从总的用兵方略来看，这个方案尽管非常诱人，但官军是不可能执行的。官军的力量是否足以防止太平军突围奔散，是很令人怀疑的。即便他们有充足的军力，但官军各部之间的协调精神显然太差。曾国藩、曾国荃、左宗棠、李鸿章所部各行其是，使得这个方案不具有可操作性。最高统帅没有能力贯彻这样的战略。如果左宗棠是最高统帅，他肯定不会对南京实施长达11年的围攻，而会致力于将敌军圈逼到南京，然后发起最后一击。
然而，曾国藩一心图谋南京，让敌军四处乱窜。因此有人怀疑，左宗棠与李鸿章取得的成就，开始令他担心左李二人会使他那待在南京城下的弟弟曾国荃黯然失色。南京是一块大奖牌，会给攻克这座城市的人带来莫大的荣耀。曾国藩对这块奖牌并非麻木不仁，他不愿求助于任何人协助攻打南京，就是一个证明。当他同意“常胜军”去增援湘军时，他的这份心思便昭然若揭了。他用心良苦地制订了奖金的分配方案。［15］“常胜军”因种种原因没有开到南京，但是后来李鸿章能够轻而易举地协攻南京，他却非常圆滑地找借口不去增援，于是赢得了曾氏兄弟的由衷感激。黑尔说：“李鸿章这个克己自制的行为，动机也许是很复杂的，但他使曾国荃赢得了攻克敌军大本营这么一个垂涎已久的荣誉，也使曾国藩不得不对他的谦让和圆通而产生感恩图报之心。”［16］当南京最终收复之时，找到的不是珍宝——只有荣誉。
左宗棠在1863年秋季拒绝曾国藩的要求，没有向安徽增派兵力，几近于犯上。曾国藩是最高统帅，人们指望他就整体战场拿出作战方案，了解为了贯彻这个方案必须做些什么，而且成败的责任由他一人承担。在这种情况下，一名下属拒绝配合，会损害首脑拟定的整体布局。我们有理由肯定，如果把两人的位置颠倒过来，左宗棠决不会容忍任何借口，一秒钟都不会。不过，我们还得从当时特殊环境的角度来考察局势。官方的军事组织充其量只能说是一个松散的集团。还有一个根深蒂固的习惯：每个省，每个总督的辖区，基本上都只关心本地的安全。曾国藩虽然是最高统帅，却无法确定他的权力范围是否超越了他自己的总督辖区。不论回答是肯定还是否定，事实上他没有行使这种权力，而是向其他省份请求协助与合作。他似乎很愿意求人情，讲道理，以此来打动下属。
凡是不能做到有令必遵的统帅，迟早都会陷入危机，而下属们也将一败涂地。一代枭雄拿破仑就是因为不断容忍手下将领们的错误而惨遭滑铁卢之败。但我们不能以此来判断左宗棠的这一行为。很难证明他没有按照曾国藩的要求向皖南增兵会使这场战争延长时间，或者严重妨碍了曾国藩的计划。他有一个较之攻克南京更能照顾全局的计划。毋庸置疑，左宗棠的用兵之道总体而言比曾国藩的更加清晰，更为全面。这里不妨再一次指出，总督曾国藩从来不曾以大将自居，他给自己的定位是文官和学者。
当刘典在徽州地区警卫浙江的边界时，他的双亲之一去世了，无法通融的习俗要求他在守哀期间放弃军队的统领权。左宗棠派黄少春接替他的职务。太平军很快就来考验这位新任统领的勇气。10月20日，宁国开来的一支大部队突然出现在边界，由昌化翻越山岭，推进到浙江的临安，左宗棠的部队2周以后才将他们逼回安徽。他们的目的是攻击余杭城下的左军。
左宗棠于1863年12月20日将大营迁到富阳。5天后，他到余杭视察前线。他在给别人的信中说，他的身体仍然因疟疾而虚弱，他无法骑马，只能坐轿。在对该地全部视察之后，他决定对余杭发起一次总攻。他的3位最优秀的将领，蒋益澧、杨昌浚和黄少春，把各自的部队调集余杭。1864年1月3日，左宗棠从3面发起攻击。战斗进行了整整1天，左军在各处都被击退，损失惨重。此后1个月，他把注意力集中于杭州，只在余杭留下足以与敌军对峙的兵力。
1月10日，他完成了对杭州的包围，派出少量部队去海滨配合江苏军队。他于2月4日再对余杭发起一次总攻，又被严重挫败，在攻击中折损了将领余佩玉。太平军已被严密合围，他们的抵抗更加拼命。
1864年初，太平军发现自己已被限制在从南京到杭州的一条极为狭窄的地段上。江苏巡抚李鸿章在戈登接任指挥的“常胜军”协助下，逐渐将他们赶出了该省东部。太平军于1863年12月6日献出了苏州，又于1864年1月5日在奉贤遭到重创，撤离杭州湾北岸的平湖、乍浦与海盐。在安徽，官军已经收复宁国。在南京，曾国荃指挥5万名陆军，以及彭玉麟的28营水师，正在加紧围攻。水师有1.4万人，乘坐几百艘战船。鲍超守卫着宁国和芜湖。他的部队加上皖南各军共计约有3万人。李鸿章在江苏部署了大约5万人，其中包括3000到4000人的“常胜军”。他还得到英国人和法国人的有力援助，他们积极地协助淮军打击上海一带的太平军。左宗棠部当时约有4万人，包括2000到2500人的法中联合军，但他的兵力分布很广，从江西的景德镇直到杭州，他覆盖的战场事实上比其他人加起来还要广阔。太平军控制着南京、句容、溧阳、常州、广德、湖州、嘉兴和杭州。左宗棠在杭州城下战斗，总是担心太平军扫过皖南，突进江西或浙西。李鸿章从苏州向常州和太湖以南的嘉兴推进。鲍超守着宁国，而曾国荃在逼攻南京。
