，封为怀王。事隔不久，泰定帝对年少气盛的图帖睦尔放心不下。于是下令将他迁居建康（今南京）。1328年三月，泰定帝病危，中书左丞相倒剌沙等人，匆忙将图帖睦尔迁往江陵（今湖北江陵县），以防止他争夺皇位。
1.宫廷政变：图帖睦尔成了元文宗
仁宗传位有偏，自然会引起武宗后代的强烈不满。同时，武宗宠臣燕铁木儿也为武宗二子目前的遭遇鸣不平。他寻找机会，等待有朝一日，为武宗的儿子夺回皇位。早在武宗镇守北边时，燕铁木儿就充任宿卫十余年，武宗“特爱幸之”。及武宗即位，燕铁木儿拜正奉大夫，同知宣徽院事。在仁宗及泰定年间，他又历任左亲军都指挥使、太仆卿、同佥枢密院事、佥书枢密院事等职，掌握兵权，是一位很有实力的大臣。燕铁木儿“自以身受武宗宠拔之恩”，当然是一心向着武宗后代的。
致和元年（公元1328年）七月。泰定帝死于上都（今内蒙古正蓝旗东），燕铁木儿认为时机已到，乘机与西安王阿剌忒纳失里等谋立武宗之子，在大都（今北京）发动政变。八月四日清晨，京城各署官员汇集兴圣宫，讨论国事，燕铁木儿率17名近卫亲兵携带兵器闯入宫中，外面又排列着勇士数百人，一个个手执兵刃，望着百官。他向众人严厉宣布：“武宗海山的两个儿子，个个孝友仁义，天下人都爱戴他们。今日正统应当归属于他们，敢有再紊邦纪，不从义举者，即以乱贼论，当即斩首。”说完，燕铁木儿亲手将中书平章政事乌伯都剌和伯颜察儿二人捆了起来，又下令卫兵逮捕了中书左丞朵朵、参知政事王士熙、参议中书省脱脱、吴秉道等人，通通把他们投入监狱。
政变一举成功。为防他变，燕铁木儿与西安王入守内廷，分布心腹于枢密院。自东华门夹道，排立军士，使人传命往来。一面再召百官入内，听候命令，遣前河南行省参知政事明里董阿、前宣政院使答剌麻失里，急驱江陵迎接怀王图帖睦尔。并让他们催促河南行省平章伯颜选兵扈从，不得延误。这时，燕铁木儿又传令封府库，收百司印，遣兵扼守各路要害，推前湖广行省左丞别不花为中书左丞相，詹事塔夫海涯为平章，前湖广行省右丞速速为中书左丞，前陕西行省参政王不怜台吉为枢密副使，中书右丞赵世延仍为原职，分典庶务。
河南行平章政事伯颜接到燕铁木儿密谕，让伯颜整装待发，一俟图帖睦尔到达河南境内，立即率兵扈从北上。伯颜原为武宗亲信，从15岁起，即侍武宗于藩邸，武宗即位之后，又历任吏部尚书、御史中丞、尚书平章政事；仁宗年间，任周王和世常侍官至御史大夫；泰定年间，历任江西行省平章政事、河南行省平章政事。
他自认“夙荷武皇世恩，委以心膂”，因此，当燕铁木儿将谋立武宗子图帖睦尔的意图密告于他时，伯颜立即表示全力支持。并遣使报燕铁木儿说：“今尽力京师，河南事我当自效。”伯颜立即征发民丁，增置驿马，修补城池及武器，严格巡逻及侦察，作军事上的准备，并招募勇士五千人以迎怀王图帖睦尔南下，而亲自勒兵迎候。所以当图帖睦尔由江陵北上途经河南时，伯颜全副武装，与百官父老引导怀王入内，次日又护送北行。图帖睦尔八月至大都，“入居大内”。此时上都军队已开始进逼大都防线。
九月初，燕铁木儿诸王、大臣请图帖睦尔“早正大位，以安天下”，图帖睦尔因其兄周王和世在漠北，且拥有相当实力，不敢接受。另外他还考虑到虽说自己得到燕铁木儿等人的全力扶持，然而此时倒剌沙在上都联合诸王，聚集重兵，步步逼进京城，胜负难测，恐招杀身之祸。于是他推辞说：“我的哥哥还在北方，论年龄和才德，应该由他继承皇位才对呀。”
元文宗图帖睦尔燕铁木儿劝他说：“人心向背之机，间不容发，一旦丧失良机，后悔莫及。”图帖睦尔于是表示：“如果真是万不得已的话，我就先维持几天吧。当皇帝并不是我的心愿，大哥一旦到来，我就让位给他。”
于是，在燕铁木儿等拥立下，怀王图帖睦尔于九月十三日即帝位于大都大明殿，是为文宗，改元天历。
2.心比蛇毒：哥哥竟上了弟弟的当
倒剌沙在上都闻知图帖睦尔在大都称帝，急忙与右丞相塔失铁木儿、脱脱、王禅密谋，拥立泰定帝幼子、年仅9岁的阿速吉八为帝，改元天顺，并加紧进攻大都。一场大规模的帝位争夺之战——天历之战终于爆发。
在两都之战爆发一个多月里，上都军向居庸关、古北口等军事重镇发起猛烈进攻，正当燕铁木儿率兵迎战之时，辽东亲王朵罗台又起兵支援上都军，率兵进逼能州（今北京通州），直趋大都。京城两面受敌，图帖睦尔大惊失色，好在燕铁木儿及时领兵回防，击溃辽东军。