前文已经提及，1994年春，甘肃省文物考古所在礼县县城以东11公里处的西汉水北岸大堡子山，进行了为时8个月的抢救性发掘，探明了在东西长约250米、南北宽约140米的墓葬区内，共有中字形大墓两座，瓦刀形车马坑两座。据出土文物透露的信息，专家推定，该墓葬当属3000多年前周朝时期秦贵族的墓葬。
为了对早期秦文化遗址和墓葬早日实施保护，并从地下考古中揭开这些历史悬案，2004年，甘肃省文物考古研究所、北京大学考古文博学院、陕西省考古研究所、西北大学文博学院、国家博物馆田野考古部五家单位在甘肃省礼县及周边地区联合启动了《秦早期都城和陵墓调查、发掘项目》。为了进一步探寻秦人早期居住遗址和了解他们东迁之前的历史、丧葬、风俗等文化，2005年3月，在甘肃省文物考古研究所的发起组织下，正式启动了秦人早期文化的联合考古调查。北京大学、西北大学、中国国家博物馆、陕西省文物考古研究所等单位共同参加了这一“影响甚巨”的考古活动。不久，联合考古调查组在礼县境内已确认的24处文化遗址基础上，又新发现70处史前文化遗址和周秦时代遗址。
随着1997年，大堡子山秦公墓被甘肃省确定为省级文物保护单位；2001年，又被确定为国家级重点文物保护单位，以及考古发掘工作的进一步拓展，陇南秦人、秦先祖生活之谜被逐渐打开。
2006年11月，甘肃省文物考古研究所、北京大学考古文博学院、国家博物馆田野考古部、陕西省考古研究所、西北大学文博学院等5家单位，联合报送给全国有关专家和领导的《早期先秦文化考古工作汇报》材料一经公布，如当年英国惊现“秦公觳”一样，再次惊动了各方。国家文物局、甘肃省文物局以及全国其他一些省份的文物局负责人和国内有关专家先后赶赴礼县，“周秦文化的三个活动中心区”、“三座城池遗址”、“秦公墓主之谜”、“西戎与秦族的关系之谜”，以及“汉代皇家祭祀遗址”等“考古成果”，引起了社会各界的热切关注。
NO．1周秦文化的三个活动中心区
据联合考古队有关专家介绍，此次在礼县的调查共发现各类遗址98处，新发现70余处。由于一个遗址往往包含两种以上的文化遗存，所以，如果按文化性质来统计，则包含仰韶文化的遗址78处，石岭下类型的遗址2处，马家窑文化类型的遗址4处，常山下层文化的遗址22处，齐家文化的遗址34处，周秦文化的遗址38处，寺洼文化的遗址22处，汉代遗存的遗址27处。并且，在渭水流域所见到的史前文化及其类型，包括从史家、庙底沟、仰韶晚期到相当于中原龙山文化阶段的常山下层文化和齐家文化，在这里都有发现。
NO．2周秦文化的三座城池遗址
2005年6月至2006年4月，早期秦文化联合考古队在礼县的西山、大堡子山、山坪先后发现了三座规模空前的周代城址。
西山遗址：位于礼县县城西侧的山坡上，南面为西汉水与燕子河交汇的宽阔河谷，北面隔刘家沟与鸾亭山遗址相望。遗址总面积约20万平方米，除周代城址及墓地外，包含丰富的新石器和汉、元、明各时期的文化遗存。西山遗址的周代遗存包括雷神庙和刘家沟两片居址、鸾亭山山腰和大雪坪两片较单纯的墓地（另，雷神庙居址内也分布较密集的墓葬）。其中，雷神庙居址位于城址内，另三处地点均位于城外。城址依山而建，平面呈不规则的长方形，面积约10万平方米。城内已发掘的重要遗迹，有设排水管道的夯土基址，具有典型周文化风格、又显露秦人特点的三鼎两簋贵族墓葬，以及一批春秋时代的秦墓。据调查整理结果，周秦遗存繁盛的时间为西周中晚期及春秋初，同时共存一定比例的寺洼文化遗物；从两个地点的城墙解剖工作看，城墙的废弃年代不晚于春秋早期。
大堡子山城址：大堡子山目前共发现各类遗迹699处。包括：夯土城墙、建筑基址、墓葬、车马坑、陶窑、水井、灰坑等遗迹。城内目前已钻探出夯土建筑基址26处，探明规模最大的一座，南北长102米，东西宽17米，平面形状、呈回字形；另一座东西长70米，南北宽13．5米，形制与前者基本相同。城内还有较丰富的灰坑、文化层等生活遗迹及分散的中小墓葬，二十世纪九十年代被盗的两座秦公等级大墓和车马坑也位于城内。城外西南方，有被山体阻隔与城址不相连接的居址一处，面积约5万平方米。大堡子山遗址除少量齐家文化遗存外，主体为周代城址、城外墓地和居址。城址修建在山坡上，平面大致呈长方形，面积约25万平方米。城内遗迹主要为秦公墓及“大型房屋”（宫殿）基址和灰坑，及中小型墓。
