天启三年三月，辽东形势忽变。经过休养生息后的努尔哈赤率后金大军卷土重来，靠内应协助攻陷沈阳。经略袁应泰应泰撤奉集、威宁诸军力守辽阳，布阵城外迎击，双方激战了五日，明军败退，辽阳城又告陷落，袁应泰自刎而死。
辽沈一失，“河西军民尽奔，自塔山至闾阳二百馀里，烟火断绝，京师大震。”辽东仅剩锦州一道屏障，“狼来了”不再是一句戏言。熊廷弼守疆的功劳也重新开始被人重新提起，东林党人刘一燝、江秉谦等主张非熊廷弼重出镇辽，不能令辽局有转机。浙党一系则力荐张鹤鸣。皇帝下谕推许熊经略辽东一年，“威慑夷虏，力保危城”之功，并降旨惩罚姚文宗、冯三元等，亲为洗冤。“帝乃治前劾廷弼者，贬三元、修德、应嘉、巩三秩，除宗文名。”熊廷弼有前次的教训，并不情愿，几番推辞。但皇帝下诏劝慰，并晓以君臣大义。熊廷弼没法，只得接受任命。
七月，熊廷粥到京，加兵部尚书，经略辽东，赐敕书、尚方剑，副总兵以下先斩后奏，发放国库银解决军需供应问题。另赐一品官服，出行前在都城外设宴招待．朝廷大臣们坐陪为其饯行，隆重欢送，又安排京营选五千兵马随行。这可真是个异数，熊廷弼这回真的是被重视了？
熊廷弼本人却是有苦难言的，他是力主防守的，也善于策划防守，但这回皇帝和朝廷对他的希望可不是守疆，而是收复辽沈失地。所以他提了个比较稳妥的三方布置策，“广宁用马步列垒河上，以形势格之，缀敌全力；天津、登、莱各置舟师，乘虚入南卫，动摇其人心，敌必内顾，而辽阳可复。”按熊廷弼的计划，所谓“三方布置”还需要联络朝鲜，募集失土辽人为策应，是个长久方案。可明廷是没有这份耐心的，想要的是速战速胜，是要马上就能见到成效的东西。所以，熊廷弼再度让其失望了。就连当初力主他上任的江秉谦也指责说，熊廷粥起用于田间，深受皇恩，然手握兵权，疆场战事却不服从朝廷指挥，数月以来，作为经略没拿出什么计策。
熊廷弼还面临更棘手的难题，那就是权力掣肘。当时辽东巡抚薛国用因病久不应事，由王化贞接替。巡抚是地方最高军政长官，至于经略，是战事开始后才增设的，二者的统属关系并无制度上的明确，熊廷弼上一次守辽东时，正好巡抚周永春被“言官追论开原失陷罪，遣戍。”所以算是身兼二职，尚无掣肘。这回问题来了，尤其对熊廷弼这样的不知变通的性格，问题就更严重了。
王化贞，诸城人。万历四十一年进士。由户部主事历右参议，分守广宁。“会辽、沈相继亡，廷议将起廷弼，御史方震孺请加化贞秩，便宜从事，令与薛国用同守河西。乃进化贞右佥都御史，巡抚广宁。”王化贞守广宁已有多年多年，颇有成绩，“蒙古炒花诸部长乘机窥塞下，化贞抚之，皆不敢动。朱童蒙勘事还，极言化贞得西人心，勿轻调，隳抚事。”
王化贞不是大将之才，不过后人将其定性为庸才也有所不公，辽沈被陷之后，“化贞提弱卒，守孤城，气不慑，时望赫然。中朝亦谓其才足倚，悉以河西事付之。”面对岌岌可危的局面，以“广宁止孱卒千，化贞招集散亡，复得万余人，激厉士民，联络西部，人心稍定。”对溃败后的辽东局势的稳定，王化贞是功不可没的。
