巴赫在魏玛时也经常赴德国各城市旅行演出，并结识了许多艺术界人士。其中有不少德国的杰出人物。当大管风琴家莱因肯听了巴赫的演奏后，非常兴奋地说：“我们原来以为这种艺术要泯灭了，但我们在你的创作中，看出它获得了新生。”
巴赫的一大半管风琴曲都作于魏玛。如著名的《d小调管风琴托卡他与赋格曲》、《a小调前奏曲与赋格曲》、《C小调前奏曲与赋格曲》以及宏伟的《帕萨卡里亚》。这期间，他还努力钻研了意大利作曲家柯莱里（1653～1713）和维瓦尔第（1678～1743）的作品，从中汲取德国音乐所缺乏的东西。为此目的他把维瓦尔第的小提琴曲改编为管风琴曲和古钢琴曲，并在自己的许多管风琴曲和古钢琴曲的赋格曲内都采用柯莱里等人作品的主题加以展开。此外，还写了一些宗教和世俗的大合唱，如《只有快乐的狩猎能安慰我们》、《现在到青草地上来》等作品。
巴赫在魏玛多年，只升到乐长助理的职位。后来乐长去世了，巴赫完全有理由补这个空缺。然而，他却遭到最粗暴和不讲礼的对待，公爵把这个职位给了另外一个毫无天分的、善于玩弄权术的家伙。这对巴赫的人格无疑是一种侮辱，也是对音乐尊严的侮辱，巴赫愤慨之下提出了辞呈，非但没有得到同意，反而遭到公爵下令逮捕的下场。作为奴仆是不能有所要求的。当时的一份文件这样记载：“11月6日乐长和管风琴手巴赫由于自己的大逆不道，要求离职而被押于市裁判所。12月2日由于允许离职而被释放。”这样，巴赫才离开魏玛，来到柯屯。
柯屯时期
巴赫在柯屯王子的没落的小宫廷中担任乐长。这是他生平第一次当宫廷乐长。这里虽没有管风琴，又无力组织经常性的歌剧团或合唱团，但这里的王子非常爱好音乐。巴赫只是领导一个不大的宫廷乐队。给王子的歌唱伴奏，弹古钢琴供他欣赏。所以，巴赫的创作主要集中在器乐重奏和古钢琴方面。特别是在古钢琴音乐中，在这新的世俗艺术领域中表现了他的才华。1720年完成了出色的古钢琴曲《半音阶幻想曲和赋格曲》；1722年完成了复调音乐的最高典范《平均律钢琴曲集》第一卷，形成另一种音乐风格（主调和声）的基础；还写了《法国组曲》和《英国组曲》等古钢琴组曲，以及6首著名的《勃兰登堡协奏曲》和6首小提琴奏鸣曲。
1720年夏，巴赫的妻子巴尔巴拉去世，在极度痛苦中，他想让子女进大学，以享受以前他得不到的权利。于是他谋求汉堡的圣·亚科夫教堂管风琴手这一空缺，这一申请却无人注意，而把这空缺给了一个“用钱弹奏前奏曲比用手指弹要巧得多”的人，这个人用钱买到这个空缺。巴赫又转而申请莱比锡的圣·弗玛教堂会唱指挥的职位。经过几番周折后，作为“平凡的音乐家”而被莱比锡市政府选中，并提出极其苛刻的条款让巴赫签字：“我们要以我们的起居言行做合唱团学童的榜样，我们要以诲人不倦的精神给学童上课。……服从视察先生和学校首长以委员会的名义所要采取的一切措施……为了节约开支，不仅须勤劳地训练学童声乐，还须训练器乐，所教的音乐不要太长，也不要类似歌剧的音乐，相反的要适合听众的虔诚的精神……不经委员会批准不得任大学的任何职位。不经市长批准不得擅离城市”等等。另外，还得教学童们拉丁文作为兼差。
这不是效忠誓词，而是给伟大天才上的枷锁。巴赫很长一段时间不愿同意这些屈辱的限制，但又别无出路，终于接受了这些条款，于1723年5月带着刚结婚不久的妻子、歌唱家玛格达琳娜和孩子们到了莱比锡。
莱比锡时期
莱比锡是德国的文化发源地之一。城里耸立着15世纪建立的大学。17世纪印刷业在这里十分发达。到了18世纪这个城市成为书报业和启蒙运动的中心。由大学生和地方上的音乐爱好者组成的音乐学会定期举办世俗音乐会。这种新的音乐机构，新的音乐沟通形式，强烈地吸引着巴赫。然而掌管全城的市政参议员们的卑低下贱的品行更为毕露，他们摇尾乞怜于比他们地位高的人，蔑视社会地位较低的人。因此，权贵们的粗鲁辱骂、不公平的态度总是像幽灵一样追随着巴赫。而巴赫的堵塞不住的乐思，不时地像泉水一样喷涌出来，它是苦痛的、愤怒的……