据早期秦文化调查与研究项目负责人、北京大学考古文博学院副院长赵化成教授介绍，大堡子山遗址截至目前共出土包括8只甬钟、3只钟的一套编钟、一套石磬等珍贵文物，更为重要的是，通过对大堡子山城址及其周边一些年代相近的遗迹的挖掘，基本确定了大堡子山一带是早期秦人的一处重要都邑，极有可能就是“西犬丘”的所在，是我国早期秦文化考古研究的一个重大突破。
早在上世纪二十年代，甘肃礼县就曾发现许多著名的青铜器，曾经一度引起国内外的广泛关注，上世纪九十年代，大堡子山惨遭大规模的盗掘，传出青铜器百余件，其中就有非常知名的“秦公作铸用鼎”等。
此次大规模抢救性发掘，出土了钮钟、石磬、铜虎等大量国宝级的文物。出土文物中最引人瞩目是一套秦早期的青铜编钟，由3个大钟和8个小钮钟组成，外观完整，整体呈现深绿色，形状和郦陵出土的编钟的形状非常相似，11个钟一字排开，整齐地码放在坑道里。据考古学家介绍，这套编钟保存得非常完好，出土后，完全可以再一次演奏出美妙的音乐。在祭祀坑里还有两具人牺牲的骨架，专家告介绍，这两具骨架是人牺牲中童男童女的祭祀骨架。人牺牲就是用人来当作祭祀的祭品，这非常符合秦朝时期的历史特征。离祭祀坑1000多米的地方，有一座大型的建筑基址，被判断为是秦早期的宫殿遗址，遗址上出土了土夯的城墙和17根大型的柱杵基，每个的直径都接近一米，非常壮观。
山坪城址：联合考古队根据文献记载，在西汉水对岸的山坪山顶和山腰，发现了长300米以上的夯土城墙，在山腰发现寺洼文化墓地和周代居址，由于此遗址除周代遗存外，只有少量齐家遗存，可以初步判断这里是一座周代城址。
NO．3秦公墓主之谜逐渐揭开
关于大堡子山发现的两座秦公大墓的墓主人，学术界众说纷纭，有秦仲、庄公说，有襄公、文公说，有文公、宪公说等。发掘者则认为两座中字形大墓的主人分别是襄公及其夫人。根据这里出土的秦公铜器铭文自称“秦公”来看，秦仲和庄公都不可能是这两座墓的墓主。秦仲时期，秦尚处于附庸地位，远未称公，庄公则是死后追谥，都不可能生前制作秦公铜器。
有人认为，礼县大堡子山墓地M2和M3是秦公夫妇并穴合葬是很有道理的，但将墓主人推定为秦襄公夫妇的依据却不充足。大堡子山墓地东西长约250米，南北宽约140米，在此区域内南北并列的两座东西向“中”字形大墓，编号为M2、M3。两墓皆有殉人，墓室底部中央皆设有腰坑，分别埋有殉狗1只、玉琮1件。
从考古发现来看，“亚”字形应该是王享用的墓葬，“中”字形应该是诸侯享用的墓葬，商王陵和卫、燕、中山、赵、魏等国国君陵墓都是例证。秦国雍城陵区的国君墓葬和国君夫人墓葬都是“中”字形，战国中晚期秦国国君称王后，与周天子的君臣关系已不存在，于是，葬在芷阳陵区一号陵园秦国国君和夫人采用的是“亚”字形墓制。春秋早期的襄公和文公采用“中”字形墓制是符合礼制的。
也有人认为，M2墓主可能是秦襄公，M3的墓主可能是襄公夫人。其论据主要为：出土的秦公诸器有浓郁的西周晚期风格，它与文公之世显然有着不应忽视的时差；秦人有称扬先祖之美的习俗，墓主如是文公，其铜器铭文不提襄公不合情理；传世秦公簋就出土在大堡子山附近，应该就是襄公陵庙的祭器，这种说法值得商榷。
秦公诸器虽有西周晚期风格，但在形、纹饰、铭文以及铸造技术水平诸方面都与西周晚期有所差异。况且，秦公诸器自铭“秦公”，所以秦公器只能是襄公称公后所铸造。襄公在位只有十二年，故不能排除这批铜器铸造于文公时代的可能。
秦人有称扬先祖之美的习俗，但至今发现的秦国有铭铜器还比较少，仅以宝鸡县太公庙村出土的秦武公搏、钟和传世秦公簋铭文，还不敢说文公及后世秦公所铸铜器铭文必会提到先祖襄公的功绩。传世秦公簋可能是秦襄公陵庙的祭器，如果这里有襄公陵庙，则也应该有文公陵庙。无论文献记载还是考古发现都证明襄公和文公都葬于西山陵区，即大堡子山地区，这是大多数学者的共识。所以，以上论据不能完全排除墓主是秦文公的可能性。
