在老头子说话的同一天，“国民大会”通过临时动议“请政府撤职查办吴国桢案”，第二天国民党《中央日报》说：“该案系第一审查委员会提出之审查报告所列三件提案合并讨论之结果。三件提案是：一、章慎言等二十一人提‘吴国桢身为现任官吏，在美竟公然发表荒谬言论，诋毁政府，迹近叛国，应予严厉制裁案’；二、方念谐等三十四人提‘建议政府对诬蔑政府之现任政务委员吴国桢，立予撤职查办以振纲纪案’；三、向大蕃等三十二人提‘行政院政务委员吴国桢诋毁政府，有损国誉，影响反攻复国前途，至深且巨，建议政府将该员迅即吊销护照，勒令回国依法处办，如违即予明令撤职通缉归案，以维国纪而正官常案’。经第一审查委员会就上述三案合并审查，提出审查意见三点：一、查吴国桢系借口政见不同，在国外散播流言，掩饰其在台湾省政府主席任内之种种不法行为，送请政府明令撤免其政务委员职务。二、请政府彻查吴国桢在台湾省政府主席任内之各种不法行为，依法究办。三、请政府饬令吴国桢迅即回国听候查办。昨晨会中，讨论该案时，经全场代表一致无异议通过。”4月1日，国民党“对外秘密，列入交代”的“中央”半月刊上，已登出中央委员会党纪处分代电，全文是：
各级党部：查党员吴国桢在美发表荒谬言论，肆意诋毁本党及政府，违反党纪，经中央决议：“吴国桢开除党籍，并交从政主管同志依法查办。”除分电外，即希一体知照，为要！中央委员会纪印。
尽管蒋介石在台湾声讨吴国桢，撤职他、彻查他、究办他、开除他，并要他“你给我回来！”可是吴国桢哪里在乎，他在三天后（3月20日），又发信给国民党中央社纽约分社，原信如下：
敬启者：
查日来贵社在台湾及海外各处，散播台湾方面有组织的对桢之恶意宣传，兹谨将桢于本日上蒋总统函一件，抄送贵社，即请贵社转送总社及各分社，各办事处照样发表。如贵社不允照办，则当依法控诉，要求赔偿名誉损失二百万元美金（以华侨一千三百万及台湾八百五十万人计，本应超过此数，姑从宽以二百万元计算）。桢得此款后，除诉讼必需费用外，余款四分之三将归还美国政府，其余四分之一则捐由在美侨胞，共同组织基金保管委员会，作为救济流亡中国知识青年之用，桢绝不取分文。此函并限于本月25日以前答复。否则即进行法律手续，此致
中央社纽约办事处（“中华民国”驻纽约“总领事馆”转交）
吴国桢启？三月二十日
吴国桢这种一个人对一个集团的大缠斗，就这样一波又一波地展开着。最后，吴国桢拿出撒手锏，他说你们逼我，我可真要举出实证来了。于是，他亮了一手，公布了一点国民党党中央要他作恶的手迹与密件，像一颗原子弹似的，从天空上丢了下来。这下子蒋介石寒了，知道娄子给捅大了，原来吴国桢手里藏有秘密武器，吴国桢是惹不起的。于是台北方面一声令下，全部挞伐一夕停止，宋美龄秘密赶赴美国见吴国桢，费尽了口舌，才摆平了吴国桢事件。最后，吴国桢的儿子也被准许离开台湾了。
蒋介石整不了吴国桢，无奈之余，只好央胡适出面，跟吴国桢做另一层次的论辩。于是吴国桢和胡适在美国打开了笔仗。8月3日，胡适给吴国桢信，颇多曲学阿世之笔，其中为蒋介石做打手的痕迹已极明显。以胡适的职位，他从何看得到“二百六十九件判决书”？又从何看得到吴国桢的“亲笔签名”？这当然是国民党提供材料的！以胡适对国民党组织的了解，他当然知道吴国桢对安全系统的力量是有限的、是挂名的、是画行的，当时“台湾省政府主席”兼“台湾保安司令部司令”，只是名为“司令”，实权绝不在“主席”手中，胡适明明知道，又何能苛责于吴国桢？说吴国桢是“一个道义的懦夫”。这对吴国桢是不公平的，因为跟蒋介石走的、做官的，又有哪一个不是“道义的懦夫”？不是这种“懦夫”，又何来高官可做？胡适如此倒因为果，殷海光就责问过胡适，说吴国桢说的，都是真话，都是我们想说的话，为什么胡先生要如此为国民党护航？殷海光说，胡适晚年变成一个大乡愿，至少在吴国桢事件上，胡适真的是乡愿。
