传统经济学注意微观，提倡自由放任；凯恩斯主义却偏重宏观，主张政府干预。这两种学说，似乎是两种完全不同的理论。表面上的分歧也引起了西方众多经济学家的困惑，认为只能在两者之间任择其一。然而事实上，这两种学说在本质上并无不可逾越的鸿沟，凯恩斯本身就是传统经济学大师马歇尔的高徒，他从来没有说过要推翻资本主义，他提出的宏观经济理论和政策只是为了弥补资本主义经济机制的缺憾而已。所以精明的萨缪尔森很快就找到了两者的结合点。在他看来，资本主义仍是理想制度，资本主义经济仍是一部美妙的机器，遗憾的是，依靠自身的力量，它无法避免周期性危机及失业，而这个没有危机和失业的大环境，必须依靠政府来创造。只要政府协助满足了“充分就业”的条件，传统经济学还会继续发生作用，从而实现“帕累托最优状态”。
1950年，萨缪尔森在名为《经济理论与工资》的学术报告中宣称：
一个把凯恩斯主义和传统经济学相结合的折衷学说已经产生。1961年，萨缪尔森正式把这个学说命名为“新古典综合”体系，自认是与李嘉图、亚当·斯密、瓦尔拉、马歇尔、凯恩斯一脉相承的正统经济学。在纪念《通论》发表30年的文章中，萨缪尔森以一贯自得和自信的口吻说，“新古典综合”体系的诞生是战后凯恩斯主义的重大发展之一。这倒不完全是自吹自擂，1970年的《纽约时报》
甚至还有更高的评价，说他“可以因提出一个统一的经济理论而被称之为经济学中的爱因斯坦”。
新古典综合体系完全是应潮流而生，所以萨缪尔森绝不是单枪匹马、孤军奋战的，相反，在整个西方经济学界，他的同道中人比比皆是。在美国，与萨缪尔森所见略同的就有汉森、1981年诺贝尔经济学奖得主托宾、1980年诺贝尔经济奖得主克莱因和莫利迪安尼、索洛、海勒等有影响的经济学名家，于是形成了一个蔚为大观的“新古典综合派”，而萨缪尔森则是被公认的掌门人。其中，包括萨缪尔森在内许多成员都曾担任美国总统的经济顾问，奠定了战后很长一段时间美国经济政策的基调。因此这个流派非但高居正统，而且雄踞主流，声名赫赫，20世纪70年代以后虽然屡遭抨击，仍然余威未尽。萨缪尔森的追随者们于是把美国战后的几十年称为“萨缪尔森时代”。
新的事物从不会不请自来，它总是被有心人从旧事物中发现。因此，学习绝不能呆板，要学会取舍和扬弃。
——保罗·萨缪尔森所谓“综合”其实就是一种折衷，把看似不相容的因素和学说放到一起，去其棱角，取其吻合之处，从而“使之结成相互补充的整体”。这个体系中的基本概念之一——“混合经济”，就反映出它的特色。
萨缪尔森承袭了汉森的“双重经济”观点，把现代资本主义经济称为“混合经济”。萨缪尔森解释道，市场经济是个精巧机构，它通过价格和市场，协调着生产什么、如何生产以及为谁生产的问题。但是这只“看不见的手”有时却会失灵，首先是由于缺乏“完全竞争”，因为“一切经济生产都是竞争成分和垄断成分的混合物。通行的方案是不完全竞争……”
而当出现工业污染等超出市场范围的经济问题时，“看不见的手”不但无能为力，而且有可能把经济活动导入歧途。因此，政府必须出面促进效率、平等和稳定。“市场和政府这两个部分都是必不可缺的。没有政府和没有市场的经济都是一个巴掌拍不响的经济。”所以，“混合经济”就是垄断与竞争、市场与政府调节的混合。
政府就像一个日夜为子民操心的保姆，“当企业变成一头垄断的野猪时，防止它到处乱撞；当企业喷吐出来的浓烟威胁生命和财产的时候，就限制它们的活动。”在萨缪尔森看来，混合经济优于任何一种体制，而且也比早期残酷的自由竞争时代的资本主义更“人道”、更公平、更有效率，资本主义制度仍是“理想制度”。这就使萨缪尔森经济学带上了强烈的意识形态的色彩。事实上，“混合经济”
