三国时期的吴国位于南部沿海地区。享有交通海外的近距离优势，因此航海也盛极一时。吴国于公元3世纪20年代派宣化从事朱应、中郎康泰“南宣国化”，出使扶南和其他东南亚国家，在海外活动10多年，“所经及传闻则有百数十国”。归国后，使臣康泰写成《吴时外国传》，朱应写成《扶南异物志》，这两部书涉及地区非常广泛，不但包括东南亚，还包括天竺、安息、大秦在内，这也为随后几朝正史的扶南传和海外诸国传提供了资料来源。此外，公元230年，孙权曾几次派遣万人舰队越海北上支援辽东的公孙渊反魏；同时曾遣卫温率万人舰队海上南下夷、檀两洲（今台湾、海南）掠夺人口。
公元3～6世纪魏晋南北朝时期，中国航海继续发展。中外僧人开始通过海路往返于中印之间，其中东晋高僧法显，从陆路到印度取经，从狮子国（今斯里兰卡）附乘搭载200余人之“商人大船”归国，途中历尽艰险，经停耶婆提（今爪哇）5个月，换船“东北行趣广州”，由于“天多连阴，海师相望僻误”，商船越过广州，往北漂到“长广郡界牢山南岸”（今青岛），并于回国后著成《佛国记》一书。