建安三年（198），荀攸随曹操征讨张绣。荀攸看到形势对曹操很不利，就对曹操说：“张绣与刘表联合对抗我们，互为犄角之势。但是张绣的粮饷全靠刘表供给，时间一久，刘表就会力不能支，必然与张绣分裂。所以，我们不如缓兵以待其变，这样即可诱而击敌。如果急切进攻，刘表必然拼死相救，我军不易取胜，到那时就会形成进退维谷之势。”
可是，曹操不听荀攸的劝告，坚持对张绣作战，刘表果然发兵相救，曹军失利，连曹操本人几乎都死在那里。
后来，曹操十分后悔地对人说：“这都是不听荀攸的话的结果啊！”从此，曹操对荀攸言听计从，甚为倚重，再也不敢轻易否定他的意见了。
建安五年（200），袁绍讨伐曹操。当时，袁绍的军队十分强大。同曹操相比，袁绍有很大的优势。但袁绍是个优柔寡断的人，而且作战指挥无方。曹操和袁绍相持在官渡，一时胜负难分。
就在曹操粮草将尽、十分着急的时候，袁绍手下的谋士许攸遭到袁绍的怒斥，一气之下决定投奔曹操。许攸直往曹营而来，被曹军捉住，许攸说：“我是曹丞相的老朋友，快快给我通报，就说南阳许攸来见丞相！”
军士到曹操寨中禀报，曹操正在休息，一听说许攸来了，知道他肯定对自己有所帮助，大喜过望，连鞋子都没来得及穿就迎了出来，并以贵宾之礼招待许攸。
曹操问许攸有何计策破敌，许攸说：“袁绍的军粮和其他军需物品都囤积在乌巢，现在由淳于琼把守。你可以挑选一些精兵，假称袁绍的将领领兵去那里守粮食，乘机放火烧掉粮草和其他物品，这样袁绍的军队不出三天就会不攻自乱！”
在多年的用兵中，断人粮草是曹操的惯用手段，因此曹操听后正中下怀，隆重地招待许攸。
第二天，曹操亲自选骑兵、步兵共5000人，准备去乌巢劫粮。曹操的左右张辽等人怀疑许攸，认为袁绍的囤粮场所不会不加以防备，劝曹操不要轻信许攸的话。
曹操说：“不必疑心，现在我军粮草已供应不上，不管是真是假都必须这么做。倘若不采用许攸的计策，我们也只能是坐以待毙啊！”
“功高莫过救驾，计毒莫过绝粮”，曹操这一招不失为上策，因为在冷兵器时代粮草是军队的命脉、更是军队的士气。那么，作为曹操的谋士之一的荀攸，有没有没过用这一招呢？
其实，荀攸早就有这个看法了，只是不知袁绍的虚实。在许攸到来后，他就坚定地主张曹操亲自率兵去乌巢。于是，曹操对自己的营寨进行了周密的布置后，命令重兵把守好大寨，在左右两侧埋伏了一定的兵力防止袁绍偷袭。然后，曹操亲自率领5000人马，打着袁绍的旗号，每人都背上草木，乘黑夜偷偷朝乌巢进军。
曹操领兵前往乌巢，一路上遇到袁绍的寨兵，就说：“蒋奇奉命往乌巢护粮。”袁军看他们打的都是自己的旗号，也不再有什么疑心了。到四更时，曹操的队伍到达乌巢后，曹操立即命令士兵点燃草木，一面敲鼓一面呐喊，直杀得敌军落荒而逃。
袁绍在乌巢粮草被烧，损失惨重，又失去了许攸等栋梁之才，军中士气低落，人心恐慌。这时，许攸又为曹操出主意说：“今日袁绍残兵败将归去、人心不稳，应乘胜速取袁绍大本营，这样就可以消灭袁绍的有生力量。”曹操又依计而行，取得了很大的胜利。
这时，荀攸又向曹操献计说：“现在可以乘胜追击，可以传假情报说我军将调拨人马，一路作出攻取酸枣和邺郡（今河南延津和安阳）的样子；另一路作出攻打黎阳（今河南浚县）的样子，断袁兵归路。袁绍如果听说了这个传闻，以他多疑的性格必定会信以为真，就会分出兵力阻击我军。我方可乘他调兵拔寨之时急攻袁寨，袁绍的军队本来就没有什么斗志，定能破敌。”