就是国家垄断资本主义和福利国家的综合，正因为萨缪尔森对这种体制推崇备至，他的“新古典综合”体系才迅速得到统治阶层的赏识，一度成为御用理论。那么，他的理论支点到底在哪里呢？
传统庸俗经济理论的核心是“均衡价格论”，表现在曲线图上，市场的均衡就是市场需求曲线与供给曲线的交点，根据萨伊定理，供给自己能创造需求，所以在供求关系的自发作用下，即使市场价格背离均衡价格，也能自动恢复到均衡点。而凯恩斯学说的要点则是“需求管理”理论，他认为市场有时会失灵，供给与需求发生失衡现象，而失业等危机现象是“有效需求”不足造成的，因此政府应采取有关政策刺激消费。萨缪尔森认为这两个学说是互相补充的，而凯恩斯的“需求管理”是“均衡价格论”的特殊理论。他用IS—LM曲线，也就是收入—支出分析说明了“新古典综合派”的观点。
IS曲线表示商品需求与供给一致时国民收入与利息率的关系，LM曲线则代表货币市场上需求与供给一致时国民收入与利息率的关系。那么IS与LM曲线的交点就表示商品和货币两个市场同时处于均衡状态，但是这时，国民收入和利息率未必处于配合状态，比如，利息率不断上升就会减少投资动力，从而影响就业水平的提高和国民收入的增加，因此这种均衡未必是充分就业的均衡。所以，政府应该既采取财政政策刺激投资又采取货币政策增加货币供给，使IS、LM曲线移动到恰当的位置上，进入传统经济学的“均衡价格论”的范畴。
萨缪尔森对影响很大的货币主义持反对态度，他认为后者“货币惟一重要”的看法是大错特错，然而他也吸收了货币主义者的一些具体方法，他把货币的作用表述为不是不重要，也不是惟一重要，而是非常重要，因此强调财政政策和货币政策的结合。
由此也可以看出新古典综合体系的折衷主义态度，他们避免任何过激的言论和极端的作法，而是遵循“黄金的中庸之道”，以古典经济学和凯恩斯主义为主干，兼蓄其他学说。
跻身政界，做政府的经济顾问
再先进的理论一旦束之高阁也就失去了价值。经济学者体现自身价值把理论与实际有机结合的最佳途径，便是与政府合作，借政界搭台，唱经济大戏。萨缪尔森成功地做到了这一点，并影响了整个美国经济政策的设计和执行。
在经济学变得越来越实用的今天，经济学家涉足政界、投身政治运动，早已是司空见惯的事情，有的甚至参与竞选总理、参议员。萨缪尔森总的说来无意于仕途，而满足于和许多经济学家一样充当公司和政治家的经济顾问。由于萨缪尔森在经济学界的权威地位以及博学多才，他成了一个抢手的顾问，不但为兰德公司这样的大公司所重视，而且担任了阿德莱·史蒂文森这些资深政治家的经济指导人。1953年，艾森豪威尔总统又把他请进了国家预算局，萨缪尔森因此跃居到政策制定者阶层。
在美国，萨缪尔森是最早把凯恩斯主义运用到制定国家政策上的经济学家之一。凯恩斯主义所奉行的其实是一种以毒攻毒的办法。在凯恩斯看来，之所以发生危机，出现失业等现象，就是因为“有效需求”不足，而这个不足又是由消费和投资不足造成的，因此国家应该采取财政赤字、通货膨胀等措施刺激投资和消费。凯恩斯抨击了被认为是传统美德的节俭生活方式，认为消费才是应有的美德。
作为凯恩斯主义的门徒，萨缪尔森吸收了这些观点。
1941—1943年间，萨缪尔森曾在国家资源计划局工作过，负责战时的充分就业计划工作。根据这一段时间的观察，萨缪尔森感到战后的就业状况不容乐观。1943年他写了一篇题为《战后充分就业》的文章，表达了他的忧虑：政府将削减创造就业机会的军费开支，同时，参战的士兵将脱下军装加入就业队伍，这样就会导致严重的失业，造成经济萧条，而惟一的办法就是采纳凯恩斯主义的扩张财政政策。虽然战后并没有发生他所预测的严重失业，但是他的政策主张却没有发生变化。
