马云认为在资金流里面必须建设的就是安全问题，如果资金流不能解决安全问题，那么电子商务就没有任何前景可言。2003年，马云经过长期的思考之后，认为中国银行的发展过程非常缓慢，如果等待银行从事电子商务，可能就会有很长的路要走，而一些电子商务企业虽然具备了电子商务的经验，但是却又缺乏银行的营业执照。因此，面对这些问题，那么不知道自己该不该建设资金流。如果要想把中国的电子商务引向另一个发展阶段，就必须要配上资金流。而当今社会，资金流是最困难的事情，如果不解决资金流，不解决电子商务的支付问题，电子商务下一步就不知道如何发展。而且电子商务资金流的流失会对产业和国家造成非常大的危害，如果阿里巴巴不做的话，跨国公司就会做。
在当时，中国的银行可以做电子商务支付业务，但是银行不知道该怎么做，而阿里巴巴知道怎么做，可是它却不能做，因为马云没有足够的资金。但是如果跨国公司在中国做了电子商务支付业务，如果未来70%～80%的资金流都是通过电子商务流程实现的，那么这就会对国家的经济安全造成巨大的威胁和挑战。所以，2003年在达沃斯参加会议的时候，马云就说电子商务的支付业务，必须要和中国人民银行、各个商业银行联合起来，银行做银行的业务，阿里巴巴做自己的业务。于是，2003年10月，阿里巴巴首先在其旗下电子商务平台--淘宝网上推出了独立的第三方支付平台--支付宝。从此马云的团队正式进军电子商务领域，也踏上了电子商务的新征途。支付宝在企业中的迅速发展让马云非常吃惊，支付宝的推出也取得了空前的成功。
支付宝的运作流程是：买家在确定购买商品之后，先将货款汇到自己的支付宝账户里，支付宝在确认收款后就会通知卖家发货，买家在确认收货并确认满意后，支付宝就会汇款给卖家完成此次交易。同时，买卖双方通过支付宝进行交易不会收取任何费用，在整个交易过程中，支付宝都是作为诚信、中立的第三方机构而设立的，其起到了保障货款安全以及维护买卖双方各自或共同利益的作用。
支付宝正式推出之后，马云率先提出了“你敢用，我就敢赔”的口号。2005年2月，支付宝公司又推出了“全额赔付”的制度，对于使用支付宝业务而受骗并遭受经济损失的用户，支付宝公司将全额赔偿其损失。同时，支付宝公司又将“全额赔付”制度扩展到了阿里巴巴B2B以及所有采用支付宝支付工具的电子商务公司之中。这种主动全额赔付用户损失以保障用户利益的做法，在国内目前所有电子商务网站中还属于首例。这一制度不仅显示了阿里巴巴公司解决电子商务支付问题的决心，而且也表现出了阿里巴巴对“支付宝”产品的绝对信心。支付宝的担保交易模式为使用电子商务的买卖双方提供了有效的安全保障，这无疑是给买家打了一针“强心剂”，继而，用户放心支付的安全环境使淘宝网上的交易量日益增加，而且还超越了当时国内最好的C2C网站--易趣。
截至2007年3月月底，国内使用支付宝业务的用户已经超过3600万家，支持使用支付宝交易服务的商家也已经超过30万家，支付宝业务涵盖了虚拟游戏、数码通信、商业服务、机票等各个行业。
支付宝是一个非常活跃的平台，因为马云要从这里解决物流和资金流的问题，因此，马云对这个目前还只有90多人的公司投入了最大的精力和财力。同时，支付宝公司也是阿里巴巴公司中最为活跃的一个子公司，其谈判对象都是资金流与物流方面非常优秀的银行和企业。支付宝公司甚至还吸引了阿里巴巴电子商务的业务对手。
马云说：“现在的支付宝已经拥有5000万的用户，最终将超过3000万的信用卡用户。我觉得这个是在银行充分意识到用户需求的情况下而发展起来的。”作为具有国内领先水平的独立的第三方支付平台，支付宝是阿里巴巴公司为了满足中国电子商务的发展需要，并且为实现电子商务安全支付而特别推出的一系列服务的平台。支付宝作为电子商务的一个重要里程碑，马云始终致力于要把支付宝打造成为中国电子商务用户提供“简捷、安全、快速”的服务、解决在线支付问题的最佳方案。同时，支付宝为每个行业制订的个性化的在线支付、清算、解决方案，使这些商家在享受支付宝服务的同时，更进一步地拥有了一个极具发展潜力的消费市场。