巴赫新任的乐长职务，包括组织和训练圣歌队、教学生拉丁语、写作教堂礼拜用的音乐，同时还要兼该市的音乐监督以及其他三个教堂的职务，他要对整个莱比锡的教会音乐负责。市政当局所拨下来的经费少得可怜，学生们不得不上街卖唱讨钱，学生们的音乐水平可想而知。为此巴赫上书市政局，以几乎掩盖不住的愤慨和苦痛的心情描述了音乐事业的情况和困苦的物质条件，指出“德国音乐家皆处于困境，其中多数忙于糊口，实无暇顾及进修提高。……如停止补助即为剥夺我们改善音乐情况之能力”。这非但未得到些许改善，换来的却是更多的攻击和迫害。所有上司官僚们都攻击起这个他们称之为“刚愎自用”的教师来。在市政局的会议记录中就记载着这位大音乐家的许多“罪状”，说什么他“未通知市长先生，将学生合唱队私下送往外省。未请假擅离职守”，对此“教师不仅无悔改表示，此次甚至不愿做任何解释”，于是判决为“教师屡教不改”，予以降职降薪处分，以示惩处。
当巴赫为了发展德国音乐，向宫廷索取几文钱而屈辱地写申请的时候，德累斯顿的宫廷却为一家意大利歌剧团每年花费4500左右的银币。巴赫每年在莱比锡的收入刚刚700塔列尔，而意大利歌剧女明星每年却收入5000到1万塔列尔。尽管如此，历史证明，伟大的天才往往是出现在低贱的人群里。德国大剧作家、政论家莱辛的话说得好：“上天好像愿意在这样的阶层比其他阶层出现更多的天才似的”。
巴赫以其在管风琴和古钢琴上无与伦比的技艺，吸引了不少崇拜者和朋友，其中有德国卓越的歌剧作曲家哈塞及其夫人——著名意大利歌唱家浮斯汀·鲍尔多尼。1729年巴赫成了莱比锡音乐学会的领导人以后，他就献身于这一工作，置教会当局的可厌的干扰和监视于不顾。他以指挥家的身份常常在公园、咖啡馆、娱乐场所等群众性的音乐会上演出。新的音乐活动方式、新的听众。也就赋予作曲家以新的创作任务。为了适合市民的趣味和要求，他创作了管弦乐组曲、世俗大合唱等各种各样的音乐作品。如《马太受难乐》（1729）、《b小调弥撒》（1738）、《平均津钢琴曲集》卷二、钢琴协奏曲《意大利协奏曲》、《高尔德贝格变奏曲》等。在莱比锡的头十几年正是巴赫创作的顶峰时期。
为了保护自己的权力，巴赫想取得撒克逊选侯宫廷音乐家的称号。他便把自己写的《b小调弥撒》的两个乐章送往德累斯顿，还附了一份以从前不曾有过的乞求口吻写的呈文：“至高无上的选侯陛下。我们非常荣幸地能把我们在音乐上的一点小技呈献在您面前，这作品写得很坏，本来是不值陛下一顾的，但我们恳求陛下接受并出于闻名天下的慈悲心，把我们置于陛下的庇护下。
多少年来我们在莱比锡两个主要教堂内主持音乐工作，却因此而受到各种不应有的凌辱，同时还把这职务的薪金逐次降低。假如陛下垂恩赐我们以陛下的宫廷乐团音乐家的头衔，使陛下所属一体周知，则一定可以改变这种情况的。”以下是谢恩和签字。这是巴赫几十年漂流生活所致，他渴望在王公贵族的庇护下，免遭迫害的痛苦。
3年过去后，巴赫才获得选侯宫廷音乐家的称号。但并没有给巴赫的生活带来任何好处，市侩的敌视和排斥压制了他的坚毅性格，挫伤了他向苦难进行斗争的坚强的意志。
巴赫在他最后10年里对社会活动的兴趣大大减退。1740年他辞去了音乐学会的领导职务。只有忠实和他经风霜的伴侣、他的续弦的妻子玛格达琳娜和孩子们以及几个他最喜欢的学生是他免于完全孤独的、惟一的支柱。给巴赫以快慰的是他的儿子在父亲在世时就成为著名的音乐家，并且获得受人尊敬的地位。
巴赫晚年写的《音乐的奉献》和《赋格艺术》两部作品，是复调音乐大全，其中艺术技巧问题的解决已臻至复调风格的登峰造极的境地。但缺乏感情体验，好像力求逃避残酷的现实，深入到人们都不理解的抽象的音乐思维中去了。
长年累月的辛勤劳动，使晚年的巴赫患了眼疾，两度开刀无效，终至双目失明。不久，就于1750年6月28日在莱比锡与世长辞了。他的死没有引起社会的强烈反响。他被安葬在圣·约翰教堂的墓地。
一颗巨星陨落了！
他不是小溪，是大海
