秦桧回到宋朝后，有人问他是怎么逃回来的，他说是杀死监视他们的金兵夺船逃回来的。臣僚们随即提出一连串的问题：孙傅，何粟、司马朴是同秦桧一起被俘的，为什么只有秦桧能回来？从燕山府到楚州二千八百里地，要跋山涉水，经过很多关卡，难道就没有碰上盘查询问，能杀死监守人员，畅通无阻地回来？就算是跟着金将挞懒军队南下，金人有意放纵他，也会把他的家眷及侍从作为人质扣留，怎么还会让王氏与他一起回来呢？这些质疑只有他的密友、宰相范宗尹和李回为他辩解，并竭力举荐他，说秦桧忠于赵家皇朝。但是众人的疑团并没有因为秦桧的一番辩解而消除。
《金史》中曾经有过这样的记载：金宣宗贞祐二年的时候，中书舍人孙大鼎上书追述秦桧被女真贵族放纵南归的事情，金太宗天会八年，大臣们在黑龙江柳林集会，担心宋朝复兴。宋朝臣赵鼎、张浚志在复仇，宋将韩世忠、吴阶知于兵事。这样既不可威取，又要看到结仇已深，势难使南宋人民屈服，还是先暗中将他放回的好。在《金国南迁录》中记载：金国大臣考虑南宋复仇的事情，建议将秦桧放纵回国。鲁王说：“只有放宋臣先回，才能使他‘顺我’。”忠献王粘罕说：“这件事在我心里已酝酿三年了。只有一个秦桧人可用，我喜欢这个人。‘置之军前，试之以事’，表面上虽然拒绝，而内心中经常能‘委曲顺从’，秦桧始终主张‘南人归南，北人归北’的政策，今天如果能够将放他回南宋，他一定会由此受到重用，并为我们效力。”就这样金人决定放秦桧南归。结果不出粘罕所料，秦桧回到临安就力主和议，窃取了相位，专权擅国，残杀抗金将领，做了很多祸国殃民的事，也使南宋一步步地无力抵抗金军的打击。
秦桧回到南宋以后，送给赵构的第一个“见面礼”就是：要想天下无事，就得“南人归南，北人归北”。南宋的军队和将领主要是西北、河北和山东等地的人组成的，如果照秦桧“北人归北”的主张去办，就等于把北方土地全部奉献给女真贵族，而且许多不愿降金而南下的北方人士，都得回去受金人的统治，就等于南宋自毁长城，自己解除武装，放弃对金的武力抵抗。秦桧送给赵构的第二个“见面礼”是：他首先递上一份致女真军事贵族挞懒的“求和书”。赵构感到秦桧“忠朴过人”，高兴得连觉也睡不着了，说“又得一佳士也”。秦桧因为得到赵构的赏识，就迅速爬上了宰相的宝座，手中又有了很大的权力。
虽然秦桧的两件“礼物”让赵构感到暂时的兴奋，但很快他就又开始担心地“睡不着”。他不得不考虑，秦桧说“南人归南，北人归北”，自己是北方人，该到哪里去呢？秦桧又说，有“二策”，即以河北人归还金国，中原人送给刘豫（他是南宋初年金统治者扶植的傀儡），在秦桧当宰相的几个月时间里，这“二策”就会轰动天下。而赵构却说，自己并没有听到什么震撼性的消息。大臣綦祟礼把赵构的这些意思通告朝廷内外。从此，人们开始认识到秦桧的奸邪面目了。秦桧的主张引起朝野上下的强烈反对。赵构出于自身利害的考虑，又慑于抗战派和人民抗金、反对议和的形势，不得不罢免了秦桧宰相的职务。后来证实，金朝使节到南宋，要求全部送还北方人，正与秦桧“北人归北”的主张一致。这就使人们进一步认识到“南人归南，北人归北”正是秦桧与金人合谋的结果，秦桧的叛国面目更清楚地被暴露在世人面前。
秦桧丢了官，失了权之后，他求和投降的政策，一时半会就没法实现了，只好忍受着暂时的挫折，静观宋金政治风云的变幻，伺机东山再起。机会果然来了，过了没有多久，粘罕去世，挞懒得势。赵构又起用秦桧为相。吏部大臣晏敦复忧虑地说秦桧是“奸人相”。但因挞懒是秦桧的老主子，这个老主子是主张用诱降议和的策略来诱使赵构上当的。这样，秦桧和挞懒内外勾结，南宋灭亡的日子就不远了。
