巴赫的晚期器乐曲创作在他的三部杰作中达到了艺术的至高境界：《戈德堡变奏曲》《音乐的奉献》和《赋格的艺术》展现了巴赫晚年的创作追求和风格特征。特别是《戈德堡变奏曲》（1741）。这部大型的乐曲由“咏叹调”与三十个变奏组成，它的整体艺术构思极为精制，全部变奏构筑在一个讲究对称、富于逻辑的整体框架之中。三十个变奏依次构成三个一组、每组的第三个变奏（“变奏三十”除外）均为卡农，这九个卡农按顺序分别以同度至九度的卡农形式出现。作为主题的“咏叹调”最后再次出现，音乐结构上形成了一种完满的首尾呼应。值得注意的是，这个“咏叹调”主题的旋律优美，音乐个性也颇为舒展，但它与其后的变奏并没有任何关联，真正与三十个变奏具有内在联系的是“咏叹调”左手声部所显示的和声进行，尤其是开头四小节中下行的低音线条。换言之，乐曲中的全部变奏正是建立在这一重要的低音线条和相关的和声进行之上。巴赫在这部作品中强调的是整体运用的方整性乐段结构和与其融为一体的悠缓和声节奏，而这样的艺术处理已显示出“前古典风格”的艺术特征。巴赫的晚年虽然生活在莱比锡，但他非常关注德累斯顿的音乐文化生活的发展。此时，德累斯顿盛行的正是所谓的“前古典风格”，这种音乐虽常用各类装饰音，但它突出的是清晰的织体、简洁的和声与方整性的结构。它那轻松愉悦的特征与巴洛克音乐宏伟庄重的主体风格形成鲜明的对比。巴赫对由德累斯顿宫廷传来的这种风格的乐曲深感兴趣，并且尝试着将这种风格引入自己的创作中。通过《戈德堡变奏曲》的艺术特色，我们可以清楚地看到：在他的晚期创作中，巴赫有意识地采用“前古典风格”中的要素来丰富自己的“音乐话语”，这种与新音乐潮流的密切联系表明了巴赫对个人音乐风格发展的开放心态。
巴赫的大型声乐曲创作向我们展示了这位晚期巴洛克音乐大师艺术成就的另一个方面。巴洛克时期出现的大型声乐曲体裁主要是三种：清唱剧、康塔塔和受难曲。这三种体裁巴赫都写过，尤其对康塔塔和受难曲的创作贡献更大。巴赫写过数量众多的康塔塔，其中主要是宗教康塔塔，大约有二百多部。这一丰硕的创作成果与他在莱比锡的任职密切相关，因为他必须每年为圣·托马斯教堂的路德新教的礼仪提供足够数量的康塔塔，如果完不成他的这一“本职工作”，那他的薪水就有了问题。康塔塔诞生于十七世纪的意大利，是继意大利牧歌后产生的又一种重要的声乐体裁。世俗康塔塔展现寓言性或尘世化的内容，而宗教康塔塔力图以宗教的主题和超越尘世的精神来净化路德教会众的心灵。路德教教会在某些重大礼仪活动中仍用传统的弥撒曲，然而宗教康塔塔已成为最重要的教会礼仪音乐。通常地讲，巴洛克时期的康塔塔都是为几位独唱者而写的“室内乐”，而巴赫的宗教康塔塔在规模上就比较大，它要求有宽敞的室内演出空间，音乐的组合包括独唱、合唱与乐队。巴赫莱比锡时期的康塔塔有些是新作，也有一些是他早期作品的“翻新”。他早期的康塔塔似乎更注重音乐的“戏剧性”表达，所以常以咏叹调作为主要表现手段。他后期创作的康塔塔则将音乐的重点转向众赞歌，人们在此听到的不是个人情感的抒发或戏剧意味的表述，而是构建于歌唱基础之上的宗教精神的弘扬。众赞歌是路德教会音乐中最重要的音乐现》象之一，教会的“会众”大都从孩提时代就熟悉这些音乐的曲调。因此，用众赞歌作为康塔塔音乐的“基础”，自然能很有效地唤起“会众”的音乐热情，进而转入对宗教精神的感悟。巴赫的宗教康塔塔最常见的做法是将一首众赞歌曲调自然地融入康塔塔的音乐中，无论是主调还是复调织体，无论是声乐还是器乐，众赞歌的核心音调总能清晰地主导着音乐的流动。在多部康塔塔的终乐章，巴赫乐意将众赞歌曲调处理成宽广与明朗的歌唱，在简洁实在的柱式和弦织体中，主调化的宏伟效果显然是鼓励教堂内全体“会众”参与这一音乐化的宗教礼仪。仔细听一下巴赫的宗教康塔塔，我们可以感觉到巴赫并不是一个完全沉迷于天国崇拜的人，他对救恩的渴望是基于他对尘世的独特感悟。所以，巴赫音乐在宗教深沉中经常会显露出一种脚踏坚实大地的欢畅之情。
