康熙即位之时，清朝处于虽然建立，但国家正百废待兴的局面。而康熙虽然当了皇帝，但因为年幼，国家大事的决断基本掌握在四位辅政大臣手中。这四位辅政大臣，索尼居首位，总掌启奏批红等大权，但年老力衰。排在第二位的苏克萨哈富有才干，但与鳌拜不和。其后的遏必隆则为人圆滑，不与人争锋。对权力最有野心的是鳌拜。为了在索尼退下之后掌控朝政，鳌拜一方面拉拢遏必隆，一方面借圈地事件打击苏克萨哈。在处理朝政时，鳌拜十分专横，根本不将康熙帝放在眼中。
康熙以退为进，在祖母的支持和帮助下，一方面避免与鳌拜发生正面冲突，一方面韬光养晦，专心学习治世本领，并寻找适当时机剪除鳌拜。
1667年6月，索尼去世。十二岁的康熙决心废除四大臣辅政体制，实行亲政。7月，实行亲政大典。不过，康熙虽然亲政，但原有辅政体制却未能发生变化。为了使康熙能够及早亲政，并迫使遏必隆和鳌拜也交出权力，苏克萨哈在康熙亲政第六天上书请求退隐。
在康熙尚未做出反应之际，鳌拜罗织了24条罪状陷害苏克萨哈，并强迫康熙将其处死。清除了苏克萨哈后，鳌拜更加肆无忌惮，朝廷所有政事，均由其决断；对于康熙帝的有些诏令，他也敢公开抗旨。这些使康熙意识到该是剪除鳌拜的时候了。康熙考虑到鳌拜亲信党羽遍布朝野，所以决定设计将其铲除。
康熙一方面在表面上麻痹鳌拜，一方面选择一群身强力壮的少年练习扑击之术。1669年5月，16岁康熙决定采取行动。他首先将鳌拜的党羽以各种名义派出，削弱鳌拜的势力，然后派人将鳌拜召入宫中擒获。鳌拜的党羽在此之后也被一一擒拿。
他下诏说：“鳌拜愚悖无知，诚合夷族。特念效力年久，迭立战功，贷其死，籍贯没拘禁。” 也就是说，鳌拜因立过许多战功，所以免于一死而终身监禁。对于其党羽也给予了不同的处罚。同时恢复了苏克萨哈的职位。这种措施稳定了满清的朝局。
事后鳌拜等人被交付刑部审判。鳌拜罪状 30条，本应处死，因其是世祖老臣，故软禁终身。其余重要党羽，全部处死。康熙取得了对守旧势力斗争的初次胜利。
康熙剪除鳌拜后，废除了辅政体制，收回了朱批大权。自此才真正开始了亲政。清末文人李伯元在《南亭笔记》中曾对康熙擒鳌拜的过程进行了记载：“诛拜日，康熙帝在南书房，召鳌进讲，鳌入，内侍以椅之折足者令坐，而一内侍侍其后。命赐茗，先以碗煮于水，令极热，持之炙手，砰然坠地，持椅之内侍乘其势而推之，乃扑于地。康熙帝呼曰：‘鳌拜大不敬!’健儿悉起擒之，交部论如律。”
康熙掌握实权后，紧紧依靠宿臣老将，如索额图、杰书、图海等人，采取了一系列革新朝政的措施，深得人心，同时医治战争的创伤，逐步恢复和发展社会经济，改变了生产倒退、民生凋敝的不安定局面，使久困于战乱和饥荒的人民得以休养生息。
16康熙为什么秘密立储
康熙是清代有名的圣君，有子35人，女20人，嫡出最长者为胤扔，曾在康熙皇帝21岁，出生才1岁时被立为皇太子。但后康熙在康熙五十一年(1712)十月，第二次废黜胤扔。第二年二月左都御史赵申乔上奏请求再次册立皇太子，这是二次废太子后，朝臣第一次为此事上奏请求。
