从1644年清军入关到1664年李来亨牺牲的二十年内，汉族人民进行了英勇悲壮、可歌可泣的反抗斗争。夔东十三家军被镇压以后，大规模的抗清斗争基本结束。从此，清朝统治进入相对稳定时期。
“三藩之乱”
“三藩”是指平西王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿精忠三个藩王。他们本来都是明朝辽东边将，后来降清，或开关迎接清军进入山海关，或为清廷南征北战，镇压各族人民的反抗，立下了汗马功劳。清朝在北京建立中央政权之后，便封他们为王，给予高官厚禄。派吴三桂驻防云南，兼辖贵州，尚可喜驻防广东，耿精忠驻防福建，作为清朝控制南方边远地区的藩篱。
“三藩”握有重兵，其中吴三桂势力最大。吴三桂所部藩兵，五丁为一甲，二百甲置一佐领，共五十三佐领；还有忠勇五营、义勇五营，一万二千人；援剿四镇一万二千人。此外，云贵地方官所辖绿旗兵也受他的指挥。尚可喜、耿精忠的情况也大致如此。“三藩”每年还向朝廷索取巨额军饷，据说当时“天下财富，半耗于三藩”。
“三藩”凭借手中的武装力量割据一方，专横跋扈。吴三桂“勋庄棋布，管庄员役，尽属豺狼，杀人夺货，毫无畏忌。”他们权势日重，尾大不掉，极大地影响了中央政权的利益。康熙帝玄烨亲政以后，“以三藩及河务、漕运为三大事，夙夜廑念，曾书而悬之宫中柱上。”“三藩”成为朝廷的心腹之患。
1673年(康熙十二年)，平南王尚可喜因年老多病，疏请归老辽东。平西王吴三桂、靖南王耿精忠闻讯，不能自安，假意上书请求撤藩，试探朝廷的态度。康熙帝得“三藩”上疏，正求之不得，马上应允了他们的请求，下令撤藩。吴三桂接到撤藩命令，大失所望，便在云南组织党羽，自称天下都招讨兵马大元帅，于是年11月21日，发动叛乱。靖南王耿精忠、平南王尚可喜之子尚之信(后袭王爵)先后响应。各地与清廷有利害冲突的汉族军阀，为了保持他们的实力地位，也纷纷起来响应吴三桂叛乱。数月之间，吴三桂并没有经过激烈的战斗，便占领了云南、贵州、广东、广西、湖南、四川六省之地。
清廷获悉吴三桂叛乱，立刻派兵阻击，下令处死住在北京的吴三桂之子吴应熊(娶清朝公主，为．额驸)、孙吴世霖，表示对吴三桂叛乱，决无妥协的余地。同时发布诏书，分化、瓦解参加吴三桂叛乱的汉族军阀。
吴三桂无耻投敌，甘当满人鹰犬，受到广大汉族人民的唾弃，因此他们起兵反清，并不能得到人民的有力支持。在战略上，他保守持重，不敢迅速渡过长江与清廷争夺中原，使康熙帝赢得了组织反攻的时间。而且清朝占据中原财赋重地，有雄厚的基础，康熙帝采用了安抚收买和军事压力相结合的手段，使参加叛乱的耿精忠、尚之信、王辅臣等汉族军阀先后倒戈，不久又控制了广西、广东、福建、江西、陕西等省。
吴三桂情竭势绌，于1679年(康熙十八年)在湖南衡阳即皇帝位，国号周，建元昭武，企图以此稳定人心，鼓舞士气。不久，吴三桂病死。他的孙子吴世璠(吴应熊庶子)在衡阳继位。吴世瑶是个十多岁的小孩子，不能定攻守之策，于是吴军内部人心益散。与清军交锋，屡战屡败。清军招降了吴军水师将军林兴珠，并采纳他的建议，水陆两军猛攻岳州，岳州守军溃败。长沙等地吴军闻讯，也放弃守地，狂奔不止，逃回贵州、云南。
西南地区多山地，八旗骑兵特长很难发挥。绿旗官兵容易适应地形，屡立战功。因此，康熙帝确定了用绿旗兵剿灭“三藩”的方针。他鼓励绿旗将领，陕西提督赵良栋等说：“自古汉人叛变，亦惟以汉兵剿平。”于是，任命赵良栋为勇略将军兼云贵总督，与湖广总督蔡毓荣、平南将军赍塔分别从四川、湖南、广西围歼吴世璠。每路兵马都以绿旗兵居前，满兵继后。
