此后，地下卷宗便开始有了一些情报机构的秘密档案，建设成为专门收集秘密信息的网上数据库。此外，还会有一些和情报机构有密切联系的人时不时传送一些秘密信息。比如美国中央情报局（CIA）对伊朗和朝鲜“核威胁”的评估档案；互联网服务商经常向美国联邦调查局（FBI）提供客户资料的内幕……这些档案都曾轰动一时。
用《华盛顿邮报》专栏作家和NBC新闻军事分析家威廉·阿尔金的话说，地下卷宗是“国家安全的Google”，它是一个得到精心维护的网上信息纲要。在庞大的信息资料库中，一部分是向公众开放的，有些则不是。它的目的就是挖掘揭露情报世界的秘密。网站的设计干净简洁。白色的背景上罗列了一些简单的红色链接和文本文件。约翰·扬收集的材料大多数枯燥乏味，但是另一些却危险到甚至可以让人呼吸急促。
约翰·扬对此解释道，保密和泄密之间的战争几千年前就开始了，“这场战争一直是技术与技术、一群人与一群人之间的对抗”。在地下卷宗公布的机密信息中，有相当一部分是前情报人员或者知情者匿名提供的。比如他曾获得的日本国家安全局特工名单，就是一个对现状不满的前日本特工给他的，时间是在2000年7月。
约翰·扬也花钱买情报。他曾付给一名法庭记者9000美元，换取纽约法庭审判本，包括拉登和21名肯尼亚、坦桑尼亚美国大使馆爆炸案嫌疑犯的法庭纪录。
不过，约翰·扬更多的信息来自阅读各大报章刊发的司法类报道，他尽力从字里行间寻找蛛丝马迹。约翰·扬每天阅读《联邦登记》（除假日外，美国政府每日一期的出版物，包括各政府机构公告），经常援引《信息自由法案》申请查看政府文件，搜集所有关于情报世界的新闻，追踪法庭文件。
由于约翰·扬还有设计工作，所以只有在空余时间他才会阅读和回复网友给他的邮件。如果碰到有意思的信息，他就会把它贴到网站上。这些志愿者的数量确实不能和维基解密相比，而且维基解密背后有强大团队的支持，地下卷宗几乎只靠约翰·扬夫妇。
约翰·扬还曾把地下卷宗的全部文件刻制成了光盘出售，每张25美元，网站可以看到光盘销售广告。除此之外，经营维护网站的一切费用都是他掏腰包。
“地下卷宗好像国家安全领域的一个哨兵，”美国科学家协会政府保密工程组织负责人史蒂文·阿福特古德说，“约翰·扬看到了许多人看不到的东西，公布其他人不公布的东西。对我而言最有用的并非是那些疯狂的内容，而是它每天坚持不懈地对国家安全版图的监督。”
曝光英国军情六处特工网
1999年5月13日，地下卷宗公布了一份军情六处（又称MI6）116名驻外特工名单。
军情六处也称秘密情报处，军情六处与军情五处同时于1909年成立，原为英国情报机构海外谍报系统。1939年改组，归国防部领导。主要负责在国外进行情报间谍活动，如打入敌对国的组织内部进行策反、招募等。总部设在伦敦威斯敏斯大桥南边一幢20层楼内，对外称“政府电信局”，现在由外交部控制。
名单公布之后，军情六处一片恐慌。
媒体纷纷猜测名单的真伪。在一番穷追猛打之后，终于挖出有价值的线索。比如，迈克尔子爵和剑桥大学退休教授普里查德，很早以前就被猜测是军情六处的秘密特工。迈克尔不到40岁就获得英国颁发的英帝国军官勋章。迈克尔很可能在正常外交工作之外，还有“卓越”的贡献，否则不会获得此项殊荣。普里查德教授一直被认为是军情六处在剑桥大学招聘特工的代理人。而在这次公布的特工名单上，真的有这两个人的名字。
这份名单文件，一开始还用大量篇幅揭露军情六处如何阴谋暗杀戴安娜王妃，如何秘密策划车祸。文件还显示，一位军情六处的前特工人员认为，告诉英国人民戴安娜去世的真相，是自己身为英国公民的职责所在。名单最后注明：信息亦假亦真。
对此，军情六处立刻作出反应。一方面，通过英国政府紧急给美国政府发照会，要求立刻关闭地下卷宗。另一方面紧急辟谣，召开新闻发布会称此名单不真实，暗中却通知所有名单中涉及的海外特工注意防范，以免发生危险。
很快，军情六处就把名单的泄密者锁定在两个人身上。一个是被军情六处扫地出门的前特工理查德·汤姆林森。因为他一直扬言要与军情六处决一死战，为自己讨个公道。另一个是埃及百万富翁法耶兹。他的儿子小法耶兹与戴安娜一起在车祸中身亡。法耶兹一直对儿子的死耿耿于怀，多次扬言要揭露军情六处的肮脏内幕。
实际上，这份特工名单最初是在美国和瑞士的网站上公布的，在英国政府的强烈要求之下，这些网站都删除了这份名单。但是约翰·扬早已把它拷贝下来。
“我们不讨论个人，”一名军情六处发言人说，“但是名单被公布显然无助于我们的工作，并且是危险的。”