此时王化贞拥兵十三万镇守广宁，正与后金大军对峙，而在山海关“全面节制”的熊廷弼对其戍守策略却不以为然，多有指责。王化贞不满，就让熊廷弼来制定具体措施，熊廷弼也毫不客气，“乃请申谕化贞，不得藉口节制，坐失事机。”对四方援辽之师，王化贞定名为“平辽”，熊廷弼不满意：“辽人未叛，乞改为‘平东’或‘征东’，以慰其心。”熊廷弼想实施的是“三方布阵”，名为复地，其实还是以守为主的稳健策略，但王化贞激进的多，他更热衷于支持毛文龙，扶持蒙古势力对抗后金。二人看法相距甚远，无法配合，互相攻击的奏章不断地上达朝廷。
熊廷弼为人刻薄，记恨，上书多有侮辱人格言语语，“廷弼亦褊浅刚愎，有触必发，盛气相加，朝士多厌恶之”，王化贞则显得更为理直气壮。所以大臣们多袒护王化贞。再联系熊以往的言行，认定是熊廷弼伤了和气，助长不和的情绪。至此，皇帝命令九卿、科、道等官员开会讨论．定出意见，批件呈复。结论是主王化贞之说，敦促熊廷弼出关入辽。熊廷弼耿耿于怀，心中不乐。只进兵至右屯，离广宁尚有40里。王化贞写信给熊廷粥，提起军队士气旺盛，希望渡河收复辽阳。熊廷弼嗤之以鼻。冷言“宜如抚臣约，亟罢臣以鼓士气。”
这实在是个讽刺，熊廷弼被委以重任，其三方布阵的构思也曾经被认同，而实际上根本无法实施。王化贞急功近利的冒险战略更为朝廷看重，经略成了傀儡指挥官。熊、王不和，本来只是战与守的立场不同，不过这立场却决定了谁控制了实际指挥权。如熊廷弼上书所言“臣有经略名，无其实，辽左事惟枢臣与抚臣共为之。”
毛文龙镇江之捷后，“朝士方以镇江为奇捷”，唯熊廷弼不以为然，认为：“三方兵力未集，文龙发之太早，致敌恨辽人，屠戮四卫军民殆尽，灰东山之心，寒朝鲜之胆，夺河西之气，乱三方并进之谋，误属国联络之算，目为奇功，乃奇祸耳！”王化贞以此为战绩，“自谓发踪奇功”，熊廷弼则“贻书京师，力诋化贞”。
次年春，后金兵围西平，王化贞听信孙得功的诱骗，贸然出击决战，导致又是一场惨败。
我突发奇想，假如王化贞没那么书生气，而是胸有韬略，一战成功。不知道后人将如何看待这段历史，如何看待熊廷弼。可惜这没有出现。王化贞的失败说明统帅无能，军队暗弱。未必说明熊廷弼的主张一定正确，很难讲耗费国家巨额财政打造并不十分稳固的辽东防线，与后金拼经济实力就一定是很高明的策略。王化贞是失败者，但熊廷弼因为自己的主张无法实施，经略的权力被巡抚压制而心生不满，事事龃龉，亦当不起后人赠与的忠义之名。
当王化贞兵败，弃广宁仓皇而逃，途中路遇熊廷弼时，“化贞哭，廷弼微笑曰：六万众一举荡平，竟何如？”这个时候，熊廷弼居然笑得出来！
王化贞兵败，广宁不战而陷的消息传至北京，上下大震，“大小臣工，惟思避难。甚且托故移家”，闹到了“京师戒严，士大夫日夜潜发其币南还，首鼠观望”，连熹宗也闻风出面下旨禁止的地步。浙党一派也由主战转而主守，态度一百八十度转变，竟主张弃全辽，退守山海关。新任辽东经略王在晋上疏云：“东事一坏于清(河)、抚(顺)，再坏于开(原)、铁（岭），三坏于辽(阳)、沈(阳)，四坏于广宁。初坏为危局，再坏为败局，三坏为残局，至于四坏则弃全辽而无局，退缩山海，再无可退。”辽东之争至此，是为无局。或者换个说法，就是大局已定，即使后来明还有一点还手之力，那也不过是固守几个战略要地，坐等辽东被后金慢慢蚕食而已。
这一年二月，辽东巡抚王化贞下狱待审，经略熊廷弼革职，打回原籍听候处理。围绕如何处置的问题，朝臣争论不休，不过，当时比较主流看法是王化贞功罪相等，熊廷弼有罪无功。熊廷弼本人则不以为然，甚至主动要求入狱受审。他是一根筋之人，只觉得实践证明了自己主张的正确，辽东今日如此严重局面与己无关，广宁失守，罪在王化贞一人。