1680年(康熙十九年)赵良栋等人长驱直入，攻下贵州，直逼昆明，吴世璠被困在城内，束手无策。赵良栋带领标兵，亲自攻城，连连获胜。城内文武官员，见大势已去，纷纷出降。守城将领缐域策划逮捕吴世璠降清，吴世璠闻讯自杀。缐域开门献城。清朝析吴三桂骨骸，传示天下，悬吴世璠首于市。这场长达八年之久的战乱被平息了。
“三藩”之乱平定以后，清朝把“三藩”藩兵改编，归入上三旗。对各地汉族军阀，严加控制，加强了中央集权的统治。
康熙帝在历史上起过的作用
清朝沿袭明朝的旧例，一个皇帝在位时只用一个年号。因此，人们也用年号称呼皇帝。清圣祖玄烨在位时，年号康熙，因而通常称他为康熙帝。
康熙帝是中国封建后期著名的君主，也是中国历史上有影响的人物。他是清朝入关后的第二个皇帝，在位六十一年(1662—1722年)。他的统治顺应了当时社会发展的需要，为清王朝的强盛奠定了牢固的基础，并开创了迁延及于整个十八世纪的所谓“康乾盛世”。
1661年，清世祖顺治帝病死，遗诏由八岁的皇太子玄烨即位，由索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四大臣辅政，改元康熙。1667年，十三岁的康熙帝开始亲政。
康熙帝亲政时，面前摆着两个急待解决的社会问题。一个是必须煞住一部分保守的满族贵族顽固维持和继续推行满族入关前的早期奴隶制度，强制将汉族地区的先进生产力纳入满族落后的生产关系，把中国社会拉向后退的作法，一个是必须医治战争创伤，发展生产，改变生产倒退，经济萧条的状况。
在康熙帝亲政前，满族贵族内部的奴隶主残余势力还有相当力量。他们凭借政治势力和军事力量，掳掠人口，追捕逃人，大量圈占土地，扩大旗地庄田制，在先进的汉族地区扩展满族落后的生产方式。他们把镇压抗清斗争的战争中掳掠的人口、财物都视为战利品，还制造借口，“将良民庐舍焚毁，子女俘获，财物攘取”。在北京附近五百里内，进行了三次大规模的圈地，共圈占了十四万六千七百六十六顷肥田沃土。除役使东北迁来的“壮丁”和战争中俘虏的人口外，还强迫汉人“投充”，编庄生产，补充和扩大满族的奴仆队伍。
这些东北带来的“壮丁”、进关后的俘虏和强迫“投充”的汉人，在满族贵族的强制下从事生产劳动，称作八旗“户下人”。他们受不了主人的残酷压迫和剥削，纷纷逃亡。满族贵族使用暴力追捕，并制定极其严厉的“逃人法”，因而激起人民群众的强烈反抗，也给清朝统治者造成了严重的政治经济危机。不少汉族官员(还有少数汉军)提出限制扩大旗地庄田制和不再接受“投充”、放宽“逃人法”的建议。但清朝朝廷认为反对扩展满族落后的生产方式，就是反对他们在全国的统治，这些建议一律遭到严厉拒绝。
康熙帝亲政前，辅政四大臣中，索尼年老多病，不甚管事，遏必隆为人圆滑，为回避鳌拜的嚣张气焰，从不发表不同意见；苏克萨哈遇事常与鳌拜冲突，终于被鳌拜借故处死。鳌拜纠集大学士班布尔善，尚书阿里啥、噶褚哈、济世，侍郎泰壁图等人把持朝政。他们反对满族学习汉族的生活习惯和文物制度，反对朝廷任用汉臣，反对改革满族落后的旧制度。
鳌拜位尊权重，在朝中有不少亲信党羽。康熙帝以下棋为名召索额图进宫秘密策划处置鳌拜，乘鳌拜入朝，由其平日训练的一批少年侍卫，出其不意地将他逮捕，交付朝臣审判定罪，然后将其党羽诛杀。十六岁的康熙皇帝亲自掌握政权。
