在中国进行传教活动在欧洲资本主义的原始积累时期，西方传教士伴随着商人、炮舰，向亚洲、非洲、美洲进发，成为欧洲资产阶级掠夺财富、侵占殖民地的别动队。到中国来的传教士，主要是西班牙贵族伊格那提·德·罗耀拉创立的耶稣会(天主教教皇于1504年批准)的传教士。
明朝后期，天主教的耶稣会方济格·沙勿略(西班牙人)来亚洲传教。1551年(嘉靖三十年)乘葡萄牙船只进入中国珠江口的上川岛，次年死去。1557年(嘉靖三十六年)葡萄牙侵占澳门，澳门成为向中国传布天主教的基地。
1582年(万历十年)，意大利传教士罗明鉴和巴范济，进入广东肇庆，获得两广总督许可，在一个佛寺中居住。传教士经过一段时间的探索，认为传道必须先取得华人的信任和尊敬，最好的办法是以学术收揽人心，人心既附，传道的目的也就容易达到了。
1583年(万历十一年)，意大利传教士利玛窦来中国。他到肇庆后，努力学习儒家经典，力图从儒家先师孔夫子身上去寻找和他们相同的见解，在四书五经中援引了一些章句，来宣传天主教思想。结果得到一些士大夫的信任，开展了传教工作。1589年(万历十七年)，利玛窦移居韶州，六年以后，又移居南昌。这时他已接受瞿太素的指教，易僧服为儒服，与士大夫讲学论道，刊印《天主实义》、《交友论》、《西国纪法》等书，尽可能地把儒家学说与基督教义揉合一起，猎取了“西儒”的名声。他介绍欧洲的算学历法，绘制《万国舆图》，把一些西方科学知识，传入我国。
利玛窦最大的希望就是能够得到皇帝的信任，并且设法使皇帝信教。他认为中国是一个封建专制国家，如果皇帝信奉基督教，那么广大的老百姓都会顺从皇帝的信仰。因此，从1594年(万历二十三年)开始，他多次通过总督、尚书、侍郎以至藩王、太监的门路，企图进入北京。1601年(万历三十年)，利玛窦进京，通过太监马堂向皇帝进贡自鸣钟等物品，竭力向宫廷传播天主教的影响。
利玛窦死后，被允许葬在北京阜城门外的教堂墓地。其后，耶稣会的传教士继续活动，到1642年(崇祯十五年)宫女入教的有五十余人，太监入教的有四十余人，宗室入教的一百四十人。明亡以后，耶稣会继续在南明王朝中活动。
继利玛窦之后，教士汤若望也来到北京。1644年(顺治元年)，清军占领北京后，曾命令居住在北城的人，三天之内一律迁出。汤若望的住所也在应迁范围之内，他便以改良历法的书籍正在刻版不便迁移为理由，请准照旧居住。不久，清政府就委任汤若望编订顺治二年(1645年)的历书，年底正式任命他为钦天监正。从此，汤若望又出入宫廷，交接权贵。顺治帝亲政以后(1651年)，他更获得了无比的宠信，顺治帝尊称他为“玛法”(满语，意为祖、老翁之意)，经常亲往汤若望的馆舍长谈。汤若望先后给皇帝上了三百多封奏折与禀帖，内容几乎涉及到国家事务的各个方面。宫廷中某些最机密的问题，例如多尔衮专政、康熙皇帝继位等等，汤若望都参与谋划。他也不断加官进爵，任通政使司通政，掌管钦天监印务，敕赐“通玄教师”称号。
当时，天主教的影响急剧扩大，据统计，自1581年至1650年(万历九年至顺治七年)，全国领洗入教的约有十五万人，在全国十五省中，仅云南、贵州没有传教士。
在这种情况下，反对天主教的人士也在聚结力量，进行斗争。徽州府官生杨光先于1660年(顺治十七年)具呈礼部，控告汤若望不法。杨光先的活动，获得辅政大臣鳌拜、苏克萨哈、前礼部尚书恩格德的支持。朝廷决定根据杨光先的控告进行审理。1665年(康熙四年)作了如下判决：李祖白等五名钦天监官员斩首；汤若望免死，由西堂迁到东堂，与南怀仁等同住；其他寄居内地的传教士，一律驱至澳门，禁止到内地传教。这个案到了康熙亲改后，又翻了过来。1669年(康熙八年)，康熙任命南怀仁为钦天监正，惩办了鳌拜，这时汤若望已死。南怀仁和后来的闵明我、徐日升、白晋、安多、张诚等耶稣会士，就乘向皇帝传授西方科学知识之机，出入宫廷，并随从皇帝巡幸各地。天主教又重新振作起来。这些传教士深入到全国各个角落，收集大量情报，送给罗马教廷和欧洲各国政府。仅从《耶稣会士书信集》与《中华帝国总论》中公布的信件，就可以窥见他们收集情报的范围之广，数量之多，是很惊人的。这些活动中，尤其引人注意的是绘制中国地图。