史书上还记载说，明太祖朱元璋生前曾命建文帝以月为题赋诗，建文帝有“虽然隐落江湖里，也有清光照九州”之句。复令对句，出语“风吹马尾千条线”，建文帝对以“雨打羊皮一片膻”，太祖闻言色变。时燕王亦在场，见帝不乐，乃上前对曰“日照龙麟万点金”，太祖脱口而出：“对得好！”但随即默然不语。知子孙莫如父祖，许是太祖当年已料到建文帝难保帝位，燕王有可能夺位吧。所以才弄出“铁匣子”的故事来。
燕王赶走侄子建文帝，率军入京城就帝位，下令革除建文年号，用“永乐”纪年，号成祖。
3.斩草除根：明成祖穷追二十年
朱允炆倒台，朱棣继位。他可以说因祸得福，如果不是削藩，他不过仍是亲王。但他对力主削藩的黄子澄一批人，并不因此而予宽恕。他效法朱元璋的手段，大肆屠杀。在这次屠杀中，大搞“株连法”，逮捕行动像瓜藤须蔓一样，向四面八方伸展，凡是能攀得到的，就攀住不放，辗转牵引，除非当权人物主动停止，否则就把天下人都网罗俱尽。
黄子澄当时担任太常卿，处斩，全族被杀。前任兵部尚书齐泰处斩，兄弟全体被杀；侍讲学士方孝孺，朱棣对他特别厌恶，屠杀十族，连朋友学生都包括在内，873人死亡。户部侍郎卓敬，处斩，灭三族。兵部尚书铁铉，磔死，儿子们全体被杀。礼部尚书陈迪，磔死，儿子们全体被杀，亲属180余人廷杖后贬窜蛮荒。左金都御史景清，磔死。
查访建文帝下落的行动一直没有中断，不到水落石出，朱棣是不会罢休的。
礼部左侍郎胡滢肩膺重任，他于姚广孝去世后第二年出巡南方各府，一去便是4年。当他还朝奏事时，国都已从南京迁至北京，当时朱棣为征蒙古事正出驻河北宣府行宫。胡滢披星戴月，驰赴谒见，当他出现在宣府时，已是深夜了。
朱棣业已就寝，闻听胡滢赶到，知必有大事，急忙起身召见。君臣两人密谈到次日凌晨，等更夫鼓打四更时胡滢方才告退。这次谈话的内容已无从知晓，但从两个月后，朱棣便下诏赦免建文朝遗臣家属，还给田产一事来看，他从胡滢处肯定得到了可以放心的情报。建文帝要么已经死亡，要么已表示甘心让国。
20多年的索寻建文帝追踪之事竟这样悄悄了结了。此时距朱棣去世还有8个月的时间。这个夺位的皇帝在登极的22年中，竟被建文帝疑踪搅扰了21年。
有关朱允炆的争议直到民国才渐渐平息，但是建文帝到底是以何种方式谢世的问题依然没有得到解决。
朱棣当年攻入南京，登上皇帝宝座后，除大肆杀戮建文诸臣以外，也销毁了一切不利于己的有关档案资料，致使建文一朝史实，几成空白，给后世研究带来了极大困难。
永乐朝的官方文献又竭力诋毁建文帝及其朝廷。在那些文字中，朱允炆被描述成一个数典忘祖、丧失人性、荒淫昏聩的帝王。诬蔑他曾亲手焚毁朱元璋及马皇后遗像，拆毁后宫，掘地三尺，大兴土木。生活上，朱允炆也遭到了无以复加的丑化，说他经常服用春药，药发后，血气狂乱，身边数名妇人尚且不足用，又与母羊母猪乱交，等等。
朱棣此举不惜歪曲当朝事实，敢冒为天下人耻笑之险，无非是为其“靖难”夺位寻找合法性而已。
同样，在建文帝下落上也试图大做文章，下令假造了一个建文自焚的结局。自焚既能解释为朱允炆对自身的否定，又能为朱棣登位扫清道路，在舆论、实际两方面使燕王应付裕如。
其实明朝官修史书对建文帝下落含糊矛盾的解释，直接为建文帝并非自焚提供了佐证。史书上一会儿说不知所终，一会儿又说在火海中发现了尸首，令人疑窦丛生。这种隐晦的记史方法现在可被解释为出于史官的传统正义感，以曲笔之法保存历史的真实面貌。