支付宝以化繁为简的特点、以技术的创新迅速带动了信用体系更加完善的理念，得到了用户的一致好评和信赖。2005年，支付宝获得网上电子支付最佳人气奖，并被评为“中国最具创造力产品”；同时，支付宝还在“2005年中国互联网产业调查”中获得“电子支付”第一名，名列中国互联网产业品牌前50强。2006年，支付宝又获得了“用户安全使用奖”、“2006年中国IT十佳市场策划奖”以及“2006卓越表现奖之创新产品奖”；同年9月，支付宝在“2006年中国IT用户调查满意度调查”中，被评为“用户最信赖互联网支付平台”和“互联网支付平台服务满意度第一”的称号。这些殊荣，无一不证明支付宝获得了空前绝后的成就和人们的信赖。
在短短的三年时间内，支付宝的用户就覆盖了整个C2C、B2C以及B2B领域。2007年12月31日，支付宝的注册用户数量已经突破了6200万。仅2007年的一年时间，支付宝所产生的支付流量就超过了2006年全国第三方支付和企业网上支付的流量总和。到了2008年9月1日，使用支付宝的用户已经超过了1亿，支付宝的日交易总额也已超过4.5亿元人民币，日交易笔数已超过200万笔。
现如今，支付宝俨然已经成了马云的“摇钱树”，而日前马云也透露，阿里巴巴集团旗下的淘宝网和支付宝业务也都将进军美国市场，到那个时候，马云也许会让全世界都接受并认可中国的支付宝，从而在全世界范围内踏上更新的征途！
从“红海”到“蓝海”的雅虎中国
雅虎中国要想获得成功，就必须采取一种新的方式进入市场。如果再打造一个新浪还有什么意义呢？
--马云
声名赫赫的雅虎虽然进入中国已经很长时间了，但其令人称道的表现却屈指可数。2003年，雅虎的管理战略第一次进行大动作的调整，搜索、邮箱成为其两大主业，但是它却不愿放弃即时通信、门户等方面的竞争行为，因此脱离了其主攻方向。在马云接手雅虎之后，他将雅虎中国网站由门户网站彻底改为像百度、Google一样的搜索引擎，并且斥资3000万元邀请陈凯歌、冯小刚、张纪中三大名导为雅虎搜索创作了广告片，他要对雅虎中国实行颠覆性的转型，但是，一场大秀之后，雅虎中国的口碑、收效仍然是差强人意。
一次次的战略转型同时也伴随着高层人事的频繁变动。而杨致远经过深思熟虑之后挑中的“最合适人选”马云，尽管被人们称为是“无与伦比，拥有巨大的中国市场及商业智囊团”的人，此次在雅虎中国的转型中也无奈地承认了雅虎中国经营不善，亏损连连。
不在市场份额上争高低，而是在市场细分上决高下，这就是马云的转做企业搜索战略，也就是“蓝海战略”的考量。马云说：“我们不同于百度搜索引擎，百度的用户大多都是来自学生。雅虎中国需要吸引的是高端用户，并不需要那些对商务不感兴趣的用户，我们将把众多的高收入用户和企业家作为自身的资本，并会对搜索结果的权重进行调整，使其更加倾向于企业或商业网站。”事实上，搜索引擎的发展与网络所能提供的内容以及要承载这些内容的表达方式都有着密切的关系，搜索市场的细分正是Web2.0时代的大势所趋。与传统的综合搜索引擎相比，垂直搜索作为市场细分的产物，已经在Web2.0时代显现出其强大的发展潜力。而此刻马云想要跳出竞争激烈的综合搜索“红海”，也意味着雅虎中国将一改在国内市场的面貌。
雅虎中国表示，蓝海战略并不是一种全新的成功秘诀，而它最重要的是传递了一种理念和意识，那就是创新，就是市场差异化。对此，马云认为，对于企业而言，无论是销售市场，还是经营方式都是可以创新的。通过有价值的创新来实现与竞争对手之间的差异化，并最终超越竞争对手，才是真正的蓝海战略。而且，其对于面临巨大的竞争压力和生存压力中的中小企业也具有深远的实战意义。雅虎中国要将其打造成新兴地营销工具--搜索营销，这可以称得上是营销领域的蓝海，通过蓝海战略理念与搜索营销进行有机的结合，对于企业客户的实际应用和推动搜索营销的发展都具有非常重大的意义。
雅虎中国一直努力的工作重点就是通过普及搜索营销来帮助中小企业的客户快速成长和发展。而雅虎中国率先将蓝海战略融入到搜索营销中，很大程度地改变了之前蓝海战略的概念炒作大于实际应用的局面，从而使得大多数的中小企业客户真正能在实战中深刻理解蓝海战略的商业价值，并有助于中小企业的成长和发展，可以帮助企业打开思路，找到新的蓝海，这对于推动搜索营销的应用和普及具有极大的实际价值和现实意义。
的确，一个企业要想实现可持续发展，就离不开营销。雅虎中国的搜索营销可谓是一个伟大的创举，它一定会成为中小企业的“宠儿”！
阿里软件：缔造出一个非凡的“阿里王国”
成立这家公司（阿里软件）我已经想了五年。当时我受了一次很大的刺激，因为有人跟我说做电子商务要走美国模式，要先做企业管理软件再做网上交易，而我们正好相反，于是不断有人说要收购我们，认为阿里巴巴一定会死。我觉得他们赢不了我们，可我当时也不知道能否赢他们。当时有几家公司问我一年营业额是多少，那时我们的营业额是一两万，就有人问是美元还是人民币，我说是人民币，有人竟然说“真不错”，我知道他们是在讽刺我们。而今天那几家公司已经不见了，我们还在继续发展。
