快要走到山海关的时候，孙承宗望着连绵起伏的群山，豪情在胸，少年之志，如今终于可以实现了，他豪迈地说：“前任经略已经去了，代替他的又将如何？我虽有满腔豪情，前途也未可知。与其以天下之大交付给不可知之人，不如以天下之大交付给不可知之我！”
到了山海关以后，孙承宗终于可以按照自己的理想在边疆建功立业了。他马不停蹄，大刀阔斧，进行了一系列整顿。他命令总兵江应诏负责重新制定军制，袁崇焕负责修建军营房舍，李秉诚负责操练火器，鹿善继负责整顿后勤，管理军中储备，沈棨、杜应芳负责制造盔甲营帐，孙元化修筑炮台，宋献、程仑主要负责购买军马，万有孚主要负责采伐树木。在前屯，他命令游击祖大寿帮助金冠于觉华，副将陈谏帮助赵率教。游击鲁之甲负责帮助救济难民，副将李承先负责训练骑兵，参将杨应乾负责招募辽人参军。
针对兵将分离，管理混乱，调动不迅速这些弊端，他们重新制定了兵制：“一、建立营房。三千人为一营，五人为一房，把十五营分为三部。二、将帅把营部作为坚守的岗位，兵不离将，将不离帅。三、负责带兵的和负责教练的分工明确。经过这样整顿，提高了军队调动的灵活性，增强了战斗力。”
当时，驻守山海关的兵力名义上是七万，但纪律散漫，有很多人冒领粮饷。孙承宗逐一检阅士兵，重新核实造册。淘汰的士兵约有几百人，遣还河南、真定的老弱残兵一万多名，把他们的盔甲发放给所救的难民，其中的七千人参了军，负责守卫前屯。
在修关御敌方面，孙承宗虽然反对修重关，但不等于不修。在水路方面，在望海台安装大炮，以防敌军从水路进犯。陆路方面，从海边到石城修三道关，可以驻扎一万多人。经五个月的精心经营，基本稳定了山海关的局势，并为恢复辽西失地，提供了强劲的后方。天启三年（1623年）九月八日，孙承宗带领大军出山海关，向东巡查三百多里，到达宁远城东的杏山附近。通过这次东巡，更加坚定了他发展宁远的决心。
正当他踌躇满志，准备大修宁远城的时候，却受到了来自保守官员的压力。当初鸣泰之所以成为辽东巡抚，是由于孙承宗的推荐。后来，发现第二天早上，孙承宗来到中前所视察。他登上城楼，向东北方向眺望，但见山峦起伏，莾莾苍苍，在朝阳的照耀下分我的壮丽。有名无实，很多军机大事都不跟他商量。鸣泰很不高兴，上疏皇帝说自己有名无实，说承宗独断专行，不如及早回京。孙承宗听说以后，也称病辞职。言官们都上疏皇帝，要求保留孙承宗的职位，指出鸣泰的错误之处，巡关御史潘云翼说：“鸣泰身为巡抚，不知与孙大人同心协力共同扶保我大明江山，在边疆时，一计未出，寸功未立，反而以个人权利的得失心存不满，臣请罢免鸣泰。”
熹宗见群情激奋，言之有理，就罢免了鸣泰的巡抚之职。
鸣泰虽然没有功劳，但也并不阻挠孙承宗的军事方针的实施，他被罢免以后，朝廷派来了胆小如鼠的张凤翼。有了上次鸣泰的经验，孙承宗怕落个独断专行的名声，军事上的事往往同张凤翼商量。张凤翼生性怯懦，极力主张守关。孙承宗非常不高兴，有一次带领众将出关巡视，到达宁远以后，孙承宗把众将召集到一起，再次讨论防守的重点。没想到，大部分赞成张凤翼的看法，他们看到塞外这么荒凉，实在不是驻守的好地方，唯独马世龙提议驻守中后所，而袁崇焕、鹿善继和副将茅元仪等人极力主张守宁远。孙承宗赞成袁崇焕等人的意见，但是佥事万有孚、刘诏极力反对。
孙承宗看到意见统一不了，将领多有怕苦厌战的心态，只好临机独断，力排众议，当即命令满桂与袁崇焕共同守卫宁远城。
