一方面是需求远远大于供应，另一方面则是政府治理的无能。孔祥熙的治国水平并没有随着时间的延续而有任何提高，他唯一的办法还是印钞票，反正四大银行的印章全部在他手上。国民政府的战时支出中，约75%是靠印制新纸币来弥补的，一度因为用钞量实在太大，中央银行只好委托中华书局、商务印书馆和大东书局来帮忙印钞票。就这样，空前恶化的通货膨胀不可避免地爆发了。据杨格、张公权等人的研究，零售价格的年上涨率分别为：1938年49%、1939年83%、1940年124%、1941年173%、1942年235%、1944年231%、1945年8月前（抗日战争结束前）251%。美国学者费维恺（Albert Feuerwerker）的计算是，从1940年至1946年，中国大后方的物价每年平均上涨300%以上。《剑桥中国史》认定，通货膨胀的基本起因是金融性的，八年抗战期间，平均零售物价指数上涨了2 600倍。
除了高高在上的特权阶层之外，全国几乎所有国民都是通货膨胀的受害者。以两个中产阶层——公务员和大学教师的境况为例，到1943年，政府公务员的实际工资只有1937年的1/10，公务员几乎处在“赤贫”之中。大学教师则生活在“饿死的边缘”，当时国内教授中，薪资最高的是历史学家陈寅恪。在战前，他的月薪是460元，这笔钱可以在北京购置一座四合院，而在1942年，他的月薪涨到1 360元，由大学和教育部同时支薪，却只能买320斤大米，陈氏因此有诗云：“淮南米价惊心问，中统钱钞入手空”；“日食万钱难下箸，月支双俸尚忧贫”。用张公权的话说，“劳动者从国民总值中所取得的份额是减的，而对不断膨胀的国防费用的负担却超越了其应负担的份额。公务员、教师在战争时期竟成了一个被压迫阶层”。
接着再看孔祥熙理财治家的表现。在这方面，这位山西票商的后代充分展现了他惊人的才干。史料证明，在抗战期间，孔家赚到了比之前更多的钱。
孔氏在统管四大国营银行的同时，一直没有忘记经略自己的钱库——裕华银行。它是大后方最活跃的私人金融机构，在重庆黄金市场上，它是实力最强的交易客，被尊称为“西帮老大”。有媒体记载：“西帮是黄金最大的买主，它要买就是整砖（400两），资本大，势力厚，买来之后转运西安，再用牲口驮到沦陷区出售。西帮要买，金价就涨，西帮要放，金价就跌。”孔祥熙专门在中央银行为裕华开了透支户，到1941年透支额就达3 000万元。战前裕华的注册资本是200万元，迁到重庆后增为2 000万元，到1945年，已增资到1亿元。
以裕华为龙头，孔祥熙的生意做到了无数产业。据信，列在他名下的公司不少于28家，仅出名的商号就有祥记（综合性贸易和投资公司）、庆记纱号（专营棉纱买卖）、强华公司（从事运输贸易）、大元公司（专营五金电料）、恒义公司与升和公司（这两家是做洋杂百货的）、广茂兴公司（经营参茸药材）等，此外，他投资办过《时事新报》、《大晚报》、英文《大陆报》及申时通讯社，俨然大后方的一个“报业大亨”。1941年，当时国内第二大出版机构中华书局发生危机，他乘机将之揽入怀内。
孔祥熙还把手伸到了实业界，他采取的办法是暗抢明夺，其中最著名的是染指民生和控制华西两个案例。
