三、前秦末都
319年冬十一月，石勒自称赵王，都襄国（今河北省邢台），史称后赵，太原为后赵占据。后赵改太原郡为太原国，由并州刺史部辖领，都晋阳。
350年，后赵被冉闵所灭，后赵刺史张平据守并州。为图自保，张平先以并州六郡依附氐族苻坚建立的前秦，不久又降鲜卑慕容氏建立的前燕。357年，张平改降东晋。期间，前秦、前燕、东晋皆授张平官职。但张平的反复无常，不但未能自保，反给并州带来了连年战乱之灾。
358年，前燕王慕容儁派司徒慕容评征伐张平，并州各郡县纷纷投降。张平率三千兵众弃晋阳逃往平阳，又恳请归降前燕。太原地区遂为前燕所据。
369年，东晋派大司马桓温讨伐前燕。前燕主慕容暐以割地为条件，请求前秦苻坚援救。结果，待到桓温被苻坚击退，慕容暐却违背前约，食言自肥。苻坚大怒，次年遣将军王猛、杨安率步骑六万，兵分两路讨伐前燕。九月，前秦军队挖地道攻克晋阳，太原又落入前秦之手。370年，前秦灭前燕，不久，统一了整个北方，与东晋形成南北对峙的局面。
383年，苻坚不听谏阻，以百万大军全力进攻东晋，结果在淝水之战中被东晋谢石、谢玄击败，前秦帝国四分五裂。385年秋七月，苻坚被姚苌擒杀。镇守邺城的苻坚庶长子长乐公苻丕遭后燕慕容垂长期围攻。并州刺史王腾、骠骑将军张蚝，共迎苻丕入晋阳。385年，苻丕在晋阳即皇帝位，以此为国都。屡遭战火的晋阳，在五胡十六国时期民族融合的大动荡中，成为前秦帝国暂避风雨的末代都城。
苻丕在晋阳建都绝非偶然。首先晋阳在十六国时期是北方最具战略意义的军事重镇之一；其次晋阳是当时多民族融合的中心；此外，前秦在晋阳多年的经营也是其重要原因。
386年十月，苻丕率兵与西燕慕容永在襄陵（今山西襄汾境内）激战，结果前秦大败，苻丕逃奔河南，被东晋军所杀，晋阳又落入西燕手中。其后，关陇氐人拥立苻坚之族孙苻登于枹罕（今甘肃临夏）称帝。苻登与后秦姚苌连年争战。394年七月，苻登与姚苌之子姚兴作战，兵败被杀，前秦灭亡。
394年，后燕慕容垂遣龙骧将军张崇进攻晋阳，西燕守将弃城而逃，太原复为后燕所得。
前秦在中国历史长河中闪现了耀眼的光芒，虽然短暂，却在统一北方、促进民族大融合中起了重要作用。晋阳虽仅是前秦末都，但是其重要战略地位已经不言而喻。
四、元魏霸府
386年，拓跋鲜卑建立北魏，建都盛乐（今内蒙古和林格尔北），398年迁都平城（今山西大同）。随着北魏的逐渐强盛，军事重镇太原的战略地位更加显现。当时的太原可以说是北魏拓跋氏由平城南下河洛、经略关中的枢纽。
493年，北魏孝文帝迁都洛阳，晋阳以四塞为天然屏障，成为北魏旧都平城与新都洛阳之间的桥梁，其既可北控草原，又可南援河洛，是北魏的重要军事要地。北魏后期，皇室暗弱，各地起义此起彼伏，此时的晋阳城以其重要的战略地位成为乱世之中群雄掌控局势、蓄积力量之要地，尔朱荣和高欢先后盘踞晋阳，利用晋阳的战略地位遥控北魏、东魏朝政，晋阳当时被称为“霸府”。
523年，北魏的怀荒镇（今河北张北境内）等六镇戍兵和各族人民在残酷的盘剥之中揭竿起义。遭到镇压后，又相继爆发了杜洛周、葛荣起义。此时，契胡尔朱荣“遂散畜牧，招合义勇”，镇压起义。其“兵威渐盛，朝廷亦不能罪责”[13]。势力迅速壮大后，尔朱荣进而盘踞晋阳，并以晋阳地区为根据地，大力扩张势力。
