特洛伊古城被发现的消息引起轩然大波，首先人们不相信荷马史诗上的子虚乌有的城市真正存在过，更不能相信一个名不经传的局外人能发掘出一个3000年前的城市。可谢里曼手中的宝藏向世界证明一个童话的真实。用他的话说：“我没想到我会亲眼目睹荷马笔下的这座不朽的城市。”
文学书籍的影响赋予了谢里曼浪漫主义情怀，只有身怀这种情结的人才会对古籍如此地信任。然而谢里曼对特洛伊的发掘却是灾难性的。
在世人对谢里曼进行祝贺和质疑的时候，谢里曼也承受着很大的压力。土耳其政府非常气愤，斥责谢里曼掠夺了土耳其的财富，表示不甘就此罢休。土耳其政府甚至下令禁止谢里曼再次踏入土耳其的国土。
为了表示对希腊的挚爱之情，谢里曼决定把这批宝藏献给希腊政府。然而希腊政府在土耳其政府的压力下，拒绝接受这批宝藏。
谢里曼无奈把它送到英国伦敦的博物馆，希望因此而授封，但英国人没有同意给他这个许诺。最后，他选定了柏林，因为德国人许诺授予他封号和勋章。于是1880年，他正式将这批宝藏送给了德国，送到了柏林。当时德国政府还为此举行了盛大的仪式，德国皇帝亲自接见了他，场面极为隆重，后来德国人展出了这批宝物，世界各地的人们都纷纷赶来亲眼目睹谢里曼的这批黄金宝藏。
谢里曼对特洛伊的发现，被认为是继15世纪末哥伦布发现美洲大陆之后又一个传奇。西班牙画家达利的这幅《哥伦布之梦》对那段历史作了神奇的构思，画上出现许多为古代人的仪仗队伍所习用的旗幡。有十字架、耶稣像和圣母画像等旗幡，表现他们登岸时的情景。
出于道义，谢里曼后来付给了土耳其2000英镑作为补偿。1876年，谢里曼被允许再次回到土耳其进行勘探考察。这次他打算发掘迈锡尼--特洛伊战争中希腊人出征远行的地方。这次的发掘比与上次逊色很多。19世纪70年代中期，他还开掘了一个称为迈锡尼的古希腊遗址--传说是征服特洛伊的希腊联军统帅阿伽门农国王的故乡。谢里曼对迈锡尼文明的发现，将欧洲历史的序幕提早了1000年或更早。在那个遗址，谢里曼发现了又一个有价值的宝藏--“皇家墓地”，其中有金饰点缀的遗骸，还有一个男性骷髅戴着的一个黄金面罩，被称为“阿伽门农面具”。
1890年，68岁的谢里曼离开了人世。他被安葬在希腊，受到国葬的礼遇。他逝世3年后，他的有关特洛伊遗址的论断被人们所推翻。
考古学家德尔费德根据新的发掘材料，认为地层下第六座城才是荷马诗所说的特洛伊遗址，而谢里曼至死不疑的特洛伊第二座城在特洛伊战争前1000年就已经存在了。上世纪30年代，英国考古学家布列经研究后进一步指出，真正的特洛伊战争遗址也不在第六文化层，而在第七文化层，因为导致第六文化层城堡毁灭的原因是地震而不是战争。推算各地层所属年代的主要权威是威廉·多朴菲尔德，他在1882年被谢里曼雇佣来监督发掘工程进展。
据他断言整个废墟遗址由九个不同地层构成。谢里曼认为的倒数第二层遗址比推算的要古老的多；荷马史诗中早已描述过的特洛伊，即公元前13世纪的特洛伊，会在新近得多的地层，即遗址的六层中找到。谢里曼还是接受了威廉耐心收集的证据，认为有这样的可能性，即他所发现的宝藏可能不属于普里阿摩斯国王。在他去世之前，他承认：他所发现的艺术珍品可能比普里阿摩斯在位的年代要早1000年。
谢里曼去世后，威廉在西沙里克遗址上继续探察，并成功定位了第六层城市的部分遗迹。这是谢里曼的民工尚未破坏掉的部分。威廉宣告，这才是“真正的”特洛伊。现代考古学家已经证实了他对年代的推算。只有美国考古学家卡尔·布勒根认为第七层的城市才最有可能是传奇中的特洛伊。
另外，现代考古学家认为，谢里曼发现的“阿伽门农面具”制作时间比阿伽门农国王(如真有其人)在位的时间早几百年。由此看来，谢里曼也错认了阿伽门农。
尽管有众多争议，但考古专家都一致认为谢里曼把西沙里克作为特洛伊遗址的所在地是准确的。德国考古学家玛夫锐德·柯夫曼他认为，《伊里亚特》史诗描述的事件是否曾经发生不太重要。他这样说道：“我相信，《伊里亚特》描述了历史事件的核心：战争确实在这个地势险要的地区不停地发生……”
另一位史学家也说就其意义和价值而言，特洛伊城的发现并不比哥伦布发现美洲大陆逊色！