至正十七年（1357年）五月，起义的红巾军分三路北伐：关先生、破头潘等入晋、冀，由朔方攻上都；白不信、大刀熬等趋关中；毛贵兵合田丰，趋大都。
值此严重关头，元顺帝却与十倚纳“行大喜乐，帽戴金佛字，手执数珠，又有美女百人，衣璎珞，品乐器，列队唱歌金字经，舞雁儿舞，其选者，名十六天魔”。
至正十九年（公元1359年），京师大饥，民殍死者30万人，城外各掘几处万人坑，掩埋尸体。而元顺帝却下令在清宁殿周围建百花宫，广置美女，以供淫乐。元顺帝酷嗜天魔舞女，贪恋色欲，觉得“皇帝五日一移宫”的旧制束缚了他的手脚，也怕宰相会以此为口实劝阻他，于是下令掘地道，盛饰其中，从地道往就天魔舞女，“以昼作夜”。
元顺帝自己沉湎于酒色，也要太子学会嬉戏，他曾对倚纳说：“太子苦不晓秘密佛法，秘密佛法可以益寿。”乃令秃鲁帖木儿教太子秘密佛法，没过多久，太子也惑溺于房中术。
当时次宫皇后奇氏，看顺帝荒于游宴，劝谏说：“皇上年纪已大，太子也已长大成人，应该稍息造作，有诸夫人侍候已经足够了。希望皇上爱惜身体，不要被天魔舞女所迷惑。”
顺帝勃然大怒说：“古今只我一人耶！”由此，两个月不到奇皇后宫。奇皇后惟恐自己的地位受损，也只好多蓄高丽美人，分赠给京师达官贵人，拉拢关系，以保其位。
元顺帝荒于游嬉，脱脱总理军国重事。至正九年（公元1349年）脱脱复为中书右丞相以后，变得专横跋扈，以其弟也先帖木儿为御史大夫，因亲信汝中柏挑拨离间，居然罢黜了曾有德于他的左相贺太平及中书参政孔思立等人，从此揭开了朝臣倾轧的序幕。
至正十三年（公元1353年），红巾军大起义的烽火迅速燃遍大江南北，襄阳、湖广、安陆、江陵等地，相继被红巾军攻克。然而脱脱却“讳言中原兵乱”。
先前，他的弟弟也先帖木儿曾领兵30万去镇压刘福通，驻在沙河，军中夜惊，尽弃军资器械、粮草、车辆而溃散了。西台御史范文、刘希曾等弹劾其丧师丧国之罪，脱脱百般庇护，欺蒙顺帝。顺帝反而听信汝中柏的谗言，将范文、朵儿直班等逐出朝廷。
十倚纳之首哈麻向顺帝揭发脱脱欺君之罪。顺帝召见脱脱，怒斥曰：“汝尝言天下太平无事，今红巾军半宇内，丞相以何策待矣！”
脱脱吓得汗流浃背，自请出师徐州，镇压芝麻李。脱脱攻下徐州后，在军中又加封太师。
至正十四年（公元1354年），脱脱将中书平章政事哈麻降为宣政院使，使哈麻怀恨在心。哈麻为首的十倚纳纷纷向顺帝说脱脱的坏话。顺帝令脱脱离京总制诸路军马，赴高邮围剿张士诚所部农民军。哈麻又唆使御史袁赛因不花等弹劾脱脱。
顺帝信而不疑，送下诏以脱脱“劳师费财”的罪名，削去官爵，放逐淮安。改以太不花、月扩察儿、雪雪代将其兵。至正十五年（1355年），又一再谪迁脱脱、也先帖木儿及其二子，籍没家产。最后，哈麻矫诏杀脱脱于云南。
由于元顺帝荒淫昏聩，导致朝臣倾轧，特别是这次军前易帅，遂使从全国各地征调来的数十万大军，顿时陷于混乱，或溃或降，不堪一击。张士诚得以转败为胜。在战场上，元朝官军与农民起义军的对峙形势，发生了根本性的变化。从此，元朝政府再也无力对农民起义军进行大规模的围剿了。
哈麻谮杀脱脱以后，升为中书左丞，其弟雪雪升任御史大夫，兄弟二人狼狈为奸，控制了朝政。
哈麻自以为从前向顺帝进西番僧是件不光彩的事情，担心其妹婿秃鲁帖木儿至今仍“专以媚上淫亵”会坏事，而被天下士夫讥笑，打算把秃鲁帖木儿除掉，并且对其父说：“顺帝日趋昏暗，皇太子年长，聪明过人，不若立以为帝，而奉顺帝为‘太上皇’。”