关于朱允炆逃亡的说法，大抵出于民间传闻，被一些朝野人士采辑入集，广为传播，为人津津乐道。究其原因很可能是出于对朱棣虐杀建文诸臣的暴政的反感，以及对朱允炆这一仁柔敦厚皇帝的无限同情。
奇怪的是，这种与官方说法唱对台戏的出亡说，朱棣并没有严厉禁绝，连他的后世子孙们对此也是抱着睁一眼闭一眼的态度。以至该说越演越盛，越传越玄。追其根源，完全可以解释为朱棣借民间传闻为政治烟幕，掩盖其弑君夺位、逼死建文的罪名，以挽回民心。
朱棣以建文帝自焚结局寻找登基天意，又以建文帝出逃来挽回民心，一张一弛，一明一暗，充分显示了这位雄才帝王的政治手腕。难怪朱允炆会失去江山。
那么朱允炆到底是何结局呢？他只能有一个结局——死。不论是逼杀、刺杀还是毒杀，反正他死在朱棣手中。
叔侄二人之争，是政权、帝位之争。他们之间，不是鱼死，就是网破，势不两存。朱允炆一即位就向叔父们开刀，不到一年，先后废黜五王、逼死一王。燕师称反后，朱允炆在北伐诏书中语气十分强硬，大有灭此燕地之概。朱棣也多次在正式文字上表达对天下是太祖之天下，并非你朱允炆一人之天下的意思，无非是说皇帝轮流做。燕王入南京登上帝位后，立即废朱允炆为庶人，取消建文年号，一反旧制，复用洪武年号，并将朱允炆之父兴宗孝康皇帝朱标降为懿文太子，表示朱标、朱允炆一系无权统位。朱棣之所以这样做，其意在于表明他之有天下，乃是直接继承朱元璋的帝位，是正统皇帝。
明成祖朱棣除杀朱允炆外，已别无选择。
三、明成祖：多疑好杀，创大明盛世
1360年12月，明成祖出生于元末的战乱时期。那时群雄并起，互相征伐。在成祖出生时，朱元璋与陈友谅正打得不可开交，以至于连给儿子起个名字的工夫都没有。1367年12月，朱棣和诸王子才正式有了父皇所赐的名号。
明成祖朱棣创造了明初盛世。但是，他好大喜功，多疑好杀，手上也沾满了鲜血。致使他的名字也和“诛十族”、“瓜蔓抄”之类的残暴行为联系在一起。
1.发动叛乱，抢夺侄子江山
明成祖朱棣在宫廷中度过了他的青少年时期。洪武三年（公元1370年）四月朱元璋首次分封诸王，朱棣受封为燕王，洪武九年魏国公徐达长女被册封为燕王妃，十三年（公元1380年）三月，朱棣正式受命就藩北平。
朱棣在北平期间，在众多忠臣猛将的指导下，迅速成长为一位合格的军事指挥家，并在对元朝的作战中取得了重大的胜利，自己的军事实力得到了加强，在洪武末年已经成为北方最强的诸侯，令众皇子刮目相看。后来，三位皇兄相继病逝，朱棣成为诸子中最长的一个，且是众藩王中军功最大、战绩最多、最具势力的一员。
洪武三十一年，太祖驾崩。太祖对崛起的藩王尤其是燕王朱棣不是没有警觉，遗诏诸子不得进京奔丧。皇太孙顺利继位，史称建文帝。叔父们虽心怀不满，尚无人敢向正统挑战。
燕王朱棣没有被立为皇帝，非常不满，常常想推翻建文帝，自己做皇帝。当时建文帝还没有削藩，他心里很空虚，为了向建文帝表达他没有反心，就将三个儿子派往南京。但均被建文帝扣押，这使他夜不能寐。当他知道一母同胞的弟弟被削时，他的精神完全摧垮了，他知道下一个开刀的就是自己。朱棣很是恐慌，不知怎么样才好，忙请属下们出谋划策，属下们劝他举兵造反，推翻建文帝，继承帝位。朱棣听后，很符合自己的想法，就马上采纳了。
建文帝为防范燕王，采取了一些措施：一是外部形成包围；二是削弱燕的护卫；三是将北平驻军都督调防，将蒙古族得力骑兵指挥观童调入京师。
