桂王政权先后延续了十六年之久，它之所以能够苟延存在，主要是农民起义军积极抗清和对它支持的结果。在统治阶级内部也还有一些识大体，奋发图强的官员支撑大局。这些官员中最有作为的是瞿式耜，江苏常熟人，明万历进士。崇祯间官给事中，后官至广西巡抚。他精明能干，坚忍不拔，有着光复明朝山河的宏图远见，为了维护和巩固桂王政权，竭尽精力。他主张整饬内政，主要是消除倾轧，团结一致，共同对敌。在军事方面，他认为应联合农民起义军，共同抗清。在经济方面，他广开财源，办理钱法、盐政和屯田来筹措军饷，以弥补经费的不足。经过瞿式耜的整顿努力，永历朝廷一度不仅转危为安，而且颇有恢弘的规模和气象。然而，永历朝廷内部极端复杂腐朽，外部强大敌军压境，已不是少数爱国志士的力量所能拯救。1650年(顺治七年)十一月，清军围攻桂林，瞿式耜决心。城存与存，城亡与亡”，最后他和总督张同敞衣冠肃然地坐在大堂之上，被清军捉住。清军百般诱降，他们坚定不屈，在桂林的独秀峰下慷慨就义。
桂王政权自始至终都是靠农民起义军来支撑危局。李过、高一功领导的荆襄十三家军，本是李自成余部，他们在湖南一带抗击清军，成为永历政权的北方屏障。在湖北、四川一带活动的夔东十三家军，在郝摇旗、刘体纯领导下，明亡后十余年间，据守川湖边区，阻击清军进入西南，从而保护了永历朝廷。张献忠余部李定国领导的大西农民军，更是永历朝廷的最后支柱。李定国本人对桂王可说是。鞠躬尽瘁，死而后已”。但永历王朝是腐朽的明王朝的继续，它无力抗清，又对农民起义军，采取歧视、分裂、牵制等手段，致使抗清斗争最后失败。
郑成功收复台湾
台湾，自古以来就是我国的领土。十七世纪初，荷兰殖民主义者，依靠船坚炮利，称霸海上，进行殖民掠夺。从1604年(万历三十二年)开始，便不断骚扰我国东南沿海。1624年(天启四年)，他们侵占了我国富饶的台湾岛，把占领区的土地全部据为己有，称为“王田”，收纳高额租税。同时开展传教活动，对台湾人民进行奴化教育。
1646年(顺治三年)，南明隆武政权灭亡后，郑成功便决计收复台湾，建立抗清根据地。
郑成功(1624~1662年)原名郑森，字大木，福建南安人。父亲郑芝龙初为海盗，经常出没于台湾、福建沿海一带，垄断海上贸易；后来投降明朝，官至都督同知。南明宏光政权灭亡后，郑芝龙拥戴唐王建立了隆武政权。隆武帝很器重郑成功，赐姓朱，改名成功，封为御营中军都督。
后来，郑芝龙降清，隆武政权灭亡。郑成功拒绝清朝的多方劝诱，组织水师，遥尊永厉帝，继续抗清。1659年(顺治十六年)，他北伐南京，为清军所败，被迫退回厦门。郑成功偏居于东南沿海一角，与强大的清朝对抗，争夺沿海郡县，屡得屡失，很难固守。后来，清朝下令迁海，浙江、福建、广东沿海居民内迁四十里，人民不准越界，寸板不许下海，违者处死。郑成功招兵筹饷，都遇到困难。而荷兰侵略者长期盘踞台湾，横行海上，影响了郑氏家族海外贸易的利益。这时，曾任荷兰人通事(翻译)的何廷斌逃回厦门，献给郑成功台湾地图，报告了荷兰人的军事部署情况。他说：“公何不取台湾?台湾沃野千里，四通外洋，横绝大海。得其地足以应国，取其财足以养兵，蕃(高山族)受红夷(荷兰人)凌辱，每欲反噬久矣。以公威临之，如使狼驱羊群也。”郑成功觉得他的话很有道理，决定收复台湾，作为长期与清朝对峙的基地。
1661年(顺治十八年)，郑成功留儿子郑经守金门、厦门，自己在三月二十三日率二方五千大军由金门出发，第二天到达澎湖，四月初一在何廷斌引导下，趁着涨潮，在台湾鹿耳门登陆。
