从历史定位看，孙立人案的种种冤情，确如岳飞案。岳飞案的成立关键是凭“众证结案，而武穆竟无服辞云”。这就是说，全凭别人的旁证咬岳飞，并没有岳飞自己承认的证据，孙立人也是“无服辞”，真是古今同调；岳飞案的罪名是“措置别做擘划”，孙立人案的罪名是“明告叛乱计划”，也是古今同调；岳飞案中的罪名是“指斥乘舆”，孙立人案中的罪名是“辱骂元首”，也是古今同调。岳飞案中的元凶赵构杀岳飞以免直捣黄龙，迎回两宫；孙案的元凶蒋介石囚禁孙立人以免妨碍太子接班，更是古今同调。最妙的，岳飞本人并没“依军法施行”，而是以“诏狱特赐死”；孙立人本人也没“依军法施行”，而是“另案办理”，以手令特赐在家软禁，也是古今同调。岳飞手下的张宪、岳云等都“依军法施行”；孙立人手下的郭廷亮、江云锦等也都受军法审判，也是古今同调。所不同的是，岳飞案中有罪犯“送二千里外州军编管”；台湾太小了，只好送几百里外绿岛编管了。汪荣祖有诗为证：
一
暮年不复旧英姿，一死余哀感此时。
本意沙场争爱国，岂知衙内每徇私。
伤黄泣李枉囚雪（黄氏姐妹与李鸿），摧骨捶胸午夜悲（闻孙将军被囚禁后，中夜醒来捶胸悲鸣）。
难望赵秦平冤曲，如闻怒发冲冠词。
二
秉钺专征追马班，江南浴血气如山。
伤痕累累终无悔，禁网深深久困闲。
百战功高罕有失，扬威域外竟成患。
天人共鉴还清白，又烛东窗构桧奸。
我们不难发现，真正制造冤案的，不是别人，而是蒋介石、蒋经国父子，原因是孙立人反对政工制度，与太子为难。世人骂秦桧而不骂宋高宗赵构，是错误的。——没有宋高宗的“旨意”和“苦心”，秦桧扳得倒岳飞吗？真正制造风波亭冤狱的，乃是“领袖”父子自己！可悲的是，岳飞案是多少年前的历史陈迹，可是孙立人案呢，却是活生生的现代版，并且还有增订版。蒋氏父子的心术，实在超过宋高宗之上多多。因为宋高宗晚年，在让位给儿子宋孝宗后一个月，就由儿子承旨下诏，把岳飞“追复原官，以礼改葬，访求其后，特予录用”，表示对岳飞的抱歉。可是蒋氏父子呢？在他们有生之年，不但使孙立人一冤到底；甚至在他们死后，未亡人们也照本宣科，不肯平反。
蒋介石败退到台湾，似应痛定思痛，不再CC、不再黄埔了，国民党也要改造了。一时之间，文有吴国桢，武有孙立人，结果仍然是权宜之计。曾几何时，这一对文武，放逐的放逐，囚禁的囚禁，而蒋政权更加“私”了，私到儿子身上去了。吴国桢说老蒋“爱权甚于爱国，爱子甚于爱民”，可称一针见血之见。其实知蒋甚稔的司徒雷登，在回忆录里亦曾指出，对蒋而言，要区分他个人以及他本国的利益，并不容易（Staurt，Fifty Years in China，p.276），也就是说公私根本不分。蒋介石自称革命一生，到头来在小岛上建立小朝廷，传子接代，套一句殷海光的口头禅：“这教人从何说起呢？”
§§§第三节思想冰河文化沙漠
1959年，三位美国学者在台湾实地调查教育文化状况，写了一篇报告，直指台湾是“文化沙漠”（cultural desert）。台北的“学术权威”李济认为“旁观者清”，心有戚戚焉。他把这三位学者分析“文化沙漠”的成因，归纳为五条：
一、最初接收时，有些训练不够的人做了教授；二、大陆来的学人，精神颓唐不自振作，并且不少失去了读书兴趣的人以教书为临时职业；三、教育界五日京兆的心理，没有做任何长期打算；四、社会里、政治里流行的各种禁忌，因之思想的范围大大地受了限制；五、青年的学者不肯到大学来。（《文化沙漠》，《自由中国》第二十一卷第十期（1959），第302页）
其实，这五条之中，第四条是“纲”，其他都是“目”。“各种禁忌”，乃是政治高压的产物；在政治高压下，思想不仅受到限制，根本受到禁锢，以至于形成冰河状态。思想应该愈活泼、愈有问题愈好，因为活泼的思想才能产生创造文化的智能，有问题的思想才能使文化进步与繁荣。然而在蒋氏父子的高压下，思想有问题是可以被枪毙的，有几个人敢惹“思想”，当然导致思想的冰河，而文化沙漠正是思想冰河之果。