曹操听了的荀攸的这番话后，觉得十分有道理，就立即采用荀攸的计谋，出动三路人马，并四处扬言散布迷惑袁绍的消息。袁军听到消息后，急忙报告袁绍：“曹操分兵两路：一路取邺郡，一路取黎阳了。”
袁绍信以为真，急忙派兵10万人分别支援救邺郡和黎阳，连夜急行军走了。曹操见状，立即集中大队兵马乘虚而入，冲向袁绍的营寨，结果袁军被打得兵四处逃散。袁绍连盔甲都来不及披上，就带着幼子袁尚逃奔而走，曹军在后紧追不舍。袁绍为了渡河逃命，就把金银财宝、图书车辆全都丢弃，只带随身骑兵800多人一同逃往黎阳，曹军大获全胜。
在曹操征伐吕布时，荀攸也随曹操一起。吕布在曹军和刘备等各路军队的围攻下，败退到下邳。虽然经过多次进攻，曹军仍然攻不下城池。这时，曹操的军队已经疲惫不堪了，曹操也想撤兵回宛城，但荀攸坚决反对。荀攸对曹操说：“吕布虽然勇敢，但无计谋。如今他三战三败、锐气大减，虽在固守，军队已没有奋斗的意志了，如果再坚持一段时间，敌人就会不攻自败。吕布手下虽然有陈宫那样的谋士，但陈宫设谋迟慢，不能适应形势的变化，我们应当赶在吕布的锐气尚未恢复、陈宫的计谋尚未设定的时刻，想法紧急攻击，这样吕布一定能被攻破。”
曹操急忙问荀攸：“有什么好办法呢？”
荀攸说：“可以先摧毁城墙，即可一举进攻。”
于是，曹操指挥曹军引沂水和泗水灌进下邳城，结果大水冲垮了城墙，吕布军队不战而败，吕布则被曹操活捉而杀。
袁绍死后，他的几个儿子为了私利相互争斗。建安七年（202），荀攸随曹操讨伐袁谭、袁尚到黎阳，第二年曹操又去征伐刘表。正在这时，袁谭、袁尚兄弟二人为争夺冀州发生内讧。
为了打败自己的弟弟，袁谭派人到曹操军中乞求归降，请曹操援助自己。曹操就请谋士大臣一起商议，大多数人都认为应当先讨刘表。因为刘表强大，而袁谭、袁尚不仅不团结，相互之间争斗不息，也没有得力的将领、谋士辅佐，不足为虑。
只有荀攸不同意这种意见，他说：“刘表父子如同豚犬一样，只是看门守家而已，并没有征服天下的雄心壮志，要不然正当天下混乱大有作为的年代，他却守在江、汉之间稳坐不动。袁绍曾占据四州地盘，拥有精兵50万，基础十分雄厚，经过了多年的经营已经赢得了人心。现在他们兄弟相争正是我们灭掉他们的大好时机，如果我们不接受袁谭的投降，使他感到无路可走，再去和他的弟弟讲和，到那时他们两人和睦相处、子承父业，那么天下的苦难就不可能平息了。如今他们兄弟相残、势不两立，如果其中有一人被兼并，那么他们的力量就强大多了、会不易对付，应该趁他们内部战乱的时候攻击他们，天下就平定了，可不能坐失良机啊！”
正因为荀攸性格敦厚，对曹操也是尽心尽力，曹操才一次又一次地采纳他的建议，出兵打败了袁尚。袁尚被消灭以后，果然不出荀攸所料，袁谭立即反叛曹操。这样一来，袁谭就势单力孤了，曹操在南皮将他杀死。
平定冀州之后，曹操在向皇帝为荀攸请功的奏章中说：“军师荀攸，自辅佐臣起，每次征战必随臣前往，臣前后能攻克那么多强敌，都是荀攸出的计谋。”
于是，朝廷准奏封荀攸为陵树亭侯。在曹操北伐三郡乌桓后，荀攸被任命为尚书令。纵观荀攸之谋，无奇谋、无邪谋、无忍谋，可以说他一生使用的都是正谋。