抗战初期，卢作孚的民生轮船公司承担了转运战略物资的主要任务。在这一过程中，善于经营的卢作孚通过兼并及“以运费投资”等办法，迅速扩大了自己的产业。民生的大小客轮从战前的48艘，最多时增加到115艘，旗下还有了纺织印染、机器和钢铁工厂，成为大后方最显赫的民营企业。孔祥熙对民生颇为眼热，在一次邀约去民生演讲的时候，他向卢作孚提出，希望由中央信托局对民生投资200万元。当时民生的总股本为700万元，孔祥熙一旦进入，无疑将成一个不小的股东。卢作孚大骇，急忙求救时任交通部长的张公权，后者又转托交通银行董事长钱新之，婉转向孔祥熙陈情：“民生是一个纯粹的民营企业，由纯粹官办的中央信托局大量投资似非所宜。如果民生需要财务上的帮助，也应有商股性质的中国银行及交通银行适当投资为宜。”孔祥熙知道这是婉拒之词，卢作孚在四川的人脉很深，民望甚高，他也不敢强弓硬上马，只好暂时作罢。
不过，从此之后，民生要到银行贷款却变得很难。据当过民生总公司财务处襄理的王世均回忆，当他去各行“跑头寸”的时候，每每有人暗示，“如果要彻底解决民生财务上的困难，最好找孔先生投资和出任董事长”。有一次，孔祥熙设法弄到了民生主要股东的名录及占股表，便暗中派人去上门收购，卢作孚得悉后，马上通知财务处对股票过户严加注意，此计又没有得逞。孔祥熙没法从民生那里得到好处，总是心有不甘，重庆中央银行的隔壁是民生总公司财务处的办公地，为一栋四层大楼，建筑很是气派。孔祥熙便要求卢作孚把大楼让给央行，卢作孚提出能否给予适当的代价，让民生另选一地造楼。孔祥熙大大地不高兴，下令财政部和央行将到期应付民生的差运费及拨款全数扣下，还四处对人说“卢作孚太不够朋友”。卢作孚百般无奈，只好将大楼拱手让给了孔祥熙。这一回合下来，孔祥熙才算赚到了一点面子钱。
如果说卢作孚从孔祥熙的铁爪下侥幸逃生，那么，四川的另外一个民营大企业华西兴业公司则没有这样的好运气了。
华西兴业由胡仲实、胡叔潜两兄弟于1932年创办，旗下有机器厂、炼钢厂、木厂、砖瓦厂、汽车修理厂等多家企业，并有自营铁矿、煤矿、耐火材料矿和一家专科学校。在战前，华西承建了西部众多的电力厂、水泥厂和自来水厂，是西部规模最大的重型工业联合体，其中的华联炼钢厂是西部最大的钢铁企业。国府入川后，拟定了优先发展重工业的国策，提出“群策群力，建设大西南”。胡氏兄弟很想借此东风，依赖政府的“扶植与奖励西南实业”政策，把华联炼钢厂进一步扩建。他们想尽办法与孔祥熙搭上了线，后者亲率众多亲信到华西视察。接下来发生的故事就是一个如假包换的“引狼入室”。
胡氏兄弟的想法是将华联扩建成日产30吨钢的炼钢厂，全部建厂资金为300万元，胡氏可筹一半，另外一半希望得到政府的贷款。孔祥熙派人前去试探，希望投资合办，胡氏担心后患，坚持申请贷款，与官僚资本建立“企业外部关系”。孔祥熙表示同意，不过，中央信托局给出的第一期贷款额只有60万元。胡氏以到账的200多万元启动了扩建工程。当基建动工及国外订购设备相继到来的时候，中信局却以种种借口再不肯贷款，华西顿时陷入进退维谷的境地。当胡氏兄弟再度找到孔祥熙的时候，他明确提出官商合办的办法。他更威胁利诱，如果胡氏顺从，投资以及未来的政府采购订单毋庸担心，如果不从，后果将不堪设想。最后，他很有深意地说：“钢铁、电业、矿业均属重工业，与抗战建国息息相关……（合组）此举深荷总裁（指蒋介石）赞许。”
