1949年4月中旬，在中共香港工委负责人夏衍的安排下，吴敬琏随母亲从香港回到已经和平解放的北平。在香港停留期间，陈铭德、邓季惺和赵超构曾仔细策划如何改组《新民报》，以便在新中国“东山再起”，他们曾问夏衍，共产党是否允许私人办报？答复是：当然可以。在解放初期，邓季惺曾任西南军政委员会委员，之后就逐渐边缘化。后来，《新民报》系的结局是这样的：1950年4月，成都版停办；1952年1月，重庆版停办；1952年4月，北京版被政府以2万元作价收购，改成《北京日报》；1953年年初，上海版实行公私合营，易名为《新民晚报》。陈邓的报人生涯从此终结，1953年，他们分别被任命为北京市城市服务局副局长和民政局副局长。邓季惺回忆，她干过的最重要的一项工作是，主持修建了北京市的第一个火葬场。
父母的被边缘化，显然没有影响到吴敬琏对新社会的热情。一到北平，他就住进了羊肉胡同的香山肺病疗养院城内分院。到1950年春天，身体有所康复，吴敬琏就回到南京金陵大学开始学习经济学的大学学业。很快，他加入了新民主主义青年团，1950年暑期开始担任经济系团支部书记、校团委的团课教员。
这种“为建设新民主主义社会而学习”的学生生活只持续了一个学期，就开始了抗美援朝的政治运动。
1950年6月25日，朝鲜战争爆发。在朝鲜人民军占领了南朝鲜绝大部分地区的情况下，9月15日，以美国为首的联合国军在朝鲜半岛中部的仁川登陆，直逼平壤。10月19日，中国人民志愿军入朝作战。11月中旬，发生了金陵女大和金陵大学美国教授污蔑北朝鲜侵略南朝鲜的事件，学校的党、团组织抓住时机，掀起了影响全国的“反侮辱、反诽谤、反美帝控诉运动”，把群众的仇美情绪调动起来，为抗美援朝扫清思想障碍。吴敬琏被控诉运动所激发的爱国心推动，积极参加了这场运动。控诉运动结束后，由校团委出面，举办了题为“揭露美国利用文化教育机构进行侵略活动，宣传西方资产阶级价值观和生活方式的罪行”的展览会，吴敬琏是筹备展览会的负责人之一，他整天忙碌，不知疲倦。1951年2月，中国政府接管了各地的教会学校，金陵大学和金陵女子大学合并成立公立金陵大学。
很快，英文从课程设置中取消了，西方的经济学论著被彻底废除。到1952年“院系调整”之后，各高校经济类课程只开马克思主义政治经济学、《资本论》等，采用的全部是苏联专家编写的教材。
在青年吴敬琏看来，这些都是理所当然的。他在后来的文章中写道，“我在大学期间，除了第一学年还上过几门现代经济学课程外，所学的理论和方法基本上是从苏联移植过来的。当时我以为，掌握了这一套理论和办法，就能沿着苏联的道路，迅速实现国家工业化，建立起强大的社会主义国家”（《吴敬琏选集·作者自传》），“使我对这些理论观点深信不疑的，并不是有关苏联社会主义经济的各种事实材料，而是对社会主义的某种信念。这种信念又因我国50年代上半期在新民主主义经济制度下取得的成就而得到加强。这种思想脉络大概只有在50年代上半期身历其境的人才会觉得完全合乎情理。”（《中国经济的振兴有赖于市场取向的改革》）而在口述史中，他更进一步说：“因为要反对国民党，所以就要接近共产党，拥护共产党，学习共产党的理论。其实你现在回想起来，根本就没有学懂，很多事情并没有学懂。”
从1951年12月开始，为了整肃进城以后愈演愈烈的腐败之风以及打击资本主义工商业，中共中央发动了“三反五反”运动，吴敬琏作为学生中的积极分子，参加了学校内清查贪污浪费的活动。例如，参加在中央大学大礼堂召开的全市高校系统“打老虎”（“老虎”，指的是重点斗争对象）大会。这种会议是大小会结合的，大会上各校竞相报告“战绩”，当场“落实”宽待政策，然后各校再分头开小会“攻心”，迫使斗争对象交代。这种活动不用扩音器，全凭着年轻人高音喇叭似的嗓子，往往一“打”就是几天几夜，不达指标誓不罢休。
所谓“斗争阶段”结束后，吴敬琏被调到校增产节约办公室做结案工作。使他万分惊讶的是，在运动中言之凿凿的贪污案件竟一个也不能落实定案。
吴敬琏在大学里积极参加“打老虎”的同时，邓季惺和陈铭德在北京却成了被打的“老虎”。建国之后，邓季惺出资在北京南长街修建了一幢三层楼的花园洋房，现在，这座私宅被认定是贪污《新民报》的钱建成的，职工上门来批斗，强迫他们交代。邓季惺当然很愤怒：“我是报纸的老板，我贪污谁？”更让他们伤心的是，一些老朋友在运动中自杀了，其中包括邓季惺的老师和友人、一代四川船王卢作孚。这是一位社会声望极高、十分爱国的企业家，也是西南军政委员会的同事。他的自杀让邓季惺非常震惊和不理解，据吴敬琏回忆，他的母亲从来没有跟他讨论过对“三反五反”运动的看法，不过他能看出她的困惑。对于当时的吴敬琏来说，这样的运动当然是必须的，哪怕父母遭到冲击，也是因为世界观改造的需要。