宋金形势在不断地向有利于秦桧推行的乞和求降政策的方向发展，于是秦桧认为时机已到，在宋金谈判前夕，以女真贵族代理人的威势，一次又一次地对赵构进行反复的试探和考察，增强赵构求和的信心，坚定赵构投降的立场，为南宋的灭亡进一步埋下了伏笔。
南宋大臣在朝见赵构之后，只有秦桧留下面奏，这里记载了一段绝妙的对话，秦桧说：“臣僚们对议和畏首畏尾，首尾两端，这就不能够决断大事。如果陛下决心想讲和，请专与我讨论，不要允许群臣干预。”
赵构说：“我只委派你主持。”
秦桧说：“我恐怕有不方便的地方，希望陛下可以认真考虑三天，然后容许我向您另作报告。”
三天过后，秦桧又留在赵构身边奏事，这时赵构已经坚定了讲和的决心，但秦桧认为还没有达到火候，他说：“我恐怕别的方面还有不方便，想请陛下再认真考虑三天，容我向您另作报告。”
赵构说：“好吧！”
又是三天过去了，秦桧就像以前一样，独自留在赵构身边奏事。他清楚地知道赵构确实是决心要讲和了，于是拿出早已草拟好的向金求和书，但却声称不允许别的大臣来干预。
从秦桧和赵构的这一段对话中，不难看出，秦桧已经成为了一个非常狡猾而坚定的投降派，下了决心要为金人卖命。
绍兴九年的时候，秦桧不顾赵鼎，胡铨、韩世忠、张浚、王庶、岳飞、李纲等大臣和将领反对议和的上书，签订了第一个宋金和约。赵构怕事，装病躲进宫中，由秦桧代行皇帝职权，跪拜在金使面前，签字画押。第一个宋金之盟签订之后，秦桧在朝廷中的身价提高了，赵构对他也更加宠信了，宋金之间是战还是和的问题就开始全部掌握在他的手中了。
在宋金签订第一个和约不到一年的时候，金统治集团内部就发生了政变，对南宋主张诱降讲和的挞懒被杀死，宗弼（兀术）上台。从绍兴十年起，金撕毁宋金和约，以宗弼当统帅，挥军直取河南，陕西。南宋抗金将领岳飞、刘琦在人民群众的支持下，给金兵以沉重的打击，也打出了一个大好的抗金局面。金兵将校纷纷准备投降，甚至素以狡悍著称的金帅乌陵思谋也控制不了部下，只能下令待岳家军到就投降。金将军韩常想以五万骑兵内附。岳飞迎着胜利的形势，非常高兴，对部将们说：“直抵黄龙府，与诸公痛饮耳！”正待不日渡河，而秦桧却想把淮河以北土地送给金朝，就命令岳飞退兵。岳飞给朝廷的报告说：“金人锐气丧失，气节败坏，把装备粮草全部丢弃，疾走渡河。而我军将士听命效劳，所向披靡。时不再来，机难轻失。要求乘胜追击，一举打退金兵。秦桧深知岳飞抗金意志很坚定，不是轻易可以说服的，于是就先撤张俊、杨沂中的军队，而后说岳飞孤军不可久留，严令迅速退兵。赵构、秦桧一天之内连下十二道金字牌（用木牌朱漆黄金字，使者举牌疾驰而过，车马行人见之，都得让路，一天要走五百里。用它传送最紧急的军令诏令），紧催撤军，岳飞愤慨惋惜地哭着说：“十年之功，废于一旦！”下令忍痛退兵。百姓拦住将士们的马痛哭，岳飞也悲从中来，不住哭泣。以赵构、秦桧为代表的南宋投降派是实权派。他们既担心抗金战争的顺利发展会激起女真贵族的不满，再来攻打宋朝，也忧虑岳家军的迅速壮大，会威胁到他们的统治地位。因此，全然不顾抓住击败金军的最佳时机，强迫命令岳飞从抗金前线撤回。