蒋介石搬运了许多宝贝到台湾，除了国库黄金、故宫国宝等之外，还有完整的国民党特务。军统、中统之名虽已消失，但其实体更为集中，由蒋经国一手掌管党政特务机构，所统率的特务人员一开始就有五万余名。蒋家的特务到了台湾之后，地小权大，更由于“戒严令”的配合，布下天罗地网，其得心应手为大陆时代所未有。何况作为特务头子的蒋经国，更远非大陆时代的戴笠可比。蒋介石与戴笠只不过是主仆关系，而与经国有父子关系，岂可同日而语？于是特务势力在太子的管辖与指挥下，笼罩全岛。至于1950年7月公布的“中国国民党改造方案”，名为“改造”，实系“集权”，把权力更加集中到蒋氏父子手中。至国民党第七次全国代表大会于1952年10月召开时，“改造”完成，除蒋介石当然连任总裁外，蒋经国已跻身中央委员，名次仅在陈诚之下。
蒋氏父子初到台湾时，惊魂未定，草木皆兵。为了他们的“安定”，杀戮尤惨。政工干部学校出身的江南（刘宜良）在所著《蒋经国传》中，有颇为具体的透露，如谓：
位于台北植物园附近的马场町，取代过去南京雨花台的地位。据执教东京立教大学的戴国辉说：“我当时在南海路的建国中学念书，有天我看到一辆卡车，载着七八位犯人，双手背绑，口用白衣扎着，大概怕他们声张，一忽儿，传来枪声。我心里想，他们做了革命的烈士了。”翻开1950年前半年的《中央日报》，“匪谍××等数犯，昨日枪决伏法”的标题，一周出现好几次。以“匪嫌”名义，送往青岛东路军人监狱、台东绿岛，或用麻袋捆扎，未经司法程序，丢到海里喂鱼的，不计其数。台北的一位化学工程师陈天民，江苏靖江人，因为出言不慎，告诉投奔他的乡亲们说：“台湾都快解放了，你们还来这里干什么？”经人检举，判刑十五年。陈当然不是“匪谍”，没有任何证据支持保安司令部军法处的指控，充其量，不过是对国民党的统治前途失去信心而已。诺贝尔奖金得主李政道的母亲张明璋女士，和儿子李崇道（后来曾担任中兴大学校长），因在淡水家中，留宿一位广西大学时候的同窗，卒以“掩护匪谍”罪，锒铛入狱。（第183页）
此一“恐怖世界”即为蒋经国指挥下特务们的“杰作”。在“恐怖世界”里，朝野诚惶诚恐，以蒋氏父子的马首是瞻。特务势力是蒋介石在台湾的权力基础，是蒋经国继承权力的阶梯。
在此一背景下，任何左倾思想固然十恶不赦，格杀勿论，连温和的自由主义与民主思想，在蒋氏父子控制下的台湾也绝无容身的空间，其荦荦之大者，就是发生于1960年的“雷案”。“雷案”的主角雷震字儆寰，原是老国民党员，大陆撤退来台后，与一些拥蒋的自由派分子如胡适、毛子水等办了一份以“自由中国”为名的半月刊。胡适在赴美的船上还替这份杂志写了发刊词，并由胡适担任发行人，后由雷震继任。“自由中国”这一名称是很好的宣传，以别于大陆上的共产中国，许多人便把台湾称作“自由中国”，其实蒋介石的台湾既不“自由”亦不“中国”！更具讽刺性的是，蒋介石终于把《自由中国》扼杀了，判了雷震十年徒刑。
《自由中国》的宗旨，原是要“支持并督促政府走向进步，逐步改革，建立自由民主的社会”。蒋介石在嘴巴上绝对不会反对“自由民主”，但骨子里关切的是巩固权力以及替儿子接班铺路，而这种“关切”往往与自由民主不搭调。《自由中国》的一个主要笔杆子殷海光（原名殷福生），原来也是国民党员，后来成为罗素的信徒，大唱英美自由主义思想，自然与封建独裁的现实相扞格，逐步增强对现实的批评，涉及政治、经济、教育各个层面。1954年，《自由中国》批评到蒋经国的“青年救国团”控制青年学生，蒋介石“勃然大怒”之下，于同年12月28日，亲自开除了雷震的党籍（见《雷震回忆录》，第360页），雷震被迫成为党外人士。
