正当孟德斯鸠的朋友们异口同声为《论法的精神》叫好时，对这部著作的批评也开始露头了，起初是半遮半掩，不久就如暴风雨一样向作者袭来。对于不直接针对他的那些书和文章，孟德斯鸠装聋作哑，并不认真地放在心上。可是除了孤孤单单地进行攻击的几个人之外，还有一股势力咄咄逼人地打上门来——教会。他们对孟德斯鸠的新著扣上了一个大帽子，指责孟德斯鸠的态度不明确，对基督教漠不关心，将他列入教会敌人的行列，并对思想家发起了长达三年的恶毒攻击。孟德斯鸠除了作为一名学者，他还是一位站在解放前沿阵地上的坚强斗士，在宗教权威面前，他没有退缩，更没有放弃自己的政治立场和谋求妥协，而是拿起了战斗的武器——写下了《为〈论法的精神〉辩护》一文。然而，他和他朋友们的辩护文章非但没能使争论平息，反而使争论愈演愈烈，沸沸扬扬。
孟德斯鸠以其学者的风度，不屑与这些“鼠辈为伍”，他直接将书呈递到教皇本笃十四面前，这个酷爱读书的教皇立即表示，“作者将会看到，他的礼物不会白送”。尽管有教皇的偏袒和主教的厚爱，仍无法使这部为时代增光添彩、超凡脱俗的成功之作逃脱神学的迫害。1751年，著作刚刚发行三周年，即被列入了教会的“禁书目录”，这只因它在公开宣扬真理，而这些真理却又是心胸狭窄的人无法接受的。此时，这个“既不太慌，又不大听话的基督教徒”气愤地宣称：在捍卫基督教这一点上，他甚至比宗教卫道士们所想象的做得更好，“用禁书的手段”对他是没有好处的，事实也证明了这些。《论法的精神》一版接一版地在世界各地发行，作者也因此声誉大增。普希金称这位天才作家的每一行字都将成为后世的珍品。
《论法的精神》以它深邃的思想、广博的内容，成为继亚里士多德之后第一部综合性的政治学著作，也是一部社会学说的百科全书。孟德斯鸠指出，政治的目的是自由，但对自由最大的威胁是掌权者滥用权力，而一切掌握权力的人都容易滥用权力。为了防止滥用权力，就要以权力约束权力。具体的做法就是，将国家的权力分为三个部分，分别由三个机构来掌握，并使它们相互制约与平衡，协调前进。他指出，如果三种权力中的任何两个合一，由一个人或一个机构来掌握，都会使统治者滥用权力，而如果三权合一，那一切都完了，滥用权力不可避免，人民的自由不复存在。
《论法的精神》是一座智慧的宝库，孟德斯鸠广泛地探讨了政治法律制度与一个民族的风俗习惯、生活方式、气候土壤等地理环境、宗教、贸易等之间的关系，他把这些关系的总和称为“法的精神”。在“法的精神”这个题目下，孟德斯鸠展现了他渊博的常识和深刻的见解。
由于应酬很多，而且经常返回波尔多和拉布莱德，孟德斯鸠花在法兰西学士院的时间很少。1749和1750年，他参加了学士院选举和接收新院士活动；1751和1752年，他都没有在学士院工作。1753年4月2日，孟德斯鸠当选为法兰西学士院院长，在最后的三个月里，他尽职尽责。
《论法的精神》虽然受到一些与政府关系密切的人的批评，孟德斯鸠却为宫廷所青睐。在《论法的精神》之争初起时，图书贸易视察官约瑟夫·戴默利在他写于1749年4月1日的治安报告中，没有一句责备孟德斯鸠的话，提到他时的口气很是友善：“他是学士院的院士，也是伦敦王家学会会员和柏林科学院院士，曾任吉耶纳高等法院的庭长。此人才华横溢，视力极差，写过一些佳作，如《波斯人信札》、《尼德的神殿》以及著名的《论法的精神》等。《论法的精神》为四开两卷本，是在日内瓦偷偷出版的。这部著作给他带来了许多麻烦，索尔邦神学院要审查此书，掌玺大臣则要查禁此书；不过，由于他多方奔走，终于度过了难关，在默许之下，他在巴黎又印行了若干版。”
据教廷驻法国大使证实，1751年当伏尔泰前往柏林，法国宫廷的史官出现空缺时，孟德斯鸠曾想得到这个职位，但后来争到这个职位的却是杜克洛。同年，王后的父亲斯坦尼斯拉斯·莱钦斯基为向《论法的精神》的作者表示敬意，在他刚刚创建于南特的科学院中，为孟德斯鸠提供了一个院士的位置。孟德斯鸠提出申请后，斯坦尼斯拉斯·莱钦斯基非常高兴，立即回复并表示：他相信新建的这个学社为能“接纳您这位文学界杰出的人物和您所作出的比您的名字更伟大的成就”引以为荣。科学院的常任秘书索利尼亚克骑士将任命为院士的消息通知孟德斯鸠，孟德斯鸠回信表示感谢，并且告诉索利尼亚克，为了“上贡”和表示要恪尽“院士的职守”之意，已把《珍珠菜》寄给他了。这是一部散文小故事，二十年前就已开始酝酿，风格与《苏拉和欧克拉的对话》相似，故事则与穴居人的故事差不多。在他眼里，《珍珠菜》是用来向莱钦斯基这位流亡国王表示敬意的：“我在书中说的是一位因品德高尚、智慧超人而在亚洲登上了王位的君主，他的品德和才华却又使他经受了许多磨难，我把他描绘成一位国父，一位受臣民爱戴、为臣民带来幸福的君主。所以，我觉得，这部作品比任何其它作品更适宜于赠给您所创建的科学院。”
