修改民族区域自治法已经列入九届全国人大常委会五年立法规划和1999年立法计划。1998年5月14日，全国人大着手民族区域自治法的修改的准备工作，1999年2月11日成立由7人组成的民族区域自治法修改小组，同年3月26日，批准了修改小组提出的民族区域自治法的修改原则。这些原则包括：①以《中华人民共和国宪法》为依据，以马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论为指导，贯彻党的路线、方针、政策和党的“十五大”精神；②坚持实事求是的原则，从中国社会主义初级阶段的国情和民族地区的实际出发，与有关的法律和国家改革、发展、稳定的大政方针相衔接；③民族区域自治法原来的框架和原则不动，根据建立社会主义市场经济体制的需要，对部分条文具体的修改；④坚持有利于民族地区加快发展和加强民族团结的原则，注意解决民族地区经济和社会发展的一些实际问题，特别是在财政、金融和教育文化等方面采取必要的特殊政策，逐步缩小民族地区与其他地区的发展差距。
自1998年5月至1999年10月，全国人大民族委员会和民族区域自治法修改小组主要做了以下几项工作：①全国人大民族委员会做了大量的调查研究工作。从1998年5月至11月，全国人大民族委员会先后组成七个执法检查组和调研组到新疆等10个省、自治区，在开展执法检查和调研的同时，征求了各地对民族区域自治法的修改意见。②《民族区域自治法》修改小组1999年2月11日成立至10月22日，先后召开了八次会议研究《民族区域自治法》修改准备工作的有关问题，并同中央有关部门就民族区域自治法的修改内容进行了协商，提出了民族区域自治法修正案草案（讨论稿）及其草案说明（讨论稿）③全国人大民族委员会关于1999年10月26日举行全体会议审议修改并通过了修改小组提出的民族区域自治法修正案及其草案说明，向全国人大常委会提出了提请审议的议案。
尽管民族区域自治法的实施取得了很大的成就，该法的修正案也呼之欲出，但社会各方面一直强烈要求国务院制定民族区域自治法实施细则。普遍认为，只有国务院及其下属机构真正以民族区域自治法作为实施民族工作的基本法律依据，而不是仅仅以国务院的行政法规、命令、决定以及各部、委的规章为实施民族工作的法律依据。1987年六届人大五次会议以来，由全国人大代表发起提出要求国务院制定民族区域自治法实施细则的议案就有6件。其间，全国人大主席团交付全国人大民族委员会审议三次，全国人大民族委员会都向全国人大常委会提出了审议结果的报告。报告认为国务院及其有关部委制定民族区域自治法的实施细则或办法是必要的，并建议国务院抓紧制定。全国人大常委会通过了全国人大民族委员会的报告，并由全国人大常委会办公厅转国务院处理。1989年七届全国人大二次会议上，国务院总理所作的政府工作报告中曾明确提出，要“坚定不移贯彻执行民族区域自治，尽快制定具体实施细则。”但是，这个细则至今还没有制定出来。
说到民族区域自治的立法过程，如果只说到上述中央立法机关和国务院及其所属部委在这方面的立法活动，显然是不够的。作为各民族自治地方的自治机关按照宪法和民族区域自治法的授权，可以制定适合本民族、本地方的自治条例、单行条例，对法律和地方性法规的变通规定和补充规定。这些都是中国关于民族区域自治法体系不可或缺的重要组成部分，可以通称为民族自治地方的自治法规。
《自治条例》是民族自治地方的综合性自治法规，内容包括政治、经济、社会和文化及语言文学等各个领域和各个方面。单行条例是有关某个领域或某个事项的独立性自治法规，涉及选举、婚姻、继承、计划生育、语言文字、民族教育、民族文化、民族用品生产、医药、禁毒、土地、森林、草原、湖泊、水流、风景名胜区管理、生态环境保护等领域。由于单行条例立法广泛，故其汇总起来是一个相当大的法律群体。变通规定和补充规定是对有关的国家的法律、法规及地方性法规、规章等，依照本民族、本地方的实际情况，有权采取特殊政策和灵活措施，加快民族自治地方经济、文化建设事业的发展而采取的立法措施。这几类自治法规的制定、颁布和实行，是民族自治地方的自治机关独有的立法权限，为一般地方国家机关所没有。