除大量的康塔塔之外，巴赫晚年的大型声乐曲还有三大杰作：《约翰受难曲》、《马太受难曲》和《B小调弥撒曲》。受难曲作为一种特殊的清唱剧在德国得到较大的发展，这一体裁早期的两位大师是塞尔与许茨，前者常采用器乐演奏来点缀基于赞美诗的福音叙事，而后者更喜好无器乐伴奏的声乐表现。巴赫于1723年赴莱比锡任职时，莱比锡的两大教堂——托马斯教堂与尼科莱教堂已建立了在基督受难日（God Friday）晚祷时唱受难曲的传统。作为莱比锡教堂音乐“负责人”的巴赫自然接过了这一传统，共谱写了五部受难乐，可惜只有两部保存了下来，但正是得以幸存的《约翰受难曲》与《马太受难曲》将这一体裁的创作传统推向了艺术高峰。两者相比较，《约翰受难曲》比较精练，它的文本内容除选自约翰福音第18、19章外，还加了马太福音的内容，作品中用了多首众赞歌。这部受难曲的音乐抒情之中有种激情的涌动，令人感受到巴赫特有的展现宗教意绪的艺术活力。《马太受难曲》的内容选自马太福音第26、27章，另有一些唱词由巴赫的诗人朋友亨里齐（也称皮肯德，1700～1764）所作。无论是从作品的规模、内涵与艺术表现各方面来看，《马太受难曲》都称得上是巴赫最伟大的杰作，巴洛克音乐的“宏大叙事”在此得到最突出的体现。演出的声乐与器乐编制在当时是史无前例的——独唱、两个合唱队、两个管弦乐队、两架管风琴，而且作品演出的长度将近三个小时。《马太受难曲》的整体音乐风格与《约翰受难曲》和其他巴洛克作曲家的受难曲都不一样，它并不渲染表面舞台效果和情绪化的感伤，而注重深刻的沉思和内在的戏剧张力。在此，我们不仅听到对神的敬畏，还可以感受到巴赫那种超越宗教情感的人间情怀。作品中悲痛与希望的交织层层递进，音乐描绘极为精湛，丰富的咏叹调与合唱曲从各个层面将耶稣受难的宗教叙事展现成一部宏伟壮丽的抒情“诗剧”。巴赫的确没有写过歌剧，但这并不说明巴赫对歌剧的艺术特质没有感悟。《约翰受难曲》和《马太受难曲》表明，歌剧的表现手段和艺术精神在巴洛克晚期对宗教音乐体裁已经产生了深刻的影响。 巴赫辞世时并未得到很大的荣耀，人们只是对这位慈父、名教师、名管风琴演奏家和勤奋多产的作曲家表示应有的尊重。十八世纪中叶，在许多人眼里巴赫的音乐已显得落伍，他几个儿子的创作都要比他“吃香”。尽管莫扎特与贝多芬都曾探究过巴赫的《平均律钢琴曲集》和《赋格的艺术》，但由于未能拜读巴赫更多的作品而无缘充分认识这位音乐先辈。真正发现巴赫音乐的伟大已是十九世纪中叶的事了，1850年创建的巴赫学会无疑是对研究和宣扬巴赫的音乐起到了非常重要的作用。由该学会首次编撰的巴赫全集于1900年问世，这应该视作“巴赫音乐复兴”的真正开始。巴赫在世时只有很少一部分的作品得到出版，所以通常所用的OPUS就很难用来认定他的创作，现在对巴赫创作的分类与编序都采用德国音乐学家沃尔夫冈·施米德尔的编目体系BWV（Bach-Werke-Verzeichnis：巴赫作品目录）。这一体系的编目原则是按照巴赫作品的体裁来分类与编序的，编号的排列并不反映作品年代的顺序。巴赫作品的创作编年本身就是一个复杂的课题，近年来对这一课题的研究已有很好的学术成果出现。浪漫主义的作曲家也开始对巴赫的音乐发生兴趣，其中勃拉姆斯大概是得其真谛的第一位作曲家。从这位中期浪漫派作曲家的音乐中，我们可以感受到“巴赫精神”的弘扬，它延续的是音乐的“古典美”。尽管二十世纪的作曲家大都崇尚新奇，路数也大不一样，但对巴赫都怀有深深的敬意。他们以各自的视角来探究巴赫，以各自的理念来运用巴赫。在勋伯格和斯特拉文斯基这两位艺术风格迥然不同的二十世纪音乐大师身上，我们都能清楚地看到巴赫创作的历史回响。