由于目前可靠有力的证据仍然缺失，专家初步断定，大堡子秦公大墓的主人是襄公夫妇或文公夫妇未尝不可。
NO．4西戎与秦族的关系之谜
西戎是中国西部与秦先祖（秦族）过从极为密切的一个少数民族，秦人早期曾与这个民族发生过许多纠葛，但这个民族到底具有什么样的文化、特点和沉浮历史，却一直难以知晓。随着陇南此次大规模抢救性考古发掘，西戎与秦族的关系之谜亦将渐次揭开。
根据考古调查发现，西汉水上游属于西周及其前后的遗址，除了周秦文化之外，寺洼文化遗址竟多达22处。考古学家认为，寺洼文化应该属于西戎文化遗存。从采集的标本看，寺洼文化陶器多见马鞍型双耳罐、带划纹的簋式豆、无耳高领罐、双耳罐、鬲等，联系其它地区寺洼文化年代，估计西汉水上游寺洼文化的年代是从西周早期前后延续到春秋时期，基本与当地周秦文化遗存的时代是重合的。礼县赵坪寺洼文化遗址主要集中分布在今礼县县城西南的雷神庙、石沟坪一线以南的西汉水两岸台地。名为“二土”、“石坝”等面积在20万平方米以上的大型寺洼文化遗址和墓地，都集中在这里。这些遗址的面积大，内涵单一，应该属于西戎人在当地的中心聚落。
非常有趣的是，大大小小的8处周秦文化遗址则分布在雷神庙、石沟坪以北地区，与寺洼文化遗址明显分开但又紧密相连，由此形成了一个特殊景象。从出土实物理性分析，同时居住于西汉水上游地区的寺洼文化创造者，就是与秦发生过许多纠葛的“西戎”民族。我在本书其它章节中亦明确指出，在陇南建立了仇池国、武都国、阴平国等政权的白马氐民族，就是寺洼文化的直系居民，《诗经》里不也有“自彼氐羌，莫敢不来享，莫敢不来王”的描述么。《诗经·秦风》里有许多“歌”出自陇南，可以说，戎族（西戎：寺洼文化）与秦族（秦先祖：先秦文化）曾经共同创造了灿烂辉煌的陇南远古文化。
NO．5汉代皇家祭祀遗址
2006年11月17日，在甘肃省礼县举行的“早期秦文化考古成果汇报会”上，一处汉代皇家祭祀遗址的发现，得到考古专家的确认。
新发现的汉代皇家祭祀遗址位于礼县县城西北海拔约1700米的鸾亭山上，该遗址平面形状呈东西长、南北短的椭圆形，面积约2500平方米。遗址由圆坛和下面的台地两部分组成，共发掘夯土墙1段，房址4个，灰坑19个，灰沟4条，祭祀坑1个、柱洞22个，出土50余件圭、璧等祭祀用玉和兽骨。据《秦早期都城和陵墓调查、发掘项目》负责人、北京大学考古文博学院副院长赵化成介绍说，从遗址所处的位置、祭坛形制、玉器的组合和规格来看，鸾亭山山顶在汉代是一处祭天的地点，而且祭祀的是天神中的最高神——昊天上帝。在该遗址的考古发掘中，还发现了27件汉代皇家建筑上常见的“长乐未央”瓦当及大量的筒瓦、板瓦等建筑材料，所有证据证明，这里曾是汉代一处皇家祭祀遗址。
历史记载和相关研究表明，秦汉时期祭天场所就方位而言有两种，一种在国都的近郊，另一种远离国都，而且往往是历史上传统的祭祀场所，如汉代的雍五畤、西畤等。赵化成说，礼县为秦汉时期的西县之所在，同时也是秦文化的发祥地，就方位而言，鸾亭山遗址可能为此前一直没有发现的西畤。
司马迁的《史记·秦本纪》记载，秦人在西周时期主要活动于今天的甘肃省东南部，后来的考古发现也证明，这一范围在甘肃省礼县及周边地区，但秦人东迁前的都城和陵墓在什么地方，一系列问题一直没有准确答案。参加这一考古调查和发掘的甘肃省文物考古研究所副所长王辉说，经过三年的调查和发掘，一批阶段性重要成果已经被发现，尽管新发现的汉代皇家祭祀遗址与秦人的关系还有待研究，但它的重要性值得关注。
秦早期都城和陵墓调查、发掘工作，为该地区的文物保护、文物资源的开发和利用打下了良好的基础，为大堡子山文物保护规划的制定和实施提供了极为丰富的资料，也为进一步开展早期秦文化的调查和研究提供了极为重要的第一手实物材料。在2007年1月29日举行的“中国社会科学院考古学论坛”上，甘肃省陇南市礼县大堡子山早期秦文化遗址被列为“2006年中国考古六大新发现”之一，（见《人民日报》2007年1月30日第十一版文化新闻栏目）灿烂辉煌的秦文化，再次成为世界的亮点。