谷牧回忆说：“我满心期望，这些问题经过讨论后，能得到明确指示，以便具体办理。哪里想到，会议只开了半天，下午就停开了。”停开的原因是，邓小平、李富春被紧急电召到杭州开中央政治局会议，国务院副总理、人民解放军总参谋长罗瑞卿大将突然被“打倒”了，政治气氛变得紧张起来。回到北京后，谷牧去见李富春，说：“昆明那个会什么时候再接着开，有许多问题等待着解决呢！”李富春沉默片刻，慢慢地说：“这桩事可能一时顾不上了。”
后来的事实是，“这桩事”从此再也没有被顾上过。
在对三线建设进行历史性审视时，还有一个十分重要的对比现象值得关注。
自1964年以后，国家把大量资金投入三线地区，从而基本放弃了对东南沿海诸省的投资。据谷牧的回忆，1964年5月底的中央工作会议就决定，“沿海能搬的项目都搬迁，两年内不能见效的续建项目一律缩小建设规模；对沿海增加建设投资的要求一律顶住”。从此以后，浙江、广东及福建作为“台海战争的前线地区”，再没有重大的工业建设项目。到1978年之前，这三个省份得到的中央工业投资总共不到100亿元，相比较，仅甘肃一省，在三线建设时期就得到了155.53亿元的投资。这造成的结果是，东南诸省的国有工业经济长期徘徊不前，国营管制能力薄弱，民间经济比例略重。
以浙江省为例，从1964年到1978年的十多年中，工业增加值年均增长率仅为1.8%，工业占国民收入的比重只上升了2.7个百分点。在工业总产值中，中央企业和大中型企业所占比重仅为2.6%和16%，比全国分别低了4.2和27.4个百分点，其产业结构呈现出“轻、小、集、加”（轻工业、小企业、集体工业和加工业）的特征。到1978年初，浙江的非国有工业已占到全部工业总产值的38.7%，居全国之首。
1961年被赶回萧山老家的鲁冠球就是草根创业的典型案例。他后来回忆了自己在那段时期的经历：
修自行车的生意很清淡，他看到家家吃大麦、小麦都要剥外面的壳，就联合几个人搞了一个粮食加工厂。虽然他们是农村加工服务社的社员，但个体经济那时很不好搞，工厂要用电，但没人给接。这里刚接上，那里又被拔掉。6年里，他的工厂换了7个地方。粮食加工做不好，他又去修自行车，修车做不下去，他去给农民做爆米花用的设备。
再后来，不允许搞个人工商业，鲁冠球把所有的家底一共是1 150块钱盘点好，连同账本、印章全部交给大队，然后领回来一块公社大队农机修配厂的牌子，这样算是搞集体工业了。资产归公后，他做的东西比以前多了起来，开始为钱塘江工程管理局服务，生产铁路上小轨道的零部件。这样一干又是三年。1969年的一天，一位在县城当干部的邻居告诉他，中央发了一份文件，说每个大队可以搞一个人民公社农机修配厂。鲁冠球马上打了报告，加入人民公社，工厂改名成宁围公社农机修理厂。这时他已经有了4 000多块钱。很多年后，鲁冠球就把自己的创业之年定在了1969年。
在江浙一带，像鲁冠球这样的工厂小作坊并不少见，它们如野草般自生自灭，在当时微不足道。谁会料到，在改革开放到来的时候，它们竟意外地成了体制优势者。为了发展地方经济，“手中无米”的沿海各省政府被迫依赖民间力量，而国有资本的羸弱，反倒为民营企业预留了成长的缝隙。相反，大型国营企业集中的东北、华北乃至三线各省，则首先要化解体制上的困扰，昔日的“投资重点”竟成了改革的“包袱”。此消彼长，斗转星移，这种极富戏剧性的优劣势转化，十分耐人寻味。
如果说，从“吃穿用计划”到三线建设的战略转变让中国工业经济的格局再次发生变数，那么，就是在1964年，理论界也出现过一股重新认识价值规律的思潮。这似乎意味着，尽管包产到户的试验在1961年底被打压了下去，但是，对计划经济的反思却从来没有停止。