康熙帝掌权后，依靠亲信大臣索额图、杰书、图海等人，采取了一系列适应旗地生产关系变化的措施，推行了适合汉族经济关系的政策和照顾满族特权利益的措施，严令停止圈地、禁止“投充”、放宽“逃人法”，逐步完成了满族从奴隶占有制向封建制度的变革过程。旗地庄田制逐步变成旗地私有制，隶属于主人的“壮丁”也逐渐变成佃户，“以丁责粮”的剥削关系也逐步过渡到租佃剥削的形式。这种变化是满族社会发展中的重大进步。这个转化的完成也基本上停止了落后生产关系对汉族地区生产力的严重阻挠和破坏。并进一步使满、汉封建地主在阶级的根本利益上趋于一致，从而使清王朝的统治牢固地稳定了下来。
恢复和发展社会经济，是摆在康熙帝面前的又一重大社会问题。经过几十年农民战争和清朝的统一战争，全国土地荒芜，入丁缺少，财政收支入不敷出。1661年(顺治十八年)入丁户口只有一千九百多万口，还不到明朝万历六年(1578年)的六千零六十九万多口的三分之一；全国的田地只有五百二十六万多顷，也还没有恢复到万历时的五、六百万顷。很多地方是百姓流亡，田地荒芜。甚至一些人口稠密的繁荣地区也出现了弥望千里，人烟稀少的一派惨相。四川是“民无遗类，地尽抛荒”，“有土无人”；江西是“官虽设而无民可治，地已荒而无力可耕”；山东高唐州在崇祯年间有人丁五万三千多口，到1647年(顺治四年)抚按题明豁除逃亡人丁四万五千多口，当差人丁只有七千七百；河南是“兵燹之余，无人佃耕”；湖南“自岳至长，村不见一庐舍，路不见一行人”；广西罗城是“遍地榛莽，县中居民仅六户”。在全国范围内出现了处处荒芜，所在破坏的景象。
社会生产的严重破坏使人民群众生活无着，就是清朝统治者也苦于税粮短缺，出现财政收支捉襟见肘的困窘局面。为了巩固封建政权，满足国用，迫切需要安定社会秩序，恢复和发展生产。康熙帝顺应这一社会的需要，为统治阶级的长远利益着想，采取了一些有利于恢复和发展生产的措施，并取得一定成效。
一、奖励垦荒在顺治年间，清朝就命令各地方官吏招集流亡，开垦荒地，将各州县卫所的无主荒地分给官兵和流民屯种。康熙帝即位后，继续大力推行这一政策，要求地方官在五年之内垦完境内荒田。招徕的流民不论原籍和别籍，都编入保甲，新开垦的荒田给以印信执照，永准为业。这样，一部分被招垦的农民获得少量土地，由佃户变成自耕农。在“开垦无主荒田”的名义下，一些农民将明代藩王的大量庄田和战争中死散地主的荒田占据垦种。清朝对这种既成事实加以法律上的承认，规定“凡地土有数年无人耕种完粮者，即系抛荒。以后如已经垦熟，不许原主复问”。并宣布将藩王庄田改为“更名田”，归垦种之人所有。占有“更名田”的农民，只缴田赋，不再缴纳地租。由过去的佃户，变成占有土地的自耕农，这就提高了生产热情，促进了社会经济的发展。
二、“轻徭薄赋”满族贵族入关后不久就宣布免除明末苛扰百姓的“三饷”(辽饷、剿饷、练饷)，只按《万历会计簿》的旧额征收正项钱粮。令各级官员对明末弊政“蠲者蠲，革者革，庶几轻徭薄赋，与民休息。”康熙年间，捐免钱粮的次数和数量都远远超过前代。在他执政的五十五年(他是康熙六年亲政的)之中，免天下钱粮三次，漕粮二次，遇有庆典、巡幸、用兵和水旱灾荒等情，也都分别减免有关地方的钱粮。虽然常常是官吏受到实惠，老百姓所得甚少，但对老百姓还是有好处的。除有少量土地的农民可以减免赋税外，无地农民也可以豁免本身丁银。1710年(康熙四十九年)更明确规定：以后凡遇捐免钱粮，合计分数，业户捐免七分，佃户捐免三分，永著为例。1712年(康熙五十一年)宣布以上年丁额为准，以后额外增丁，不再加赋，叫做“盛世滋丁，永不加赋”。这些措施在一定程度上减轻了人民群众的负担，有利于提高生产力水平，增加社会财富。