康熙看罢奏疏后，特别召集群臣说明此事。他说：“立储大事，朕岂忘怀，但关系甚重，有未可轻立者……今欲立皇太子，必然以朕心为心者，方可立之，岂宜轻举。”谕旨表明，接受了两次废立太子的沉痛教训，又面临着错综复杂的储位之争的局面，康熙正在深入思考皇储关系、储君标准、建储方式等重大问题，力图寻找一个较好的办法，避免以往的失误；在没有找到可行方法之前，决不草率册立。他向群臣公开陈述他的观点，表明他在晚年已开始拟订新的建储计划了。
康熙在经过4年多的总结、思考以及对储君的精心选择后，开始实施他的建储计划了。
第一次建储之议出现于康熙五十二年(1713)。据《清世宗实录》载：“康熙五十六年冬，圣祖仁皇帝召诸王子，面询建储之事。”朝鲜使臣于康熙五十七年(1718)四月从中国返回朝鲜后，禀告朝鲜国王：“臣来时问太后葬后，当有建储之议。”
建储之事虽然到处流传，反响很大，但人们对其具体内容却毫不知晓。这表明玄烨只是就建储一事征询皇子与重臣的意见，他本人并未表露态度，更未作出任何决定。可见他对储君人选、册立日期等重大问题，已开始有意识地采取保密措施了。
“长篇谕旨”出现于康熙五十六年(1717)十一月二十一日。康熙在皇太后病危，自己也重病缠身的情形下，召集全体朝臣，商讨建储的有关问题。“长篇谕旨”的说法便由此而来。
康熙五十二年二月及五十六年十一月两个谕旨构成了新的建储计划。与嫡长子皇位继承制度相比较，它的具体的方略，如皇帝全权决定储君人选，“有德者即登大位”、“择贤而立”的择储标准，对储君人选以及建储的有关问题的保密原则等等，都比较新颖，而且秘密色彩浓厚，因而可称之为秘密建储计划。
如果这个计划能贯彻执行，并且形成制度，将会减少传统建储制度的某些弊端，进一步加强中央集权。康熙对实施两千多年的建储制度进行了改革，尽管他本人并未认识到这样做的意义。
这一秘密建储计划的核心是皇帝全权决定储君人选，完全排除统治阶层中任何集团或个人对建储的干扰。从一定意义上讲，也是其他三部分得以实施的先决条件。这一点得不到保证，其他三部分也无法实施。
虽然康熙通过“择贤而立”的方式选择储君，但其主观上并无废除嫡长子继承制的意图。康熙的宗法观念浓厚，认为诸子之中，“允(胤)扔居贵”。在胤扔被废后，他已无嫡子，皇长子胤提也获罪幽禁，所以只能把目光投向其他庶子。
再者，对储君暗中进行培养、考察，储君如果表现不佳予以撤换时，由于没有让其知道这件事，不会引起任何不良后果，这样皇帝在对储君的选择上，就完全抓住了主动权。
秘密建储在康熙朝晚期出现，是形势的需要，也有其历史的必然性。为了解决复杂、尖锐的储位之争，康熙只能总结经验，吸取教训，博采众长，另辟蹊径。
不过对于他来说，这种做法只是一种权宜之计，他并未意识到自己正在开拓一条新的建储道路，更无将此立为定制、世代遵行之意。新制度的建立是一个不断摸索、逐步改进并完善的过程，秘密建储制度也不例外。虽然康熙是秘密建储的开创者，但直到雍正、乾隆二帝才把它的不足加以改进，把它的疏漏加以补足，并作为一种制度最终确立下来。
17雍正帝暴死之谜
雍正皇帝即位之初，吏治废弛，贪污腐败已然成风。他克服各个方面的阻力，在全国上下大规模的开雍正祭月坛的月白龙袍展清查亏空，设立会考府，实行耗羡归公，实行养廉银制度，取缔陋规等多项工作，由于他态度决断，雷厉风行，清朝的财政状况在短时间内得到明显改善，官吏贪污吏治腐败的坏况都有很大的转变。