“我认为他造成的破坏巨大。”36岁的中情局退休特工彼得·欧内斯特说。欧内斯特在华盛顿国际间谍博物馆担任执行馆长。他是美国情报官员协会董事会主席，会员主要是退休间谍、军队情报官员，还包括报道情报新闻的记者。
就连约翰·扬的仰慕者也承认他有些过分。“我认为这样做是不负责的。”阿福特古德说，“如果有人因为身份在地下卷宗上被曝光而受到伤害，或者有被卫星照片公布的设施遭到袭击--我简直不敢去想后果。”
但是在约翰·扬看来，抱怨特工安全被侵害纯粹是行业花招。你无法和特工理论，因为他们所说的一切都是谎话。“一名前特工曾经告诉我说：‘不要相信那些，都是标准剂量，是策略。’如果你相信这些，就说明你不了解间谍工作。他们如此频繁地撒谎，安插如此多的假特工，安排如此多的假行动，他们甚至经常故意暴露自己人的身份--你能做的他们都做过了。事实上，他们希望你搅进去，把水搅得更混。”
2005年8月21日，地下卷宗又公布了新的军情六处特工名单，可以看作是1999年名单的补充和更新。名单上整齐地列着军情六处74名秘密海外特工的姓名、年龄、间谍经历和现任职务。他们大多数集中在亚洲、非洲和澳大利亚三大洲。其中有6名特工曾在北京、香港和台湾从事间谍活动，有很多人至今仍在任。亚非十几个国家的现任英国大使的大名赫然出现在秘密特工名单上。
与1999年公布的名单相比，有10名特工再次出现在新名单上。新名单还补充了他们在过去的6年在世界各地的间谍活动。而且，新特工名单开头的第一句就说：“感谢A。”除此之外，全文没有提到任何有关泄密者的信息，甚至连“亦假亦真”的标注也省去，似乎对这份名单有充分的自信。军情六处这次想揭开“A”的神秘身份，是难上加难。
英国军情六处有2000多名工作人员，驻外间谍大约350多名。1999年名单曝光的特工平均年龄47岁左右，身份特征非常类似，几乎全是英国剑桥或牛津大学的毕业生，都是高级知识分子，能讲多国语言，与王室关系良好，有四分之一的人曾获得过国家颁发的各种荣誉勋章。2005年名单曝光的特工，社会背景也大致相同，大多出生在20世纪五六十年代，很多人都有博士学位，大使级的人物至少会讲5国语言。
对于两次特工名单曝光事件，一向消息灵通、反应迅速的英国媒体却只字未提，只有英国《卫报》在极其隐秘的角落里发表了一篇语焉不详的报道。《卫报》报道称，英国掌管新闻出版的机构下令：不管其他国家有没有公布名单，英国媒体不能在英国本土公布军情六处特工姓名。军情六处内部，此时也是一片静悄悄。
这次，英国政府没有直接和约翰·扬进行交涉，而是试图让地下卷宗的网络服务商关闭该网站，但是遭到了拒绝。此后，就有黑客曾试图用拒绝服务式攻击，关闭约翰·扬的网站。
此外，2000年2月12日，约翰·扬还在地下卷宗上泄密了一份与军情六处有关的暗杀卡扎菲未遂计划的绝密报告。这份代号为CX95/53452的报告题目为《利比亚：1996年初推翻卡扎菲的计划进展顺利》，内容显示，英国情报人员曾在1996年参与刺杀利比亚领导人卡扎菲的行动，行动最终告败。报告详细说明了暗杀计划在何时何地进行，并称至少发给密谋者及其支持人员250件英制武器。
报告披露，1995年11月，密谋者与英国女王陛下政府建立了联系。这位人士提供了“他也在其中的推翻卡扎菲计划”的细节，他说，“其他密谋者知道他与英国女王陛下政府接触，但是并不完全赞同”。报告说：“政变定于新一届总人民代表大会1996年2月14日开会前后，将以的黎波里、米苏拉塔和班加西的骚乱为开始。（以前）暗杀卡扎菲的计划（1995年8月）被保安警察破坏了。”“密谋者将乘坐与卡扎菲的随行警卫人员相似的车子，车子装上假的保安部队车牌。他们将混入随行人员之中，以便暗杀和逮捕卡扎菲。”
军情六处分期付给这位密谋者10万英镑，资助他们购买吉普车和武器。
事实也证实了这点。1996年初，在一次阅兵仪式中，卡扎菲的车队被炸，他的几名近身保镖被炸死，然而卡扎菲却九死一生得以逃脱。
泄露日本国家安全局特工名单
日本国家安全局是按照美国中情局模式在1952年建立的。主要任务是搜集日本国内外的各种情报，其与美国中情局往来甚密。近年来，日本国家安全局的最大功绩就是侦破奥姆真理教制造的东京地铁毒气案。
2000年7月，地下卷宗公布了美国中情局的一份秘密文件。文件是1998年日本情报官员访问中情局总部时，中情局人员为日本人准备的一份有关美国情报系统的简介，其中包括中情局的预算和人员流动的汇报。