打开头炮的是中国共产党的早期最高领导人之一张闻天（1900~1976，曾用名“洛甫”），他是1925年入党的老党员，曾在20世纪30年代当过中华苏维埃共和国人民委员会主席，一度主持中央日常工作。建国之后，他曾出任驻苏联大使，后被罢官，到中国社会科学院经济研究所当了一名“特约研究员”。1964年2月，时年64岁的张闻天写出《试论社会主义商品货币关系和价值规律的新内容》一文，鲜明地提出了新价值规律——积极倡导在社会主义社会中搞自由竞争。
张闻天的文章显然鼓励了其他的思考者。5月，时任全国物价委员会主任的薛暮桥写了三篇关于价格问题的论文，提出粮食价格的购销倒挂问题，建议提高农村中返销粮的销售价格，提高到购销拉平，以此为突破口，理顺已呈僵化态势的物价体系。他日后回忆说：“我一直认为，在物价的计划管理体制下，价格往往背离价值，不利于调节各类产品按比例发展，达到供求平衡。我主张必须对物价进行调整。”6月，薛暮桥的论文在经济所进行了讨论，会上，孙冶方和顾准都赞同他的观点，顾准还专门写了《粮价问题初探》一文，主张提高粮价和煤价，降低人民币对外汇率。此外，杨坚白、张卓元及何建章等人也纷纷发表论文，主张以资金利润率作为评价社会主义经济活动的标准，以生产价格为基础定价。这些思想都聚焦于生产和流通领域的计划性弊端，市场和价格的自由化成为焦点。
进入秋天，这股市场化的思潮受到了批判，极左理论家陈伯达、康生（时任中央书记处书记）组织了多场座谈会，对这些观点进行“清剿”。在这一过程中，孙冶方被锁定为最主要的批判对象，他是经济所的所长，而“自由化”言论大多出自该所。在过去的几年里，孙冶方不但保护了顾准、张闻天等人，还先后写了20多篇论文，论述计划经济与价值规律的关系，如《要用历史观点来认识社会主义社会的商品生产》、《论价值》、《社会主义计划经济管理体制中的利润指标》等。1962年，孙冶方与陈伯达就一些经济概念发生了书面争执，孙冶方认为，不应该在计划供应与凭证供应之间画等号，不要把集贸市场叫做“自由市场”。1963年底，孙冶方还在中科院哲学社会科学部委员会扩大会议上，专门作了一次关于利润问题的演讲。据经济学家刘国光的回忆，在演讲前，有年轻学者劝孙冶方别讲了，提醒他说：“你讲利润，人家会说是修正主义。现在还是不讲为好，风声已经这么紧了。”孙冶方淡淡地答：“风声是什么？我不是研究气象学的。”
双方矛盾在《红旗》杂志社组织的一场座谈会上全面激化。
在这次会议上，杨坚白、张卓元撰写的《生产价格论》等两篇论文遭到点名批判，发言者的调子越唱越高，“帽子”越扣越大，气氛十分紧张。孙冶方被点名务必参会，但没有安排发言。这时，坐在一角的他实在按捺不住，站起来大声说：“不要再批他们了，文章观点是我的，我来承担责任！我应战，我喜欢赤膊上阵。”
接着，孙冶方操着一口浓重的苏南口音论述自己的观点：“许多国家，包括中国，从苏联承袭了一种观点，这种观点认为，价值规律与社会主义计划经济是对立的，相互排斥的，这种观点几乎已经形成了一种规范模式，严重束缚了人们对客观经济规律的认识和探索……”
有人当即质问：“请问，你宣扬的规律是什么？”
孙冶方答：“千规律，万规律，价值规律是第一条！”
会后，杨坚白与孙冶方一起出门，杨坚白悄声说：“这是批我嘛，你何必站起来报名呢？”孙冶方说：“他们是醉翁之意不在酒，文章观点是我的，我来承担责任。”
10月，陈伯达和康生派出70人组成的工作队进驻经济所，以“张（闻天）、孙（冶方）反党联盟”的罪名对孙冶方进行批斗。孙冶方被批判的观点主要有两个：一是反对无产阶级国家统一管理经济，主张企业独立自治；二是反对按社会需要调节生产，主张以利润调节生产。因此，孙冶方的经济观点的实质就是“使社会主义和平演变为资本主义，是彻头彻尾的修正主义理论”，他被判定是“中国最大的修正主义者”，撤销党内外一切职务，每天打扫厕所，刷洗痰盂，在其后的一年内被批判39场。
