应中国政府的要求，世界银行为本次会议请来了一批世界级的经济专家，也是“东西合璧”。西方学者中，包括1981年诺贝尔经济学奖得主、耶鲁大学的詹姆斯·托宾，牛津大学教授阿莱克·凯恩克劳斯爵士，法国保险总公司董事长米歇尔·阿尔伯特，联邦德国中央银行行长埃明格尔，世界银行驻北京代表处主任林重庚和日本兴业银行执行董事、经济学家小林实，而来自东欧的学者，包括南斯拉夫经济学家亚历山大·巴伊特，前些年来过中国的弗·布鲁斯和匈牙利经济学家亚诺什·科尔内。其中，亚诺什·科尔内在1980年出版了轰动一时的《短缺经济学》，被认为是描述计划经济运行的典范之作，在中国，它影响了中国新生代经济学人头脑中的经济研究的范式。尽管这部著作的中文版在1987年才正式出版，不过在巴山轮会议期间专门出了摘要版本，在经济界的圈子里已经变得无人不晓。
这次会议分为7个专题——“目标模式和过渡步骤”、“财政政策与宏观管理”、“货币政策和金融体制的改革”、“收入政策与宏观管理”、“经济增长与投资问题”、“通货膨胀和价格问题”以及“实现宏观经济间接控制目标的一个重要前提”。当然，最核心的讨论议题是：如何看待当前的通货膨胀？在巴山轮上，尽管只有一篇“调控派”学者刘国光、赵人伟提供的论文，而没有主张“通货膨胀有益论”学者在场，不过，受邀的西方经济学家涵盖了新自由主义德国弗莱堡学派和凯恩斯主义学派的重要人物，而中国主张“通货膨胀有益论”的学者通常都是以凯恩斯主义相标榜的，因而，辩驳的空间仍然形成。
从现存的会议记录资料看，在巴山轮上并没有发生预料中的争论，与会专家几乎一致认为，中国经济已经过热，必须采取从紧的宏观调控政策。其中，最有说服力的是托宾的态度，他是当时全球最著名的凯恩斯主义货币理论家，“反调控派”所依据的理论与他的主张是一个门派，可是，托宾却认定，中国经济已经面临严重的通货膨胀，必须加以治理，他甚至提出要立即采取“三紧政策”——从紧的财政政策、货币政策和收入政策来抑制通货膨胀。在一次发言中，托宾说，这么多经济思想并不一致的第一流经济学家对中国经济作出了相同的诊断，这一事情说明中国政府应当对此给予充分的重视。
吴敬琏日后说，正是参加巴山轮会议上外国专家的一致诊断，使国务院领导坚定了实施宏观稳定政策的信心；而且他们对中国宏观经济政策的看法，也被吸收进几天以后中共全国代表会议（9月23日）通过的《中共中央关于制定国民经济和社会发展第七个五年计划的建议》中。
除了诊断迫在眉睫的通货膨胀问题之外，巴山轮会议上还讨论了其他几个重大的经济改革命题，其中，对后来的中央决策产生了重要影响的有两个。
第一个问题是改革的目标模式，也就是改革的目标模式和朝市场经济的过渡步骤。科尔内在这个问题上给出了有意思的概念构造。
他把协调机制区分为两种类型：行政协调和市场协调。每一种协调机制又可分为两种具体的形态，于是就有了直接的行政协调（1A）、间接的行政协调（2A）、没有控制的市场协调（1B）和有宏观控制的市场协调（2B）。这个概念组合对当时的中国经济学界有非常大的影响。在会议上，大多数学者都沿用了这个概念组合，并且原则上同意2B应该是中国经济改革的目标模式。与会学者还一致认为，中国的经济改革要达到这个目标，还需要较长的时间。因为中国的改革起点不是1A，而可能是半个1A。用波兰经济学家布鲁斯的话说，中国从1A向2B的过渡将是“第二次长征”。很显然，科尔内的类型分类，与世界上大多数市场经济国家的体制相类似。吴敬琏在日后的论著中多次引用他的这一观点。
另外一个重要的讨论点，是“一揽子改革”的战略构想。
与会的国外经济学家都比较强调“一揽子改革”的重要性，认为改动经济体制是不能零敲碎打进行的，改革需要整体配套。根据郭树清和赵人伟当时整理出来的会议情况报告来看，会上的代表多次强调了价格改革的迫切性，主张要尽快设计推出以价格改革为核心的配套改革方案。包括托宾、琼斯等在内的经济学家还提出，等价格改革成功之后再逐步推进资本市场和外汇的改革，而那是10年之后的事情了。有专家日后推测，这个意见对1986年的价税财配套改革产生了较大的影响。