郑成功在台湾登陆后，首先歼灭拔鬼仔上尉率领的一百八十名荷兰军，烧毁荷兰兵船“赫克托号”，切断台湾城和赤嵌城两个敌军据点之间的联系。郑军士兵作战非常勇敢，连荷兰驻台湾总督揆一也承认他们“不顾死活地冲入敌阵，十分凶猛大胆，仿佛每个人家里还另外存放着一个身体似的”。
荷兰侵略者不敢迎战，龟缩在台湾城和赤嵌城，郑成功派兵围困两个敌军据点。四月初，赤嵌城敌军支持不住，守将描难实叮宣布投降。台湾城内荷兰军队死伤过半，士气低落，内部乱作一团。荷兰总督揆一写信给郑成功，表示愿送十万两白银，请求郑成功放弃台湾，遭到郑成功拒绝。
十二月，郑成功向台湾城发动强大攻势，并向揆一发出敦促投降书。十二月二十三日，荷兰侵略者被迫签字投降退回巴达维亚去了。
郑成功到达台湾后，在与荷兰侵略者作战的同时，便加紧政治经济建设，整顿法纪，惩办贪官污吏，争取群众。随后他制法律、定官职、兴学校，改台湾城为平安镇，设承天府和天兴、万年两县，建立起行政机构。
郑成功大力发展农业，把荷兰人霸占的“王田”改为“官田”，由政府征收赋税。并颁布屯田法令，寓兵于农，解决军粮民食问题。郑氏官兵有警则荷戈以战，无警则负耒以耕，开垦了大量荒地。郑成功还派人帮助高山族人民提高了生产技术。当时，高山族人民还不懂牛耕和使用犁耙等农具。郑成功下令各社发给耕牛一头，铁犁耙锄各一副，派一个熟练农民去传授耕作方法。这样，高山族地区农业生产也有了飞跃发展。此外，大陆晒盐、制糖等手工业生产技术也传入台湾。
郑成功在台湾经济建设的另一突出成就，是大力发展海外贸易，促进台湾经济繁荣。他把台湾出产的白鹿皮、糖等贩运到日本、新加坡、越南、印度尼西亚等国，换回刀剑盔甲和生活日用品，解决了台湾的军政开支。据清初到过台湾的郁永河说：“凡中国各货，海外人皆仰资郑氏。于是通洋之利，惟郑氏独操之，财用益饶。”
郑成功把荷兰殖民主义者从我国神圣领土台湾赶出去，使台湾重回祖国的怀抱。收复台湾以后，又大力发展农业生产，发展海外贸易，繁荣经济，提高人民生产和生活水平，立下了丰功伟绩。郑成功是一位永远值得人民纪念的民族英雄。
清初农民起义军的抗清斗争
明亡后，清朝统治阶级对各地人民进行了残酷的民族压迫和阶级压迫，激起了人民的反抗斗争。农民起义军是抗清的主力军，它们风起云涌，抗击清兵。其中规模较大的，有以下三支队伍：
1.李过、高一功领导的十余万农民起义军，与南明抗战将领何腾蛟的军队合作，在湖广抵抗清兵。
2.李定国、刘文秀、孙可望等人领导的农民起义军，在川南、云贵一带与南明桂王政权合作，继续抗清。
3.以郝摇旗、刘体纯、李来亨领导的夔东十三家军，在四川、湖北、陕西、河南交界处，坚持抗清斗争。
李过、高一功是李自成的部将。李自成牺牲后，大顺军主力尚有四十余万人，一支由郝摇旗、刘体纯领导，一支由李过、高一功率领，转战于湖北、湖南一带，坚持抗清。当时，由于清廷施行野蛮的民族高压政策，使国内的阶级关系发生了新的变化，出现了汉族各阶层人民在抗清的旗帜下联合起来的新形势。南明王朝虽然腐败不堪，然而还被人们视为正统，具有一定的抗清号召力。于是，大顺军余部郝摇旗和李过等以大局为重，分别与南明唐王政权湖广总督何腾蛟、巡抚堵胤锡建立了抗清的联盟。尽管唐王封李过、高一功侯爵，李自成妻高氏为贞义夫人，把他们的部队改名为“忠贞营”。然而李过上疏，仍称李自成为先帝，高氏为太后，堵胤锡不能制止。
