孙承宗并不买他的账，反而非常厌烦。当时孙承宗刚刚准备出关，打算远巡宁远，听到这个消息，马上给皇帝上疏，表示反对：“让太监视察前敌、犒赏三军，是宦官窃国的前兆，望皇上收回成命。”不过，刘朝等人已经出发，熹宗也信任魏忠贤，认为魏忠贤也是出于一片爱国之心，孙承宗有点不近人情，也就没有阻拦。当刘朝等人到来以后，他们原来以为肯定会受到热烈的欢迎，谁知道他们把东西放好，走进孙承宗的大帐，孙承宗才从里面出来，面无表情地说：“不知几位公公驾到，一路辛苦了。这里条件简陋，仅有清茶一杯，公公不要嫌弃。孙某还有军务在身，恕不奉陪。”说完，转身就走。
这时太监刘应坤说：“将军慢走，魏大人有几句话让我说给您。”孙承宗冷冷地说：“那你就说吧。”刘应坤说：
“魏大人仰慕孙大人的文韬武略、治军有方，有意跟孙大人做个朋友，不知孙大人意下如何？”孙承宗鄙视地哼了一声，一句话也不说，大踏步地离开了。这一下可把几个太监气坏了，他们到哪儿都是颐指气使、前呼后拥，哪里受过这样的冷落。他们一气之下，当天就返回了京城。他们见了魏忠贤，把事情的经过讲了一遍，魏忠贤虽然很生气，但也没有办法。
天启四年（1624年）十一月，孙承宗西巡，想到他给朝廷的奏折皇帝不一定能亲自看到，就决定趁庆贺熹宗生日的机会回京面奏。在回京之前，他先给熹宗发了一份请示的文书，其中写道：“老臣已经三年没见到陛下了，非常想念。在这普天同庆的日子里，我远望京师，无比的想念、眷恋。现在我巡查东北，离京城几千里。我计划十二日进京，十三日随班早朝，十四日与同官恭贺万岁的生日，再选其他日子上奏机要大事。可以吗？办完事我就返回边疆。”
孙承宗打算回京的事，被魏忠贤的同党魏广微知道了，他急忙告诉魏忠贤，他根据自己的想像，怀疑孙承宗这次进京是冲着魏忠贤来的，就添油加醋的说：“孙承宗带领数万军队，将要回京‘清君侧’，兵部侍郎李邦华作他的内应，到那时，你的下场可就惨了！”魏忠贤陷害忠良，做了不少亏心事，就信以为真，他急忙跑到熹宗面前，跪倒在床前痛哭流涕，哀求熹宗给予保护。
熹宗向来宠爱他，他这么一哭，觉得他很可怜，于是就让内阁拟旨，阻止孙承宗进京。圣旨说：“将军督师关外，劳苦功高，他日应当另行嘉奖。然而，边关军事重地，主帅不可擅离职守。将军对朕虽有教诲之恩，但是，无旨擅自离开守地，不是祖宗的律法所能允许的，违反以后，决不宽容。”魏忠贤得到圣旨，兴冲冲地回到府里，立刻命人带上圣旨，前去阻止孙承宗进京。这时候，孙承宗没有带一兵一卒，只身一人来到了通州，他连续接到快马传来的三道命令，被迫返回山海关。但是，魏忠贤仍然不放心，派东厂特务前去侦查，发现孙承宗真的回去了，这才放心。魏忠贤把孙承宗看作最大的危害，指使党羽李蕃、崔呈秀、徐大化等人连连上疏诋毁他，甚至把他比作王敦、李怀光。孙承宗听说以后，有些情绪，也上疏请求罢免自己。熹宗也没有糊涂到极点，仍然信任孙承宗，对他们的诬陷置之不理。熹宗知道，自己的老师虽然性情耿直，得罪了不少人，跟一部分朝臣没有处理好关系，但还不至于反叛朝廷。魏忠贤见皇帝不认可，只好耐心等待时机，这一天终于到来了。
天启五年（1625年）八月，山海关总兵马世龙是孙承宗的部下，听信从后金逃回来的刘伯漒的话，派副将鲁之甲为前锋、参将李承先殿后，领兵偷渡柳河，想一举拿下耀州。当时渡河时间紧急，只借了少数的渔船。
因此，渡河时间很慢，过了四天四夜还没有渡完。这件事情被后金的探子发现了，后金在对岸布下伏兵。一天夜里，就听一声炮响，喊杀声四起，后金突然发动袭击。
马世龙知道中了埋伏，慌忙命人抵抗，无奈事出突然，明军正在渡河，有的正在休息，盔甲也没有穿戴，被打了个措手不及，杀得大败。明军被射死、杀死、落水而死的共计四百多人，马匹六百多匹，还有大量的军用物资全都成了后金的战利品。这次战役在历史上叫做“柳河之役”，损失虽然并不大，也是马世龙背着孙承宗自作主张发动的袭击，但是，却成了阉党攻击孙承宗的口实。
在魏忠贤的授意下，阉党顾秉谦、魏广微等人连连向皇帝上疏，要求追究战争失败的责任。要求把马世龙抓捕归案，孙承宗有领导责任，也应该予以惩罚。奏折由阉党们轮流递上，前后达几十封之多。孙承宗极度地气愤，连上两道奏折，要求把自己罢官。
