东林党人眼见得魏忠贤青云直上，异常担忧。他们密切注视着客、魏的动向。在客氏的去留问题上东林党人进行了力争，遭到由校的痛斥。元年十月，赐给客氏香火田20顷。神宗山陵工成，亦表彰魏忠贤之功。东林派言官皆上书反对，但由校根本不听，反而怒责东林党人，而那些东林党的反对者则受到纵容和支持。
到了天启二年底，大臣中有人倒向了魏忠贤，一个是礼部尚书顾秉谦，一个是南京礼部侍郎魏广微。到天启三年，太监明目张胆地跑到工部堂上索要冬衣，多方挑剔、挑起事端，工部尚书钟羽正被退离职。魏忠贤令御史郭巩上书攻周宗建、刘一憬、邹元标、杨涟、周朝瑞等人保举熊廷弼镇守辽东是党邪误国。东林党人群起相救，皆受严责。许多人因此罚俸。魏忠贤借皇上之命封他和客氏的子侄世袭锦衣厂卫官职，又不顾廷臣反对接连增加内操军士2万多人，由此，魏忠贤掌握了宫内外所有禁卫大权。
在内宫，客、魏二人对光宗的嫔妃和由校的嫔妃都可以任意生杀。
光宗的赵选侍素与客氏不和，魏忠贤矫旨赐其死。赵氏将光宗历年所赐之物罗列于庭，再拜上吊。
由校的裕妃张氏怀孕，过期未生，客氏在由校面前说她是妖精，将其关闭在一个死胡同内，不给吃、不给喝，偶尔天下大雨，张氏趴在地下喝屋檐下滴下的雨水，终被折磨而死。
冯贵人尝劝朱由校罢内操，客魏大怒，将其赐死。
成妃李氏一向为由校所喜，她曾借机会在由校面前为冯贵人辩解，被客氏知道后矫旨革其封号，绝其饮食。李氏鉴张氏之死，预先在各个墙角、壁缝间藏有食物，故关闭数日后得以不死，客、魏将其斥为宫人。
另外，胡贵人对客魏专权有恨，尝与人言。魏忠贤借由校出门祭天的机会，派人将胡贵人杀害，向由校报称是暴疾而亡。好在由校爱忘事，过去就忘。从来没把他的这些嫔妃放在心上，少上几个他也不知道。
天启四年（公元1624年），魏忠贤不但在文官中间招纳了羽翼，武臣方面亦安排了心腹之人。锦衣卫都督田尔耕、北镇抚司理刑许显纯皆是魏忠贤的死党。东林党人的奏书只要弹劾魏忠贤必定受到痛斥。相反，反东林党者都逐渐开始罗列东林党罪状，发起反攻。
东林党人与魏忠贤的决战终于在天启四年（公元1624年）六月爆发了。时任明朝都察院左都御史杨涟再次披挂上阵，书奏魏忠贤犯有24大罪行。
杨涟此书一出，的确把魏忠贤吓住了。书中所指，件件是事实，倘皇上雷霆一怒，后果不堪设想。魏忠贤惴惴不安，晚上找到由校，跪在他面前痛哭流涕，说外庭有人想整他，给他罗织了许多罪状，全是无中生有。他假装提出辞去东厂职务以全尸骨。
由校未读奏书，不知所以然。客氏又从旁边替魏忠贤评功摆好。
朱由校只知道魏忠贤万事顺从，竭尽全力带他玩，对外庭事务根本不了解，因此也就说不出什么，也不愿意读那份奏章，他不允许他辞东厂之职，而对杨涟则大加申斥，说他“扑风捉影，门户之见，大胆妄言”。
杨涟被责，激怒满朝官员的愤怒。杨涟次日又写一书，准备面奏皇上，魏忠贤则阻遏由校不御朝三日，第四日才出御皇极门。魏忠贤早作了准备，锦衣卫士布满朝堂，仪仗队员倍于往时，杀气腾腾，一片森严。魏忠贤口传圣旨，今日只听取内阁奏报，其余诸臣不许奏事。
此举更加剧了东林党人的愤怒。继杨涟而上书者风起云涌。或单书，或合书，短短两天，不下百余书。但是，魏忠贤控制了由校，已稳操胜券。所有奏书，不管言词多么激切、多么尖锐，皆如泥牛入海，杳无声息。
魏忠贤顺利地渡过了这一难关，他明白了东林党人别看声势浩大、气势汹汹，其实没有什么了不起，很容易对付。
东林党势头过去了，魏忠贤该反过来收拾东林党了。此次风头过后，被东林党人攻击的官员都希望魏忠贤给东林党一点颜色看。魏广微拿了一本《缙绅便览》，用墨笔将他认为是邪人的官员一一圈点，重则二圈，轻则一圈。像叶向高、韩燝、何如宠、钱谦益、赵南星、高攀龙、杨涟、左光斗、李应升等六七十人皆被三圈。他将这本《缙绅便览》交给魏忠贤，让他依次罢逐。有人则向魏忠贤献计，恢复“廷杖”之刑，用来威震群僚。