尔朱氏所属契胡，本为东胡的一支，因助拓跋鲜卑作战有功，被封于北秀容川（今山西神池、五寨朱家川流域）。至尔朱荣之父尔朱新兴时，尔朱氏家族已“牛羊驼马，色别为群”[14]，可谓富甲一方，且官至平北将军、秀容第一领民酋长。六镇起义时，尔朱荣散财结士，组织部众平定了六镇起义及河北的叛乱，晋封为征东大将军，驻守晋阳，负责并、肆、汾、广、恒、云六州军事。六镇起义军的重要将领高欢、贺拔岳、侯景、宇文泰等均率部奔附尔朱荣，从而使晋阳的军事力量迅速集结。
此时，北魏孝明帝元诩不满胡太后专权，宫廷之内一片混乱，北魏王朝进入多事之秋。北方战祸愈演愈烈，南面梁朝则利用北魏内乱，连年进攻，北魏已陷入内忧外患的境地。525年，高欢向尔朱荣提出“讨徐、郑以清君侧”的计划。恰逢胡太后与孝明帝矛盾激化，于528年二月将年仅19岁的孝明帝毒死，立3岁的孝文帝曾孙元钊为皇帝。尔朱荣遂以幼君被害为借口，从晋阳发兵，四月到达河阳（今河南孟县西），即立长乐王元子攸为皇帝，是为孝庄帝，并在抵达洛阳后，发动了河阴之变，溺杀胡太后，杀高阳王元雍以下等公卿将士2000余人，取得军政大权。其后，尔朱荣被加封为柱国大将军，仍为太原王，率兵北归，坐镇晋阳，遥控朝廷。
530年，孝庄帝设计将尔朱荣诱至洛阳诛杀。尔朱荣死后，其侄尔朱兆在汾州（今山西隰县）迅速起兵，占据晋阳，然后会师南下，在长子（今山西长子）与从洛阳撤出的尔朱世隆会师，共推太原太守、长广王元晔为帝，改元建明。尔朱兆长驱直下，攻克洛阳，把孝庄帝带回晋阳，杀于晋阳三级佛寺。元晔授尔朱兆柱国大将军，都督十州诸军事，世袭并州刺史，尔朱兆又效法尔朱荣，开始坐镇晋阳，遥控朝廷。531年，高欢叛离尔朱氏，开始与尔朱兆争夺晋阳。
高欢（496年—547年），字贺六浑，渤海蓨（今河北景县南）人，祖上移居怀朔镇（今内蒙古固阳北）。高欢“累世北边，故习其俗，遂同鲜卑”[15]。北魏末年动乱时，高欢参加了六镇起义，先后依附于杜洛周、葛荣。起义失败后高欢投奔尔朱荣，以功升任晋州刺史。
高欢治军较严，且野心勃勃，多有谋略，曾给尔朱荣提出“清君侧”的建议。尔朱荣死后，高欢取得尔朱兆的信任，以并、肆二州连年受灾，想去“山东就食”为名，将尔朱荣安置在并、肆两州的原葛荣部下20万人带往河北，从此摆脱了尔朱兆的控制。
531年，高欢率兵攻占冀州（今河北冀县），被封为渤海王。这时的高欢羽翼已丰，积极准备同尔朱氏争权，他利用民族隔阂使六镇军民怨恨尔朱氏而拥戴自己。532年初，高欢攻取了邺城（今河北临漳）。尔朱兆率兵从晋阳出发，与尔朱仲远等人合兵20万围攻邺城。高欢以3万人迎战，以少胜多打败了尔朱氏联军。尔朱兆仓皇逃回晋阳，高欢乘胜进据洛阳，废节闵帝元恭及中兴主元朗，另立平原王元修为孝武帝。元修封高欢为大丞相、天柱大将军，北魏大权遂落入高欢之手。同年七月，高欢统兵10万攻克尔朱氏经营多年的晋阳，尔朱兆败退秀容，在赤洪岭（今山西方山北）自杀身亡，尔朱氏政权彻底垮台。
高欢多年征战，深知晋阳重要的战略地位。晋阳既有利于联系北部鲜卑根基，又有利于进入中原腹地控制河北诸地和河南洛阳政权。从地理形势看，晋阳确是一处雄关重镇，其地处太行山西麓，地势舒缓，物产丰富，而在太行山东侧山体则是重崖断壁，重峦叠嶂，异常艰险，著名的太行八陉和多处雄险的关口，都是极好的战略防御据点。高欢取代尔朱氏定居晋阳后，“以晋阳四塞，乃建大丞相府而定居焉”[16]。从此，高欢以大丞相的身份坐镇晋阳，把三州六镇镇民迁到晋阳附近，并侨置恒、云、燕、朔、显、蔚六州以安抚移民，从此，三州六镇鲜卑改为六州鲜卑，形成拱卫晋阳的局面。高欢以此培育自己的军事力量，遥控朝政，使晋阳成为当时的政治、军事中心。