明清之际，传教士卫匡国往来河北、山西、湖广、江南、浙江、福建、广东等地，搜集地理资科，以《广舆记》为蓝本，编纂《中国新图志》，于1655年在阿姆斯特丹出版。其中包括全国图一、分省图十五，并记载了各省疆域、山川、田赋、民情、特产等等。杨光先控告传教士，将“十五直省之山川形势、兵马钱粮，靡不收归图籍”，是确凿无疑的事实。后来，法国国王路易十四策划绘制世界地图，在华传教士便骗取康熙皇帝同意，于1708年至1718年间(康熙四十七年至五十七年)，到中国各地测量，制成《康熙皇舆全览图》，1735年在法国出版发行，博得了欧洲资产阶级的赞赏。
1676年(康熙十五年)，俄国使臣尼果赖来华，南怀仁就把私制的中国地图以及清朝在黑龙江的战略部署等重要情报，秘密地送交尼果赖。其目的是要通过这种出卖中国的罪恶活动为代价，换取沙俄同意允许欧洲传教士经由西伯利亚前来中国。
在中国的欧洲传教士，始终是为欧洲各国谋利益的。他们是西方殖民主义在华的代理人，其中的一些人，在介绍西方科学知识，增进中西文化交流上起过一些作用，但这些客观效果并不能改变殖民主义的实质。
马戛尔尼出使中国
马戛尔尼是1793年(乾隆五十八年)英国来华外交使团的全权特使。英国自十八世纪中叶工业革命后，逐渐成为当时世界上的资本主义强国，疯狂向外掠夺财富，开辟殖民地。地大物博，资源丰富，人口众多的中国，就是他们输出商品的理想市场。
清朝政府对于汹涌而来的西方殖民主义者仍然采取传统的闭关政策，即在对外贸易上采取严格的限制政策。清朝初年，为了防范沿海人民与台湾的郑成功联系，进行反抗，因此严申海禁，对外通商口岸也仅澳门一处。．1683年(康熙二十二年)平定台湾之后，清政府才允许人民造船入海，辟澳门等四处与外国通商，制度基本上仍明朝之旧，并设立“公行”，由公行垄断对外贸易。对外国商船的活动也严加防范。随着西方各国东来商人的增多，他们在中国沿海的非法活动也日形加剧。因此清政府在1757年(乾隆二十二年)关闭了广州以外的其他港口，颁布了很多限制外商的条例。闭关政策是我国封建经济，农业与手工业紧密结合、自给自足的自然经济占统治条件下的产物。在西方殖民主义者的侵略活动面前，清朝政府采取闭关政策，是出于自卫行动，但在闭关政策的限制下，一方面阻碍了中国封建社会内正在发展的手工业生产；另一面也因此而滋长加剧了思想上的顽固保守。
为了打开中国的通商门户，1759年(乾隆二十四年)英商洪任辉来到浙江，要求开放宁波，巡抚庄有恭断绝岸上接济，加以驱逐。洪任辉又到了天津，向清朝投递文书，要求到宁波贸易，并告发粤海关勒索外商行为。乾隆帝派人查验粤海关积弊，将海关监督李永标革职。又向外国商人宣布：中国的东西，你们需要得很多；你们的货物，中国可有可无。宁波不准再去，去必驱逐。洪任辉秉承英国统治者的意旨，名为通商贸易，实图开辟殖民地的企图宣告失败。
英国殖民主义者并不甘心失败，1793年(乾隆五十八年)，英政府派遣以马戛尔尼为首的庞大外交使团来华，名义上是为乾隆皇帝祝寿，真实意图是要求清朝开埠通商、割让领土，并搜集有关中国的政治、经济、军事情报，为进一步的掠夺和侵略作准备。
马戛尔尼使团的随员中有军官、医生、机械技师、测绘员和画家等，共135人。带着精心选购的天文地理仪器、钟表、军器和船只模型等礼品于1792年九月二十六日从朴次茅斯出发，绕过南美洲，第二年七月二十五日到达天津大沽口。清朝派长芦盐政瑞征负责接待，直隶总督梁肯堂专程到大沽去迎接。当时乾隆帝正在热河行宫，马戛尔尼等便由北京到热河避暑山庄去谒见。乾隆帝在万树园接见了特使和秘书，派大学士和坤、福康安等陪同游览，然后颁给国书和礼品，示意使团起程回国。