虽然孙承宗的边防大计仍然按照他的既定方针去办，但在边疆始终是两个声音。跟孙承宗唱对台戏的就是张风翼，他竟然说：“辽东贫瘠荒远，国家就是放弃整个辽东，也还是全盛的中朝大国。比如大宁、河套等地现在都已经放弃了，对国家有什么损害？现在，全国之内没有一个人打算恢复全辽，他孙承宗一个人就能恢复吗？”他甚至对别人说：“孙承宗把我放在宁远这荒凉的边塞，这是在杀我啊！”他害怕得要命，急忙把孩子老婆送回老家。为了稳定军心，让朝廷支持自己，孙承宗于天启四年（1624年）二月上《边防大计疏》，驳斥了张凤翼的亡国言论，他说：“山海关以外的各个城池，其中的居民又是民又是兵，我们是在以辽人守辽土，辽人安居乐业，努力耕种，就会使山海关以外的战备情况得到很大的改善，这样，关内的战备就不用那么紧张。如果守在关内，那么，我们的战略纵深就很浅；如果守在宁远，那么它就成了山海关的重关，我们的京师于是就远在千里之外。假如后金前来攻城，由于是辽人世代居住的地方，所以辽兵必然死守，何愁宁远守不住呢。现在，朝中一些保守的庸人，要放弃宁远，退守山海关，实在是亡国之计。望陛下当机立断，坚定守宁远的决心，臣愿肝脑涂地，报效陛下。”熹宗为孙承宗的忠心和保卫边疆的决心所感动，当即准奏。
天启三年（1623年）九月，孙承宗命祖大寿修复烧毁的宁远城，并命令驻军尽快重建从山海关到宁远之间被烧毁的各个城池。号召辽人回归故居，开荒种地，重建家园。同时又发展采煤、煮盐、海运等各项事业。
经过一段时间的发展，当地人民逐渐的富足，为对敌军事斗争提供了强有力的物质保障。宁远城修好后，孙承宗派袁崇焕镇守。他自己则坐镇山海关。随着宁远城经济的发展，防卫的日渐巩固，明军的防线也不断向前推进。天启五年（1625年）夏天，孙承宗派遣军队分别据守锦州、松山、杏山、石屯以及大凌河、小凌河等各个城池。明军的防线从宁远又向前推进了二百里，形成了以宁远为中心的宁锦防线。这样，从天启二年关外沦陷以后，在孙承宗的努力下，向东向北拓展国土四百多里。
当年的失地全部收复。这道防线不仅保卫着山海关免受攻击，而且在此后的二十多年里，基本上稳定了河西走廊的战局，使后金难以从这里突破。
孙承宗之所以取得这样大的成就，主要得益于三个方面：
首先是自己的雄才大略，正确的方针。主要是建立了以宁远为中心的防卫体系。然后是调动安抚各方面的力量。“以辽人守辽土”，命杨应乾所招募的辽人士兵戍守宁远，节省了很多朝廷的经费，提高了士兵的守土热情；派使者去朝鲜，使它声援大明；在东江犒赏毛文龙部。
毛文龙部虽然名义上归朝廷管，但有贪功，冒饷、不肯受节制，难以调遣等问题。危难时刻，只有好好安抚。
现在形成了辽人、朝鲜、毛文龙部以及朝廷军队四方势力共同抗击后金的局面。
其次是用人得当。大将袁崇焕，忠君报国，有勇有谋，在驻守山海关的时候为大明王朝立下了不世功勋。孙承宗慧眼识英才，知人善任，大胆起用了袁崇焕。关键时刻商议大事，总是不谋而合，英雄所见略同。在实现自己的守关方针过程中，孙承宗如虎添翼。
第三是时局发展的有利。朝廷方面，魏忠贤独揽大权，他想拉拢孙承宗，同时也为了讨好皇上，派他的党羽刘朝、胡良辅、纪用等四十五人向前线运输大炮、盔甲、弓箭等军用物资数以万计，又赠送白金十万两，蟒、麒麟、狮子、虎、豹等各种样式的金币，赏给有功的将士，赏赐给孙承宗蟒服、白金，以表示慰劳之意。敌军方面，后金内部也是矛盾重重，财物不足。劳师远征，士兵也是怨声载道，所以暂缓对明朝的进攻。
纷乱的朝臣之争
当初，蒙古虎墩兔素是总督王象乾的招抚对象。他的部下抽扣儿，经常出去抢劫。这一天又到边境上抢劫，被赵率教抓住，当场斩杀四个人。招抚佥事万有孚与赵率教有过节，于是就以故意破坏招抚大事为理由，告诉总督王象乾。王象乾把这件事告诉兵部尚书董汉儒，依法当斩。孙承宗听说以后，给董汉儒写了一封信，说赵率教屡立战功，这次杀抢劫之人，也情有可原，希望让他戴罪立功。孙承宗在朝中有很高的威望，又是皇帝的老师，所以，赵率教免得一死。还有一次，孙承宗派遣王楹戍守中右所，保护着他的部下出去采伐木材，被西部朗素所杀。孙承宗大怒，派马世龙前去征剿。王象乾害怕破坏安抚大局，劝说孙承宗不要征剿。孙承宗刚要上疏争辩，王象乾知道争不过他，这里面的矛盾实在难以处理，干脆自请辞职。
