由于石鼓书院“独享”两度被宋朝皇帝“赐额”的殊荣，而步入石鼓书院的“鼎盛”时期，成为当时与睢阳（又名应天府书院）、岳麓、白鹿洞齐名的全国著名的四大书院之首。当时全国许多名流都至此讲学，如文学家苏轼、理学鼻祖周敦颐等；孝宗淳熙十四年（1187年），理学大师朱熹、张栻在此讲学。朱熹作《石鼓书院记》；张栻在亭中立碑，亲书韩愈《合江亭》诗和《石鼓书院记》，后人将此镌制成石碑，置于石鼓书院内，名曰“三绝碑”。
1044年，石鼓书院成为衡州路的官办学府，有正式教授一人，主要“以经术教导”学生。度宗咸淳十年（1274年）正月，湖南提刑、南宋民族英雄文天祥驻衡州时，作诗《合江亭》：“天上名鹑尾，人间说虎头。春风千万曲，合水两三洲。……”；谆照十二年（1185年），部使者潘田青（一作畴）就原址建屋数间，榜以鼓额，“将以俟四方之士有志于学，而不屑于课试之业者居之”，未竟而去。提刑宋若水继成，奉先圣先师之像，集国子监及本道诸州印书藏其中，请朱嘉作记，诫诸生勿为科举功名所乱，而要辨明义利，有志“为己之学”。时戴溪为山长，与诸生讲《论语》，有《石鼓论语问答》三卷。七年，林田井学教授兼山长凡三年，“补葺经创”，鼎新书院，并刊大字本《尚书全解》40卷。南宋开庆元年（1259年），书院毁于兵火。景定元年（1260年），提刑俞琰（一作俞炎）命山长李访“扫地更新”，“尽复旧观”，增辟园圃，仰高楼，取明德新民文章，为诸生丕扬其义，绝响再闻，士风作振”。提刑黄斡又置田35亩，“以赡生徒”。宋末著名音乐家郭沔曾寄居住石鼓山上，他泛舟于湘江上，创作出“潇湘水云（雾）”这首著名的琴曲。
在元朝统治时期，石鼓书院继续办学。然其田于至元十九年（1292年）为灵岩寺僧强占，经邓大白、王复、康庄、程敬直等历任山长长达62年争讼，才得归还。元末又毁于兵火。
明清时石鼓书院不断扩大，明永乐十一年（1413年），知府史中重修书院以待旅游学者，设礼殿祭祀孔子，乾张祠祭祀韩愈、张拭。书院、礼殿在天顺、弘治年间均有修葺。正德四年（1509年），叶钊为山长，讲圣贤身心之学、道德之首，剖析疑义、阐发幽微“时学者翕然云从”。哲学家、教育家、书法家湛若水至书院讲论“体认”之学，理学家、教育家王守仁的传人邹守益亦来大倡“良知”之说。二十八年，知府蔡汝楠以书院为朱熹、张栻、湛若水、邹守益“过氏之地”，乃重整书院，订立规约，以学文敦行、辨声慎习、等伦常、识仁体训士，刊《说经札记》、《衡汀间辨》、《太极问答》等，“忘倦”达4年（1549—1552年）。又请赵大洲、皮鹿门等“海内名公”讲学其中，诸士环听，“宛然一邹鲁洙泗之夙也。”著名地理学家徐弘祖在《徐霞客游记》中对石鼓的景色有详细描述；万历四十年（1612年）巡抚记事，观察邓云霄大修书院，以“铸士陶昆”，建有讲堂、敬义堂、回澜堂、大观楼、仰高楼、砥柱中流坊、棂星门、风雩、沦浪、禹王碑、合江诸亭，其他“殿祠号舍，罔不完葺”，规模极一时之盛，崇祯十五年（1642年）提学高世泰修葺。青年时的王船山更是多次写诗词颂扬石鼓书院。明朝末年，书院再次毁于兵火。
清世祖顺治十四年（1657年），经略大臣洪承畴将石鼓书院作为军事指挥所。同年偏沅巡抚袁廓宇上奏清廷，申请重建石鼓书院，衡阳县知县余天溥具体负责修复工程。此时，山上建有合江亭、禹王碑、武侯祠、大观楼、会讲堂、忠节祠、七贤祠等建筑。石鼓书院为清政府允许恢复的第一家书院，这一时期，书院科举化，石鼓书院成为传授举业、培养科举人才的基地。
康熙七年（1668年），知府张奇勋扩建号舍20余间，“拔衡士之隽者肄业其中，每月两试之，士风称最盛”。二十八年，知府崔鸣捐俸“增其所未备”、“督率师徒援古证今，析疑问难”其中。时七贤祠、仰高楼、大观楼、敬业堂、留待轩、浩然台、合江亭及东西斋房等、“日日髹、丹碧上耸、焕然巨观”。山长多一时之选，如陈士雅、余廷松、林学易、易廷彦、罗瑛皆湖南名进士，然所援多为科举之业。
咸丰三年（1853年）九月至咸丰四年正月（1854年），曾国藩、彭玉麟在衡州创建湘军水师，驻石鼓，石鼓书院附近的水面成为中国近代海军的摇篮。清光绪二十八年（1902年），石鼓书院改为衡阳官立中学堂；清光绪三十年（1904年），改为湖南南路师范学堂；民国时期，相继改为“衡郡女子职业学校”和“湖南省立第三师范学校”（湖南三师）。后由于石鼓山无法满足新型学校要求，学校被迁移至金鳌山，此时，石鼓书院便成为供人游览、祈祀的风景文化名胜。
◎故事感悟
石鼓书院作为中国创建最早的书院之一，凭其近千年来的文化底蕴培养出了一批又一批的仁人志士，为中国的教育发展作出了巨大贡献。学院几经沉浮，如今得以被妥善保护，以供人游览凭吊，令人欣慰。