天启四年（公元1624年）十月、十一月两个月，魏忠贤假传圣旨，陆续将东林党人吏部尚书赵南星、左都御史高攀龙、吏部侍郎陈于庭、右都御史杨涟、左金都御史左光斗以及魏大中、乔克升、冯从吾、袁化中、房可壮等数十人罢斥。朝属几乎为之一空。内阁中顾秉廉做了首辅，东林的天下彻底失掉。
天启四年十二月，宦党徐大化再次上书弹劾杨涟、左光斗串通王安，威压宫禁、党同伐异、招权纳贿，另一宦党曹钦程更是危言耸听，说赵南星、周宗建、李应升收受了熊廷弼的贿赂。魏忠贤立即矫旨削了周宗建、李应升的官职，并派锦衣卫逮捕杨涟等人到京听讯。
魏忠贤的党羽已定好计谋，诬杨涟、左光斗、周朝瑞、顾大章、袁化中等东林党人都受了熊廷弼贿赂。锦衣卫受宦党指使，先将东林党人江文言抓来北京投入镇抚司监狱，交由宦党许显纯审问，逼他承认经手给东林党杨涟行贿。
为了让江文言承认，每次过堂，五刑备尝，江文言死不诬人。一直折磨了两个多月，江文言皮开肉绽，一息尚存，许显纯也没有得到他所需要的口供。
最后，许显纯动用最残酷的刑罚，一天到晚拷打不休，江文言实在受刑不过，便说：“你们不要打了，口供你们愿意怎么写就怎么写，我承认便是！”于是，许显纯诬杨涟等人受熊廷弼贿赂，江文言经手过付。
文言听到这里，大呼一声“苍天啊！冤枉啊！以此污清廉之士，我死不承认！”许显纯冷笑一声，让人拿着江文言的手画了押，便将他打死，上报江文言已经招供。
七月份，杨涟、周朝瑞、左光斗等人逮到，下到北镇抚司。杨涟等人入了狱，还不知道犯的是何罪。第一次过堂后，才知道被诬受赃。
左光斗对杨涟他们说：“他们这是存心要杀我们。他们杀我们有两个办法，一是乘我们不服，酷刑毙命，一是暗害于狱中，说我们是急病而亡。如果我们一审即承认，即可以移送法司，到时候再翻供，尚有一线生的希望。”
大家认为确是这样，所以，第二次过堂，不管诬赃几万都承认了。
谁知道承认了许显纯并不将他们移交法司议罪，而是更加残酷地拷打，立逼吐出赃银。交不出来，许显纯就三日一堂、五日一堂，压杠子、夹脑袋、带枷锁镣、烙、刺、夹、棍一齐上，旧创未复，又加新伤。几天下来，这几个人连跪的力量都没有了，过堂时皆带着桎梏平卧堂下，惨状目不忍睹。
几个大臣的家人在京城东奔西走，筹措银两赎人，但京城是魏家的天下，谁敢借给他们银两。七月正是暑天，杨涟等人无医无食，屡受重刑，很快就濒于死亡边缘。
第一个死去的是杨涟，抬尸的人发现杨涟体无完肤，面部被打得血肉模糊，爬满了蛆虫。尸体上有一个土袋子压着，两个耳朵都钉进了铁钉，显然是被暗害。
第二个死去的是魏大中，大中家徒四壁，异常贫寒，死后六七天不让抬出，结果尸体腐烂。其子扶棺归乡后亦勺水不进而死。
左光斗死后，人见其两腿已被打断，仅一筋相连，肌肉已烂掉，只剩下白骨，蛆虫满身，面目不能分辨。
顾大章也是血肉模糊、惨不忍睹。赵南星等人则被或追赃，或削籍，或远戍。赵南星终于死于戍所。
3.兴建生祠：“真皇帝是魏忠贤”
依靠高压和滥杀的魏忠贤建立起他至高无上的权威，内外大权握于一手。
内廷除宦官王体乾外有李朝钦、王朝辅等30多人为左右死党。外廷文臣则崔呈秀、田吉、吴淳夫、李夔龙、倪文焕主谋议，号为“五虎”。武臣则因尔耕、许显纯、孙云鹤、杨惠、崔应元主残杀，号为“五彪”。吏部尚书周应秋、太仆少卿曹钦程等10人号为“十狗”。其他又有“十孩儿”、“四十孙”等名号。崔呈秀等人门下的义子、义孙又不知凡几。
自内阁六部以至于四方总督、封疆大吏，遍是忠贤死党，客、魏两家的亲属，更是满门公侯，当时北京城有人云“真皇帝是魏忠贤”。
明王朝在客魏把持下，卖官鬻爵、滥封滥荫、贪污贿赂、献媚取宠、排斥异己、高压专制，吏治坏到了极点，明朝政治一塌糊涂。
阉党对东林党人采取斩尽杀绝的政策。天启六年（公元1626年）尽毁天下讲学书院，以绝党根。又仿宋元党禁之例，立东林党人碑，将东林党人永远禁锢。天启六年顾秉谦修成《三朝要典》，将东林党人描述成专权乱政、结党营私、危害国家的小人，丧失封疆的罪人，宣布永远禁锢。
