发表在《经济社会体制比较》上的这组文章被广为引用，并引发了一场热烈的大讨论，1989年，吴敬琏将这些讨论的文本汇集成册，以《腐败：货币与权力的交换》为书名由北京展望出版社出版。从此，用寻租理论来解释中国腐败现象很快在经济学界成为一个共识，“寻租”这个外来名词也日渐为人们所熟知。1995年，著名思想家王元化在一次对话中说：“这几年关于市场经济的讨论，在大陆一些有影响的学人（他们大多是我熟识的友人）中间出现了一些想当然的说法，例如说市场经济必然要带来不可避免的腐败。我听到这些说法，当时很不以为然，曾提出了不同意见的看法，但是我只是从我们的市场经济的不健全、经济法规的不完整，以及由于钱权结合所出现的诸如批条子、卖配额等方面来说明问题。到最近，我才发现一些在文化领域纠缠不清的问题，经济学家已经作出可以令人信服的说明。”
然而让吴敬琏无法满意的是，尽管找到了腐败的根源，提出了限制权力以铲除寻租基础的建议，可是腐败现象不但没有消除，甚至有了愈发严重的趋势。在吴敬琏看来，原因在于，对于权力在手的特殊利益者，要求限制权力无异于与虎谋皮。
1992年邓小平南方视察以后，由于商品价格已经大部放开，商品寻租的条件已经不复存在，因此“官倒”也就不复成为重要的社会现象。不过掌握着寻租权力的既得利益者非但不肯就此罢手，还极力创造新的寻租条件，即吴敬琏早先指出过的“设租”或“造租”活动。这个时期，双轨的巨大利差，土地“批租”中的“猫腻”、股票上市的行政审批，都给权力寻租者提供了巨大的寻租机会。吴敬琏把当时中国的寻租现象分为3个阶段，20世纪70年代末期是“经商寻租”，80年代中期是“商品（双轨制）寻租”，进入90年代初期之后，则成了“要素（土地、资金）寻租”。据胡和立的计算，1987年和1988年中国经济中的租金总额分别达到相当于当年国民生产总值20%和40%的惊人规模，另据万安培对1992年全国租金总量的估算，其数额竟然达到6 243.7亿元，相当于该年国民收入的32.3%。吴敬琏在自己的文章中引用了上述数据。
正是在这种情况下，吴敬琏在1993年组织出版了《腐败：货币与权力的交换》。为了正确地表现不受约束的权力在寻租活动中的主动作用，书名改为《腐败：权力与金钱的交换》。
到了1997年，根据“十五大”决议进行所有制结构调整和国企（主要是中小企业）改制，寻租又出现了新的形式。一些掌握权力的人在“放小”的过程中把老职工扫地出门，自己却趁机大发其财。正在上海中欧国际工商学院上课的吴敬琏在1997年11月6日的上海《新闻报》上发表一文，醒目的标题就叫《别打股份合作制的歪主意》，严厉抨击中小企业改制过程中发生的这种“剥夺大众以肥私”的恶劣行为。
1998年，吴敬琏在《当代中国经济改革》一书中写了《转型期各种社会力量分析》一节文字，继续运用寻租理论分析中国社会力量的变动。他说，巨大的寻租利益，会培育起一个人多势众的既得利益集团，他们会力图在我国制度变迁的过程中，不但利用权力进行“寻租”，而且进行“设租”活动，以便造成新的寻租的可能性。如果政府不能采取坚定而正确的措施制止事态发展，弄得不好，由寻租到设租，会构成腐败泛滥的恶性循环。那么，当这种权贵资本在一个国家居于统治地位时，大量社会财富被少数人鲸吞，广大群众则陷于普遍的贫困之中。这种情况在某些原来的社会主义国家已经发生了，我们绝不能听任它在中国重演。
几个月后，中国经济出版社决定出版10年前的那本《腐败：货币与权力的交换》的第三版。吴敬琏写了一篇新序言，这次的书名竟是一个问句：《腐败寻根：中国会成为寻租社会吗？》他颇带感叹地写道：回顾这个一本科普性的小书的出版历史，对于它初版10年后重印的需要依然未改，不能不感慨系之……一方面，社会大众对于腐败的愤怒之情日益高涨，一些经济学家和文化界人士的著作强烈地表达出这种义愤，另一方面，残民以逞的贪官污吏们的气焰并未收敛消弭，他们依然在大量存在寻租机会的体制下猖獗地活动，有时他们的“设租”敛财活动还以“全面加强管理”之类冠冕堂皇的名义公然进行。
在这时，吴敬琏的笔触已经显得十分的焦急。从寻租理论的引进，到对“权贵资本主义”，即“封建的、买办的国家垄断资本主义”的警告，他身上的批判气质越来越浓烈。我们即将看到的是，在未来的10年里，随着腐败的愈来愈猖獗，他的声音将变得一次比一次尖利。
虽然吴敬琏认为，在中国的贫富差距主要是机会不平等造成的，要改变这一状况，首先应当限制政府官员支配资源的权力和打破某些企业的行政垄断，以减少寻租的可能。但是，他也并没有忽视在市场经济条件下由于按照能力分配必然出现的结果的不平等。对于这种不平等，政府也应及时通过社会保障和税收制度安排，一方面扶助老弱病残等弱势群体，另一方面抑制少数人个人财富的过度积累，来缓解社会矛盾，力求实现共同富裕。
在晚年的口述史中，吴敬琏着重谈了一个“流产”的社会保障方案。他说，这也许是30多年的经济改革中，最让人遗憾的一件事情。