吴国桢是高级知识分子，跟着蒋介石下面做官，进入国民党权力核心，扶同为恶，同流合污，坏事自然有份。当他已经不在其位后，开始窝里反，反得实在有心机，我们可以视他有“赎罪”心态。蒋介石及其国民党低估了窝里反的人对它的伤害。吴国桢虽未被打倒，但形同放逐，蒋介石多少还是有点收获，为儿子经国除去了一个心腹之患。
吴国桢事件发生之后，紧接着的是孙立人事件。孙将军是国民党集团中最杰出的将领，学历之深，无人可及；练兵之精，无人可及；战功之高，无人可及；身上弹孔之多，无人可及；国际性声誉之隆，也无人可及。他从小感受到外侮，立志要雪耻，清华、普渡两名校毕业之后，投笔从戎。自美国弗吉尼亚军校学成，回国后南征北讨，脱颖而出，但受制于蒋介石的嫡系，一再被黄埔军头排挤。蒋介石落魄到台湾之后，为争取美援，打出孙立人牌，然而当鸟尽弓藏之时，便以冤案软禁孙立人。
能够洞悉蒋介石性格的人，便知孙案伏机极早，早到孙立人的出身。孙既非黄埔又比黄埔杰出，已注定了他被排挤、被嫉妒的“原罪”。再加上他的国际声望，赢得美国名将史迪威、艾森豪威尔、巴顿、麦克阿瑟等的礼遇与敬重，更令忌才多疑的蒋介石不安与猜忌。一旦情况稍稳，就把良将拉下马来。拉下马要靠罪名，于是冤案出矣。
孙立人军事素养深厚，技高一筹，印缅作战，出奇兵、打硬仗，反攻缅北时，得“东方隆美尔”的美誉，获英国皇家奖章，成为世界级的名将，战后被邀赴欧洲战场巡视，蒋介石麾下无人可望项背。国共内战，孙立人在东北打得顺利，忽遭黄埔排挤，最后被送到台湾训练新兵，让黄埔军头去立功，孰知立功不成，反而惨败，纷纷撤退来台。孙立人在台内有新兵，外有美国支持，“要枪给枪、要钱给钱”，一如韩信，他有“反”的大好机会，而由于忠于蒋介石之一念而不“反”，忠于上级，也如韩信。孙立人“戴震主之威，挟不赏之功”，令上级不安，也如韩信；他“时至不行，反受其殃”，弄得“人有上书告楚王信反”、“人告公反”，也如韩信。至于看不起其他将军，韩信“生乃与〔樊〕哙等为伍”，孙立人“生乃与黄埔系军头等为伍”，更是一如韩信了。所不同的是，韩信的下场是身首异处、家夷三族；孙立人只是身囚台中、冤气难伸，家属奉陪，卖“将军花”维生而已。
1994年2月台北《新新闻》周刊第三六一、三六二合刊本，以醒目的标题，长篇报道所谓“孙立人案的大发现”、“CIA机密档案惊人揭露”、“独家报道美国中情局最新解密档案”，认为“在美政客、将领鼓吹下，孙立人答应与美发动兵变”云云，好像是落实了孙立人的兵变。其实，所谓“最新解密档案”，美国学者早已利用了；所谓“独家报道”的主要论述，实自1990年普林斯顿大学出版的康明思（Bruce Cumings）著《韩战的起源》（Cumings，The Origins of the Korean War）一书下卷，有关孙立人部分抄译而来。这些解密的档案不过显示美方单方面的意愿，腊斯克一度想驱蒋之后，把台湾置于麦帅控制之下。（见Schaller，Douglas MacArthur，p.179）迟至1950年6月19日，美国国务院的文件犹谓：
美国应该经由最可信赖的私人密使告诉孙立人，假如他愿意搞政变以便置台岛于其军事控制之下，美国政府准备为他提供必需的军事援助与意见。（译自Cumings，The Origins of the Korean War，p. 508）
朝鲜战争于6月25日爆发，朝鲜战争一爆发美国已转而又支持蒋介石，至战争发生前夕的6月19日，美方仍在单方面示意、仍用假设语气，并无孙立人正面响应的迹象！孙立人之所以一再被美方一相情愿地看中，诚如康明思所说，“由于孙曾在弗吉尼亚军校受训以及能说一口流利的英语”（Cumings，The Origins of the Korean War，Vol.2，p.534）之故，当年美国驻台北代办斯特朗（Robert Strong）曾告诉康明思，前美驻台北领事克伦茨（Kenneth Krentz）于1949年年底与孙立人接触并告诉他，假如同意控制“国民政府”，美方将全力支持他，但是“孙断然拒绝如此做”（Sun flately refused to do so）。（见同书，第534页，参阅第872页，注85）其他档案资料中所谓孙立人的“正面反应”，不过是“据报”、“传闻”或“假设性方案”之类，唯一较为具体的所谓证据是根据腊斯克（Dean Rusk）的回忆：