不料，哈麻在与其父密谋的时候，却被其妹听见，旋即告诉了其夫秃鲁帖木儿。秃鲁帖木儿担心皇太子为帝则自己必被诛，赶紧向顺帝告密说：“哈麻谓陛下年老故耳！”
顺帝大惊曰：“朕头未白，齿未落，遵谓我为老耶？！”于是，顺帝与秃鲁帖木儿设计除掉哈麻、雪雪。
第二天，顺帝下诏分别贬哈麻、雪雪于惠州、肇州。临行，俱杖死，又籍没其家财。
元顺帝荒于嬉戏，怠于朝政，朝臣钩心斗角，相互倾轧，造成朝政日趋黑暗和腐败。元朝亡国之势，已无可挽回了。
3.父子争权：起义军渔翁得利
元顺帝与奇皇后、皇太子爱猷识里达腊之间的矛盾日趋尖锐，朝臣也分成两大派，分别依附于顺帝或奇皇后、皇太子，从而演化为围绕帝位问题的宫廷斗争。
至正十七年（公元1357年）五月，顺帝下诏重新起用贺太平，任为中书左丞相，时值三路北伐的红巾军东路毛贵所部，逼近大都，朝廷大骇。廷议时，众口一词，力主迁都以避之。只有太平反对。顺帝接受了太平的建议，起用同知枢密院事刘哈喇不花，率官军从彰德出发，迎击毛贵，旗开得胜，京师转危为安。
但在宫廷内部，次宫奇皇后与皇太子密谋，欲逼顺帝内禅，遣宦官资政院使朴不花谕意于太平，太平不答。奇皇后又把太平召进宫中，在酒宴上重申要太平协助逼顺帝内禅的意思，太平仍旧拒绝了。
这时，皇太子想除掉顺帝身边的倚纳，令监察御史弹劾秃鲁帖木儿，还没等到奏章上报，而监察御史已迁转为他官。皇太子怀疑是也先忽都泄密给太平，于是决意罢去太平的政柄。以左丞成遵、参政赵中二人是太平的同党为口实，逮捕下狱，打入死牢，逼使太平称病辞去相位。
至正二十年（公元1360年）二月，贺太平罢相，搠思监升任中书右丞相。搠思监又倒向奇皇后和皇太子，与宦官朴不花等勾结在一起，力图左右朝政。而顺帝则依靠他的倚纳老的沙、秃鲁帖木儿，不肯放弃皇位。搠思监自恃有奇皇后、皇太子之援；老的沙自恃有皇帝母党之威，于是双方构怨日深。
至正二十年（公元1360年）五月，又发生了阳翟王叛乱。阳翟王阿鲁辉帖木儿在漠北拥兵数万，传檄京师，向顺帝问罪，声称：“祖宗付汝以天下，今何故失天下大半？汝不可居祖宗大位，将国里送与我，我当代汝为之。”
顺帝闻讯，面不改色，慢条斯理地说：“他果有天命，我何避之有！”遂命枢密知院哈麻剌朵儿只、秃坚帖木儿、八里颜迎击。又调哈麻赤万人为军。不料哈麻赤临阵倒戈，与阿鲁辉帖木儿合兵追奔百里，三知院单骑遁入下都。
顺帝大惊，又派40万大军北征，生擒阳翟王阿鲁辉帖木儿。至正二十一年（公元1361年）九月，顺帝下令杀之，以其弟忽都帖木儿袭封阳翟王。
在宫廷斗争和阳翟王叛乱的同时，各地在镇压红巾军的过程中涌现出了一批新军阀。他们各自拥兵自重，但都打着服从朝廷的招牌，并与宫廷斗争相联结。
至正十九年（公元1359年）时，实力最强大的新军阀，主要有孛罗帖木儿、察罕帖木儿、赵良弼、李思齐。随着顺帝与皇太子的权力之争的明朗化，孛罗帖木儿、赵良弼站到顺帝一边；而察罕帖木儿和李思齐则站到皇太子一边。
至正二十三年（公元1363年），奇皇后加紧策划内禅太子。搠思监和朴不花把持军政大权，四方警报，皆对顺帝封锁。御史大夫老的沙支持一些朝官弹劾搠思监，奇皇后、皇太子立即给予报复。搠思监秉承皇太子旨意，诬老的沙、蛮子、按难达识理、沙加识理、也先忽都及脱欢等图谋不轨，锻炼成狱，连逮不已。顺帝知其无辜，特命大赦，而搠思监“增入条画，独不赦前狱”，将他们贬死远荒，只有老的沙逃到大同孛罗帖木儿军中。
