“沃尔玛战略”则是在国内编织一张最大的连锁药店网络。赵新先对连锁药店的关注其实在2000年就开始了，在那年的7月30日，三九召开连锁战略研讨会，确定从金融租赁公司筹资13亿元，建立5000家连锁药店的发展计划。后来，这个计划又增加到了空前的1万家店。赵新先对连锁药店寄予厚望。他不断催促部下到各地跑马圈地，控制终端。他甚至认为，连锁药店将是三九集团的第一品牌。在短短1年多时间里，三九连锁药店就发展到了1000家的规模，但是由于开店费用很高，而规范化管理及营运成本控制不力，连锁药店很快呈现后续乏力之势。赵新先再次犯了“战略清晰、战术紊乱”的老毛病。美国的《财富》中文版在一篇评论中，直接称之为“中国‘大跃进’式的冒进，美国安然式的牛皮泡泡”。
三九的第二大“专业化工程”，是筹建一家中医院集团。它与海南省达成协议，收购海南中医院，同时还跟广东省的一些中医院商谈收购事宜。赵新先打算把这些中医院整合成一个新的集团，买壳在香港上市。同时，三九在深圳东部筹划开建一个规模惊人的健康城，其中包括90个洞的国际上最大的高尔夫城、一个超豪华的五星级健康宾馆，以及一个包括疗养院、临终关怀医院和特殊护理医院在内的大型综合健康服务系统，其总投资将超过40亿元。
赵新先是那种颇有战略直觉的企业家。在产业的每一个转型点，他都能很早就意识到，并迅速地做出反应。但他在项目的执行上却总是显得“大而不当”，在一次又一次的布局和冲杀中，三九的企业规模越来越大，但是能够给企业带来直接效益的项目却始终未出现。在第三次扩张中，赵新先的表现像一个巅峰已过、力不从心的老棋士，开局宏伟，中盘紊乱，尾局不堪入目。《新财经》在一篇评论中分析说：“三九的专业化战略让人疑惑，制药业属于生产领域，连锁药店业务属于流通领域，医疗健康更侧重于服务领域，三项业务均和‘医药’有关，但实质则截然不同，投资风险更大。”在某种意义上，三九的此次专业化回归是一次缺乏深思熟虑、更具冒险性的赌博。
龙种与跳蚤
2003年，四处狂奔而无所收获的赵新先和他的三九冲到了悬崖的边缘。
5月，曼哈顿时代广场上的那块“999三九药业”广告牌被悄然拆除了，赵新先坚守了8年的梦想随风飘逝。为了这块广告牌，三九每月大约需支付12万美元，8年下来总金额超过1000万美元，三九的资金现状已经养不起这道昂贵的风景线了。
9月28日，《21世纪经济报道》刊文《98亿贷款：银行逼债三九集团》，披露三九共欠银行贷款余额98亿元，已经陷入巨额财务危机。此文一出，顿时把三九的资金窘境曝光天下，接下来的1个多月里，“讨债大军”纷至沓来，三九总部一片混乱。一些性急的银行开始封存三九资产，冻结质押股权，并向法院提起了诉讼。三九在全国各地的数百家子孙公司都成了银行逼债的对象。其中做得最绝的是浙江湖州的中国工商银行，索性冻结了三九湖州药厂的银行账户，将所有进入的流动资金全数扣押，造成药厂资金链断裂，生产经营陷入停顿，只好宣布破产。
对于所有企业来说，银行信用的破产几乎是无可救药的。三九到了自创办以来最惊险的时刻。在这样的时候，试图自救的赵新先突然把矛头对准了国有资产的拥有者。他认为：“三九负债率偏高的根源在于三九集团是一个怪胎，作为国有企业，其国有出资人是存在的，但却没有实际出资，国有出资人没有履行出资义务。对于三九集团而言，国家不仅没有出一分钱，而且也从未享受过债转股、贴息贷款等优惠政策。”
很显然，已经超过了60岁退休年龄的赵新先不想再坐等下去了。他想利用此次财务危机，彻底——至少部分地解决三九的产权问题。
在三九的产权问题上，赵新先表现得非常摇摆。
他一直觉得三九是他一手缔造出来的。甚至在一次中高层干部会议上，他对台下的部属说：“没有我赵新先，就没有三九。”这句话在某种意义上是不错的，在他治理三九的相当长时间里，几乎没有受到过太大的约束和干涉；他所受到的待遇也是极高的，除了全国劳模、全国政协委员等政治荣誉外，他还拥有军中文职二级官衔，享受中将待遇，这在中国企业家中绝无仅有。不过，尽管他缔造了三九，但三九却始终不是他的。
