巴赫在音乐艺术上的最大成就是将复调音乐推上一个空前的高度（亨德尔则偏重于主调音乐），在这个领地里，可以说他已达到了炉火纯青、登峰造极之境地。
由于他具有人道主义的崇高信念和对美好生活不屈不挠的追求，他的音乐往往生气勃勃，富有人情味。
巴赫在世时，作品不为人们所理解，他既没有显赫的地位，也没有赢得社会的承认。是伟大的莫扎特和贝多芬，首先发现了他的宝贵价值。他们被巴赫音乐的深刻，完美与无懈可击所震动。当贝多芬第一次看到巴赫的某些作品时，惊叹不已。
今天，走遍世界各地，到处都能听到巴赫的音乐。其中，许多作品早已被列为艺术院校培养学生的必修教材和国际重大音乐比赛的参赛曲目。巴赫被称为“不可超越的大师”，甚至被誉为“欧洲近代音乐之父”。
巴赫的音乐，可以说是构成欧洲音乐殿堂的一根重要支柱。对于整个巴罗克时期的音乐来说，巴赫的音乐成就，可以说是架在这座殿堂上的圆顶。对于其后的欧洲音乐发展来说，虽然直到19世纪巴赫才具有真正的影响力，但是这种影响力一旦产生，便对欧洲音乐的发展产生了深远的影响。只有当巴赫在新的历史文化背景下具有新的文化意义时，他的音乐作品才对现代音乐具有“启示录”的意义。而对于后人来说，没有研究过巴赫，就不可能理解欧洲音乐。未能深入研究过巴赫的作品，就难以成为一个严谨的、精通其专业的音乐家。若不能透过巴赫音乐纯朴的形式、精练的技巧乃至宗教音乐形式上的“外壳”，体验到巴赫音乐中蕴藏着的深邃的思想情感，也就难以透彻地认识巴赫音乐的本质……
在巴赫生活的时代，德国处于政治分裂、经济落后的状况，文化艺术暗淡无光。外国的、例如法兰西、意大利、英吉利的文化，在德国占绝对优势，自己的民族文化受到轻视。恩格斯曾形容到，“从那个时候起，棍棒和鞭子就在国内占了统治地位。和整个德意志一样，德意志农民降低到极卑微的地位。”在这样情况下，教堂自然成了人们寄托精神情感的地方。
在德国的图林根州“巴赫们”曾成为音乐家的代名词，这是因为巴赫一族，可以上溯到好几代人，其职业都是一种组成行会的音乐职业，世家相传，他们属于音乐艺人这样一种特殊社会阶层。在领主的宫廷中，巴赫的社会地位是仆役性质的，与厨子列在同一个名册上。他不具有自由音乐家的社会地位，其创作的作品并不能直接成为其经济收入的来源，而是归于领主所有。即使成为托马斯的宫廷乐长，他也很难维持在莱比锡的生活，死后也无遗产，不似贝多芬死后还留有股票。他的作品除了在教堂中，在当时演出也很少，死后长期默默无闻。
他的作品有不少是为统治者写并对其歌功颂德的，但是他不满足于自己屈辱的地位和现状，所以不断地转换他的恩主，寻求能更好发挥自己艺术才能的栖身之处。他甚至说过自己是不得不生活在被人厌恶嫉妒的环境中，并且也曾和宫廷、教会中的恩主发生冲突，所以他也有傲慢、倔强的一面。
从某种意义上可以说，巴赫的成名有赖于他的受难乐。受难乐所表现的耶稣的悲剧性经历，不仅具有某种史诗性，同时也是现实生活情感的表现。这种宗教音乐，所表现的悲哀、沉重、压抑的感情，应当说是只有当时的德国人才具有感情。这种感情，从我们能够听到的，也只有德国人写得最深。当然，由于巴赫本人是新教徒，而宗教显然是他的精神寄托之处，所以这种情感的表现，就很难与某种宗教感情分开来。只是巴赫在受难乐中创造的宗教气氛，已不是一般意义上的，而是能够体验到当时某种社会情感和心态的宗教气氛。甚至巴赫本人也已经在其中充当了一个感情力量充沛的角色，通过他自己的音乐表达，时而抒情的刻画耶稣悲剧性经历中的细节，时而展开史诗般的广阔和宏大。以至于当时莱比锡的听众抱怨教堂竟然上演了像歌剧一样的作品。
巴赫在《马太受难曲》中，用两组合唱，两组管弦乐，戏剧性地对立起来，而让圣咏的主题在它们之上自由飘荡。这部作品也具有很强的抒情性，作品的结束合唱非常有力量，使用两个合唱队、八个声部，描写耶稣下葬时人们的感情。宽厚的低声部，恰似广阔的河床，旋律在上面奔流。保持着复调音乐的感觉，而庞大的合唱自由宽广地歌唱着，充满着力量。甚至在他的器乐作品，例如《半音阶幻想曲和赋格》、《d小调托卡塔赋格》，也能感受到一种冲破束缚、有冲击力的情感表现。其中如《d小调托卡塔赋格》曲调的自由豪放，旋律线的幅度大，音域宽，似朗诵性调的起伏，动荡不安，充满激奋情感。而《半音阶幻想曲赋格》更倾向于内心，不求表面的壮丽，而是富于内心的刻画，有较强烈的表现。
由于德国宗教是德国音乐的土壤，历史上德国宗教管风琴音乐也很发展，所以在巴赫的创作中，仍然保持着复调音乐的典型性，并且起着主导性的作用。但是，这种复调音乐思维方式，恰恰是在主调和声音乐发展到相当水准基础上建立起来的复调音乐思维方式，它并不同于过去带有教会调式痕迹的复调音乐。仔细分析，其中有清晰的和声结构与功能。从另外一个角度看，可能正是巴赫在复调音乐领域集大成的做法，终将其发展到完美的地步。
从音乐的旋律特征上讲，由于他的音乐是多声部，因此模仿手法是重要的，结果因造成音乐连绵不断的交织、发展，但却欠缺后来古典派的方整、段落分明和结构上清晰。而这却正是巴赫的特性，显然，我们是不能用乐句、乐段去分析巴赫的。此外，从和声的发展来看，大、小调功能体系和声是巴赫最后确定、成型的。即使到了18世纪中叶为止，在当时和声所能达到的基础上，其成果是要归功于巴赫，他甚至被贝多芬称之为“和声的创造者”。
直到1892年，当年轻的门德尔松在柏林首次上演沉睡将近一百年的《马太受难曲》之后，巴赫的艺术价值才被人更多地了解。瓦格纳曾说，巴赫是德国人民在完全黯淡的悲惨世纪中内在精神生活的记载。从德国的历史上看，新教圣咏（Chorale）在德国民歌中占有特殊的地位。而巴赫音乐就是通过新教圣咏将他的作品与德国民族文化结合在一起的。值得一提的是，巴赫曾写过不少世俗康塔塔。在他的《农民康塔塔》中，作品全部采用了民间舞曲及流行的民歌。这是了解巴赫不可缺少的一面。从某种意义上说，在巴赫的音乐中，跳动着的正是德国人民的脉搏，这也正是巴赫音乐的灵魂所在。