三、惩治贪污康熙曾一再向臣下宣布：“朕恨贪污之吏，更过于噶尔丹。此后澄清吏治，如图平噶尔丹则善矣。”他说：“凡别项人犯，尚可宽恕。贪官之罪，断不可宽。”又说：“治天下以惩贪奖廉为要”。在他执政期间，惩办了山西巡抚木而赛、两江总督噶礼、太原知府赵凤诏等罪恶昭著的大贪污犯。对陆陇其、于成龙、彭鹏等“操守廉洁”的“清官”则予以奖励和提拔。
此外，在兴修水利，节约开支等方面，康熙帝也卓具成效。所有这些都有力地促使社会生产力的恢复和发展。1681年(康熙二十年)以后，清朝的财政收支情况就大为好转。1709年(康熙四十八年)以后，户部库存银由原先的一二千万两增至五千多万两。康熙五十四年因太仓贮粮过多，将四百三十多万石陈旧粮食散发给官兵。到1722年(康熙六十一年)，全国人丁户口增加到二千四百九十多万口。田地增加到七百三十五万多顷。社会生产力有了提高，社会财富增加，出现了相对安定繁荣的局面。
和争取社会生产的恢复与发展的同时，康熙帝先后削平“三藩”，统一台湾，击败噶尔丹，平定西藏，完成了全国规模的统一，使中国形成一个疆域辽阔、民族众多而且是牢固统一的国家。康熙也有效地遏止了沙俄殖民主义者对我国北方边境的侵占活动。历史清楚地表明，在即将到来的西方殖民势力汹涌东侵的前夕，中国的统一和强大，对于中华民族抵抗侵略、保卫边疆，有着巨大的作用与影响。当然，中国作为一个统一的、多民族国家的出现，同样是由它本身长期的客观发展规律所形成的，但康熙本人，顺应了这一规律，通过了自己的积极活动推进了它的进程，是有利于中国历史的发展的。
康熙帝利用儒家学说巩固封建统治
清朝统治者，从顺治开始，就尊奉孔子，推崇南宋理学家朱熹，利用他们的学说(儒家学说)来巩固封建统治。康熙帝亲政后，更是提倡儒学，进一步表彰孔孟程朱。他自称统治天下当“以讲学明理为先务”，称颂朱熹是：“集大成而继千百年绝传之学，开愚蒙而立亿万世一定之归”。1712年(康熙五十一年)，把朱熹升入孔庙大成殿的十哲之次。以后，“朱子祠宇遍天下”。康熙帝不仅自己写书，发扬朱熹性理之说，又命理学大臣李光地等编纂(《朱子全书》、《性理精义》等书，广为宣传。
康熙帝以身作则，刻苦攻研儒学。他以儒家理想的内圣外王贤德仁君的标准要求自己，推己及人，治国平天下。他从五岁就开始读书，到老年也从未间断过。四书、五经、通鉴、性理等儒家经史，无不研读。他每天请儒臣讲解儒学，反复研讨，努力做到义理贯通。这样，他从汉族地主阶级手中夺过儒家旗号，作为满族统治阶级的思想武器，利用儒家提倡的伦理道德，以争取汉族地主阶级，加强对全国人民的统治。
康熙帝曾颁布“圣谕”十六条。后来雍正帝胤稹对此十六条发挥衍绎，编成《圣谕广训》一书。这是“普天率土应一体读讲”的训条。无论文官武将，都要于每月朔望向百姓、兵丁宣讲，并要求他们用方言俗语反复析解，做到家喻户晓，达到“愚民感发天良，戾气消而和气聚”的目的。童生赴考，教官要在明伦堂前对考生宣读《卧碑文》和《圣谕广训》(《卧碑文》是顺治十七年对生员颁布的条文，主要内容是严禁生员立社集会和上书陈言)。考试时，考生必须默写“圣谕”一节。“圣谕”的主要内容，是宣扬整套的所谓“明伦纪，辨名分，正人心，端风俗”的腐朽的说教，企图用劝谕教化的方式，消除僭越反叛的思想行为，以巩固封建统治，这也就是孔子“道之以德”的统治办法。