谢里曼去世后，他的妻子索菲亚继承丈夫的事业，在土耳其指导考古发掘工作。他们的儿女们也成为新一代的考古工作者。然而谁能想到，半个世纪后第二次世界大战爆发，收藏在柏林博物馆的特洛伊城黄金宝藏不翼而飞。这件事在当时被称为现代考古史上的最大秘密。
在谢里曼的发掘之前，从来没有任何一次考古发掘引未如此大范围和如此高密度的世界性关注；也从来没有任何一个考古遭址的复杂程度可与特洛伊的复杂程度相比。这是1990年发行的谢里曼纪念邮票。
据称，第二次世界大战期间，德国的艺术珍宝(包括特洛伊的黄金宝藏)被统统打包，藏进了地下碉堡，以防不测。但在大战结束的一片混乱中，取胜的俄国和美国军队占领了德国，许多珍藏品不是被士兵抢走，就是作为获胜方的战利品而被没收，曾经转移到柏林动物园的特洛伊黄金宝藏也不见踪影！
二战结束时，德国人声称，特洛伊宝藏已在盟军占领柏林时被毁掉了。但不久传出消息，前苏军曾从德国运走了这批宝藏。关于宝藏是如何落人前苏联之手，前苏联和德国各执一词。前苏联人说，当炸弹开始大规模轰炸柏林时，柏林博物馆的那位老馆长做了他惟一能做的事来挽救那些宝藏--他去找能碰到的第一批盟军士兵--前苏联人，并把宝藏交给他们妥善保管。而德国人却说盟国的军队进驻柏林后，下令没收一切德国的和外国来的艺术品。这些东西都是盟军用暴力夺走的。多年以后，德国人要求前苏军归还这些战利品，但前苏联人一再声称特袼伊黄金宝藏的确在二战中被毁掉了。
人们似乎都信以为真，没有人想着再去找它。
但沉寂了近半个世纪的特洛伊黄金宝藏悬案在1991年又一次成为热门话题。
1991年的春天，普希金博物馆正在处理一些旧文件。莫斯科两个学艺术的学生正好路过那里，便主动帮助处理文件。这两个学生早就听到人们谈论普希金博物馆里的地下密室藏着了战争时期运来的巨额宝藏。20世纪80年代以来，他们查阅了许多官方文献，但只找到很少一些有关宝藏的线索。然而这次上帝赐给了他们难得的机会，使他们找到了相关文件。文件中详细记录了二战时前苏联军队是如何从德国运回宝藏的。
原来前苏联入当时把这些宝物装上了一辆卡车运到机场，尔后再用飞机运回莫斯科。到达目的地后，又用一辆货车运往普希金博物馆，存放在人口通道下面的一个很小的地下贮存室。1945年至1949年期间，世人对普希金博物馆里舶秘密议论纷纷，似乎是一个公开的秘密。这批珍藏品当时只向考古学家、古物鉴赏专家及一些政界要人开放。可是到1949年，博物馆却突然宣布不再对外展览这些珍藏品，并将其秘密地藏了起来。后来，冷战开始，有关这批战利品的消息被视为国家的最高机密。每个人都收到严格的指示，只有官方才有权过问的这批宝藏，必须绝对保密。如果有人问前苏联是否藏有这批宝藏，官方的答案总是否定的。在以后的50年里，每天都有成千上万的参观者通过这里，然而他们却不知道世界上最大的一笔财富就在他们的脚下。
这两个学生的发现使普希金博物馆的秘密得到进一步的证实，苏联人想隐瞒也不行了。正值当时国际政治的微妙变化，前苏联政府想与欧洲国家做朋友，想尽快恢复自己的声誉，迫于这些压力不得不承认，他们已经发现这批黄金被藏在某个地下室里。
前苏联还透露，在20世纪90年代曾对这批黄金作过碳定年代法的测试，却发现谢里曼黄金形成的时间要比普里阿摩斯国王和荷马诗人所处的时代还要早1000年。这种说法正好与考古学家威廉的说法一致。
当时前苏联人只同意展出谢里曼发掘的黄金宝藏，但并没有打算把它们归还给德国。他们的理由是，德国人在二战中也从苏联掠夺走大量的财富，至今尚未归回。他们的国家在战争中遭到巨大的损失，谢里曼黄金仅仅是战争的胜利者应该得到的战利品而已。但是德国政府的态度非常坚决，他们认为自己才是这笔财富的合法主人。因为谢里曼是德国公民，而且他生前已经把这些宝藏送给了柏林博物馆。
另外，土耳其、希腊等国也声称这笔黄金财富该归他们所有。
土耳其认为，这一宝藏最初在他们的领土上发现的，应属于土耳其国家所有。希腊认为，谢里曼的第二任妻子索菲亚是希腊人，而且这批黄金最初是被运到雅典之后才送往柏林的，所以希腊对这批财富享有所有权。英国人也声称自己该拥有这笔财富，因为二战即将结束的时候用来存放这批宝藏的地下室是在他们所管辖的区域范围之内。于是，特洛伊城的黄金又成为有吏以来最有争议的宝藏。
而这一切争议对特洛伊宝藏的发现者谢里曼来说已没有意义。
他的传奇发现已向世界展示了一种失落的人类文明，为我们开启了通向这一古代文明的大门。