孙冶方因此成为建国后第一个被公开点名批斗的著名经济学家。这个倔犟的苏南人却不肯低头认罪。他写出了一份又一份检查材料，进一步清晰地阐述自己的观点，工作组对他的评价是“抗拒党和群众对他的原则批评，态度十分骄横”。1965年9月，他被下放到北京城郊的房山县周口店公社大韩集大队进行劳动改造。
孙冶方的朋友们也纷纷遭殃，张卓元、桂世镛等人被认定是“张、孙反党联盟”的“八大金刚”，一直受到他庇护的老“右派”顾准这次自然也是在劫难逃，他被隔离审查，挂牌批斗，然后同样送到周口店劳动改造。在日记中他很内疚地写道：“我更进一步猜测，孙冶方的问题是任用我这个右派分子而引起的，我这个人，到哪里都要害人，这回又害了这个老朋友，觉得很对不起他。”顾准的爱妻汪璧为了替五个子女着想，提出与他离婚，在给顾准弟弟陈敏之的信中，她说：“只要顾准有一天脱掉右派帽子，就可立即复婚。”可惜，她与顾准都没有等到那一天。
发生在1964年的这场关于价值规律的思潮，是1978年之前的最后一次“回光返照”，它很轻易地被击溃了。而随后展开的批斗，事实上也成为即将拉开序幕的“文化大革命”的前哨战。
1965年11月10日，正在周口店公社的菜地里一起浇粪抬土的孙冶方和顾准从上海《文汇报》上读到了一篇题为《评新编历史剧〈海瑞罢官〉》的长篇评论，作者为姚文元。它十分罕见地点名批评北京市副市长、历史学家吴晗。这是一篇充满了不容辩驳的“革命”口吻的讨伐性雄文，而批判吴晗的首要事实就是一个经济话题——退田。
吴晗在《海瑞罢官》一剧中，主要讲述了明代清官海瑞在出任应天巡抚期间，针对当时豪强地主大肆兼并土地，佃农深受剥削的现状，采取了退田分耕的政策，此举受到豪强抵制，海瑞以“罢官”来推动改革。姚文元写道：戏剧冲突围绕“退田”展开。虽然吴晗同志在序言中自称剧本“改以除霸为主题”，但实际上冤狱是从占田开始，“除霸”、“平冤狱”的行动也是围绕着“退田”进行的。“退田”被写成是“帮助穷农民办法的一种”，作为戏剧冲突最高潮的“罢官”，就是罢在“退田”这件事上 ……海瑞一道号令，“发出榜文，限令各家乡官，十日内把一应霸占良民田产，如数归还”。退田以后，尖锐的阶级矛盾忽然都不起作用了，“众乡民”向海瑞叩头道：“大老爷为民做主，江南贫民今后有好日子过了！”
姚文元用大量的“史实”证明，吴晗对“退田”的描写是虚假的，海瑞的改革政策只对小地主和富农有益，是“地主阶级内部的矛盾”。紧接着，他的笔触很快衔接到了几年前的包产到户：大家知道，1961年，正是我国因为连续三年自然灾害而遇到暂时的经济困难的时候，在帝国主义、各国反动派和现代修正主义一再发动反华高潮的情况下，牛鬼蛇神们刮过一阵“单干风”、“翻案风”。他们鼓吹什么“单干”的“优越性”，要求恢复个体经济，要求“退田”，就是要拆掉人民公社的台，恢复地主富农的罪恶统治。……《海瑞罢官》就是这种阶级斗争的一种形式的反映。如果吴晗同志不同意这种分析，那么请他明确回答：在1961年，人民从歪曲历史真实的《海瑞罢官》中到底能“学习”到一些什么东西呢？我们认为：《海瑞罢官》并不是芬芳的香花，而是一株毒草。
在这篇当时十分轰动、日后非常著名的文章中，姚文元创造了一种判断方式：任何对计划经济的反思或推敲，都是阶级斗争的新动向，是反革命的行为。这样的霸道逻辑，让崇尚理性的孙冶方和顾准不寒而栗，直觉告诉他们，此文来头不小，绝非偶然。一场史无前例的暴风雨正在剧烈而可怕的酝酿中。