文件显示，1991年至1998年期间，中情局海外谍报工作大幅度萎缩，包括文职和军事人员在内，已经流失2万多人，但中情局的人头费却从47亿美元增加到54亿美元。倘若不是由于裁员，中情局的人员开支可能还要增加14亿美元。中情局的经费每年高达300亿美元，主要用于13个部门，以及军事卫星和其他技术设备的维护。
这份文件是由当时中情局情报搜集部门的助理主管查尔斯·阿伦提供的。文件透露，中情局曾设立一个特别办公室，专门负责对包括伊朗、中国、朝鲜、古巴和俄罗斯在内的5个重点国家进行谍报渗透。这5国是根据克林顿总统为加强美国情报工作而颁布的第35号总统令确定的。
绝密文件是由日本的一个秘密渠道提供的。但是，约翰·扬连同日本国家安全局的400名特工人员的名单一起搬上地下卷宗。日本政府向美国提出抗议。日本司法部希望约翰·扬把日本特工名单从网上删除，因为这使日本情报机构的运作方式彻底暴露。
日本国家安全局还怀疑，泄露文件的是该局1998年12月被迫辞职的一名前特工人员。这名特工曾因泄露情报被日本司法部门调查起诉，辞职后便在以他自己名字命名的网站上公开张贴该局的文件和成员花名册。
很快，两名美国联邦特工就找到了约翰·扬，要求他关闭网站。一名特工还说：“你公布的资料过于详细，这严重威胁国家利益。”约翰·扬并没有买联邦调查局的账，还很快把这两个特工的名字公之于众。
有趣的是，3年后又发生了类似情况。有两名特工带着调查局的联合反恐怖行动组突然造访约翰·扬，希望他能撤掉地下卷宗上几张有关美国核设施周围地貌的高精度照片，并上交所有可能帮助他们粉碎恐怖分子计划的信息。几位特工似乎知道3年前他们同伴的遭遇，所以说得非常委婉：“有什么方法可以说服你停止做这些事情？”
约翰·扬说：“他们都是不坏的家伙，一直很有礼貌，似乎还有点害羞。”
即使这样，约翰·扬还是拒绝撤下卫星图片，并告诉两位特工，如果他自己有任何关于恐怖威胁的信息，他们可以在网站上看到。等几名特工一走，他立刻把这些人的名字公布在地下卷宗上。
千万别信我们
美国《雷达》杂志记者曾采访过约翰·扬，他反问记者最多的一个问题就是：“我为什么要相信你？”在那位记者的笔下，约翰·扬是个多疑的人，冷漠的旁观者，不愿和人打交道。
约翰·扬是个执著的人，经过十多年的积累，地下卷宗已经成为一个巨大的机密信息数据库。“我喜欢把自己看成是一个图书馆，一个反叛的图书馆。”约翰·扬说，“人们有权决定是否相信上面的东西。”
不过，约翰·扬也反复强调：“千万别相信我们，没准我们就是为政府工作的人。如果你毫无保留地相信（网站）的信息，那就太愚蠢了……”
约翰·扬曾如此形容他所揭露的情报机构：“成员达到几十万，分布世界各地，建筑在秘密之上的庞大组织。他们是世界上最不可信任的人。它在腐蚀我们的文化。没有任何东西应该是保密的。”
约翰·扬认为原始信息可能是存疑的。在经过研究、调查、考证之前，它可以是欺骗的工具。人会说谎，虚假信息也无处不在。“人们会利用你，为了达到自己的目的，他们会试图让你相信并不存在的事情。”
几年前，安东尼·海登·盖斯特给约翰·扬打电话，要求见面请他喝一杯。当时，盖斯特是个小有名气的作家，是《间谍》杂志“铁人夜生活十项全能比赛”两届冠军。在传媒界被称为倒霉的流氓，满肚子奇特、令人难以置信的故事。他的哥哥克里斯托夫与人合作创作了影片《摇滚万岁》，也是影片《风载歌行》的导演。盖斯特喜欢在半夜，从叙利亚之类的地方给杂志编辑打电话，推销惊人的故事。
盖斯特给扬打电话时，并没有受任何报刊之托，他只是对地下卷宗很有兴趣。喝酒时，滔滔不绝的盖斯特说：“曾被指控为MI6间谍。”之后，盖斯特为一份英国报纸写了一篇赞扬约翰·扬的文章。后来，盖斯特又一次给约翰·扬打电话，说要为《雷达》杂志写一篇关于他的文章。他们在盖斯特的纽约公寓见面，谈了3小时，盖斯特还录下了谈话内容。之后，他再没有和约翰·扬联系。
约翰·扬认为盖斯特是个英国间谍，是MI6派来刺探他的，只是以《雷达》杂志为幌子。
说到这里，用《雷达》杂志记者的话就是：“地下卷宗公布了数万份政府拒绝公布的资料。有趣的是，这些资料在揭露权力机关在撒谎的同时，也提醒每个人，即使是地下卷宗公布的资料，你能确信它们是真的吗？你恐怕永远无法知道到底是谁在撒谎。”
曾经被杀鸡儆猴
地下卷宗发表的绝密档案，经常使美国中央情报局、英国军情六处等间谍机构狼狈不堪，有时更让它们恼羞成怒。因此，地下卷宗网站经常出现莫名其妙就被断网的现象，有时甚至接连几天都上不去。联邦调查局特工已经多次拜访扬的家，还有的试图关闭他的网站，但是被网络服务商拒绝。
