乙未三月，中日和约签定。依约第二条，台湾及澎湖群岛都割归日本，台湾绅民反对无效，因是积极筹建民主国，举唐巡抚为大伯理玺天德，以元武旗（蓝地黄虎）为国旗。军民诸政先由刘永福，丘逢甲诸人担任，等议院开后再定国策。那时，先生任筹防局统领，仍然屯兵番社附近诸隘。日本既与我国交换约书于芝罘，遂任桦山资纪为台湾总督，会见我全权李经方于基隆港外，接收全岛及澎湖群岛。七月，基隆失守，唐大伯理玺天德乘德轮船逃厦门，日人遂入台北。当基隆告急时，先生率台南防兵北行，到阿里关，听见台北已失，乃赶回台南。刘永福自己到安平港去布防，令先生守城。先生所领的兵本来不多，攻守都难操胜算，当时人心张惶，意见不一，故城终未关，任人逃避。先生也有意等城内人民避到乡间以后，再请兵固守。八月，嘉义失守，刘永福不愿死战，致书日军求和，且令台南解严，先生只得听命。和议未成，打狗、凤山相继陷，刘永福遂挟兵饷官帑数十万乘德船逃回中国。旧历九月初二日，安平炮台被占，大局已去，丘逢甲也弃职，民主国在实际上已经消灭，城中绅商都不以死守为然，力劝先生解甲。因为兵饷被刘提走，先生便将私蓄现金尽数散给部下。几个弁目把他送出城外。九月初三日，日人入台南。本集里，辛丑所作《无题》便是记当日刘帅逃走和他不能守城的愤恨。又，乙未《寄台南诸友》也是表明他的心迹的作品。
民主国最后根据地台南被占领后，日人悬像编索先生。乡人不得已，乃于九月初五日送先生到安平港，渔人用竹筏载他上轮船。窥园词中《忆旧》是叙这次的事。日人登船搜索了一遍，也没把他认出来。先生到厦门少住，便转向汕头，投宗人子荣子明二位先生的乡里，距浦不远的桃都。子荣先生劝先生归宗，可惜旧家谱不存，入台一世祖与揭阳宗祠的关系都不得而知，这事只得罢论。子荣昆季又劝先生到南洋去换换生活。先生的旅费都是他们赠与。他们又把先生全家从台湾接到桃都，安置在宗祠边的别庄里。从此以后，先生的子孙便住在中国，其余都留在台湾。
先生在新加坡，曼谷诸地漫游，足够两年。囊金荡尽，迫着他上了宦途。但回到兵部当差既不可能，于是“自贬南交为末史”去了。先生到北京投供吏部，自请开去兵部职务，降换广东即用知县，加同知衔。他愿意到广东，一因是祖籍，二因朋友多。又因漳州与潮州比邻，语言风俗多半相同，于是寄籍为龙溪县人。从北京南下，到桃都把家眷带到广州，住药王庙兴隆坊。丁酉戊戍两年中帮广州周知府与番禺裴县令评阅府县试卷。己亥，委随潮州镇总兵黄金福行营到惠潮嘉一带办理清乡事务。庚子，广州陈知府委总校广州府试卷。不久，又委充佛山汾水税关总办，辛丑，由税关调省，充乡试阅卷官。试毕，委署徐闻县知县。这是他当地方官的第一遭。
徐闻在雷州半岛南端，民风醇朴。先生到任后，全县政事，只用一位刑名师爷助理，其余会计钱粮诸事都是自己经理。每旬放告，轻的是偷鸡剪钮，重的也不过是争田赖债。杀人越货，罕有所闻。“讼庭春草荫层层，官长真如退院僧”，实在是当时光景。贵生书院山长杨先生退任，先生改书院为徐闻小学堂，选县中生员入学。邑绅见先生热心办学，乃公聘先生为掌教，每旬三六九日到堂讲经史二时。有清以来，县官兼书院掌教实是罕见。先生时到小学堂，与学生多有接触，因此对于县中人情风俗很能了解。先生每以“生于忧患，死于晏安”警策学生。又说：“人当奋勉，寸晷不懈，如耽逸乐，败放僻邪侈，无所不为。到那时候，身心不但没用，并且遗害后世。”他又以为人生无论做大小事，当要有些建树，才对得起社会，“生无建树死嫌迟”也是他常说的话。案头除案卷外，时常放一册白纸本子，如于书中见有可以警发深思德行的文句便抄录在上头，名为补过录，每年完二三百页。可惜三十年来浮家处处，此录丧失几尽，我身边只存一册而已。县衙早已破毁，前任县官假借考棚为公馆，先生又租东邻三官祠为儿辈书房。公余有暇，常到书房和徐展云先生谈话，有时也为儿辈讲国史。先生在徐闻约一年，全县绅民都爱戴他。
