不过，这位个性倔强的老人没有选择躲避或放弃，他似乎根本不在乎别人的那些担心。还是那一年的“两会”，在全国政协经济界的一次小组讨论会上，委员们讨论开征燃油税的问题。吴敬琏说，中国是一个贫油的国家，可是我们的燃油中的含税量比美国还低，这不是鼓励大家买车、烧油吗？可是开征燃油税的问题谈了十几年还谈不下来，这是很不正常的。一位来自工商界的委员插话提醒他说：“老吴，你别提这个意见，这是会挨骂的。”吴敬琏没有好气地回答他说：“如果当政协委员就怕挨骂，那么我们这些人就不用当了，可以回家了。”然后，他还是继续说下去。
2007年9月，吴敬琏出版《呼唤法治的市场经济》，“收录50余篇文章，记录了世纪之交以来作者的所思所言”。就当他拿到新书 ，正打算转赠诸位老友之际，10月28日，传来他的老同事、老领导马洪逝世的消息，享年87岁。他在悼念文章中写道：“虽然马洪同志在经历了多年卧病以后于上月陷于昏迷，他即将离我们而去已是意料中事，听到他的噩耗，我的心情仍然十分沉重。”在两年前的2005年7月22日，另一位“市场派”宿将薛暮桥已经以101岁的高龄去世。他们都是吴敬琏的多年师友，朋辈相继凋零，自然让暮年的他时有感伤，同时也越加生出紧迫感。
在《呼唤法治的市场经济》一书的序言中，吴敬琏充满忧患地写道：“中国的改革并不是一路凯歌，经济改革所采取的从非国有部门入手、由易而难的策略，一方面减少了改革的阻力，增加了改革的助力，另一方面又使以双轨制为特征的寻租环境得以广泛存在，以权谋私的腐败行为得以四处蔓延。”他进而说，“改革的两种前途严峻地摆在我们的面前，一条是政治文明下法治的市场经济道路，一条是权贵资本主义的道路，在这两条道路的交战中，后者的来势咄咄逼人。我们必须清醒地认识这种潮流对于我们民族前途和未来的威胁。在我看来，克服这种危险的唯一途径，在于朝野上下共同努力，切实推进改革，建设公正法治的市场经济……经济和政治改革的迟滞，造成了两方面的严重后果，第一，中国经济继续沿着依靠资本和其他资源投入驱动的粗放增长方式一路狂奔，引发了一系列社会和经济问题；第二，设租和寻租活动，以及随之而来的贪污腐败、贫富差别扩大和社会失范愈演愈烈，这些，都引起社会各界人士的强烈不满。”
后来的国史记录者应当会如实记载——在30年中国改革的后半程，中国的学者一直保持着对制度改革滞后的警惕与批判。当然，变革的阻力之大、进展之缓慢，实在让人深感迷茫。
正在发生的历史都好似雾里看花，却又像在一个清晰的轮回中苦苦挣扎。正如吴敬琏在2004~2006年的大论战中就已经预言到的，由于没有改变经济增长的模式——“过热、调控、降温、速度下降，下一个阶段又重新出现可能就不能避免。”2007年以后的中国经济又进入了这样的循环中，不可遏制的发展冲动，让所有的观察家都惊诧不已。先是股市的迅速升温，上证指数在2005年的6月跌到了令人绝望的998.22点，接着就在放量流动性的支持下转头上攻，2006年11月重返2 000点，然后一路高歌，到2007年的8月23日一举突破5 000点大关，中国股市总市值超过日本，成为全球第二。同样炙手可热的是楼市，很多城市的房价都涨了一倍，甚至两到三倍。
与此同时，一个“幽灵”也重新归来，它就是自1994年以后就从未再见过的通货膨胀。生猪的出栏价格从2006年的6元/公斤猛然上涨，到2008年年初竟达到了20元/公斤的高位，民间惊叫之声四起。在2007年7月，居民消费价格指数（CPI）同比上涨5.6%，突破了温和通胀的界限，2008年2月、3月、4月更突破上升8%的中度通胀的界限。中央政府于2008年年初宣布进行宏观调控，猛然收紧银根，央行在短短100天时间里连续5次升息，试图让过热的经济快速降温。
与此相关的一个政策是，中央宣布从2008年1月1日起，执行《中华人民共和国劳动合同法》，对企业解雇员工提出了非常严苛的规定。
在经济理论界，宏观调控政策似乎没有引起什么争论，尽管有人对紧缩的力度提出了一些异议。而《劳动合同法》则引发不小的争论，在很多人看来，这是政府将用工成本的提高全部转嫁到了企业头上。不过，谁也没有料到，2008年的中国将发生非常戏剧化的骤变。