不管怎么样，熹宗对自己的老师还是尊敬的、信任的。前几次，孙承宗要求把自己罢官，熹宗总是苦苦的劝慰、挽留，这次依然是没有批准。这可能是在阉党的打击下，唯一可以受到礼遇的人。其他的东林党人如杨涟、魏大中、左光斗、顾大章等人都相继死在狱中。他们知道熹宗对孙承宗的尊敬和感情，所以也不敢太过分了，以免自身难保。他们只好从长计议，逐渐的排挤孙承宗。魏忠贤曾经派他的党羽梁梦环到边关巡查，想抓住孙承宗的把柄，再治他的罪，结果什么也没有得到。
为了培植自己的势力，迫使孙承宗下台，魏忠贤把他的党羽高第推举为兵部尚书。高第非常害怕担任这个职务，不敢接受。他找到魏忠贤，一边叩头一边大哭，求魏忠贤放过他，自己实在不能胜任。魏忠贤生气地说：
“你这个没用的东西，别人想当还当不上呢。前面就是火坑你也得跳，不要再说了。”高第见没有希望辞官，灰溜溜的走了。天启五年（1625年）十月五日，皇帝下旨，正式任命高第经略辽东、蓟镇、天津、登、莱等处军务。
高第把心一横，硬着头皮走马上任了。
高第来到前线以后，大力推行排挤孙承宗、退守山海关的“政策”，孙承宗根本不把他放在眼里，经常反驳得他哑口无言。高第自叹不是孙承宗的对手，深深的遗憾不能完成魏忠贤交给自己的任务。
经历了这一次次的斗争，孙承宗已无心恋战，两军阵前，他从不退缩，朝中的斗争却让他心灰意冷。于是，他更加迫切地要求辞去自己的职务。硬说自己病得厉害，实在难以胜任。熹宗见孙承宗去意已决，也没有办法，只好批准他的请求。熹宗特地把孙承宗加封为光禄大夫，赏赐了很多金银绸缎等东西，又派专人送他荣归故里，同意孙承宗回老家养病。
天启六年（1626年），宁远被围。实际上当时的士兵有十多万人，高第上疏说守宁远的士兵只有五万，根本守不住，请求撤兵。孙承宗知道以后，通知户部：“高第初次来到边关的时候，拨给他的是十一万七千人的粮饷，如今只给他五万人的粮饷就足够了。”高第知道这件事以后，吓坏了，真的按五万人的粮饷发下来，哪里够用啊。于是又上疏说自己搞错了，高第因此以“妄言”
获罪。
败军之际再次掌兵
崇祯二年（1629年），清兵突破山海关，十月，进入大安口，攻占遵化，将要迫近北京。新皇帝名叫朱由检，史称思宗，执政时间不长，没有经验，所以非常惊慌，忙问群臣是否有退敌的计策，朝廷大臣众口一词：
“在这危急存亡的关头，非孙承宗挂帅出征，不能挽救时局。”思宗赶忙下诏，召孙承宗进京，担任东阁大学士兼兵部尚书镇守通州。国难当头，义不容辞，孙承宗火速进京，入朝进见思宗。思宗慰劳了孙承宗以后，急忙问守城退敌的计策。孙承宗上奏道：“臣听说袁崇焕驻守蓟州，满桂驻守顺义，侯世禄驻守三河，这样很好。我还听说尤世威回到昌平，尤世禄驻守通州，好像不太合适。”思宗问：“你想固守三河，是什么意思？”孙承宗说：“固守三河可以此为据点，防止敌军西进和南下。”
思宗说：“太好了，还是先生胸有城府，深谋远虑。不过，你怎么样为朕保护京师？”孙承宗说：“当危急时刻到来的时候，守城的士兵苦于挨饿受当时，北京城外就能看到遍地烽火在燃烧，孙宗带领二十七骑人马出东便门，以最快的速度赴通州，以至于路上跑丢了三个人。冻，这不是好办法。应该修筑有利的工事，加大犒赏的力度，以此来稳定人心。”他们谈了很多，孙承宗所说的每一条建议，思宗都非常认可。最后，思宗说：“先生不必到通州去了，你为联总督京城内外防御事务，留在朕身边随时参谋，不更好吗。”等孙承宗从皇宫出来的时候，已经是午夜了。他也没有睡觉，连夜巡视都城的防卫情况。黎明的时候，又起身巡视外城。把所有的问题都解决了，他才放心。
到了第二天半夜里，忽然传来圣旨，说是敌人马上要攻打通州，形势危急，要孙承宗立刻赶往通州，主持军务。当时，北京城外就能看到遍地烽火在燃烧，孙承宗带领二十七骑人马出东便门，以最快的速度奔赴通州，以至于路上跑丢了三个人。到了通州城下，守门官兵拒绝任何人进城，后来总兵大人来到以后，才放他们进来。
进城以后，也没有时间休息，立刻与保定巡抚解经传、御史方大任、总兵杨国栋登上城上的矮墙固守。这时候，大清兵已经迫近都城，于是又急忙派遣游击尤岱率领骑兵三千人支援，派遣副将刘国柱督军二千与尤岱会合，同时征调密云兵三千人在东直门扎营，保定兵五千人在广宁门扎营。
北京方面，思宗忙调集各路大军勤王。袁崇焕得知清军入关的消息，心急如焚，也马上亲率精锐部队，马不停蹄，去京师救援。他们赶到北京城外，同围攻广渠门的清军激烈交锋，其他各路勤王军也陆续赶到，一场恶战，把清军杀退。