孙承宗看到总督和督师之间往往有矛盾，就建议督师、总督只设一个就行。如果设总督，就罢了自己的督师的职务，不罢自己的职务，就不要设总督。还有巡抚，层层掣肘，工作很难开展。巡抚张凤翼拒不同意孙承宗的观点，胆小怯战，坚决阻止守宁远城，孙承宗让其搬到宁远去住，这一下可激恼了张凤翼，说孙承宗想让他去死，孙凤翼就跟孙承宗结下了深仇大恨。孙凤翼就和他的同乡凌云翼、万有孚等人极力诋毁马世龙，来打击孙承宗。居无何、万有孚被蓟州巡抚岳和声所弹劾，更加怀疑是马世龙和袁崇焕设计陷害，这两个人也与孙承宗志同道合。于是，复杂的斗争就开始了。他们就纠集起来，共同找到万有浮，阻挠出关大计，给事中解学龙也大力抨击马世龙。孙承宗非常气愤，向皇帝上疏，慷慨陈词：“把敌人阻挡在家门里面，与阻挡在家门外面，形势是不一样的。把敌人阻挡在二百里地以内，与把敌人阻挡在二百里地以外，形势又不一样。广宁这个地方，离我们远而离敌人近；宁远这个地方，离我们近而离敌人远。我们不进逼敌人，敌人将会进逼我们。今天既然不能恢复辽东，但是宁远、觉华坚决不能放弃。请陛下不要考虑廷臣所议论的主、客之兵是否可以长久的戍守，内地的粮饷是否能长远的输送，关外的土地人民是否可以放弃，修城屯粮备战防守是否可以继续。再看看敌人情形，是否可以坐着就可以消灭。臣不敢做百年的长远大计，只考虑五年之内究竟怎么样。如果臣所说得不恰当，立即罢斥微臣以定国家大计，不要犹豫不决，使那些明哲保身、怯懦怕战的庸俗之臣众口附和，以杀臣一个人而误天下大计。”然后又为马世龙辩解，而告发万有孚等人的暗中结交的阴谋。奏折递上去之后，孙承宗因为言语过激而被训斥，张凤翼也请求罢官回京，而让喻安性代替他。关于总督的裁撤问题，经过朝臣议论，总督不可以裁撤，命吴用先代替王象乾为总督。孙承宗看到自己的意见没有被采纳，他感到报国之心不被理解，做个好人真难啊！既要努力工作，还有人在一旁妨碍。
于是他就称病辞职，却没有得到朝廷的批准。
孙承宗经过这一番的斗争，朝臣们也有所忌讳，不敢阻碍他的守关大计。天启四年（1624年）九月，他命袁崇焕同大将马世龙、王世钦率水陆马步军一万二千人，东巡广宁，经过十三山、右屯、三岔河，改由辽东湾航海返回宁远，向后金显示了明军的实力。
当宁远城修缮完毕以后，此时的辽东一带，守备俱足，粮草充盈，孙承宗想起兵大举讨伐后金，永远消灭这个心腹之患，于是他上奏说：“我军的前哨已经设置大凌河一带，请火速拨发饷银二十四万两，那么，我们可以一举消灭后金。”熹宗一听，大喜过望，当即传旨，命有关部门立刻拨发。兵部尚书和工部尚书在一起谋划道：“孙承宗的粮饷充足以后，他立刻就会胆大妄为，不如只答应他而不给他，让他在来回传送文书的过程中耽误时间。”孙承宗再三上疏催促，把具体情况如实反映到熹宗那里，说这是个千载难逢的大好机会，如果错过去，后悔就来不及了。熹宗向各部催促，他们却以各种理由拖着不办，终于，讨伐大军因为粮饷不到而不能发兵。
宦官弄权忠臣辞官
魏忠贤是肃宁（今河北肃宁）人。年少时不学无术，本名李进忠。万历年间自阉入宫，认识了熹宗的乳母客氏，两个人打得火热。熹宗即位以后，因为客氏的推举，被提拔为司礼太监。他有机会接触熹宗之后，经常诱导熹宗听歌看舞、狗马射猎、游逸无度，逐渐取得了熹宗的信任。后来让他兼管特务机构东厂，改名魏忠贤。他掌握大权以后，培植党羽，打击异己。后来引荐他的党羽魏广微进入内阁，从此以后权势一天天的膨胀起来。
熹宗即位以后，东林党的人主导朝政，奸邪的人多被排斥。被排斥的人大多数归附于魏忠贤，于是就结成死党。
魏忠贤让他的党羽攻击正直的大臣，汪文言、赵南星、杨涟、高攀龙等人，或被杀害，或丢官罢职。他有机会就安插自己的党羽在要害部门。他的权力之大，竟有人称他为“九千岁”。
当初，孙承宗在边疆屡立战功，深得皇上信任。魏忠贤为了扩大自己的势力，曾经极力拉拢。有一次，魏忠贤派他的党羽刘朝等四十五人前往山海关犒赏三军。