--马云
2007年，阿里巴巴的第五家分公司--阿里软件公司正式成立。马云认为，这时的电子商务和软件配合的时机已经非常成熟。他强调说：“阿里巴巴必须进入到企业内部的管理之中，只有这样阿里巴巴才会在中小企业和全球电子商务中立于不败之地。”阿里软件的口号就是“让天下没有难做的生意”。而马云本人则是坚定不移地相信“阿里软件在三年之后将成为中国最出色的软件公司”。阿里软件的定位就是电子商务和企业管理相结合的软件服务领域。与传统的管理软件企业相比，阿里软件的最大竞争力是拥有1800万注册企业会员和数以万计的淘宝个人大卖家。
马云曾经坦言，进军软件行业自己已经等待了很久。阿里软件的总经理王涛则是用另一说法说明了阿里巴巴为什么要涉足软件业的原因，他指出：“当电子商务领域一定要建立诚信体系时，我们就开始推出了"诚信通"服务；要有交易的市场，我们就建立了阿里巴巴和淘宝网；要有安全支付的环境，我们就推出了"支付宝"；要能方便、快捷地找到信息，我们就收购了雅虎中国。今天做软件，则是因为现在的市场有这个缺口，如今很多中小企业的生意越做越大，那么它们也就需要一种软件来管理自己的企业”。2007年4月，阿里巴巴网和淘宝网相继推出了阿里软件系列免费试用版。这套软件包括了内贸版、外贸版和网店版三种模式。王涛在解释阿里软件的定位时说：“把电子商务延伸到中小企业的内部，从而为用户提供电子商务营销工具、客户管理、进货、销货、财务状况、供应链管理等一系列服务的软件工具。”他还说：“从中小企业的角度来看，实际上是把本来由企业完成的部分管理与营销功能交给了阿里巴巴完成。”一些使用了阿里软件的用户也这样反馈道：“其实它根本就不是一个软件，而是一个虚拟的职业经理人。”
与阿里巴巴B2B业务一样，阿里软件也是从“虾米市场”进入市场的。其理由也是因为中小企业所具有的巨大的发展潜力以及中国市场对中小企业的不够重视。目前，中国有2000万家企业加入到了电子商务中，而使用管理软件的企业却只占到了20%，这是因为现有的管理软件操作都非常复杂、繁琐，而且成本也比较高，因此很难在中小企业得到进一步的普及应用。据信息产业部的统计表明，我国中小企业信息化率还不到10%，可见，中小企业还有着巨大的市场发展潜力。因而，制作一种低门槛的、简单的、成本低的软件就成为了一个关键问题，这也是“阿里软件”诞生的主要原因。
对此，阿里巴巴商学院总监张璞说：“任何人都可以像登录邮箱那样进入自己的企业数据库，所有的企业信息化功能也都可以轻而易举地实现。阿里巴巴的使命就是"让天下没有难做的生意"。马总用"WorkatAlibaba"来概括未来五年内的总体战略计划。但是现在来看Work的概念还不能完全概括我们正在做的事情。”
此外，“阿里软件”还考虑到了安全的因素，因而采取了SAAS（在线软件服务）模式。这种模式由于在不用安装客户端软件的情况下就可以使用阿里软件，并能够帮助客户安全保存企业的信息、数据，因而可以有效防止病毒的攻击，因此使用起来非常安全。这个模式在国内目前还没有成熟应用的产品，所以“阿里软件”推出了正式商业化的SAAS模式的软件产品，并成为了软件行业中第一家吃到“螃蟹”的公司。
马云对“阿里软件”所做的事情也给予了充分的肯定和赞赏，他说：“电子商务必须和软件配合才能更好地走向下一步，我们必须进入到中小企业的内部管理中，在这样一个快鱼吃慢鱼的年代，企业必须要加强信息管理才能有效提高其竞争力。”
马云指出：“阿里软件乃至阿里巴巴是要围绕中小企业发展的。”当他在考虑中小企业市场的需求时，要比中小企业早半拍，不需要早两拍，半拍就可以了，而且他的团队今后还会逐步推出人事管理软件、财务管理软件，用户都可以免费试用，用户试用后觉得有用、觉得有效果，他再考虑收费，如果用户觉得不好用就不给钱。
马云对中小企业也提出了一些意见和建议：“世界在逐渐地变平，这也就意味着市场上将会有更多平等的机会，未来大象和蚂蚁可以共舞，小虾米也可以和大鱼一起逐食，但这同时也意味着市场的竞争也会更加激烈、残酷。变化才是应对充分竞争的利器，因为在一个日趋变平的世界里，如果一直墨守成规，最终的结局可能就是被淘汰或者死掉。”