左宗棠认为广德是一个特殊重要的战略要地，它给太平军提供了一个集结点，当他们最终决定放弃南京－杭州地区时，随时可以穿过安徽进入江西。他写信给曾国藩，建议联合攻击广德，他可以从徽州派出一支劲旅协同作战。曾国藩谢绝了这个提议。李鸿章攻克了无锡，请求左宗棠派部队协助他攻取常州。很明显，在这几个杰出的领导人中，惟有左宗棠预见到了太平军在南京－杭州地区崩溃以后，会向其他战场奔散。
正在这时，左宗棠奉皇帝诏令，对当前局势发表看法。他说，南京大体上很快就会垮台，但反军仍然控制着句容－溧阳－广德一线，他们离开南京以后，将会在广德会合来自江浙的其他部队，形成强大的力量，分散在各地的官军无法及时集结足够的力量与之抗衡，以阻止他们奔向要去的地方——或许是江西和福建。他说，他曾3次致函曾国藩，提醒除了屯兵南京城下，还要注意其他要地。他觉得，如果一支军队待在一个地方，或者认为自己的任务就是控制几个要地，那么官兵很快就会养成被动的习惯，而忘记了进攻。敌军马上就会利用这种被动性，随行所欲，来去自由，而战争永无休止之日。他要求马上对广德发起联合攻势。［17］
看来曾左之间的关系越来越紧张，这段时间左宗棠致函曾国藩都用批评的语气，指责对方用人不当，错失良机。曾国藩回复道：
昔富将军咨唐义渠中丞云：“贵部院实属调度乖方之至。”贵部堂博学多师，不仅取则古人，亦且效法时贤。其于富将军可谓深造有得，后先辉映，实深佩服。［18］
左宗棠看了这封信，勃然大怒，再也不曾给曾国藩写私人信函。
2月初，左宗棠肯定太平军会开始突围，可是一支敌军主力从广德开进了浙江的昌化，他必须将之赶走。他向严州、开化、遂安、淳安和衢州派出援兵，下决心把敌军拦截在浙江境外。另一支太平军穿过遂安境内，取道开化，开进江西。不久，又有一支太平军在慈溪集结。左宗棠认为敌军准备从南京突围，集结于广德，然后向福建进军。他派黄少春率劲旅赶到严州，防止敌军选择徽州－严州路线。与此同时，他召回在家守丧的刘典，令他在湖南组建8000人的部队，开到江西作战。
同时他一点也没放松对杭州的围攻，还与江苏的淮军协同攻打嘉兴。对杭州的攻击反复发动，但只是取得了局部战果。嘉兴于3月24日易手，左宗棠的一些部队解脱出来，他准备对杭州发起联合攻击。3月31日，从四面八方发起最后的总攻。太平军顽强抵抗，下午暴雨倾盆，得以苟延残喘。但是官军很快又继续攻击，一直打到晚上。午夜时分，北门洞开，太平军从城内涌出。部分太平军从北面成功地突围逃脱。1864年4月1日，左宗棠占领了他的省会。这是一片名副其实的生灵涂炭的废墟，《年谱》作者只以一言蔽之：死伤无算。他说杭州的人口在太平军到来之前为81万，此城曾是帝国最富有的城市之一。左宗棠进城时，这里剩下的人口不到8万，这座光荣之城已经看不出昔日的辉煌。［19］
杭州易手后，康王放弃余杭北撤。左宗棠率部追逐康王直到武康。然后他回到杭州，派杨昌浚和蒋益澧前往武康和德清攻击敌军。4月9日和10日，两城落入左军手中。从余杭、杭州和嘉兴逃出的太平军在湖州会师。但他们并未久留湖州。侍王领着第一拨部队取道广德、徽州和婺源进入江西。康王很快就跟了上去，取道广德、徽州、遂安、开化进入江西。天王的兄长福王留下坚守湖州，也许是为了接应南京的逃军。除了天王，所有的太平军现在都知道逃离南京是不可避免的了。太平军从湖州到安吉连营不断，构成一道坚固的防线，在这道屏障后面，一拨又一拨太平军得以在安徽－浙江交界处的大山里避难，然后向南涌去。左宗棠如此关注广德城，看来是不无道理的。
左宗棠继续打击太平军，现在他已将敌军大部赶出浙江，太平军在该省只剩下最北端的据点。然而敌军死守安吉－湖州一线，似乎执意要将左军拦截在浙江境内。戈登已经渡过太湖，与鲍超连接起来，从宁国开始作战，攻克了溧阳。此地有1.5万名太平军驻守，壁垒森严，供给充足，但还是未能守住。［20］于是太平军切断为二，分别控制着南京－句容－常州一线和湖州－安吉－广德一线。
攻占溧阳之后，戈登和李鸿章进逼常州，于4月30日攻克此城，几千名太平军通过溧阳逃走，没有遭到驻军的拦截。逃军攻占了广德。他们在这里整编部队，南下江西，沿途对开化展开了为期5天的攻势。
常州之战是“常胜军”参与的最后一次作战，该部在此战之后不久就被遣散。李鸿章派兵前往湖州，协同左宗棠作战。李军从北面攻击，左军由南面进攻。