大顺军和南明联合以后，何腾蛟以大顺军为中坚，整顿了分散于各处的南明残军，编为十三镇，形成一支强大的抗清力量。十三镇向湖南、湖北清军发动了强大攻势。李过、高一功率军围攻荆州，刘体纯也在襄阳一带发动攻势。同时，何腾蛟率领郝摇旗进攻岳州一带，取得胜利。清军守将招架不住，飞骑向清廷告急。清廷急调大军进攻湖广，并派兵进攻闽、浙的唐王政权。1646年(顺治三年)，唐王被清军杀死，桂王在肇庆即位，改元永历。何腾蛟率所部改奉永历年号，继续抗清。
1647年(顺治四年)八月，清军进攻全州，何腾蛟率郝摇旗等部，连营三百里，分道出击，大败清军，收复全州。第二年，何腾蛟、堵胤锡在湖广境内对清军发动全面反攻，李过在湘潭打败清将缐国安，收复湘潭、益阳、湘乡、衡山，进围长沙。其它各路军相继收复永州、衡州、宝庆、常德等地。同时，北方各地也义军蜂起，抗清形势高涨起来，投靠清朝的明将李成栋、金声桓纷纷“反正”归明。永历王朝得到了暂时的安定。
但是，在这大好时机中，永历王朝内部派系纷争，争权夺利。大臣分成楚党和吴党，挟持天子，势成水火。清朝乘永历朝廷内部倾轧，分崩离析之机，派郑亲王济尔哈朗率军攻湖广，杀死何腾蛟，追击李过军。李过被迫退守广西。同时，孔有德、耿仲明、尚可喜又奉命进驻广东、广西，进攻明军。
李过等部退入广西后，不断受到地方官绅势力的仇视和袭击。不久，李过病死。永历小朝廷的大臣们，四出活动，企图利用农民军作为党争工具。高一功严加拒绝。高一功在广西无法立足，被迫率军向贵州转移。转移途中又受到大西军余部孙可望的袭击，损失惨重，高一功在战斗中牺牲。后来，这支队伍在李过义子李来亨的率领下，加入了川、鄂一带的夔东十三家军，继续抗清。
李定国、刘文秀、孙可望都是张献忠部下有名的将领。张献忠牺牲后，他们率领大西军余部，继续斗争，后来进入云贵，坚持抗清。
1651年(顺治八年)，清军占领桂林。桂王逃至广西濑湍，永历小朝廷已到了朝不保夕，山穷水尽的地步。孙可望把桂王接到贵州安隆。桂王封孙可望为秦王，朝政由孙可望把持。
1652年(顺治九年)，大西军北上抗清，形成抗清斗争的第二次高潮。李定国率军经贵州、湖南武岗、广西全州，直捣桂林。清朝驻守桂林的定南王孔有德战败自尽。广西人民纷纷起兵响应，大西军仅用十几天时间，收复了广西全境。接着，李定国又挥师湖南，北取长沙，东扫江西，出兵仅七个月，便攻克十六郡、三十二州县，收复失地三千里，取得了辉煌的战果。清廷大震，即命敬谨亲王尼堪为定远大将军，率兵十万，进军湖广。十一月，李定国与清军大战于衡州，设伏刀斩尼堪，又打了一次大胜仗。这两次胜仗“两蹶名王，天下震动”，同时，大西军还和福建的郑成功、夔东十三家多次联系，配合作战。全国的抗清斗争，迅速高涨。
李定国的功劳引起了孙可望的疑忌。1653年(顺治十年)，孙可望率兵东进，二月至源州，邀李定国议事。刘文秀派人密告李定国说，孙可望要谋害他。李定国写信给孙可望，劝告他说：“不宜妄听谗言，自相残害”。为了避免武装冲突，李定国领兵五万进入广西。但是，孙可望仍不肯放过，派兵去柳州袭击李定国，造成内部残杀。后来，李定国又遭到清军追击，节节败退。1655年(顺治十二年)，退到广西南宁，只剩下六千余人了。