《自由中国》在蒋氏父子特务势力的阴影下，生存多年，主要利用了蒋介石为了讨好美国而打出的“民主”招牌，所谓以子之矛攻子之盾，即以“言论自由”之矛攻“党化教育”之盾、以“自由经济”之矛攻“金融管制”之盾、以“多党民主”之矛攻“一党专政”之盾。1956年10月是蒋介石的七十大寿，《自由中国》又利用了蒋氏“婉谢祝寿”、“均盼海内外同胞直率抒陈所见”的声明，出刊了《祝寿专号》，对蒋介石个人提出直率而又剀切的建议和批评。专号的社论更明确地劝蒋“不要违宪连任总统”，并要求党部退出军队，使军队“国家化”。（见第十五卷第九期）
面对这些挑战，蒋经国直接控制的“国防部总政战部”发动了“向毒素思想总攻击”的运作，《自由中国》的台柱胡适尤成为“攻击”的大目标。……（编者略）胡适在围剿声中，感到回台湾比留在国外更重要，遂于1957年年底答应就任“中央研究院院长”。（参阅《胡适致赵元任函》，1957年7月28日）院长一职是由蒋介石圈选的，蒋任命胡为台湾最高学术机关的首长，未尝没有以“高官厚爵”笼络之意，使胡多少有所顾忌，最后胡适果然未能以“去就”争“自由”。
《自由中国》的命运也未因胡适于1958年4月回台长住后得到改善。特务们反而由“围剿”进而迫害，而胡适竟要《自由中国》的执笔者多“容忍”，引起殷海光的不满。雷震则在胡适回台以及美国舆论的鼓励下，更向民主的方向迈进，进而要想组织反对党了。至此，蒋介石不再顾民主的招牌，撕破脸皮，命特务制造匪谍案把雷震抓了起来。雷被捕后，胡适不肯主持组党，其他的人在齐世英的影响下主张“稳健”，新党遂胎死腹中。蒋介石达到“杀鸡儆猴”的目的。
“雷案”发生时候，胡适正在美国，曾公开支持雷震。他回台湾后，蒋介石故意冷落他，农复会主任委员蒋梦麟比他晚回来，却先见到蒋，而胡适却得在“不谈雷案”的约定下，才见到蒋。蒋平常与胡适见面，通常是两人密谈式的，这次却是秘书长、秘书、副官全在的官式谈法，显然是有象征意味、表示有距离了。但是见了面，胡适仍然忍不住要谈雷案，很诚恳地想说明雷案如何在国外产生“很不好的反响”，胡适在1960年11月18日的日记中说：
总统说：我对雷震能十分容忍，如果他的背后没有匪谍，我绝不会办他。我们的政府是一个反共救国的政府，雷震背后有匪谍，政府不能不办他。我也晓得这案子会在国外发生不利的反响，但一个国家有它的自由、有它的自主权，我们不能不照法律办。这是他在9月14日对美国西岸报人的谈话，今日重说一遍。
这最后二十五个字，写得极见内功！不愠不火，但把蒋对他的态度，画龙点睛了。为了“雷案”，他显然被蒋介石“见外”了！不过，胡适在蒋面前一再“盼望此案能够司法审判”，未免书呆！军法或司法审判，在国民党内定判决结果下，又有何不同？又有什么好争的啊？胡适对蒋介石苦口婆心，而蒋介石居然说：“胡先生同我向来是感情很好的。但是这一两年来，胡先生好像只相信雷儆寰，不相信我们政府。”胡适听后，激动了起来，说是话说重了，在这天日记中，犹情见乎辞。胡适“愿意用我道义力量来支持蒋介石先生的政府”始终不渝。他早于1948年12月，蒋政权危急时，力求美国支持蒋作战，且在美国人面前流了泪（见司徒雷登函载Rea＆Brewer ed.The Forgotten Ambassador，p.292），有点像秦廷之哭。如此拥蒋使他根本没有多少旋转余地，却有无限伤感。他对国民党和党外，都有雾里看花的一派天真。中国政治中像他这种有地位的清客，最后是及身而绝了。最可怜的是，以他最后的苦口婆心，竟连一雷三毛都不能救，他的悲哀，也就可想而知。“雷案”发生后，胡适应该以不回台湾为抗议、以辞“中央研究院院长”之职为抗议，这样多少会给蒋介石一些压力。但是胡适回来仍做他的“院长”，甚至不便去探雷震的监，终于在蒋介石的权威下妥协了。胡适写文章喜欢宣传黄以周“实事求是，莫做调人”的立场，但他自己，却始终未能免于“调人”之讥。