马戛尔尼接受了国书和礼品后，急忙拿出外交照会，郑重提出六条要求：一、英国商船在舟山、宁波、天津等处登岸，经营商业；二、英国商人在北京设一洋行，买卖货物；三、在舟山附近划一小岛，供英商居住、存放货物和收歇船只；四、在广州附近得一同上述权利相同之地，听任英人自由往来，不加干预；五、减免从澳门运往广州的英国商货的税收；六、将中国税则颁给英商一份，英商按税率交税，不得额外征收。清朝对这些要求逐条批驳，一面从维护自给自足的封建制度出发，表示中国是天朝大国，物产丰盈，无所不有，并不需要外国的商品，不能改变传统的外贸制度。一面严肃地指出在舟山海岛和广州附近居住一节，是侵犯中国领土主权的无理要求，坚决不能允许。并通令沿海督抚加强戒备，严防英人侵占宁波、舟山等处，还在给英王国书的末尾警告说：如果英国商船开到浙江、天津上岸交易，当地官兵就立即驱逐，不要说我们事先没有声明。
马戛尔尼没有达到预期的目的，由军机大臣松筠伴送，沿运河南下，再经浙江、江西、广东等省回国。
马戛尔尼使团在中国期间，了解到中国内部的一些情况，搜集到国民经济、自然资源、海陆交通、军事国防等方面的重要情报。他们所到之处，对于山川地形，港湾岛屿，交通情况，城防堡垒和军队配备等情况，无不加以考察。他们利用在定海短暂的停留时间，就把地理情况、城墙高度、碉楼建筑、岗哨设置、士兵配备、火力武器的种类和威力等情况详细记录下来。途经长城时，又把长城的守军人数、军事设备及其功能，长城本身的结构和规模尺寸等作了详尽的了解。马戛尔尼访华的目的显然不单是发展贸易关系，而是负有考察中国国势军情的重要使命，为英国资产阶级下一步的侵华活动作必要的准备。
此后，英国侵略者，进犯虎门，入侵西藏，觊觎新疆，都遭到清朝和中国人民的反击。1816年(嘉庆二十一年)，英国又派阿美士德使团来华，企图完成马戛尔尼所没有完成的任务，还是没有达到目的。英国侵略者就决定用炮舰打开中国的大门，发动鸦片战争了。
清代的漕运
漕运是清政府为了保证北京的食米，通过运河，而实行的一种南粮北调的制度。
漕粮的总数是四百万石。其中正兑米(运至北京仓)三百三十万石，改兑米(运至通州仓)七十万石。另外还有江浙白粮二十二万石(后来略有减少)，随同漕粮运输。漕粮定额虽然经常征收不足，但是，运输工具是木船，运程长达一二千里，要使以百万石计的粮米毫无损失地到达通州和北京，在当时的条件下，并不是一件轻而易举的事。清政府为此特设置专官和机构来管理。
管理漕运的最高级官员是漕运总督。官阶是从一品，驻在淮安。有漕省分经理漕务的文武官员归他管辖。漕督以下，有“襄治漕务”的仓场侍郎，满汉各一人，官阶是从二品，驻在通州。侍郎以下，有坐粮厅、大通桥监督、仓监督等。分别管理粮米的运输、入仓、保管和出纳等工作。
漕运的全部过程包括：征收漕粮，运输漕粮和漕粮入仓等环节。
征收漕粮。交纳漕粮的省分有：山东、河南、江苏、安徽、江西、浙江、湖北和湖南八省。除了漕粮以外，还要交纳随漕正耗，作为京通各仓和沿途损耗的补偿。按规定：正兑米一石加耗二斗五升至四斗不等，改兑米一石加耗一斗七升至三斗不等。此外，还有其他名目，数额也常不按规定的数字交纳，成为官吏勒索人民的一项重要收入。
漕粮收齐以后，由地方官运到濒水口岸，向运船交兑。粮米的要求是干圆洁净。监兑官验明米色，当面交给押运官。手续办完，粮船开始启航。各省漕船总数，1726年(雍正四年)，为7，120只，以后逐渐减少，至1829年(道光九年)，专门用于漕运的船只共6，326只。
运船有运丁。运丁是卫所军籍中比较殷实的军丁。另外雇募有身家并熟练撑驾的水手九人。十人一船，十船一帮。十船互保，一船生事，十船连坐。就这样，大批运船沿着运河分帮北上。
漕粮运到通州以后，正兑米运至朝阳门外，换车运往各仓。改兑米由土坝里河，运交通州西仓和中仓。交仓时，通州仓限七日，北京仓限十日收完。然后漕运各船返回原来的口岸。这一次的漕运任务便告完毕。
在商品经济不十分发展的情况下，商品粮的流通量很小，北方需用南方所产的粮米，只有依靠国家的力量来调运。漕运就是在这种条件下产生的。结果造成人力物力的极大浪费。嘉庆时，大学士刘权之估计，南漕运抵京仓，公私费用每石需银十八两。而当时的粮价，平均不过一两上下。也就是说，超过当时商品粮价的十六七倍。由于长途转运，人手纷杂，给贪污者以种种方便，成为官吏营私舞弊的利薮。所有这些负担都直接或间接转嫁到农民身上，漕粮成为一种剥削人民的苛政。农民抗交漕粮的斗争不断发生。有人建议改变办法，却遭到反对势力的阻挠。直到清代中叶以后，清政府开始改为漕粮改折和海运。