然而，一代枭雄雍正帝，于雍正十三年(1735)八月二十三日清晨突然暴死在圆明园离宫中。官方记载说他是忽然发病身亡。据《清世宗实录》和《张廷玉年谱》记载：“雍正十三年八月二十日，胤禛偶感违和，仍照常听政，并召见臣工。二十一日，病情加重，照常理政。大学士张廷玉每日进见，未尝间断。皇四子宝亲王弘历、皇五子和亲王弘昼等，御榻之侧，朝夕奉侍。二十二日，病情恶化，太医抢救。二十三日子时，进药无效，龙驭上宾。”前后三天，可以算急症。胤禛突然而死，官书不载原因。于是，胤禛死因之谜，朝野众说纷纭。
民间却流传着雍正遇刺身亡的故事。传说四娘以宫女身份混入皇宫侍奉皇上，伺机行刺。还有传说四娘在吕案发生后逃亡外地，练就一身功夫潜入宫内，以飞剑砍去清帝脑袋。还有人传说除四娘外还有一位名为鱼娘的女子做帮手。吕四娘乔装改扮，混入深宫，一日，乘机砍掉雍正脑袋。或说，吕四娘的师傅，原是雍正的剑客，后离去，培养了女徒吕四娘。
这个民间传说，流传200多年。到1981年，曾发掘雍正泰陵地宫，未打开，即作罢。但民间传言雍正棺材已经打开，雍正的遗体有尸身而无尸首，想以此证明胤禛之头是被吕四娘砍掉的。学者认为，吕留良之案，吕氏一门，男女老幼，俱已严禁，不能逃逸。就连吕留良父子坟墓，都加以监视，吕女不可能逃脱。
一说是是被宫女缢死的。柴萼《梵天庐丛录》记载：传说雍正九年（1731年），宫女伙同太监吴首义、霍成，伺胤禛睡熟，用绳缢杀，气将绝，被救活。这个逸闻源自明世宗嘉靖皇帝的真实故事。
明嘉靖二十一年（1542年），宫女杨金英等“伺帝熟睡，以绳缢帝项，误为死结，得不绝”。同伙张宫女害怕，跑去报告方皇后。皇后赶到，解帛绳，帝气绝，命召太医许绅急救。《明史？许绅传》记载：“绅急调峻药下之，辰时下药，未时忽作声，去紫血数升，遂能言，又数剂而愈。”事后将杨金英等磔（zhé）死。显然，雍正帝与嘉靖帝的庙号都是“世宗”，这个清世宗雍正被宫女缢杀的故事，完全是明世宗嘉靖被宫女勒缢故事的翻版。所以，宫女缢勒雍正说，实属移花接木，张冠李戴。
另一说是服丹药中毒而死的。胤禛在雍正七年（1729泰陵五孔桥年），得了一场大病。胤禛曾向心腹密臣发出谕旨，要他们推荐好医生、道士。后来李卫密荐道士贾士芳，到北京为胤禛看病。胤禛还曾延请道士张太虚、王定乾等，到圆明园炼丹，以求吞服灵丹妙药，长生不老。
还有传说是胤禛是患中风而死的。一说是胤禛是被曹雪芹和竺香玉合谋毒死的。雍正帝的死因被这种种说法蒙上了层层的神秘面纱，变得更加扑朔迷离，让人难以看清其中的真相。
18同治帝是因为患天花而死吗
清入关后第八代皇帝同治帝载淳，是咸丰皇帝的独子。同治6岁时登基称帝，同治十二年亲政。但他于同治十三年十二月初五日即病逝，终年19岁，其寿命是清朝十二帝中最短的。对于同治帝的死因，众说纷纭，有的说是死于天花，有的说是死于梅毒。
近来，在清代档案中发现了属于清代皇帝脉案档簿(以下简称“脉案”)的《万岁爷进药用药底簿》一份。