光绪二十九年，广东乡试，先生被调入内帘。试毕，复委赴钦州查办重案。回省消差后，大吏以先生善治盗，因阳春阳江连年闹匪，乃命他缓赴三水县本任，调署阳春县知县。到阳春视事，仅六个月，对于匪盗，剿抚兼施，功绩甚著，乃调任阳江军民间知兼办清乡事务。在阳江三年，与阳江游击柯壬贵会剿土匪，屡破贼巢，柯公以功授副将，加提督衔；先生受花翎四品顶戴的赏。阳江新政自光绪三十年由先生渐逐施行，最重要的是遣派东洋留学生造专门人材，改濂溪书院为阳江师范传习所以养成各乡小学教员，创办地方巡警及习艺所。
光绪三十二年秋，改阳江为直隶州，领恩平，阳春二县。七月初五日，习艺所罪犯越狱，劫监仓羁所犯人同逃。那时，先生正下乡公干，何游击于初五早晨也离城往别处去。所长莫君人虽慈祥，却乏干才，平时对于所中犯人不但未加管束，并且任外人随时到所探望。所中犯人多半是礅犯，徒刑重者不过十五年，因此所长并没想到他们会反监。初五日下午，所中犯人突破狱门，登监视楼，夺守岗狱卒枪械，拥所长出门。游击衙门正在习艺所旁边，逃犯们便拥进去，夺取大堂的枪枝和子弹。过监仓和羁所，复破狱门，迫守卒解放群囚。一时城中秩序大乱，经巡警，和同知衙门亲兵力击，匪犯乃由东门逃去，弃置莫君于田间。这事情本应所长及游击负责，因为先生身兼清乡总办，不能常驻城中，照例同知离城，游击便当留守。而何游击竟于初五早离城，致乱事起时，没人负责援救。初六日，先生自乡间赶回，计逃去重犯数十名，轻罪徒犯一百多名，乃将详情申报上司，对于游击及所长渎职事并未声明。部议开去三水本任，撤职留缉。那时所中还有几十名不愿逃走的囚徒，先生由他们知道逃犯的计划和行径，不出三个月，捕回过半。于是捐复翎顶，回省候委。十二月，委办顺德县清乡事务，随即委解京饷，丙午丁未两年间可以说是先生在宦途上最不得意的时候。他因此自号春江冷宦。从北京回广州，过香港，有人告诉他阳江越狱主犯利亚摩与同伴都在本岛当劳工，劝他请省府移文逮捕归案。先生说：“上天有好生之德，我所以追捕逃犯，是怕他们出去仍为盗贼害民。现在他们既然有了职业，当要给他们自新的机会，何必再去捕杀他们呢？况且我已为他们担了处分，不忍再借他们的脂血来坚固自己的职位。任他们自由罢。”
光绪三十三年五月赴三水县任。三年之中，力除秕政。向例各房吏目都在各房办公，时间无定，甚至一件小案，也得迁延时日。先生乃于二堂旁边设县政办公室，每日集诸房吏在室内办公，自己也到室签押。舞弊的事顿减，人民都很愉快。县中巨绅，多有豢养世奴的陋习，先生严禁贩卖人口，且促他们解放群奴，因此与多数绅士不协，办事甚形棘手。县属巨姓械斗，闹出人命。先生秉公办理，两造争献贿赂，皆被严辞谢绝。他一生引为不负国家的两件事，一是除民害，一是不爱钱。《和耐公六十初度》便是他的自白之一。当时左右劝他受两造赂金，既可以求好巨绅，又可以用那笔款去买好缺或过班。贿赂公行三十年来公开的事情。拜门，钻营，馈赠，是官僚升职的唯一途径。先生却恨这些事情，不但不受贿，并且严办说项的人。他做了十几年官，未尝拜过谁的门，也未曾为求差求缺用过一文钱。对于出仕的看法，他并不从富贵着想。他尝说：“一个人出仕，不做廊庙宰，当做州县宰。因为廊庙宰亲近朝廷，一国人政容我筹措；州县宰亲近人民，群众利害容我乘除。这两种才是真能为国效劳的宰官。”他既为公事得罪几个巨绅，便想辞职，会授电白县，乃卸事回省。将就新任，而武昌革命军起，一月之间，闽粤响应。先生得漳州友人电召回漳，被举为革命政府民事局长。不久，南北共和，民事局撤消，先生乃退居海澄县属海沧墟，号所居为借沧海居。
住在海沧并非长策，因为先生全家所存现款只剩那用东西向汕头交通银行总办押借的五百元。从前在广州，凡有需要都到子荣先生令嗣梅坡先生行里去通融。在海沧却是举目无亲，他的困难实在难以言喻。陈梧冈先生自授秘鲁使臣后，未赴任，蛰居厦门，因清鼎革，想邀先生落发为僧，或于虎溪岸边筑室隐居。这两事都未成功。梧冈先生不久也谢世了。台湾亲友请先生且回故乡，先生遂带着叔午叔未同行。台南南庄山林尚有一部分是先生的产业。亲友们劝他遣两个儿子回台入日籍，领回那一大片土地。叔未本有日籍，因为他是庶出，先生不愿将这产业全交在他的手里，但在华诸子又没有一个不愿回乡入籍。先生于是放弃南庄山林，将所余分给留台族人，自己仍然回到厦门。在故乡时，日与诗社诸友联吟，住在亲戚吴筱霞先生园中。马公庙窥园前曾凭给日本某会社为宿舍，家人仍住前院，这时因为修筑大道定须拆让。先生还乡，眼见他爱的梅花被移，旧居被夷为平地，窥园一部分让与他人，那又何等伤心呢！