朱棣暗中招兵买马。为怕朝廷发觉，他们在元代旧宫内院深邃处挖掘地穴，建造重屋，围以高墙厚壁，工匠在地下日夜赶造兵器，怕声音被人发觉，故意在宫内畜养了大群的鸭鹅，用噪声掩盖打造军器的响声。
不久，这事还是传到建文帝那儿，建文帝决定派大臣讨伐朱棣。朱棣见事不妙，为了保全自己，就想出一条妙计：装病。
朱棣上奏朝廷，声称自己已经病入膏肓，不可救药，建文帝就派大臣去探视虚实。朱棣装疯卖傻，满街乱跑，在盛夏的烈日之下，穿着皮袄围着火炉烤火取乐，还乱喊乱叫。建文帝派来的人回去报告说，朱棣确实病得不轻，于是建文帝便不再注意燕王朱棣了。
尽管朱棣已做了充分准备，但奈于兵力所限，难以成事。建文帝却错走了两步棋：一是行动迟缓，使朱棣能有充裕的励兵时间；二是放回了朱棣的三个儿子，满以为能麻痹朱棣，出奇制胜。其实朱棣等的就是这一天，当他发现三个儿子回来时，大叫：“天助我也！”
过了些时日，建文帝批准了大臣齐泰上奏逮捕燕王的请求，还要秘密派人来杀死朱棣。朱棣得知此事，就与属下按事先定下的计谋，等建文帝派来的谢贵等人来抓拿自己的时候，先行下手将其擒住，举兵起事。建文元年七月，朱棣援引“祖训”，以“清君侧”为名，发书讨逆，举兵反抗，自称“靖难”之师。
燕王是个雄才大略的军事家，起兵后以旋风般的速度，在不到一个月内，攻占了北平北部的一些军事重镇和沿边州县，既解除了沿边驻军南下讨伐的后顾之忧，又补充了兵力。
经过朱元璋大肆杀戮功臣宿将，朝廷已无将可用，朱允炆只好起用年近古稀的幸存老将耿炳文为大将军，率军13万伐燕。建文元年八月，师至河北滹沱河地区。燕王在中秋夜乘南军不备，突破雄县，尽克南军的先头部队。继而又于滹沱河北岸大败南军的主力部队。建文帝听到耿炳文军败，根据黄子澄的推荐，任李景隆为大将军，代替耿炳文对燕军作战。
李景隆本是纨绔子弟，素不知兵，“寡谋而骄，色厉而馁”。九月，李景隆至德州，收集耿炳文的溃散兵将，并调各路军马，共计50万，进抵河涧驻扎。当朱棣侦知李景隆军中的部署后，笑着说，兵法有五败，李氏全犯了，其兵必败无疑：这就是政令不修，上下离心；兵将不适北平霜雪气候，粮草不足；不计险易，深入趋利；求胜心切，刚愎自用，但智信不足，仁勇俱无；所部尽是乌合之众，且不团结。为了引诱南军深入，朱棣决计姚广孝协助世子朱高炽留守北平，自己亲率大军去援救被辽东军进攻的永平，并告诫朱高炽说：“李景隆来，只宜坚守，不能出战。”朱棣还撤去了卢沟桥的守兵。
朱棣这一招果然灵验，李景隆听说朱棣率军赴援永平，就率师于十月直趋北平城下。经过卢沟桥时见无守兵，禁不住欢喜，说：不守此桥，我看朱棣是无能为力了。这时朱高炽在北平城内严密部署，拼死守卫。李景隆则号令不严，指挥失当，几次攻城，皆被击退。南军都督瞿能曾率千余精骑，杀入张掖门，但后援不至，只好停止进攻。又因李景隆贪功，要瞿能等待大部队一起进攻，错过了时机。燕军则因此得到喘息，连夜往城墙上泼水，天冷结冰，待到次日，南军也无法攀城进攻了。
朱棣解救永平之后，率师直趋大宁。
大宁为宁王朱权的封藩，所属朵颜诸卫，多为蒙古骑兵，骁勇善战。朱棣攻破大宁后，挟持宁王回北平，合并了宁王的部属及朵颜三卫的军队。朱棣带着这些精兵强将于十一月回师至北平郊外，进逼李景隆军营。燕军内外夹攻，南军不敌，李景隆乘夜率先逃跑，退至德州。次日，士兵听说主帅已逃，“乃弃兵粮，晨夜南奔”。
建文帝为大臣所蒙蔽，反而奖励打了败仗的李景隆。建文二年（公元1400年）四月，李景隆再次退走德州。燕军跟踪追至德州。五月，李景隆又从德州逃到济南。朱棣率燕军尾追不舍，在济南打败李景隆率领的立足未稳的十余万众。