至正二十四年（公元1364年）三月，皇太子依靠扩廓帖木儿（察罕帖木儿之子）为外援，责怪孛罗帖木儿匿老的沙不交出来，搠思监、朴不花便诬孛罗帖木儿与老的沙等谋不轨，诏削其官，孛罗帖木儿拒不受命。四月，诏扩廓帖木儿讨孛罗帖木儿。孛罗帖木儿知道诏命调遣皆搠思监所为，便一不做，二不休，遂令秃坚帖木儿举兵向阙，兵临城下。
顺帝把搠思监、朴不花交了出来，恢复了孛罗帖木儿的官职，皇太子逃出大都。加封孛罗帖木儿为太保，仍驻守大同。五月，诏皇太子回宫。皇太子恚怒不已，途命扩廓帖木儿分道以讨孛罗帖木儿。于是孛罗帖木儿再攻大都，以清君侧，皇太子再次出逃。顺帝任命孛罗帖木儿为左丞相，旋进升右丞相，节制天下军马，以老的沙为平章政事、秃坚帖木儿为御史大夫。
至正二十五年（公元1365年）三月，皇太子以孛罗帖木儿袭据京师，令扩廓帖木儿与李思齐出兵声讨。孛罗帖木儿柄国，竭力整顿庶政，执杀谗佞人并倚纳9人，逐西番僧，甚至强索顺帝宠妃，荒于酒色。
顺帝觉得孛罗帖木儿欺人太甚，遂暗中召近侍行刺于延春门前，自己却躲进地宫指挥，直到事成才出来，下令尽杀其党。老的沙和秃坚帖木儿都逃之夭夭。九月，扩廓帖木儿扈从皇太子回京，诏以扩廓帖木儿为中书左丞相、知枢密院事。
当时，奇皇后曾传旨，令扩廓帖木儿以重兵拥太子入城，欲胁顺帝禅位。扩廓帖木儿知其意，便在离京30里远，遣散部众。由是，皇太子心里怨恨扩廓帖木儿。
扩廓帖木儿在军中恣纵无检束惯了，居京两月，觉得不自在，怏怏不乐。朝廷上的官僚也往往轻视他。同年闰十月，他受封河南王，代皇太子亲征江淮，总制关陕、晋冀、山东并迤南一应军马，分省自随，官属之盛，等于朝廷。
顺帝开始怀疑扩廓帖木儿有异志，下诏命皇太子总制天下军马，并令扩廓帖木儿自潼关以东，进兵江淮；李思齐白凤翔以西，与侯伯颜达世进取川蜀；秃鲁及赵良弼、孔兴、脱玩伯共取襄樊。
然而，诸将阳奉阴违根本不听指挥。扩廊帖木儿更拒不肯受命。他的部将貊高、关保倒戈。至正二十八年（公元1368年）正月，皇太子命关保守晋宁路，总领扩廓帖木儿所属诸军，如果扩廓帖木儿拒命，即可乘机擒击。于是，扩廓帖木儿攻占太原，把朝廷命官通通杀掉。
二月，朝廷下诏削夺扩廓帖木儿爵邑，令诸军共诛之。这时明军已进入河南。李思齐、赵良弼等都遣使向扩廓帖木儿表示出师并非本心，然后解兵大掠西还。
七月，扩廓帖木儿大败貊高、关保，抓住便杀了。顺帝闻讯，感到不妙，只得罢抚军院，以“误国”罪，杀了几个替罪羊。
接着，扩廓帖木儿上书自行辩解，顺帝顺水推舟，下诏“涤其前非”。
这时明军势如破竹，所向无敌，已经定山东及河洛。闰七月，顺帝不得不下诏恢复扩廓帖木儿为河南王，任中书左丞相，要他南下。但明军已在中原地区节节取胜。扩廓帖木儿退守太原，不肯再为元廷卖命了。
闰七月二十七日，明将徐达率部进抵通州。元顺帝得报胆战心惊，即日诏准三帖木儿不花监国，庆童为中书左丞相，同守京城。
二十八日，顺帝在清宁殿，集三宫后妃、皇太子、皇太妃，同议避兵北行。夜半即卷其女子玉帛，开建德门，出居庸关，逃往上都。
八月三日，明军至齐化门外，一鼓而克全城，元朝灭亡。
明洪武二年（公元1369年）六月二十八日，明将常遇春、李文忠攻红罗山。七月二十七日破上都。元顺帝趁天未明，挈其后妃出城，北至应昌（今内蒙古什克腾旗达里诺尔西岸）。洪武三年（1370年）四月，元顺帝因患痢疾，死于应昌。