◎史海撷英
中国创建最早的书院之一
石鼓书院是中国四大书院创建最早，并具有确切史志记载的书院。书院制度是我国特有的一种教育组织，自唐至清末存在了一千多年。唐时书院《全唐诗》中考证有11所，地方史志中有记载者为17所（以陈元晖《中国古代的书院制度》和王镜第著《书院通证》及周书舲著《书院制度之研究》三文所列17所为准）。两者都有载的仅三所，为衡阳李宽中秀书院（石鼓书院）、南溪的南溪书院、永济的费君书院。
◎文苑拾萃
石鼓书院
（清）陶易
旷代儒风喜未颓，一时讲院尽英才。
双流环绕宫墙肃，乔木阴森士气培。
祀典已崇新俎豆，诗篇长焕旧亭台。
自今游屐休嫌扰，绿竹西溪一径开。
张乐平不忘师恩
◎圣人常善救人，故无弃人；常善救物，故无弃物。——《老子·第二十七章》
张乐平（1910—1992年），浙江海盐人，他毕生从事漫画创作，画笔生涯达60个春秋。他所创作的三毛形象，妇孺皆知，名播海外，被誉为“三毛之父”。张乐平是中国当代最杰出的漫画家之一。
著名漫画家张乐平读高小时，很得美术老师陆寅生喜欢。有一年，北洋军阀曹锟以5000银洋一张的代价向议员们收买选票，当上总统，受到全国人民的痛骂。陆老师就给张乐平出了个题目：《一豕负五千元》，指导他画政治讽刺画。这便是张乐平初学漫画的开始。
后来，师生之间断了联系，虽然两人都住在上海，却因张乐平读书时名叫张升，所以陆寅生一直不知道大名鼎鼎的张乐平就是他的学生。50多年来，张乐平对教他画第一幅漫画的启蒙老师念念不忘，四处打听老师的下落。1983年3月，张乐平终于打听到了陆老师的下落，于是便拎着蛋糕上门看望54年没有见面的小学教师。这使已80多岁的陆寅生老师非常感动，他把72岁的张乐平仔仔细细地打量了一番，连说：“原来张乐平就是张升呀！我是《三毛流浪记》的忠实读者，但几十年来一直不知道张乐平就是你。‘师道之不传久矣’，你能想着我，不容易啊！”张乐平诚恳地说：“我的第一幅漫画是您教我画的，我一直没有忘记您。”张乐平的尊师之情使陆寅生老师激动得热泪盈眶。
◎故事点评
张乐平身为中国近现代最知名的漫画家，功成名就不忘师恩，这种精神是中华民族尊师美德几千年沉淀的结果。张乐平先生的尊师事迹让人感动。
◎史海撷英
张乐平的成就及荣誉
1992年9月28日晚6时整，白色床单轻轻地盖住了张乐平的脸，悲哀笼罩了整个病房。漫画家、“三毛之父”张乐平在上海走完了他人生的82个年头。《三毛从军记》、《三毛流浪记》、《三毛迎解放》、《三毛学雷锋》、《三毛爱科学》等等，他创作的三毛形象，走进千家万户，深受中国几代读者的喜爱。张乐平青年时曾当学徒，并学习月份牌年画，后靠画广告为生，亦创作漫画。1937年张乐平参加抗日漫画宣传队直至抗战胜利。1946年他在上海参与发起上海美术作家协会和上海漫画家协会。1949年后，他在中国美术家协会上海分会、解放日报社、上海少年儿童出版社任专业画家，20世纪80年代后任中国美术家协会顾问、《漫画世界》主编。张乐平的漫画以政治讽刺见长。1935年他起创作了长篇连环漫画《三毛》，以三毛这一典型形象深刻地表现了旧中国流浪儿童的苦难生活，揭露了不合理的社会制度，在读者中产生了强烈反响，以后又被改编成电影故事片、木偶片。1949年后还画了三毛在新时代的经历系列画集，共出版十多部三毛形象的漫画集。
◎文苑拾萃
张乐平的少年时代
张乐平是浙江海盐县人。父亲张舟若是一位小学教师，一家六口的生活，全靠他微薄的工资来维持。张乐平是兄弟三人中最小的一个。按照中国北方和华东一带给孩子取乳名的习惯，家里有几个孩子，往往就大毛、二毛、三毛……依次排下去。张乐平小时候有没有被称为三毛，现在也已经不得而知了。张乐平从小就酷爱画画，海边的沙滩是他的画板，水塘边的芦苇是他的画笔。他小学毕业之后，为了生活，15岁就到上海郊区的一家木行去当学徒。在旧上海，当学徒无异于受苦受难的同义词。张乐平在木器行，白天晚上都要干活，但他对画画的爱好丝毫都没有减少。他没有钱买纸，而木器行里除了账簿和信纸之外就没有其他纸张了。当时，木器行的老板爱抽烟，张乐平就利用他为老板卷纸烟的机会，将纸留下一条空白，其余地方都画上画。不久以后，老板发现了，张乐平不得不另谋生路。后来，张乐平进过私立美术学校，在印刷厂当过练习生，在维罗广告公司绘制广告画和加工来稿，也为教科书画插图，后来又进了三友实业社当绘图员……张乐平先生还画过一些时装设计画，曾经与叶浅予合作画《明光麻纱》的时装设计书。20世纪30年代初，年轻的张乐平成了上海滩上颇有名气的漫画家。