燕王朱棣十几万大军，包围济南城三月有余，都督盛庸和山东布政使铁铉死守，燕军连攻不下。诸策失效之后，燕军便堵堰城外各条溪涧及河流水源，准备积水灌城。济南城内守军、人民大惧。铁铉镇定自若，说：“别害怕，我有计破贼，不出三日，贼兵必遁！”
铁铉安排“诈降计”。他派壮士安装大铁板在城门圆拱上端，又让守城士卒大哭哀嚎：“济南城快被淹了，我们就要死了！”不久，尽撤楼橹防县，派城中百姓长者代替守城军做使者，到燕王大营跪伏请降：“朝中有奸臣进谗，才使得大王您冒危险出生入死奋战。您是高皇帝亲儿子，我辈皆是高皇帝臣民，一直想向大王您投降。但我们济南人不习兵革，见大军压境，深怕被军士杀害。敬请大王退师十里，单骑入城，我们恭迎大驾！”
燕王朱棣不知是计，闻言大喜。出征数日，燕兵疲极，如果济南城降，即可割断南北，占有整个中原地区。因此，朱棣忙令军士移营后退，自己高骑骏马，大张黄罗伞盖，只带数骑护卫，过护城河桥，径入城内准备受降。
城门大开。守城明军都齐聚于城墙上往下观瞧。燕王朱棣刚进城门，众士卒高呼：“千岁到！”预先置于门拱上的大铁板轰然而落。幸亏朱棣命大，铁板稍落早了零点几秒，正砸中燕王所骑马头。燕王滚落于地，大惊失色，身边卫士忙给他换一匹新马，一行人掉转马头就往外跑。济南守卒连忙牵挽护城河浮桥，可惜年久桥重，费了牛劲只拉挽起一米多高，朱棣和一行卫士纵马腾逸而去。
狂怒之下，朱棣又挥兵攻城。铁铉伏于城头，大骂朱棣反贼。燕王大怒，搬来数门火炮对城内一顿狂轰。危急关头，铁铉亲书高皇帝朱元璋神牌，悬于四城之上，燕兵不敢再用炮击，济南城得以保存。相持之间，铁铉又常常出其不意，派骁勇军卒白天黑夜从城内突出，骚扰袭击燕兵，搞得这群疲惫之师无可奈何，多被杀伤。
“燕王愤甚，计无所出”。遂撤回北平。
李景隆一败再败，建文帝撤免了他的大将军职务，代之以盛庸。
明成祖时期建成的故宫燕军夺得的城池虽多，但由于兵力所限，占领的城市都是很快的放弃，不能巩固，在此期间明军中涌现出了一批比较优秀的将领，他们的顽强抵抗给朱棣造成了极大的威胁。但是朱允炆的软弱再一次显示出来，他的一道圣旨，“我要活的叔父”使得朱棣逃过了多次劫难，建文帝的妇人之仁最终将朝廷推向了深渊。
正在双方展开了拉锯战，朱棣为此而苦恼之际，南京宫廷里不满建文帝的太监送来了南京城空虚宜直取的情报。朱棣据此决定举兵南下，直指京城。
建文四年（公元1402年）正月，燕军进入山东，绕过守卫严密的济南，一路势如破竹，渡过淮水，攻下扬州等要地，准备强渡长江。
建文帝曾想以割地分南北朝为条件同燕王议和，被拒绝。六月初三，燕军自瓜洲渡江，十三日进抵金川门，守卫金川门的李景隆开门迎降。
朱棣攻占南京时，城内尤其皇宫内起火，内宫被焚毁。26岁的青年皇帝建文帝去向不明，查找到一具烧焦的尸体，宫内宦官认定这就是建文帝，朱棣他哭诉到：“果然是痴呆耶，我来扶翼尔为善，尔竟不亮，而遽此乎！”
这具尸体显然不足为据，他比任何人都清楚，但要哭出来给众臣看，这就是他的聪明之处，意义有三：一是想让人们都知道他是“仁义”之人，是“真心”辅佐建文帝的；二是让人们知道他并非弑君篡位；三是建文已死，“国不能一日无主”，他登基是名正言顺的。
朱棣的靖难之役宣告成功，自己也登上了皇位，年号永乐。朱棣成为明朝的第三位皇帝。
2.以酷刑镇压建文朝旧臣