借沧海居地近市集，不宜居住，家人仍移居龙溪县属石美黄氏别庄。先生自台南回国后，境遇越苦，恰巧同年旧友张元奇先生为福建民政长，招先生到福州。张先生意思要任他为西路观察使，他辞不胜任，请任为龙溪县知事。这仍是他“不做廊庙宰当做州县宰”的本旨，他对民国前途很有希望，但不以武力革命为然。这次正式为民国官吏，本想长做下去，无奈官范民风越来越坏，豪绅劣民动借共和名义，牵制地方行政。就任不久，因为禁止私斗和勒拔烟苗事情为当地豪劣所忌，捏词上控先生侵吞公款。先生因请卸职查办。省府查不确，诸豪劣畏罪，来求先生免予追究。先生于谈笑中表示他的大度。从此以后，先生便决计不再从政了。
卸任后，两袖清风，退居漳州东门外管厝巷。诸子中，有些学业还未完成，有些虽能自给，但也不很丰裕。民国四年，林叔臧先生组织诗社，聘先生为社友，月给津贴若干，以此，先生个人生活稍裕，但家境困难仍未减少。故友中有劝他入京投故旧谋差遣的，有劝他回广东去的。当时广东省长某为先生任阳春知县时所招抚的一人。柯参将幕客彭华绚先生在省公署已得要职，函召先生到广州，说省长必能以高位报他。先生对家人说：“我最恨食人之报，何况他从前曾在我部属，今日反去向他讨唤饭地，岂不更可耻吗？”至终不去。
民国五年移居大岸顶。四月，因厦门日本领事的邀请，回台参与台湾劝业共进会，复与旧友周旋数月。因游关岭，轻便车出轨，先生受微伤，在台南休养。那时，苏门答拉棉兰城华侨市长张鸿南先生要聘人给他编辑服官三十五年事略，林叔臧先生荐先生到那里去，先生遂于重阳日南航。这样工作预定两年，而报酬若干并未说明。先生每日应支若干，既不便动问，又因只身远行，时念乡里，以此居恒郁郁，每以诗酒自遗。加以三儿学费，次女嫁资都要筹措，一年之间，精神大为沮丧，扶病急将张君事略编就，希望能够带些酬金回国。不料欧战正酣，南海航信无定，间或两月一期。先生候船久，且无所事，越纵饮，因啖水果过多，得痢疾。民国六年，旧历十一月十一日丑时卒于寓所，寿六十三岁。林健人先生及棉兰友人于市外买地数弓把先生的遗骸安葬在那里。
先生生平以梅自况，酷爱梅花，且能为它写照。在他的题画诗中，题目画梅花的诗占五分之三。对人对己并不装道学模样。在台湾时发起崇正社，以崇尚正义为主旨，时时会集于竹溪寺，现在还有许多社友。他的情感真挚，从无虚饰。在本集里，到处可以看出他的深情。生平景仰苏黄，且用“山谷”二字字他的诸子。他对于新学追求甚力，凡当时报章杂志，都用心去读。凡关于政治和世界大势的论文，先生尤有体会的能力。他不怕请教别人，对于外国文字有时问到儿辈。他的诗中用了很多当时的新名词，并且时时流露他对于国家前途的忧虑，足以知道他是个富于时代意识的诗人。
这《留草》是从先生的未定本中编录出来。割台以前的诗词多半散失，现存的都是由先生的记忆重写出来，因而写诗的时间不能断定。本书的次序是比较诗的内容和原稿的先后编成的。还有原稿删掉而编者以为可以存的也重行抄入。原稿残缺，或文句不完的，便不录入。原稿更改或拟改的字句便选用其中编者以为最好的。但删补总计不出十首，仍不失原稿的真面目。在这《留草》里，先生历年所作以壬子年为最多，其次为丙辰年。所作最多为七律，计四百七十五首，其次，七绝三百三十五首，五律一百三十二首，五绝三十八首，五古三十五首，七古二十三首，其它二首，总计一千零三十九首。在《留草》后面附上《窥园词》一卷，计五十九阕。词道，先生自以为非所长，所以存的少。现在所存的词都是先生在民国元年以后从旧日记或草稿中选录的，所以也没有次序。次序也是编者定的。