硬的不行，就来软的，情报机构开始改变策略。
约翰·扬曾收到美国联邦调查局的一封短信。联邦调查局一改往日骄横的态度，语气变得异常温和。这次是因为日本政府不满地下卷宗公开日本国际安全局的运作情况。联邦调查局在邮件中说：“我们谨代表日本有关机构向您转达他们的请求，他们请求您放弃有关他们的一些档案。”
2010年2月，地下卷宗又曝光了微软的“全球犯罪调查手册”（GCCH）。这份长达22页的手册，介绍了微软为执法机构提供的对在线平台服务用户个人数据的监控服务，涉及的服务包括：身份认证服务，如Windows Live ID；E-mail服务，如Hotmail；IM服务，如Windows Live Messenger；SNS服务，如Windows Live Spaces和Groups；自定义域名服务，如Windows Live Admin Center；在线存储服务，如Windows Live SkyDrive；游戏平台，如Xbox Live。
涉及的用户数据包括登录IP地址记录、信用卡、聊天记录、注册记录等。例如，IM聊天记录用于寻找丢失儿童，游戏记录可找回被窃Xbox主机，邮件可帮助追踪恐怖分子。
执法机构可通过网页表格和表单形式访问相关数据，但并不能随意访问，他们必须有法院传票或手令才可获得访问数据的权限。
这次曝光，惹怒了微软。
微软表示，手册资料归微软版权所有，未经授权不得公布。地下卷宗的做法违背了《数字千年版权法》（DMCA），因此应当删除手册内容。微软也与网络供应商进行交涉。约翰·扬很快就收到了网络供应商的通知，要求其在2月25日前删除侵权的资料，否则将关停网站。
约翰·扬随即在网站上公开发表声明，拒绝删除手册。
收到约翰·扬的回复后，网络供应商毫不留情关闭了地下卷宗。随后，维基解密表示愿意暂时托管地下卷宗，不过是在美国境外。
不过一天不到，微软便忽然通知网络供应商，称他们撤回对地下卷宗的指控，地下卷宗随后恢复了网站运行。
这并不是地下卷宗第一次与微软发生矛盾。2009年底，微软一款名为“COFEE”的警用计算机破解取证工具泄露到网上，很多BT网站纷纷提供了下载，其中就包括地下卷宗。微软与约翰·扬进行交涉，要求删除“COFEE”下载，否则将采取措施关闭整个地下卷宗域名和网站。当时，约翰·扬迫于压力，删除了“COFEE”下载。
在此之前，地下卷宗还泄露过Yahoo、Facebook、AOL、Skype等公司的类似文档，甚至还有指导黑客如何“合法入侵”PayPal、Myspace、Facebook、Cox以及Yahoo等的指导文件。但只有微软使出了撒手锏。尽管Yahoo也曾通过《数字千年版权法》要求约翰·扬删除文档，但在约翰·扬拒绝后，Yahoo就放弃了。
不与维基解密搅合
虽然地下卷宗和维基解密都是泄密网站，但约翰·扬并不喜欢其他人把他和维基解密搅和在一起。
“维基解密把自己的身份和操作方式隐藏得密不透风，又有谁能放心地把自己拥有的重要资料放心地托付给他们，同时又感觉自己的安全得到足够保障？”约翰·扬这样说。虽然阿桑奇在多种场合将他奉为“维基解密的精神教父”，并一度在维基解密网站附加了地下卷宗的链接，但约翰·扬始终认为自己与阿桑奇道不同不相为谋。
他说：“也许这个站点仅仅是个中情局或者其他政府安全机构的钓鱼工具，即便不是，维基解密宣扬的信息透明革命也只是老调重弹，没什么新鲜玩意儿。”
2007年初，作为维基解密顾问委员会委员的约翰·扬就和阿桑奇发生争执，焦点是维护一个泄密网站，每个月的开销是多少？约翰·扬说，他每个月花在地下卷宗的资金不会超过100美元，但维基解密高层认为，维基解密是一个大型工程，光服务器就有十几台，此外还要配备足够的人手维护网站以及对外宣传，所以每个月对维基解密的投入起码要6位数。这个分歧最终导致约翰·扬离开。
约翰·扬说：“表面上，我和他们（维基解密）做的事差不多，这也是最初我答应加入他们的顾问委员会的原因。但我后来慢慢发现，维基解密团队希望建立一个有很多人参与的网站，这和我的想法有很大的差别。我并不希望有太多的人参与，比如我的地下卷宗，目前几乎就是我一个人在做。此外，我觉得维基解密的最终目标似乎是颠覆政府，为此，他们大量使用新闻媒体资源。而我对这个不感兴趣，新闻媒体对我来说只是获取资料的一个渠道。”
这场争论风波之后，约翰·扬和维基解密的关系变得紧张起来。
约翰·扬说：“他们指责我是老古董，嫉恨维基解密的发展速度。”