在年初，除了一些忧心忡忡的经济学家，许多官员乃至百姓都认为这将是一个充满了玫瑰色的年份，中国的改革开放事业进入了第30个年头——可谓是进入了“而立之年”，而在8月8日，将于北京举办全球瞩目的夏季奥运会。在热烈的氛围中，百年复兴和“大国崛起”成了一个令人无比亢奋的主旋律。作为一个自始至终参与了改革全历程的重要经济学家之一，吴敬琏又成了媒体追逐和报道的对象。
就在新年到来不久的2008年1月12日，在北京大学光华管理学院院长张维迎的主持下，发生了一个戏剧性的场面：有10年时间未曾同台的两个老对手——吴敬琏和厉以宁出现在第十届北大光华新年论坛上，主持人将两位79岁的老者，连同80岁的茅于轼教授同时请上讲台，共同探讨30年来的成就得失。
这是一次很有意味的聚会，在主持人的追问下，他们各自陈述了对30年改革事业的不同理解。
主持人问：30年中最让他们感觉满意的三项改革分别是什么。
吴敬琏将三次中共中央的会议视为改革史上的三个转折点：“第一是1984年的十二届三中全会，明确了商品经济是改革的目标；第二是1994年的十四届三中全会，开始了市场经济的整体性改革；第三是1997年的中共第十五次全国代表大会，确立了以公有制为主体、多种所有制经济共同发展的基本经济制度的改革。”
厉以宁说：“第一个是农村的家庭承包制，它打破从前人民公社下大一统农业的情况；第二个大成绩是20世纪80年代中后期开始的国有企业的股份制改革，中国有了证券市场；第三个是民营经济的兴起。”
主持人又问，30年中最让他们感觉遗憾或者说没有达到理想预期的三项改革分别是什么。
厉以宁先答，他说：“一是城乡二元体制基本上没有触动，农民收入增长缓慢；，二是在国有企业改革中，行业垄断没有消除；三是因为财政困难或者其他原因，社会保障制度推行得极慢。”
吴敬琏的答案是：“社会保障制度不健全，产权制度改革没有到位和法治建设问题。”
这两位重量级的经济学家尽管在很多方面有不小分歧，不过在一点上却达成了共识，那就是，改革开放30年中，最大的遗憾是社会保障制度改革的失败，在日后的很多场合，他们一再表达了同样的意见。与厉以宁相比，吴敬琏的表述更具有批判性，他说：“它的原因我看还不是什么财政困难，而是部门从自己的工作方便、从自己的权利、从自己的利益着眼太多，所以愿意保持旧体制，所以使它迟迟不能实现。”
吴敬琏与厉以宁的这次北大对话，引起了传媒很大的关注。这两个同龄同籍的江苏人，从1947年起就有了生命的第一次交集，在后来的数十年中，多次展开了剑拔弩张的论战，他们的每一次分歧，都是中国经济前行中的关键时刻。吴敬琏说：“我跟老厉在这个问题（中国股市）上的争论已经很长时间了。我们要提倡一种风气，经济学家所秉持的原则是思想自由、学术独立，所以应该要形成一种氛围，使得各种不同的意见，为了一个目标，就是为了推进改革，为了建立一个法治的市场经济，为了振兴中华。”
在后来的一年里，为了纪念改革开放30年，国内各家媒体都进行了报道，开展了一系列的评选活动。《中国企业家》发起评选“30年最具贡献的十位经济学家”，最终，吴敬琏以67.14%的得票率位列第一，刚刚出任世界银行副行长、首席经济学家的林毅夫紧随其后，厉以宁位列第三。在那段喜庆气息很浓的日子里，几乎所有前来采访吴敬琏的记者都喜欢多得一些“总结”、“经验”，然而老先生却似乎没有满足大家愿望的意思。他说：“我对中国的发展前景，一方面持谨慎的乐观态度，另一方面又常常有危机感。由于受到某些社会力量的阻碍和反对，改革形势有可能出现逆转。”
这当然是一个非常严厉的告诫。在2008年4月号的《小康》杂志上，他是如此表述的：“这种阻碍和反对主要来自两个方面，一方面，由于某些在转型期中凭借特权受益的既得利益者的干扰，使得一些重要的改革受到阻碍或者遭到扭曲，从而使腐败等权贵资本主义的现象愈演愈烈；另一方面，一些改革开放前旧体制和旧路线的维护者利用这种情势忽悠大众，把他们引向反改革开放的方向。如果他们相互为用，扭转改革的大方向，就有可能造成大好形势的逆转。”
与90年代的那个意气风发的吴敬琏相比，进入21世纪之后的他显得越来越焦虑和“不合时宜”。“中国的改革会好吗？”这个问号在他的眼中似乎变得越来越大。这位具有人文气质和道德勇气的经济学家再次引用10年前曾引述过的《双城记》中的那段开篇语，“这是一个最好的年代，也是一个最坏的年代”，我们这里的季节，“既是希望的春天，也是失望的冬天，我们前途无量，同时也感到希望渺茫，我们一起奔向天堂，我们全又走向另一个方向”。