赵新先在很长一段时间里，没有思考过这个问题。1998年，国有企业改革进入攻坚阶段，产权明晰化试验一度受到默许，不少企业都开始尝试经营层MBO，南方的TCL、美的等企业先行一步完成了产权改造。对此，赵新先表现得很无所谓，对前来采访他的记者说：“三九是我做大的，MBO多此一举。”到后来，他开始意识到产权的重要性，但也仅仅轻描淡写地一句：“这个问题我考虑没有用，这要我的‘婆婆’去考虑才行啊。”1998年底，中央下达军商脱钩的命令，三九与解放军总后勤部脱钩，归口中央大型企业工委管理；到2003年，国务院成立国有资产监督管理委员会，三九作为中国直属187家企业之一，转属其管理。随着“婆婆”的变更，赵新先在产权改造上的主动性渐渐变得越来越小。
当2003年秋天的财务危机总爆发的时候，赵新先突然觉得这是一个可以利用的机会。
他算了一笔账：“三九发展到今天，上缴给国家的利税是40多个亿，上缴给银行的利息是30多个亿，上缴给上级将近10个亿。这个数字跟三九在银行的贷款数字相近，都在80亿元左右。”由此，他提出了两个要求：“一是实现出资到位的问题，解决50亿元净资产的最终归属；二是完成股份制改造，建立规范的法人治理结构，最终完成激励机制和监督机制的完善。”在一次媒体访谈中，当有记者提问“三九如何走出困境，继续去完成整合中国中药产业的使命”时，他直截了当地回答道：“不把我的产权问题解决好，三九就没有办法去整合这个产业，只有三九把产权问题解决了，它才有整合的力量、整合的动机。”
2004年3月，在北京召开的全国“两会”上，作为全国政协委员的赵新先在接受中外记者采访时，再度把矛头直指国资委。他说，国资委管辖的中央企业里，存在着部分这样的企业，即国家并没有投入资本金，企业是靠向原来的上级单位借款发展起来的，不仅在当初的两三年内还清了借款，而且向上级上缴了相当于借款数十倍的利润，这样的企业虽然归属国有企业，但国家早已没有了实际的、直接的资本金投入。因此，作为国有资产的代表机构，国资委应当担负起企业股东为获得发展的流动资金增加投资，投入新的资本金的职能。
赵新先的这些言论其实是拿他的职业生命当了赌注。他大胆逼宫国资委，无非想达到两个目的：其一，国资委担负起出资人的职能，对三九注资50亿元，这样，银行逼债风波自然化解；其二，国资委同意三九进行股份制改造，那么他及其团队就可以顺势成为三九的真正主人。这两个目的无论达成哪一个都是令人满意的。而他之所以敢于如此动作的原因是，三九自创办以来一直由他掌控，从人事、财务到产业没有第二人了然全盘，如今乱局如麻，除他之外何人敢接、谁人能解？
然而，事态的发展并非如他所愿。果不其然，就在北京“两会”期间发言的两个月后，5月16日，国资委党委书记李毅中亲赴深圳，突然宣布免去赵新先三九企业集团总经理、党委书记职务。其公开的理由是，国资委管辖的干部60岁必须退休，而赵新先已经63岁了，离职退休是正常的。他同时给予了赵新先很高的评价，称他“40年如一日，为我国的医药事业，为三九企业集团的发展，作出了突出贡献”。
赵新先的经历再次证明，企业家是一个多么残酷的职业。
1995年，正如日中天的赵新先作为特聘兼职教授，受邀参加清华大学经济管理学院的元旦座谈会。时任国务院副总理兼经济管理学院院长的朱镕基对他说：“你放心，即使南方药厂垮了，我还要请你当教授，为什么？因为你可以从这里总结经验，企业是怎么垮的。当然我不希望垮。”此言悠悠，竟藏无穷忧虑。
2004年10月，一直深受赵新先重用的三九集团副总裁、年仅43岁的陈重因病猝亡，在清理他的办公室时，发现数额巨大的不明存款；随后，审计署介入对三九的审计事宜，集团副总裁荣龙章、三九广州医院院长崔崇林、三九生化总经理张欣戎、三九汽车公司经理陈达成、三九工程公司总经理林长兴等相继被“双规”或通缉。种种迹象表明，这些三九重臣们的问题都与赵新先有丝缕牵连。
根据后来的信息披露，赵新先涉嫌“向境外转移资产”。香港特别行政区公司注册处提供的资料显示，三九在香港注册了50多家公司，其类别均为“私人公司”，赵新先出任多家公司的董事长；而且在三九健康城等项目中，有数亿元资金不知去向。香港科技大学郎咸平教授在研究了三九的财务状况后，总结了赵新先的“捞钱六招鲜”：截、借、垫、套、挪、赖。