孙可望把李定国排挤走后，野心更加膨胀。他勾结一部分朝臣，强迫桂王禅让。桂王不甘心失掉皇位，便密草血诏，叫李定国率兵入卫。1656年(顺治十三年)正月，李定国、刘文秀迎接桂王回到云南，桂王封李定国为晋王，刘文秀为蜀王。1657年(顺治十四年)，孙可望率兵十四万进攻云南，欲与李定国决战。孙可望部下不愿与李定国自相残杀，在阵前纷纷倒戈，高呼“迎晋王”，奔入李定国营内。孙可望见势不妙，仓惶逃去，仅率数十骑到长沙向洪承畴投降。
孙可望叛变后，一再出谋划策，劝说清军攻占云、贵。清廷掌握了云、贵的虚实后，便于1658年(顺治十五年)兵分三路，大举进攻云、贵。明军内部孙可望旧部闻讯猜疑不安，纷纷降清。李定国仓促迎战，寡不敌众，败回昆明。桂王仓惶逃往缅甸，清军很快地占领了云、贵。李定国转战在云南边境上，多次上书，请桂王回到云南坚持抗清。但桂王只想苟安，不肯回来。1661年(顺治十八年)，清军进攻缅甸，缅甸献出桂王，第二年的四月，桂王父子在昆明被吴三桂杀害。李定国曾多次出兵截击，迎救桂王父子，都未遇到。他听到桂王的死讯，激愤成疾，不久在勐腊死去，年四十二岁。李定国临死时告诫儿子和部将说：“宁死荒外，勿降也。”
李定国早年追随张献忠，反抗明王朝腐朽的反动统治。当满族入侵时，他又将斗争的矛头指向屠掠压迫人民的清朝侵略军。他勇敢善战，至死不屈，立下了赫赫战功，严重地打击了清朝的统治，是我国历史上杰出的农民起义领袖和抗清英雄。
夔东十三家军是据守在川湖的广大边区上的一支农民起义军。这支起义军的领导人郝摇旗、刘体纯，曾经和南明王朝合作，共同抗清，但受到南明王朝的歧视和排挤，后来转移到川湖一带，和在这一带抗清的义军联合起来，组成一支抗清队伍，称夔东十三家军。后来李过义子李来亨也来到这里，参加了夔东十三家军，据守在巴东的茅麓山。
夔东十三家军，招徕各地饥民，开荒种地发展生产。并革除弊政，减轻人民赋税，使人民安居乐业。他们又联络靖江以南的美容土司田甘霖加入作战，奉明宗室韩王本立的名号，与孙可望、李定国等人也建立联系。
1659年(顺治十六年)，清军大举进攻云、贵，刘体纯、李来亨、谭文等十六营将士，溯江而上，一度围攻重庆，震动四川全省，牵制了南进的清军。
1662年(康熙元年)，清政府消灭了桂王小朝廷之后，便全力对付夔东十三家军。清朝以功名利禄，百般招诱起义军首领，但他们都不为所动。清朝转换手法，派重兵压境。农民军占据有利地形，清军屡攻不下。于是清朝调集陕西、湖北、四川兵力，组织三省会剿。1663年(康熙二年)年初，陕西总督白如梅率兵进攻房竹一带，遭到郝摇旗阻击。四川总督李国荣进攻昌守一带，遭到刘体纯阻击。湖广总督张长庚进攻西山，遭到李来亨阻击。后来，战斗逐渐集中在西山进行，清军被李来亨打得落花流水，伤亡万余人。同时，郝摇旗在黄草坪也大败清军。
1663年(康熙二年)八月，清政府再次派八旗劲旅和陕西、四川、湖北绿营兵，采取了“立垒围困”步步进逼的战术，切断了起义军各部之间及其与老百姓的联系。1664年(康熙三年)三月，郝摇旗、刘体纯被清军围困在巫山天池寨。起义军粮尽援绝，山寨被敌人攻破。刘体纯战败自缢而死。郝摇旗率众冲出重围，在黄草坪英勇牺牲。清军攻破天池寨后，便集中全力围困茅麓山。李来亨在重重包围之中，顽强战斗，并严辞拒绝清军的招降收买。八月，清军攻入山寨，李来亨一家举火自焚，壮烈牺牲。他手下三万多名将士，或战死，或突围出去，只有一百五十人被俘，没有一个投降。这次战斗，起义军孤军奋战，英勇顽强，使清军付出了极大的代价。直到一百年以后，北京的旗人遇到难以克服的困难时，还说：“又上茅麓山啦!”