在忙完“三反五反”后，接下来是“知识分子思想改造运动”，俗称“洗澡”运动。改造的对象是大学里的教授，而改造者就是像吴敬琏这样的“革命青年”。表现积极的他，成了文学院的“学生总代表”。有时上着课，发现老师的讲授有悖《资本论》的理论，就会走上台去，开展大批判。他后来回忆说：“那真是无知狂妄、强词夺理啊！”
就这样，在革命的风暴中忙碌了好一阵子，吴敬琏的肺病又犯了，只好再次住进学校的疗养院。在这里，他认识了一个长相娇小而秀气的女病友，名字叫周南。
周南是云南人，与吴敬琏同龄，比他小9个月，就读于金陵女大的教育系学前教育专业。他们的长女吴晓莲在《我和爸爸吴敬琏》一书中这样描述这对青年人的恋情——当时，两人都是金陵大学的学生。大学生们下乡参加“土改”时，吴敬琏因生病不能去，而周南参加“土改”回来后，也因发烧住进了疗养院。周南在疗养院一直发烧，肺炎转成了肋膜炎，吴敬琏时常过去安慰她说“别着急，我给你唱歌听”，两人就这样熟悉了。周南听当时经济系的同学说吴敬琏学习特别好，记忆力超凡，据说能背下整本《资本论》，这令周南对吴敬琏倾慕不已。周南的一个闺友劝她说：“你看吴敬琏那样，病恹恹的样子，你想以后做寡妇啊？”周南说：“我还是喜欢他，我就是觉得他特别有才。”
吴晓莲后来问周南：“您就是听人家这么一说，有没有亲自考考他，看他是不是真的能背？”周南答：“没有。我又没有看过《资本论》。”吴晓莲在自己的书中感慨说，也就是在那个年代，一本《资本论》就能打动一个女人的心。不过有趣的是，到了晚年，吴敬琏在口述史中证实能否背诵《资本论》一事时说：“没有：这事儿是传闻，言过其实。”
尽管能背整本《资本论》是一个“言过其实”的传闻，不过，吴敬琏激进的思想、优异的成绩、善解人意的个性，当然还有俊朗的外形，显然还是深深打动了姑娘周南的心。
1952年9月3日，22岁的革命青年吴敬琏加入了中国共产党。
不久，全国大学进行大规模的院系调整，吴敬琏所在的金陵大学经济系被并入了上海复旦大学。在这里，给他上二年级政治经济学课的是刚从中共人民大学受过苏联专家培训的教员蒋学模。蒋后来成为当时全国最著名的社会主义政治经济学教授，他编写的《政治经济学教材》沿用了几十年，据称先后发行了1 800多万册。蒋学模对学生时期的吴敬琏印象非常深，在几十年后的一次聚会中，他指着吴敬琏，用一口浓重的宁波腔说，“他是我的好学生”。也是在复旦的班上，吴敬琏与一位名叫周叔莲的同学十分投缘，这一缘分后来延续了一辈子。
1953年，吴敬琏和周南大学毕业。南京的周南留校当了助教，上海的吴敬琏竟又掉了“链子”，他被检查出肺病未愈，不能分配工作，只好留在学校的康复楼里又乖乖地养了一年的病，兼任康复楼团支部书记。以他当时的身体状况，实在很难想象，在后来，当他80岁的时候，居然还能站在讲台上连续讲课3个小时。
1954年，吴敬琏终于拿到了毕业证书。他被分配到北京的中国科学院经济研究所，这是当时中国研究经济学的第一重镇。当然，比吴敬琏更高兴的人还有一个，那就是邓季惺，因为宝贝儿子又回到了她的身边。不过，这时候的吴敬琏已经让她觉得越来越“陌生”。有一次，吴敬琏对母亲说：“你以后不要坐沙发了。”邓问：“为什么呢？”吴答：“无产阶级都坐凳子，为什么要坐沙发呢？”还有一次，吴敬琏公开表示，“一个人不应该有两件以上的衬衫”。过惯了优裕生活的邓季惺和陈铭德都瞠目结舌，不知道如何应答。
进了经济所，吴敬琏仍然是积极分子，他当上了首任团支部书记。
当时的经济所不到50个人，据吴敬琏的回忆，“没有什么马克思主义的经济学家”。它的前身是国民政府时期的中央研究院社会调查所，创所所长陶孟和，是英国伦敦经济学院的经济学博士，从事近代经济史、政治制度的研究，正是他，在全国解放后把全所从南京带到北京，中科院成立后，他升任副院长。代理所务的巫宝三是美国哈佛大学经济学博士，从事经济思想史方面的研究；副所长严中平，毕业于清华大学经济系，后留英进修，是近代纺织史方面的专家，显然，他们的知识背景及结构，已经无法适应计划经济的理论需要。