巴赫生时没有显赫的地位，没有赢得应有的尊重，大部分作品非但没有得到出版，也不为人们所理解。“伟大的巴赫”反倒是指他的儿子埃曼纽尔·巴赫。当时人们只承认巴赫是一个演奏家、乐器鉴定家。他在音乐创作中所建立的丰碑伟绩，在他死后多少年方才逐渐为人们所认识，所推崇。
当贝多芬第一次看到一些巴赫的作品时，惊呼道：“他不是小溪（巴赫的名字德文Bach，是小溪的意思），是大海！”这句话道出了大音乐家贝多芬对巴赫才华的赏识和赞叹。巴赫的才华及其音乐形式的多样、思想的深刻犹如大海，以它的深奥莫测的渊流、变幻无度的色彩、悠然而逝的啸声，令人肃然起敬。1802年出版了第一部巴赫传记（德国历史学家弗尔凯尔著）。1828年由门德尔松指挥演出了他的《马太受难乐》，复苏了沉没百年的音响。从此，巴赫的音乐渐渐在音乐生活中扎根。1850年巴赫学会成立，开始搜集这位伟大作曲家的手稿，50年后出版了巴赫全集（初版）。今天，巴赫的作品常在音乐会上或广播中听到，其中很多被列为典范的学习曲目和比赛曲目。
巴赫的音乐作品浩如烟海，虽然大部分已散佚，但留下的也不少，约有500多部。音乐史上作品多产的作曲家也不乏其人，但一直到今天，在乐坛上能与之相比的人却是寥寥无几。除歌剧外，巴赫的创作涉及当时所有的音乐体裁。其中以声乐作品最多，作有300来首宗教大合唱、20来首世俗大合唱、3部受难曲（取材于《圣经》福音书中关于耶稣受难的记述的声乐曲）以及清唱剧（内容富于戏剧性和史诗性的大型声乐套曲）、弥撒曲（这是一种天主教里所用的复调风格的声乐会曲）（其中以《b小调弥撒曲》最著名）、众赞歌（一种教会众人合唱的赞美诗，为混声四部合唱曲。16世纪以后，被改编为器乐曲或清唱剧）等。器乐作品有管风琴音乐、古钢琴音乐、六部《勃兰登堡协奏曲》、四部管弦乐组曲，以及为一架或数架钢琴而作的钢琴协奏曲、由乐队伴奏的小提琴协奏曲、无伴奏小提琴奏鸣曲、无伴奏大提琴组曲、长笛奏鸣曲等。
他的作品表现了当时德国市民的生活，表现了不向卑俗的生活屈服，具有崇高的信念，以坚强的意志和自我牺牲的精神维护人的尊严的先进思想。他的作品从不同角度、用不同的形象反映了18世纪初德国市民中间的这种人文主义思想。即使在他所写的宗教音乐作品中，也往往将宗教题材，处理成一个普通人的遭遇，宣扬的是为拯救人类的苦难而勇于自我牺牲的崇高道德，抒写深刻的内心情感或英勇威武的战斗气氛。当时巴赫经常遭到人们的指摘，说他的宗教作品太富于戏剧效果、太世俗气。可见其作品的人道主义内容和世俗的性质显然破坏了教会音乐的目的。这也是他屡次遭到教会、市议会刁难的原因。在他大量的世俗音乐作品中，也表现了德国市民阶层对幸福美好生活的追求和生气勃勃的精神面貌。尽管如此，由于历史条件的限制，巴赫不可能找到改变生活的途径，只能寄托于一个崇高的思想。在教堂供职的巴赫，音乐上也不可能完全切断与宗教音乐的联系。
在艺术上，巴赫融合了自16世纪以来欧洲各流派的音乐艺术成就，特别在复调音乐上他是个集大成的人物。他的音乐深深植根于德国民族音乐之中，这也是当时德国先进市民的民族意识的反映。与当时普遍醉心于形式精巧、内容简单、竞相模仿法国、意大利音乐的风气相反，巴赫却在新教圣咏这个德国民歌宝库中汲取着营养，使圣咏重新成为表现人民的思想感情的形式。巴赫家族的几代相传的德国民间音乐的熏陶，也无时无刻不在起着作用，使其音乐创作具有鲜明的民族风格。另外，巴赫的音乐作品都含有哲学伦理的意义，有着严谨的形式和很强的逻辑性，这正是理性主义启蒙思想的一种体现，这种音乐的概括性，有时很难被人们理解。
的确，对于今天的人们来说，巴赫的音乐确实不易理解。他所处的时代对我们来说太遥远了，更何况那个时代又是那么复杂。因此，巴赫的大部分器乐作品往往被人们当作练习曲或技术教程。应该看到，巴赫使用了中世纪以来的各种音乐形式，看起来好像是拟古，好像是为宗教服务，实际上他赋予这些形式以新的感情以及新的结构特征，是在宗教外衣之下对宗教的背离。因此，恩格斯称他为德国黑暗时代的“闪光”。这是为其所处时代和音乐发展状况所决定的。巴赫被称为欧洲音乐文化发展史中承前启后的枢纽人物的原因也在于此。