巴山轮会议一直开了6天，到9月7日结束。在闭幕式上，马洪代表中方致闭幕词，为会议做总结，全面阐述了中方对“有计划商品经济”体制的理解。这篇讲稿是吴敬琏和田源起草的。
关于这次会议还有一个有趣的细节。巴山轮从重庆开出时，就引起了国内传媒和理论界很大的兴趣，人们都希望早点知道讨论的结果。然而，会议是在完全封闭的情况下进行的，传媒只能凭自己对改革的认识作出猜测。上海的《世界经济导报》——这是当年中国影响力最大的全力支持改革的经济类周报——按照当时改革派中的流行观点，刊登了一则报道称，“外国专家认为，中国正处在调整经济结构的时期……不能将目前的价格上涨与通货膨胀简单地画等号”。
很明显，这则报道把专家的意见彻底地拧反了，吴敬琏不得不给编辑部写了一封信予以澄清。他在信中说，“外国专家们认为，一个最令人不安的迹象是，出现了工资——物价螺旋式上升的趋势，他们建议财政政策、货币政策和收入政策三管齐下……”
至此，会议的讨论结果才公诸于世。
在中国改革史上，巴山轮会议是一个标志性事件。
复旦大学教授张军在2009年时评论说：“即使以今天的标准来判断，也很少有一个学术的会议会像巴山轮会议对政策的影响那么大。”参与会议讨论的张卓元认为，“这是改革开放以来的第一个真正意义上的国际会议，它决定了中国市场经济取向，对中国，包括很多经济学家都是一次带有启蒙性质的会议”。会议期间，中国学者深感国际经验之不足，“外国专家讲到任何事物时，都有比较广泛的外国经验，比如讲到养老金，他就讲智利怎么干的，新加坡怎么干的，然后讲哪些对我们可以有参考价值的。而我们对中国的情况可能的确比较了解，但美国是怎么做的、英国是怎么做的等等，我们就不知道了”。
在吴敬琏看来，巴山轮会议上的中国经济学家们尽管显得有点稚嫩，不过，还是显示出走向成熟的一面。仅仅在四五年前，中国学者对东欧模式还感到非常的新奇，对市场社会主义颇有迷恋之处。而到了巴山轮上，他们的改革思路完全地超越了东欧同行，脱离了市场社会主义的框框，已经跟上了现代经济学的潮流。世界银行的林重庚在会后对吴敬琏说，西方的几位经济学家觉得中国人很了不起，因为在刚开会的时候，各方还根本没有共同语言，而到总结的时候，大家的概念和阐述逻辑已经完全一样了。
所以，在这个意义上，巴山轮会议是中国经济学界在理论思想上告别东欧模式和“市场社会主义”的一个象征性“仪式”。
巴山轮会议对决策的直接影响是明显的。
就在这个会议结束的11天后，9月18日至23日，中共全国代表会议在北京举行，全会讨论并原则通过了《中共中央关于制定国民经济和社会发展第七个五年计划的建议》。在这个建议中，关于宏观政策的大段论述显然受到了巴山轮会议的影响。它描述“七五”计划的基本任务之一是：进一步为经济体制改革创造良好的经济环境和社会环境，努力保持社会总需求和总供给的基本平衡，使改革更加顺利地展开，力争在五年或者更长一些时间内，基本上奠定有中国特色的新型社会主义经济体制的基础。
在经济体制改革方面，《建议》采纳了整体配套的思路，提出要“配套地做好计划体制、价格体系、财政体制、金融体制和劳动工资制度等方面的改革，形成一整套把计划和市场、微观搞活和宏观控制有机地结合起来的机制和手段。争取在今后五年或者更长一些的时间内，基本上奠定有中国特色的、充满生机和活力的社会主义经济体制的基础”。邓小平在这次党代会上的讲话中指出：“坚持社会总需求和总供给的基本平衡，使积累和消费保持恰当的比例……速度过高，带来的问题不少，对改革和社会风气也有不利影响，还是稳妥一点好。一定要控制固定资产的投资规模，不要把基本建设的摊子铺大了。”（《邓小平文选》第三卷，人民出版社1993年版）
此后，信贷开始紧缩，经济表现趋于平稳。人们把注意力转向如何推进十二届三中全会所要求的市场取向改革。
不过，这样的景象没有持续多久，到1986年的夏秋之际，从紧政策突然被放弃，经济再度升温，从而导致恶性通货膨胀卷土重来，并最终在两年后以一次惨烈的“闯关”失败而告终。
这其间的曲折诡异，已成改革史上一个众说纷纭的悬案。