在中国社会的阶层结构中，工人——在改革的前20年主要是国有企业里的工人——是最主要的弱势群体。农民通过联产承包制获得了经济上的自由，而工人则在失败的国企改革中成了最可悲的牺牲品。吴敬琏认为，工人阶级一直被宣传为“国有企业的主人翁”，可是他们与企业的资产关系却一直是模糊的，因此国有企业的产权改革必须考虑到这一点。
早在1991年9月，吴敬琏在《国有资产管理》杂志上发表《大中型企业的法人化与公有产权》一文，提出了自己的观点。他认为，企业承包责任制只是在政企职能尚未分开的条件下的一种过渡性办法，而在“最终所有者”和经营者之间进行产权分割，把部分所有权转移给经营者的“股份制改革”，破坏了“所有者——董事会——经营者之间的制衡关系”，也是“一条同现代工业组织形式发展趋势相悖的道路”。他所主张的办法是，把国有企业改组为由各级政府的投资公司、保险公司等金融机构、其他企业、养老金基金会、捐赠基金会等法人组织持股的股份有限公司。在稍后的著作中，吴敬琏进一步明确，最重要的机构投资者，是由职工拥有的全国社会保障基金。
1992年，在主持“中国经济改革总体设计方案”时，吴敬琏将这一设想与同事们一起推演完善，由周小川和王林执笔完成了《社会保障：经济分析与体制建议》的专题报告。他们建议，应改变现有的社会保障制度，将现收现付制改为个人账户制，把个人收入的一部分以预筹方式纳入社会保障资金。
在1993年6月的中央台电视讨论会上，谈及国有企业的股份制改革，吴敬琏说：“我们应该让更多的国有企业改制以后股票上市，出售以后收回来的钱不把它马上拿去投资，而要由政府收回来。”这是一段在当时听上去非常费解的话，主持人没有顺势追问下去——“收回来干什么呢？”他在此前早就多次建议：用来归还国家对老职工的社会保障欠账，形成全国社会保障基金。
吴敬琏在一份政策建议书中提出，应当从国有资产中“切出一块”，划入老职工的个人账户，以补偿国家对他们的社会保障欠账。吴在文章中写道：“显然，这样做是既合理又合法的，因为在工资扣除基础上形成的这部分国有资产产权本来就属于为这种积累作出贡献的老职工，在改行个人账户制时，自然应该将这部分积累付还给他们。国家是否偿还对曾为国有资产的存量作出过贡献，又往往在经济改革利益重组过程中受到某些利益损失的老职工的这笔欠账，是一个关乎数以亿计的老职工的基本权益和政府的政治信誉的重大问题。”
吴敬琏在晚年口述史中讲述了这个建议最终没有被采纳的经过。他说：“这种建议往往受到两方面的反对，一方面是国有企业管理部门，有人说这是把国有资产变成了职工的私人资产，明摆着是国有资产的流失。另一方面是社保部门，他们反对得更为厉害。”据吴敬琏回忆，当时的财政部长是这一建议的赞同者，他曾下令财政部按吴敬琏等专家提出的方案编单子，划拨一部分国有资产到社保基金中，去还老职工的欠账。可是，这一做法很快被高层制止，理由正是“造成国有资产的大量流失”。吴敬琏在2009年写作的《中国经济六十年中》记录道：“1993年十四届三中全会决定养老保险采取个人账户制。一些经济学家提出了从国有资产中‘切’出一块补偿老职工的办法来充实‘老人’和‘中人’的个人账户。当时就有人以“国有资产流失”为理由加以反对，以致无法把老职工的个人账户制养老保险建立起来。”
到了90年代中后期，国有企业的大面积亏损以及随之而被迫展开的产权改造运动，使得工人失业——当时叫“下岗”——数量激增，1996至1997年间，失业工人总量已经达到1 500万人，其后直到2000年，这一数字一直居高不下，这成了当时最可怕的“社会炸弹”。作为改革方案的设计者之一，吴敬琏一直目不转睛地“盯”着这种现象。在1998年前后，世界银行和国务院体改办课题组都对社保欠账的数目进行过估算，一个比较接近的数目是2万亿元。吴敬琏认为，“这笔养老保险欠账问题不解决，新的养老保险体系就无法正常运作，建立社会安全网，保持社会稳定就会成为一句空话”。在后来的几年里，他一再秉书建言，力求解决国有企业老职工的社保欠账问题和建立公正完善的社会保障基金，与他一起努力的官员和学者有刘仲藜、周小川和林毅夫等。2000年年初，国家体改办曾参与设计了一个计划，拟划拨近2万亿元国有资产存量“做实”老职工的社会保障个人账户，而这一计划最终流产了。
在中国改革史上，有一些失误是因为无知所造成的，而有一些则是因为以权谋私的贪欲所造成的，用吴敬琏的话说，“非不能也，是不为也”。
在建立全国社会保障体系进展缓慢的情况下，吴敬琏竭力在其他方面推动中国慈善福利事业的发展。例如，2004年他和资中筠教授共同推动了《公益捐赠法》的修改完善，2006年与茅于轼教授共同发起集资1 800万元建立富民基金会，2008年起担任北京富平学校理事，2009年就任100位企业家捐资建立的阿拉善生态基金理事长，等等。