话语至此，胡氏兄弟除了极度惊恐之外，已别无选择。然而，当谈及具体的入股条款时，孔祥熙的居心还是让他们大感意外。他提出的股本总额一下子提高为1 200万元，胡氏把华西体系内所有的工厂、矿场和现金折合起来，也不过200多万元。而孔祥熙最不愁的就是资本，他以“西南经济建设为中央急需进行之政策”为由，由行政院指示财政部命令四大行联合投资，他自己的裕华、祥记也顺搭入股，双方资本得以合并。1939年7月，一家“中国兴业实业股份有限公司”成立了，国营及官僚资本占到了81%，胡氏股本仅19%。到1942年春，孔祥熙再出新招，提出将资本额再增至6 000万元，商股表示反对，认为扩建工程大体快告完成，已没有必要增资。孔祥熙亲自主持股东大会，以绝对大股东的身份通过了增资决议案，并要求在十天内所摊认的资金都要到位。胡氏兄弟当然无法一下子拿出数百万元的现金，只好放弃，至此，商股比例下降到了11%。又过了一年半，孔祥熙第三次提出增资要求，中兴资本额翻倍为1.2亿元，情景再度重演，商股放弃，官股增持，股权比例调整为5∶95。胡氏近乎出局，兄弟两人先后黯然离开了企业。
官僚资本控制中兴后，如果真能把企业搞好，倒也是一件利国之事，然而，情况正好相反。中兴公司的董事会阵容可谓空前强大，孔祥熙亲自出马担任董事长，常务董事十人，其中包括经济部部长、财政部次长、央行副总裁、中国银行经理、交通银行经理、中央信托局理事长、大学校长等。可是到了具体的经营层面，却是一团乱麻，用一个叫宁芷村的见证人的话形容，是“既垄断又虚弱，在企业管理上十足衙门化，腐朽透顶，在企业内部争权夺利，相互倾轧”。钢厂的扩建工程拖拖拉拉，到1943年才告完成，开炉炼出了几百吨的低碳工具钢，却因质量不佳没有销路，孔祥熙只好下令由他儿子孔令侃担任理事长的中央信托局全部购下。从此以后，中兴再没有炼出新钢，到1945年11月遣散工人，宣告停工。“重工业之霸”的梦想就此鸡飞蛋打。
在孔祥熙等人的治理下，大后方的工业一直委靡不振，不但没有建成新的、值得称道的大企业，连内迁工厂的生产都让人沮丧。易劳逸教授在《剑桥中国史》中评论说：“迁移机器总共约12万吨，相对于当时拥有的工业设备和国民党中国的战时需要，实际上都是无足轻重的。更为重要的，假如政府事先就筹划了这次工业内迁——因为政府早已预料到要发生这场战争，它本可轻而易举地做到——这项工作或许会更加安全和更加广泛地完成。实际上，工业内迁非但不能作为中国人民爱国主义的丰碑，反而十足暴露谋图私利达到令人痛心的程度。”
孔氏贪腐跋扈，耽误国政，到1941年底终于因为一起“飞狗事件”而成举国皆曰可杀的国贼。
这一年的12月8日，日军偷袭珍珠港，随即进击上海和香港，18日，驻港英军1.5万人宣布投降。当天，国民政府派出最后一班飞机抵达香港机场，困等在机坪上的有众多政府要员和文化名人，其中包括国民党中常委和一级陆军上将陈济棠、国民党元老廖仲恺遗孀何香凝、国民政府检察院副院长许崇智以及郭沫若、茅盾、陈寅恪等。然而，这架飞机却被孔祥熙的二女儿孔令俊和她的十多个保姆、保镖、宠物狗和随带的马桶塞满了。陈济棠登机，孔二小姐把宠物狗放在座位上，不让他落座。
陈上将大怒叱责，谁料孔二小姐竟拔出一支左轮手枪，顶着陈济棠的额头喝令他下机。当这架飞机降落重庆的时候，国民党中央正在召开五届九中全会，会议鼓掌通过了《增进行政职能，厉行法制制度以修明政治》决议案。与会要员前往机场迎接陈济棠、何香凝等人，谁知从机舱里钻出来的却是孔二小姐和她的宠物狗、保镖及保姆，在场诸人目瞪口呆。四天后，《大公报》披露了这条新闻，举国哗然。西迁到重庆、昆明的大学生上街游行，西南联大学生在“讨孔宣言”中写道：“今日，我国贪污官吏有如恒河沙数，而其罪大恶极者莫如国贼孔祥熙……嗟夫，铜臭冲天，阿堵通神，用全一己之私，足贻举国之害。此贼不除，贻害无穷，国事危急，奚容缄默。”