除了资金上的违法行为外，《财经》杂志则另外给出了一种观察的结果：赵新先被突然宣布退休后，其继任者一直难以开展工作。一方面，三九的各项业务均出现崩塌迹象，用“一地鸡毛”来形容一点不为过。号称投资数十亿元的健康城因土地审批问题胎死腹中，连锁药店项目难以为继，最后不得不以区区400万元的低廉价格转让。2005年5月，三九集团将其所持有的三九发展和三九生化的国有法人股，分别以3500万元和2.05亿元的价格出售给浙江、山西的两家民营企业，从这两家上市公司中彻底退出，所谓的“三九系”宣告瓦解。到秋季，有媒体报道，庞大的三九集团共有500多家企业，从总公司到分支公司共分五级管理，到第三级公司大多已出现鸟兽散的失控局面。另一方面，面对如此复杂、艰巨的重组工作，赵新先的一些旧部仍占住“小山头”不放，并且相信赵新先能再度复出。在此情形下，有关部门果断出手将赵新先“拿下”。
无论如何，原本以为能安全着陆的赵新先在退休两年多后又成了焦点人物。
赵新先被捕的经过是这样的：
2005年11月19日，赵新先去北京颐和园游玩，那天他的心情不错，一路上让家人拍了不少照片。在出园的时候，几名警察拦住了他。第二天，赵新先出现在南方的深圳梅林看守所。它位于笔架山西南侧一个很冷僻的山坳里，四周长满细高笔直的桉树和硕大树冠的荔枝树。赵新先被关押在一间只有几个平方米的囚室里，囚室的窗口很高，踮着脚往外望，瞧得见南方浩瀚的星空。从这个地方向东走1000多米，再拐一个弯，就是当年赵新先睡过狗棚的地方。
从狗棚到囚室，赵新先走了整整20年。
【三九大事记】
1985年8月7日，赵新先率14人上深圳笔架山，创办南方药厂。
1988年，赵新先首创出租车灯箱广告和明星代言广告。南方药厂实现产值18亿元，利税４亿元，居全国500家最大工业企业的第82位。
1989年4月，解放军总后勤部向全军作出了《关于向赵新先同志学习的决定》。9月，赵新先被国务院授予“全国劳动模范”的称号。
1992年9月，朱镕基视察三九集团。赵新先的“一人机制”轰动全国。
1995年5月1日，在美国纽约曼哈顿时代广场，竖起了第一块中国公司的广告牌——“999三九药业”的霓虹灯广告。
从1996年到2001年，三九出手并购了140多家地方企业，平均每个月并购2家，迅速扩张成全国最大的中医药企业，总资产猛增到186亿元。
2000年，三九集团的旗舰公司“三九医药”上市，同时并购江西和上海的两家上市公司，赵新先成为国有企业资本运作的第一人。
2000年4月，创办号称全国最大医药健康网站999健康网。到2003年，三九名下共有13个公众服务网站和29个企业网站。
2001年8月27日，三九在猝不及防的情况下遭到中国证监会的警告。中国证监会公开通报批评三九大股东及关联方占用上市公司资金超过25亿元，占公司净资产的96％。通报还公开点名谴责赵新先。
2002年，赵新先提出在国际和国内两大战线同时出击，分别实施“麦当劳计划”和“沃尔玛战略”，后都中途夭折。
2003年5月，曼哈顿时代广场上的广告牌被悄然拆除。9月28日，媒体刊文《98亿贷款：银行逼债三九集团》，三九的资金危机全面爆发。
2004年3月，北京召开全国两会，全国政协委员赵新先大胆逼宫国资委，声称：国有出资人是存在的，但却没有实际出资。他要求国资委为三九注资50亿元，或让三九产权明晰化。
2004年5月16日，国资委党委书记李毅中亲赴深圳，突然宣布免去赵新先的一切职务。
2005年，拥有500多家公司的三九集团呈现失控局面，“三九系”宣告瓦解。11月19日，赵新先涉嫌经济犯罪，在北京被拘捕。
赵新先出局后，三九重组成为众多重量级企业争夺的目标。上海实业集团、复星集团、德意志银行、华润集团和新世界集团等参与竞争。2007年3月，国资委决定，由央企华润集团重组三九。
【后续故事】
赵新先一直被关在看守所里，从未被投入监狱。2007年6月27日，他因“国有公司人员滥用职权罪”，被深圳市罗湖区人民法院一审判处有期徒刑一年零九个月。由于抵扣羁押时间，赵新先的刑期至2007年9月20日到期。也就是说，只要他认罪，在宣判两个月后就可以获得自由。面对一审判决结果，他“在综合考虑之下”，决定不上诉。
一年后，赵新先以顾问身份加盟南京小营药业集团。该集团前身为南京小营制药厂，隶属南京军区空军司令部，于2005年被永泰投资控股有限公司采用溢价方式收购改组。此外，他还受聘担任深圳清华大学研究院中药、天然药物研究中心主任。