四月，刑部尚书王纪、左都御史邹元标、大理寺卿周应秋三部共同审理此案，审理期间，熊廷粥坚持己见，态度也非常傲慢。倒是王化贞十分痛苦，痛悔自己的过失。但三堂审理之后，将二人罪定入狱，“廷弼、化贞并论死。后当行刑，廷弼令汪文言贿内廷四万金祈缓，既而背之。魏忠贤大恨，誓速斩廷弼。及杨涟等下狱，诬以受廷弼贿，甚其罪。”就这样，熊廷弼又被卷入了阉党与东林党的斗争中，成了魏忠贤打击杨琏、左光斗等人的工具。当时民间有一本名为《辽东传》的书在市面悄悄流传，多有称颂熊廷弼的言论。于是阉党向皇帝进言：“此廷弼所作，希脱罪耳。”皇帝愤怒，就这样，熊廷弼的判决被立即执行了。
《明史纪事本末》是这样描述的：四月二十八日五更，皇帝处斩熊廷弼的圣旨到，山东司主事张时雍听后，命看守监狱官员骗他出来。熊廷弼已经觉察到，从容不迫，洗脸梳头整衣，然后走出，说：“我是大臣，一定要拜读圣旨，怎能草率行事？”到庭院，张时雍迎接他说：“把封疆大地失守，应得一死。还有什么说的？”熊廷弼不以为然。张时雍见他胸前挂了一个小袋子，问：“何物？”答曰：“这是谢恩的上疏。”张时雍说：“你没读过李斯传吗？囚徒怎能上书？”熊廷弼瞪大眼睛．旁若无人，说：“这是赵高的说法。”张时雍难以再开口。于是牵出，在西市问斩，将头传到九边镇示众，尸弃荒野。
熊廷弼就这么被处决了，为平众议，以示公平。三年后，王化贞也被斩首。熊廷弼诏许其子持首归葬。
王化贞全然不知兵，想利用敌人，而反为敌人所利用，依靠间谍制敌，而反被间谍所制，渡河决战失利之后，敌人尚百里之外而仓皇放弃广宁。王化贞有忧国之心，无为国之才，自然逃脱罪责。
那么熊廷弼呢？后人多认为这是一桩冤案。冤是有点冤，但并不尽然。熊廷弼的能力和见识当然远远超过王化贞。首次治理辽东也颇有成绩。但性格缺陷明显，自高自大，自私记恨，顽固不化。与王化贞二人又都以豪杰自许，盛气凌人，且水火不容，争得你死我活。互不相让。而将军政大事完全置之度外。可是最后王化贞出战时，熊廷弼也是赞同了的，而且亲为督师。度其心理，大概是因为战事胜负难料。如果胜利了，作为经略功劳自然有一份。即使失败了，也可以证明与己无关。这不过是私心作祟，可以理解。但令人不能容忍的是，王化贞出逃路遇熊廷弼时，“化贞惭，议守宁远及前屯。廷弼曰：“嘻，已晚，惟护溃民入关可耳。”乃以己所将五千人授化贞为殿，尽焚积聚。二十六日，偕初命护溃民入关。”如果当日，熊廷弼肯负起经略职责，赶去固守广宁，收拾残部明军，与敌对抗，虽未必转败为胜，至少尽到了守土之责。不走这条路，径奔山海关，把一切罪责推给王化贞，别的不说，就这一份置大敌当前不顾而一心计较私人恩怨的狭窄心态，或者以大局之不可挽回来证明自己当初如何英明正确的幸灾乐祸心理就不容原谅。
值得注意的是，历任辽东的军事领导人很少得以善终，熊廷弼之后，孙承宗、袁崇涣、洪承畴、吴三桂等都未能幸免。明是一个虚伪和矫情的时代，尤其后期，政治上的腐败堕落和社会风气的败坏都是空前的，让即便是菁英也难免不被腐蚀。熊廷弼们即使有守土之志和卫疆之才，却因大时代的环境所制难以施展。“无力回天”既是熊廷弼的悲哀，也正是那个时代的写照。