萨缪尔森进入美国预算局后，开始为政府出谋划策。最初，他和其他新古典综合派成员如汉森等主张“补偿性财政和货币政策”，推行“逆经济风向行事”，也就是说，在萧条时期，政府应有意识地增加财政支出，减少财政税收以刺激总需求，中央银行则应当放宽信贷、增加货币供给，降低利息率以刺激投资；在繁荣时期，政府应减少财政税收，抑制总需求，而中央银行应紧缩信贷，减少货币供给量，提高利息率，以求得萧条与繁荣时期的平衡。萨缪尔森认为失业和通货膨胀是不会同时存在的，在存在失业的情况下，增加货币的数量并不会引起价格上涨。
1958年，在经济发展委员会发起的题为“今后20年美国面对的最重要经济问题是什么”的讨论中，萨缪尔森明确地指出，通货膨胀的威胁是最棘手的问题。他写道：“20世纪——美国的历史很大部分已是物价上涨的历史……通货膨胀本身是一个问题。但是对通货膨胀的合理的和歇斯底里的恐惧——完全在通货膨胀，并且害怕对通货膨胀的害怕。避免通货膨胀是一个必须绝对服从的命令，不妨认为我们必须追求的但又是可能常常必须妥协的一些相互矛盾的目标之一。……我们的最大经济问题将是面对现实地权衡通货膨胀的坏作用与对抗它而采取的措施的坏作用，进而拟定能够使二者达到‘黄金之道’的方法。挑战是强大的，但预后是良好的。”
在这段看上去曲曲折折的话中，萨缪尔森却表达了很明显的意思，就是试图说服人们为了制服通货膨胀，不要害怕采取看似加重这个问题的手段。然而优柔寡断的艾森豪威尔却真的感到害怕，他怕过分不平衡的预算，害怕过大的财政支出，倾向于较保守的观点。所以萨缪尔森一派的主张并未得到充分的推行。艾森豪威尔当政的8年间，没出现严重的财政赤字和通货膨胀，但是经济增长缓慢，而且1953—1954年，1957—1958年，1960年三次发生了经济危机，产生了“艾森豪威尔停滞”。这下，萨缪尔森一派的经济学家们找到了攻击的靶子，并且一改较温和的主张，认为即使在经济状况处于上升阶段，也应通过财政、倾向政策人为地刺激总需求。
当时还是参议员的年轻而又充满干劲的约翰·肯尼迪十分赏识萨缪尔森这位哈佛校友，并聘请他为自己的高参。1960年，成为总统的肯尼迪又任命他为总统调查顾问和美国国家计划局经济顾问。1961年萨缪尔森加入了特别工作小组并成为了向肯尼迪总统提交的《美国经济状况》报告的起草人和定稿者，建议增加国防支出和对外援助，并提议把公共工程、公路建设及城市更新计划放在最优先地位，等等。
在政策制定者的圈子里，新古典综合派开始占了上风。然而当肯尼迪总统邀请他担任经济顾问委员会主席时，他却不愿受职位的束缚而婉言谢绝了，甘当幕后，为顾问委员会中新古典综合派的委员们如沃尔特·海勒、詹姆斯·托宾等出谋划策，为此他曾开玩笑地自比“灰色陛下”。
在萨缪尔森支持下，托宾等提出了如减税等许多大胆的刺激就业的财政、货币政策。在这样强大的人为刺激下，美国的经济开始摆脱招致极大不满的“艾森豪威尔停滞”，到1965年时，国民生产总值增长了31%，物价上涨只有2%，就业情况也大为改善，美国经济出现一片繁荣景象，并且在肯尼迪及约翰逊总统任期内，没有爆发经济危机。于是在《经济学》的第8版中，萨绍尔森写上了一个醒目的标题《为经济周期唱挽歌》，并且以肯定的语气说，新经济学就如同现代医药结束了小儿麻痹症和天花一样，熨平了经济波动。
坚韧刚毅，在被抨击中完善自己的理论
萨缪尔森不但在经济学的众多领域中取得了丰硕的成果，而且创建了数十年间高居正统地位的“新古典综合”体系，奠定了美国政府经济政策的基础，也因此而成为20世纪经济学群星中最耀眼的明星之一。
在一派经济迅速增长的势头中，新古典综合派的名声达到了顶点，萨缪尔森当然也身价倍增，因此他能获得1970年的诺贝尔经济学奖似乎根本就是顺理成章的事情。