制定自治法规自新中国建立之初就起程了。根据《中华人民政治协商会议共同纲领》和《民族区域自治实施纲要》以及其他中央人民政府的规范性法律文件的规定，结合民族自治地方的政治、经济、文化等特点，制定了一系列实施纲要或组织条例等自治性法规。例如，1950年11月17日，西康省（后撤销）藏族自治区首届代表会议通过了《自治区政府工作任务和组织条例》、《人民代表会议团结公约》，1953年广西省（后改建自治区）制定的《桂西壮族自治区人民政府施政大纲》，1953年湖南省制定的《湖南省湘西苗族自治区各界人民代表大会议协商委员会组织条例》，1953年贵州省制定的《贵州省丹寨苗族自治区关于苗族中实行（中华人民共和国婚姻法）的若干规定》等。
从1954年至1978年，国家法制在总体上受到严重忽视、干扰和破坏，民族自治地方的自治法规的制定更是受到严重削弱和破坏。直至1978年党的十一届三中全会之后，这种状况才有了改变。
1984年以后，按照1982年《宪法》和《民族区域自治法》的规定和授权，民族自治地方先后制定了一系列自治条例，如1985年4月24日，吉林省延边朝鲜族自治州第八届人民代表大会第三次会议制定了《延边朝鲜自治州自治条例》，开启了自民族区域自治法颁布以来民族自治地方制定自治条例的先河，1985年5月，青海省化隆回族自治县通过了第一个单行条例《化隆回族自治县普及初等义务教育条例》。截至1998年底，全国156个民族自治地方中有129个制定了自治条例，此外，共制定了209个单行条例，64个对法律和地方性法规的变通规定和补充规定。一大批自治法规的制定与颁布，既体现了中国民族区域自治的特色，又表明中国民族区域自治法制化进程的加快和深化。
从上面的介绍不难看出，作为中国民族区域自治的法律体系，概括地说，包括了五大板块，即宪法中有关民族区域自治的规定，国家立法机关制定的有关民族区域自治的基本法律和相关法律，中央和地方国家行政机关制定的有关实施民族区域自治工作的细则、规定等，民族自治地方的自治机关制定的自治条例，单行条例，对实施国家法律、行政法规、地方性法规、规章等的变通规定和补充规定。这是一个自宪法、基本法律到自治法规的完整体系，这个体系是我国实行民族区域自治的基本保障之一，是对民族区域自治实现法治的重要规范体系。尽管中国过去相当长的时期内盛行人治，忽视、轻视、甚至破坏法制，但总体说来，关于民族区域自治的立法还是比较受重视的，其被干扰和破坏的程度与范围也较之某些其他领域为轻，加之对民族区域自治的立法起步较早，在新的历史时期的法制化进程中抓得又比较紧，所以有关民族区域自治的立法已成规模，一个较为完备的民族区域自治的法律体系在中国基本上建立起来，这是中国民族区域自治的一个突出的特点，也是一个优点。相信随着国家法治进程的加快，有关民族区域自治的法制化进程也会加速向着系统、完备、实用、有效的方向发展。
（四）《民族区域自治法》的修改
随着中国民主法制建设和民族工作的不断加强，在全国各族人民特别是实行民族区域自治的少数民族人民的企盼和强烈要求下。经过国家立法机关、人民代表和社会各方面的共同协调和努力促成，1984年5月31日第六届全国人民代表大会第二次会议通过的《中华人民共和国民族区域自治法》，终于在2001年2月28日第九届全国人民代表大会常务委员会第二十次会议通过修改案，同日由中华人民共和国主席根据全国人大常委会关于修改《（中华人民共和国民族区域自治法）的决定》，通过发布第四十六号主席令，正式予以公布，自公布之日起施行。
关于这次修改的理由和背景，在前面已经作过论述。兹不重叙。这里只就修改的具体内容作一综述和分析。鉴于实质条文的修改及内容在前面的有关章节中已经做了详尽介绍和说明，这里着重介绍和说明有关序言内容的修改及其意义。
序言第一自然段修改为：“中华人民共和国是全国各族人民共同缔造的统一的多民族国家。民族区域自治是中国共产党运用马克思列宁主义解决我国民族问题的基本政策，是国家的一项基本政治制度。”