魏忠贤尝到了权力的滋味，他的党羽们亦从中取得了好处。为了长保荣华富贵，这些人对魏忠贤献媚取宠，无所不用其极。魏忠贤怦然是太上皇帝，所缺的只是名义。阉党分子想尽办法为他歌功颂德。
天启六年六月，浙江巡抚潘汝桢上书，请“建魏忠贤生祠，用致祝福。”朱由校马上降旨同意。为表彰魏忠贤心勤体国，钦赐词名为“普德”。生祠很快在美丽的西子湖畔建立起来，坐落在关公与岳飞庙之间，备极壮丽。
杭州生祠一建，建祠之风迅速吹遍全国。各地督抚人员纷纷效法，唯恐落后，规模也越来越大，越来越美丽。到处都发生拆民房、拆庙宇，甚至拆学宫建生祠的事情。建造费用起初各官捐献，后来皆是动用国库银两。
朱由校的身体本来是很好的，他喜爱户外活动，兴趣广泛，爱玩善玩，精神与身体一直非常健康。天启六年（公元1626年）春他划船落水以后身体大不如前，常常闹些毛病。按说才20出头，身体是不应当如此脆弱的，朱由校不知什么原因日益虚弱起来，脸和身上都出现了浮肿。
天启七年六月间由校又一次病倒，这次更是严重，惧热怕冷，时发高烧，浮肿也更加厉害。这下忙坏了御医们，也吓坏了魏忠贤一伙。由校的饭原来是魏忠贤、客氏、王体乾、李永成四家轮流办的，不吃尚膳监的饭。四家为讨由校的高兴，饭菜一个比一个精美，尤其是客氏所做的御膳更是精美绝伦。
待到七月间，由校的病明显恶化。客、魏二人不免心中焦愁，他们依靠由校这个大靠山，原认为一世尊荣是不成问题的，而今年轻的君王眼看要命归天府，怎不使他们惶惶不可终日。
这时候，京师传出了魏忠贤欲谋篡位的谣言，一传十，十传百，满城风雨。人们心中惴惴不安，皇后张氏更是焦虑。张皇后是河南生员张国纪之女，天启元年（公元1621年）四月二十七日选为皇后。
她看到客氏、魏忠贤横行霸道乱国乱政，心中十分气愤。但她跟由校说，由校根本不听。
有一次，张氏在读《史记》，由校玩得满脸是汗跑进来了，问张氏读的是什么。
张氏说：“赵高传。”
“赵高？谁是赵高？”由校问。
“大奸似忠，毒如蛇蝎，指鹿为马，颠倒黑白，坏秦家锦绣天下的小人！”张氏气愤地说。
由校似懂非懂地朝张氏一笑，又玩他的去了。
客氏最担心张氏控制由校，所以时时处处对张氏提防和限制。客氏在宫内大摆威风，以由校的母亲自居，根本不把嫔妃看在眼里，对张皇后也是如此。客氏对由校既像母亲对儿子，又像少妇对情人，一种与生俱来的忌妒心使她不能容忍任何女人占据朱由校的心。
对客氏的横暴，张氏非常反感，她曾当面斥责过客氏，因此，客氏、魏忠贤与张皇后结下冤仇，必欲铲除而后快。
天启三年（公元1623年），张皇后怀了孕，客氏将张皇后宫中下人一律换成她的心腹，在侍候张氏时粗手粗脚。终于有一天，一个宫女给张氏捶背用劲过猛造成张氏流产。
由校的其他妃子也有生育。范贵妃生悼怀太子慈，容妃任氏生献怀太子慈灵，皆殇。由校嫔妃如云，但他不好色，晚上一般看戏看到很晚，倒头便睡，一觉大天亮。客氏又故意限制他与嫔妃接触，故此外再无生育。由校一心在玩上，对有没有儿子并不在意，而张氏对由校子嗣问题却是很焦急。
自从生病之后，长时间辗转于床第，朱由校有了反思自己一生的时间。大概出于良知的发现，自天启七年朱由校性格发生了某些细微的变化。他开始注意他周围的人，对张氏也渐渐转变了，张氏因此可以经常陪伴在他的床边。
八月初，张氏对由校提起了信王，即由校同父异母的弟弟朱由检，说信王可以托付大事。由校表示同意。
到八月八九日间，由校病情加重。魏忠贤等人时刻守在宫殿内外以防不测。张氏劝由校召见信王一次，由于客、魏防范太严未成。十一日，魏忠贤休沐。张氏借这个机会，传旨召见了信王。
信王来到乾清宫，见到了他的哥哥。看到由校全身浮肿、气息奄奄，由检很难过。由校强打起精神说：“我弟将来要成为尧舜一样的君主，你要好好照顾你的嫂子。”
信王只是伏地叩头不敢回声。接见结束后，张皇后叮嘱他多加保重，随时注意事态变化。由校昏昏庸庸过了20余年，只有接见信王确定继位人是他做的唯一明白事。
天启七年（公元1627年）八月二十二日下午申时，统治天下7年，将大明元气摧毁殆尽的朱由校撒手离开了尘世，时年23岁。