绍兴十一年四月，秦桧怕那些有威望的重要将领不好管理，就想方设法收了他们的兵权，以扫除不利于他投降活动的障碍。于是密奏召回三大将韩世忠、张俊、岳飞入朝“论功行赏”。三将到临安后，韩世忠、张俊被任命为枢密使，岳飞为副使（枢密使、枢密副使都是负责军国要政的）。看着三个人是升了官职，其实是解除了他们的兵权。同时还撤销了专为对金作战而设置的三个宣抚司，进一步扫清了其投降卖国的障碍。
秦桧解除三名大将的兵权，自毁长城的消息被宗弼知道后，就趁此时机一再对南宋进行军事威胁。他通知赵构说，各路大军水陆并进，南下问罪，示意如肯顺降，须以淮水为界，把淮水以北土地和人民割让给金国。同时，金朝派人指使秦桧，一定要杀死抗金战争中最出力的将领岳飞，宋金才可以议和，否则就不议和。秦桧按照金人的授意，兴起岳飞之狱。他派谏官万俟楔收集伪证，组织狱词，罗织罪名。秦桧又串通张俊收买、勾结岳家军重要将领张宪部将王贵、王俊等人，秉承秦桧意旨，诬告张宪欲据襄阳为变，图谋恢复岳飞的兵权。张宪遂被捕入狱，然后岳飞，岳云父子也被送往大理寺进行调查。岳飞被捕后，秦桧加紧了投降活动。十一月，宗弼派萧毅到临安，提出“划淮为界，岁币银绢各二十五万，割唐、邓二州”为议和条件。这就是宋金历史上的第二个和约，史称“绍兴和议”。
“绍兴和议”签订后，秦桧按照女真贵族的指示，变本加厉地迫害岳飞等人。岳飞被捕已经有两个月了，可“罪状”还没编造好，所以也没办法处罚。一天，秦桧独居书室，吃了柑子，用手指划柑皮，若有所思。秦桧的妻子王氏是个阴险的女人，看见秦桧的动作就讪笑着说：“老汉怎么一直没有决断呢！捉虎容易，放虎难哪！”秦桧听懂了王氏的意思，写一张小纸片送狱吏。岳飞当天就被害死在狱中，过了不久，岳云、张宪被杀于市，这一天正是绍兴十一年十二月二十九日。
岳飞曾经多次上书反对和议，并且要求赵构制定国家的大政方针。这些都与秦桧的投降政策相违背，所以秦桧很恨岳飞，总想杀掉他。岳飞被捕后，有正义感的臣民都愤愤不平。岳飞快要被害的时候，韩世忠十分气愤，质问秦桧岳飞父子究竟犯了多大罪，事实如何，有什么证据？秦桧说：“莫须有。”韩世忠说：“莫须有三字，何以服天下？”这时韩世忠已罢枢密使之职，他满腔愤恨，但又无能为力，只得骑驴载酒绕西湖了。岳飞被害后，家属被流放到岭南，被株连者或坐牢或流放，或死于狱中。相反，那些跟着秦桧一起陷害岳飞的人，都受到了秦桧的提拔。
秦桧除了陷害岳飞、岳云等岳家军的将领外，也没有放过南宋其他的忠臣良将，变着手法地去迫害他们。
秦桧害人的第一种手段就是在背后拨弄是非，造谣离间，出卖同他共事的大臣。张浚要求辞去右相的职位。宋高宗赵构问他：“谁可代替你呢？”张浚不说。赵构又问：“秦桧怎么样？”张浚说：“与他共事，才知他阴险狡诈。”赵构说：“那就用赵鼎。”赵鼎接替了张浚的宰相职务。后来张浚受到迫害，被安置在岭南，赵鼎感谢张浚当初的举荐之恩，就约了同事一起去解救他。于是就与大臣张守面奏赵构，每人都千言万语为张浚求情，唯独秦桧一言不发。原来赵鼎、张浚很合得来，张浚任宰相的时候，向皇上竭力引荐过赵鼎。他们曾讨论过人才问题，张浚那时还激动地谈秦桧“善良”。赵鼎说：“此人得志，我们就手足无措了，”但张浚却不以为然，还引荐过秦桧。但后来知道他做事阴险，不光明正大，就不再推荐他了，秦桧因此怀恨张浚。就用挑拨手法对赵鼎说：“皇上想召用你，而张浚拖延扣留，现在你反而还去救他。”秦桧的话激怒了赵鼎，反而使赵鼎去排挤张浚。以前在枢密院，赵鼎只听张浚的指使，素来讨厌秦桧，经他这一拨弄，赵鼎反而对他深信不疑。但最后，张浚和赵鼎都被秦桧所排挤。赵鼎与张浚晚年在福州相遇，无意中谈到了当年的这段往事，才知道两人原来都是被秦桧给出卖的。