北魏孝武帝元修虽为高欢所立，但不甘心作傀儡，便极力扶植割据关中的宇文泰，借此与高欢对抗。534年，孝武帝欲牵制高欢，佯称伐梁，意欲袭击晋阳，结果被高欢识破，被迫放弃洛阳，入关中投奔宇文泰。
高欢进入洛阳后，立11岁的元善见为帝，是为东魏孝静帝。为便于控制朝廷，高欢迁都邺城，并以此为上都，把晋阳作为下都。534年，宇文泰毒杀孝武帝，拥立元宝炬为帝，是为西魏文帝。从此，北魏分裂为东魏和西魏。高欢以其长子高澄为尚书令、大行台、并州刺史；以其次子高洋为太原郡公，镇邺都，摄理军国大事，他自己依旧坐镇晋阳，遥控邺城，从此东魏“军国政务，皆归相府”[17]。
其时，邺城虽为国都，其地位却远不及大丞相府所在地晋阳。精兵宿将，咸萃晋阳，士马精强，远胜邺都。晋阳大丞相府设有并州尚书省、外兵曹、骑兵曹等各级机构，政治上挟制东魏傀儡政权，处理全国政务，军事上集结军队，分掌兵马。当时晋阳不仅是东魏政令所出之地，还是东魏兵力集结之处，是当时北方政治、经济、军事的中心，史称东魏“霸府”。
五、高齐别都
547年正月，高欢因连年与西魏激烈战斗，心力交瘁，病死于晋阳，时年52岁。
高欢死后，其子高澄、高洋相继掌权，继续经营着晋阳霸府，遥控东魏。550年，高欢次子高洋逼东魏孝静帝元善见禅位，然后自立为帝，国号齐，年号天保，定都于邺，史称北齐，并以晋阳为别都，大肆营建。
北齐国都虽在邺城，但晋阳乃高齐的创业之地，在北齐立国之前，高氏家族已据晋阳18年，且北齐历代六个皇帝也常居于晋阳，甚至继皇位、亡故等均在晋阳，例如文宣帝高洋亡故、废帝高殷即位、孝昭帝高演即位和亡故、武成帝高湛即位、后主高纬即位等均在晋阳。毋庸置疑，晋阳仍是军国政令所出之地，虽为别都，却与邺都并驾齐驱，甚至其地位远在邺城之上，依旧是当时政治、军事、经济的中心，是当时实际上的都城。[18]
其时，晋阳乃南北交通的枢纽，以晋阳为中心，平城、洛阳、长安、邺城等当时大型城市之间骨干交通要道四通八达，一定程度上也促进了经济发展，使得商业活跃，贸易繁荣，晋阳也一度成为各地物资集散、珠宝荟萃之地。大量胡商齐集晋阳，各种工艺品、日常用品、金银器由中亚涌入晋阳，大量的马匹、珠宝从晋阳城流向各地，使晋阳成为当时丝绸之路东端的最重要城市。近几年来，太原先后发掘的北齐贺拔昌墓、徐显秀墓、娄睿墓、虞弘墓等便是最好的证明。
然而，北齐六帝却多穷奢极欲，昏聩暴虐。立国短短28年，便于577年二月被北周灭亡。北周占领晋阳后，设并州，领太原、乐平2郡10县，晋阳属太原郡。
六、北朝文物
从五胡十六国时期始，到581年隋朝建立，太原地区先后为前赵、后赵、前燕、前秦、西燕、后燕、北魏、东魏、北齐、北周交替占据。虽然国号频易，境土屡分，但太原始终是当时重要的政治、军事中心。正是如此，在魏晋北朝长达300多年的历史中，在太原地区留下了大量的文物古迹，其中比较著名的有北齐徐显秀墓、娄睿墓、贺拔昌墓、厍狄业墓、狄湛墓、隋代虞弘墓和蒙山大佛、天龙山石窟、晋祠等。