孟德斯鸠在去世前的最后几年中，大部分时间花在为《论法的精神》准备新的版本上。他对盾森派引发的问题始终非常关心，对詹森派在政治上造成的后果深感忧虑。1753年，巴黎的一些神甫拒绝为詹森派教士做临终圣事，由此而酿成事件，巴黎高等法院因在这个事件中采取了公开反对教皇圣谕的立场而于5月19日至10月8日被流放到外地。就在此时，孟德斯鸠撰写了《关于教皇圣谕“唯一圣子”》一文。1753年7月9日，孟德斯鸠给流放在布尔日的迪隆·德·麦尼埃尔院长就此问题写了一封长信，他认为自己的立场公正，因而有资格对巴黎高等法院的立场和四十年来使法国教会分裂的这场争论，发表公正的看法。他写道：“我打算陈述一下明白事理的人们对当前事件的看法。我听取了各方面的意见，其中有拥护高等法院的，也有反对高等法院的；有拥护教会和教士的，也有反对教会和教士的；而我不属于任何一派，没有说过任何自相矛盾的话，所以我也许与那些在各方面都很渊博的人一样，有资格对这些事情作出评论。”
作为波尔多高等法院的前任庭长，他对巴黎高等法院所采取的立场吃惊：“你们不应对你们的谏书采取这种固执的态度，因为你书中虽然不乏正确的意见，但只要不抱偏见，谁都能看到，其中也有一些令人难以容忍的东西，无法为国王所接受。关于教皇圣谕的争论已持续了四十年，圣谕已被宣布为教会和国家的法律，从而平息了争论，使公民们彼此和解。教皇圣谕是不是国家的法律，这个问题已与当前事态无关，因为是也好，不是也好，教士们已不再有权搞新花样了。”
孟德斯鸠对于新近的事态深感不安，在信中对迪隆·德·麦尼埃尔提出责备：“我不明白，高等法院怎能认为出现这些事情是理所当然的呢？高等法院本应主持公正，如今却支持一派，反对一派，成了一派的头头，它的目标难道不应该是防止分裂吗？它为什么只执行一种法律，而不执行所有法律呢？”
高等法院采取的立场对政府事务的正常运作产生了严重的后果，高等法院是否已经越权和失职了呢？是否因为擅自扩大权限而破坏了权力平衡呢？国家是一架大机器，你们仅仅是其中一个部件，你们不让机器转动，可是机器不能不转动。你们想让我们变成什么呢？
高等法院的意见是否会为教会所用，事与愿违呢？“我提请你们注意教会的做法；它保持沉默，显得镇定自若，坐观你们吵得不可开交；可以说，它不再主动出击了，因为它已经看清，你们肯定会自我毁灭。在这种情况下，它之所以比你们做得好，不是由于它才智高，而是由于它沉着镇定。”孟德斯鸠说得非常直率，对自己的“这些话”“未加斟酌”，这是因为他觉得形势十分严峻：“不过，我既不想褒扬也不想贬斥，既不赞成也不反对，我只是清醒地审视自己的想法和当前的事态。我觉得，在朋友面前应该袒露胸怀，所以我怎么想就怎么说”。的确，这封实际上为《关于教皇圣谕“唯一圣子”》做注脚的十分坦诚的信，显示了孟德斯鸠意向的正直，他对友谊的忠减，以及真挚和忧虑。孟德斯鸠年轻时在1711年前后写过一篇《论反对将异教徒永远罚入地狱》的文章，现已失传。不过，借助《随笔》中的某些段落，可以大致看出这篇文章的主要思想。他对罚入地狱这个问题处之泰然，对其是或非不置一词，只探究如何正确地阐明神的奖惩问题。他像法学家那样思考问题，人们由于没有遵守他们并不知晓的一条规矩而被宣布为有罪，受到永久性的惩罚，对此孟德斯鸠很不理解：“人为什么要受到永入地狱的惩罚，单靠理性很难想通；因为奖励和惩罚都是用来对付未来的，今天惩罚一个人，为的是他本人和他的同类以后不再犯罪。可是，既然未受惩罚的人不再有犯罪的自由，罚入地狱的人不再有改恶从善的自由，奖励和惩罚还有什么作用呢？”他对地狱的存在表示怀疑，在《波斯人信札》中他曾说，宗教“让坏人相信地狱确实存在，比让好人相信天堂确实存在”来得容易些。在《论法的精神》中，他认为，一种宗教如果主要以仁爱而不是以公正为本，就可以孽生一些无法补赎的罪行。尽管如此，他最终还是接受了这样的思想：“一个恶贯满盈的人应该永远罚入地狱。”
孟德斯鸠认为，所有生物中最不幸的是人：“野兽比我们幸福，它们虽逃避灾难，却不害怕死亡，因为它们不解死亡为何物。”从这点看来，他表面上对死泰然处之，内心却是恐惧的。在他最后的那些日子里，这种恐惧始终缠绕着他。面临死亡时痛苦的孤独感和早已明白的道理，不可避免地会发生矛盾，搅得他无法宁静。
孟德斯鸠年届花甲时写下了遗嘱，一式两份，其中一份“用于在计划中的异国之游时随身携带”。遗嘱的主要内容是让其儿子让——巴普蒂斯特继承拉布莱德的田产，保证家庭和产业世代承续。
1755年1月29日星期三，孟德斯鸠染疾。起初像是无关紧要的小毛病，13天后却夺走了他的性命。1755年2月10日，孟德斯鸠溘然长辞。