秦桧害人的第二种手段是话虽说得不多，但却很恶毒，甚至一句话都能够害人。正如《宋史》中所说的，秦桧阴险如悬崖陷阱，深危莫测。群臣讨论政事，还没有据理力辩，他用一两句话就否定了。李光曾与秦桧争论，发言稍微触犯了秦桧，秦桧就不说话了。等李光说完，秦桧慢慢地说：“李光没有作大臣的礼法。”赵构听后，对李光十分生气。所以史书上指出，秦桧在陷害忠良的时候，一般都是使用的这一招。
秦桧害人的第三种手段是一意孤行，排除异己，一定要把反对者置于死地，他才感到痛快。枢密院编修官胡铨上书，愿斩秦桧以谢天下。马上就受到秦桧的打击，把他贬往昭州“编管”。他因去妻临产，想稍晚几天再走，结果秦桧派人叫他戴上刑具，押送昭州。秦桧还觉得对胡铨处理过轻，不足以“惩一警百”，使反对议和的人从此俯首帖耳再也不敢说反对的话，就迫使赵构发了一道诏令，说胡铨上书是放肆称凶，倡导犯上之风，告诫朝廷内外，不得效法。大臣陈刚中支持胡铨上书，秦桧大怒，把他弄到赣州安远县。安远县地处边远山区，条件极差，瘴气很盛，当地谚语说：“龙南、安远，一去不转。”意思说，到安远是一去不复返了，必然死在那里。陈刚中果然死在安远。邵隆在商州十年，披荆斩棘地进行治理，招回流散出走的人，大力发展生产，多次打败金兵。正值“绍兴和议”签订，把商州割与金国，邵隆很不满意。后来任命他主管金州，他曾出兵金统治区。秦桧因此对他怀恨在心，就找机会害他。调他去主管叙州，但仍不解恨，就暗中派人用毒酒杀害了他。故将解潜罢官闲居，因不同意和议，被流放南安而死。大臣白锷说秦桧办事荒谬反常，就被刺配万安军。可以这样说，翻开《宋史·秦桧传》，满篇记载的几乎都是秦桧害人的血淋淋事实，手段的残忍让人怵目惊心。
秦桧害人的第四种手段是屡兴大狱，株连无辜，迫害与他意见不同的人。晚年时候，秦桧变得更加凶残。绍兴二十二年，又兴起王庶二子、叶三省、杨炜、袁敏求四大狱。诬陷他们有“诽谤罪”。绍兴二十五年，赵令衿看秦桧的《家庙记》，口念“君子之泽，五世而斩”，结果被人告诉了秦桧。有人又告赵鼎的儿子赵汾同赵令衿饮宴后厚赠礼物，“必有奸谋”，就送赵令衿入狱。秦桧在他的“一德格天阁”里写上赵鼎、李光、胡铨的姓名，“必欲杀之而后快。”此时赵鼎已死，恨不能处置，就想捕杀他的儿子赵汾，秦桧特别恨张浚，将他编管水州，指使其死党张柄坐镇潭州，与郡丞汪召锡共同监视。秦桧甚至要赵汾捏造事实，诬陷自己与张浚、李光、胡铨“谋大逆”，这次株连贤士五十三人。兴起这个大狱的时候，秦桧已经是奄奄一息，没有几天的活头了，但他还不忘去陷害别人，可见其心狠。
秦桧还大兴文字狱。大学生张伯麟在壁上题词：“夫差，你忘记越王杀害你的父亲吗？”结果被打几十大板刺配吉阳军。沈长卿曾与李光反对议和，又与芮烨同写一首《牡丹诗》，其中有“宁令汉社稷，变作莽乾坤”的句子，被告后也遭贬谪。
秦桧株连无辜的例子，多得数不胜数。岳飞被害时，株连坐牢者六人，审讯岳飞的大理寺丞认为岳飞无罪，也都被贬黜，上书为岳飞喊冤的，也都在被捕后杀死在狱中。赵鼎被贬谪后，他的门生弟子，僚属都被以各种各样虚构的罪名遭到陷害。