少年吴敬琏，是母亲邓季惺的反对派。
他自幼体弱多病，父亲给他起了个小名叫“长明”，祈求他能够“长命”。曾有医生说他活不过一岁，邓季惺心忧如焚。吴竹似出殡时，按当时民俗，子女应披麻戴孝在出殡路上一步一磕头，邓担心儿子吃不消，坚决反对，其护犊心切可见一斑。
因国事动荡及身体虚弱，一直到大学毕业，吴敬琏的读书生涯都是断断续续的。
1936年，6岁的吴敬琏进南京山西路小学读书，仅一年，就因抗战爆发停学西迁。到重庆后，他被送进了巴蜀小学，这是大后方教学质量最高的小学之一。当时的四川省主席王瓒绪任小学董事长，“航运大王”卢作孚当校董，国学教师中有叶圣陶这样的名人，连当时常驻重庆的共产党代表周恩来都来作过演讲。吴敬琏的同期学生中便有著名报人邹韬奋的3个子女，其长子邹家骅（后更名邹家华）后来当过国务院副总理，次子邹家骝（后更名邹竞蒙）和吴敬琏同班。在节假日时，邓季惺常常带着子女外出参观，比如去山洞里的军工厂等等，这使得在战火中长大的吴敬琏从小就关心社会和国家命运。
1941年，小学毕业后，吴敬琏考进重庆南开中学，这又是大后方的一所模范学校，创办人张伯苓是民国时期与蔡元培齐名的大教育家。张伯苓教学强调“三育并进而不偏废”，特别注重学生的人格教育和道德教育。晚年吴敬琏仍清晰地记得，在新生开学典礼上，张伯苓所作的《我为什么要办南开》的演讲。吴敬琏在一篇纪念文章中写道：“我虽然只在南开念过两年书，但南开给予我的基本训练方面的影响，却是极其深远的。除语文、数学等功课外，从逻辑思维、语言表达，公民课上关于如何开会、如何选举、如何表决的训练，直到每座楼进门处镜箴上的‘头容正、肩容平、胸容宽、背容直，气象勿傲、勿暴、勿怠，颜色宜和、宜静、宜庄’的仪态要求，都使我终身受用不尽。总之，就我的亲身感受而言，南开教育之所谓‘高贵’，指的并不是生活上的奢侈和安逸，也不是目中无人和颐指气使，而是对于德、智、体、美四育并进的高素质要求。”
吴敬琏体弱，总是在养病，缺少锻炼，因此第一学年就因体育成绩不好差点被南开中学除名，他向学校保证每天晚上跑步800米，加上优秀的数学成绩，学校才勉强同意他留下。可是没多久，他就得了肋膜炎，不得不休学一年，第二年重念初一。在他的两年级同学中，有经济学家茅于轼、中国科学院院长周光召。
1943年，邓季惺到成都开办《新民报》成都版，吴敬琏又随母转学，插班进了一家名叫高琦初中的基督教教会学校。两年后，吴敬琏考入金陵大学附属金陵中学，就读高中部。不久抗战胜利，国民政府和大批机构迁回南京，《新民报》总部和金陵中学都一起南下。一个十分有趣的细节是，一直到很多年后，吴敬琏才在一个偶然的机会中得悉，当初与他在同一个年级（不同班组）读书的学子中，有一人名叫厉以宁。他们后来一个被称做“吴市场”，一个是“厉股份”，为中国改革开放时期两位最重要的经济学家。
小学和中学时期的吴敬琏并没有表现出对经济学的兴趣，他最热衷的事情是拆装钟表，而“科学救国”是他的理想。
少年时期的吴敬琏最喜欢理工科，他的数理化、生物等功课都非常好，当实业家的外公以及律师母亲，都认定唯有科学和实业才能救国，希望这个聪慧的男孩能够走上科学家或工程师的道路。吴敬琏心灵手巧，喜好钻研，平日在家时，总是把各种钟表、机械都拆开来看看，倒腾一番后再装起来，这让他很有成就感。更让他开心的事情是，他还有一个“科学迷”舅舅。
邓季惺的六弟叫邓友海，他对政治、新闻之类毫无兴趣，却无比痴迷于科学。他毕业于西北工学院的纺织机械系，还到英国留过两年学，回国后在重庆一家丝织厂当厂长，平时就常常住在大姐家里，把自己关在房间里装拆各种东西，搞实验，做工程。有一段时间，他疯狂地迷上了发明制作滚珠的最新办法，反复试验却始终无法成功，以至于全家人绝对不能在他面前提“滚珠”两字。吴敬琏自幼无父无兄，自然对这位六舅舅无比崇拜，整天跟在他的屁股后面装东拆西，不亦乐乎。十来岁时，他最朝思暮想的东西是一只装有各式各样工具的木箱子，当时名叫“双手万能”。13岁生日时，母亲真的给他买了一个，这让他几乎兴奋了一年。
他对科学和机械的爱好保持了一生，甚至在日后的困顿时刻，这成了他聊以自慰的手段。在“五七干校”时期，他当过瓦工和电工，自学过木工，还业余为人修理自行车和收音机，他对最新的科技动态始终非常敏感，对高科技产业十分重视，近年来长期担任国家信息化专家咨询委员会副主任的吴敬琏对于高新技术的专业指示常使内行人士感到惊诧。这些都得益于孩提时培养起的那些兴趣，后来竟成了他的经济研究中重要的领域。
一直到读中学的时候，吴敬琏仍然不改“科学救国”的梦想，他在一篇文章中写道：“那时，我的理想是科学救国和实业救国，以为依靠声、光、电、化，就可以发展起现代工业，抵御洋人的坚船利炮和货物倾销，建设富强的中国。至于要依靠什么样的社会制度来实现这种理想，我却几乎完全没有思考过。”
后来的吴敬琏，之所以没有如愿以偿地当上一名优秀的科学家或工程师，而成了经济学家，竟还是因为身体羸弱。
17岁那年，吴敬琏被确诊患上了肺结核，因为父亲吴竹似死于此疾，大姐刚进大学也染上了肺结核，这自然让母亲邓季惺无比紧张。吴敬琏的学业停停读读，上学又休学，成了一个无奈的病号。1948年，吴敬琏以同等学力报考金陵大学，他选择的是自己最喜欢的电机系。可是考上之后，马上就因病不得不又一次休学。此刻，他意识到，凭自己现在的身体条件根本无法从事艰巨的科学实验及野外考察，理工科的梦想就此破灭。
就这样，在再次复学的时候，他乖乖地选了文学院。他在口述史中说：“其实我不喜欢文学，但是文学院里面有其他的东西，比如说经济学，后来我就选了经济系，这个学问与实业救国好像还有那么一点儿关系。”
日后这位杰出的经济学家，就是这样病怏怏、半情半愿地“入门”了。
回过头来说青年吴敬琏的政治立场。在这方面，他比信仰法律和改良的母亲要激进得多。
他对国民党政权的失望是从1946年的一系列政治冲突事件开始的。
抗战胜利后，国民党与共产党在重庆谈判，达成《双十协定》和《停战协定》。但是，双方摩擦不断。国民党内的右翼极端派更是肆无忌惮，不断蓄意挑衅。1946年1月10日到31日，全国政治协商会议在重庆召开，通过了和平建国纲领问题、宪法草案问题、军事问题等五项协议，政治民主化、实施宪政等话题被重新提起，人民以为“和平民主新阶段”即将到来，吴敬琏也满怀希望，以为可以遂科学救国和实业救国的心愿了。