1950年6月初，腊斯克收到一封秘密又亲自交来的台湾卫戍司令孙立人将军所写的便笺……孙有一惊人的建议：他将要领导兵变逐蒋。此一兵变的含义不明，但孙要求美国的支持，至少默认。假如孙取得权力，他将中止政府中的贪污，亦会比蒋介石之对付共产党更具弹性。此事需要总统来决定。腊斯克销毁了孙氏便笺以防止可能的泄密，因知若蒋发现，孙会被处死。然后他去见艾奇逊，艾答应与杜鲁门商谈此事。然而当总统作出决定之前，北朝鲜进攻南韩。此一变局很可能挽救了蒋政权，因为此后蒋介石获得美国进一步的支持。（见Schoenbaum，Waging Peace and War，p.209）
这一段话破绽累累，且不论孙立人既有人传话（第七舰队司令柯克上将），竟然会写一便笺留下痕迹与把柄，已不可思议。腊斯克既谓此事由总统决定，竟然不让总统杜鲁门以及国务卿艾奇逊看秘笺，就径自销毁，更不可思议。试想阴谋密件有几件不涉及人命？如果孙立人不怕死留下把柄，腊斯克又何爱乎孙将军之一命？亦有违常情。再说腊斯克于6月初得孙秘笺，而国务院文件显示迟至6月19日，尚在试图告诉孙立人美方意图，试探孙立人是否愿意，正可破腊斯克之谰言。美方看中孙立人及其示意既可确定，而腊斯克反谓孙有求于美方，岂其然哉？美方倒蒋意图甚明，又一再向孙示意，即使由孙说出，亦不至于令腊斯克感到“吃惊”（startling），已露马脚。康明思到底是一有见识的学者，立即怀疑“腊斯克有蛊祸于孙之意图”（Rusk may wish to place the onus for the coup on Sun）（见Cumings.The Origins of the Korean War，p.537），以卸华府的责任。然而仍有一些学者继续驰骋想象，以事出有因，遽下论断，甚至说，孙立人已着手兵变，蒋介石调刘安琪自海南岛回师制止。当蒋责问孙，孙谓乃中共挑拨，蒋接受之，而孙遂放弃其计划云云（McGlothlen，Controlling the Waves，p.105），何异信口开河？《新新闻》周刊虽也注意到康明思的怀疑，却仍然肯定确有此一秘笺，顺流而下还要妄改腊斯克收到秘笺的时间为6月下旬而非6月初（见该刊，第29、30页），还要侈言“经本刊抽丝剥茧、爬梳核实，终于发掘到历史真相，拨开长达四十年的政治迷雾”。（同上，第18页）剥了什么茧？爬了什么梳？档案虽然解密，竟不会解读，孙立人何辜！
其实，蒋介石未撤退到台湾之前，美国早已想放弃他，认为再多给美援亦无济于事，所以一再要求他让贤，或完全授权给有能力的人。美国人当面向蒋一再提及这些，并不是什么秘密。蒋介石第三次下野固然由于徐蚌失利，美国的压力也是主要原因。美国人看上孙立人亦非秘密，事实上无论就军事素养、能力以及战功而言，国民党将领中实无出其右者，并非仅仅是曾经留美之故。真正的历史真相是，孙立人虽然满腹牢骚，瞧不起黄埔，不把蒋经国放在眼里，但因一念之差仍然效忠蒋介石。孙于1949至1950年间有足够的时间与条件联美倒蒋，更何况李宗仁也想除蒋。蒋当时虽幕后操纵，毕竟是下了野，失去了名分。既有美国的全力支持，里应外合，于蒋亡命之际倒之，实易如反掌。萧公权教授曾说过，他于1949年秋天离台赴美前，因与孙立人乃清华旧友，过从甚密，孙于周末照例派吉普车来接，无话不谈。谈到牢骚处，萧戏说若有决心，愿草檄文，而孙终无决心，更无意倒蒋，故萧氏谓“孙将军有勇无谋”，无谋者，没有政治野心之谓也，亦可为孙未尝对美方有所谓正面响应的旁证。
孙立人于1949年至50年代可倒蒋而不愿倒蒋，蒋于1955年孙无以倒蒋时，竟以莫须有之罪名指孙欲以兵变倒蒋，实欲借故除孙耳，可谓狠者胜、善者冤也。