李时珍说：“父亲说得极是，只要有意义，为儿就决心尝试一番！如果能够得到朝廷的支持争取官修，当然很好。否则我们自己多用点时间、多花些心血也未尝不可！”李言闻欣赏李时珍的胸怀，担心儿子将来会半途而废，一事无成。李时珍揣摸透了父亲的心思，考虑了自己面临的诸多困难。他特赋诗一首：
身如逆流船，心如铁石坚。望父全儿志，至死不怕难！
不惜一切代价编著出一部完善的本草著作，梦寐以求的理想这种志向，决心使父亲大为感动。全力支持。
李时珍从二十八九岁开始，边行医边作笔录，悉心收集有关资料，为日后著述积累更多的知识。
李时珍立志要在本草学方面干出一番成就。想在医药学方面有所建树，超越前人，在李时珍的行医生涯中从未有过畏惧退却的记载，治好了许许多多的疑难病症。
李时珍接待过来自远近八方的各类病人。据悉有位妇女鼻腔出血，昼夜不止，“诸治不效”。李时珍采用民间偏方，取大蒜切片，贴在患者两脚脚心处，引热下行，“即时血止”。另有一位患眼病的青年人，半边脸水肿，夜间疼痛加剧，多方求医均无法根治。李时珍诊断出是肝火上升所致，遂开列药方如下：夏枯草2两、香附2两、甘草4钱，研成精末，用凉开水调服。仅四五服药便使病人恢复了健康。还有一次女仆人眼睑长期溃烂，已经有十多年的病史，李时珍断定是风邪与湿热所致，采用燥湿祛风的蚕沙（即蚕屎），以麻油浸调为膏涂抹患处，二三次就基本痊愈。李时珍的高超医术和高尚医德为他赢得了极好的声誉。
李时珍是位很有个性的人。他在穷人面前从不趾高气扬，在权贵面前也不卑躬屈膝。其中受封于武昌的楚王朱英火佥捷足先登，派人带着重礼来蕲州招聘李时珍前去楚王府任职。李时珍起初还心有疑虑。但转念一想，他很快打消了这一顾虑，认为这是天赐良机。楚王府权势显赫，独霸江南，一旦得到重用或受其保举，很可能在政治上露露脸面，以弥补过去科举落第的遗憾。可以官方名义组织编修新的本草医书，实现内心的夙愿。可以借机搜集资料，为日后著述打好基础。有机会结识包括名医在内的各类人才，以便取人之长，补己之短。李时珍很爽快地接受了楚王的邀请，第二天便随使者奔赴武昌。
李时珍虽然也曾出入过乡绅家门，略知一点官宦人家的内情，但却没想到会是这般昏暗！楚王朱英烩除了跟王妃小妾们厮混以外，就是与方士们炼“长生不老丹”。
李时珍对此持反对意见，自然找不到可以切磋医术的“知音”。好在他并没有遭到冷落，因为他的医术是别人所无法比拟的。
楚王的长子患了一种“暴厥症”，类似于我们今天所说的抽风病，多少名医对此都无能为力。楚王非常焦虑，按照传统的封建嫡长子继承制，大公子将来要继袭王位，可是重病在身怎么能行呢？
没过多久，楚王府就传出一条爆炸性新闻：王子的病彻底痊愈！楚王府欢呼雀跃，一片沸腾，盛赞李时珍是名不虚传的神医，并以丰厚的礼金礼品答谢李时珍。
李时珍婉言谢绝了王府的厚礼，借机请求楚王帮助自己向朝廷提出重修《本草》的主张。可是楚王对此并不感兴趣，劝说李时珍留在府上，许诺将来有机会把李时珍推荐到太医院去，然后再争取官修《本草》之事。
李时珍在楚王府，被任命为正式官员，官衔是正八品的奉祠正，主管祭祀礼节，同时兼领王府的良医所。
李时珍最喜爱的是楚王府中的大量藏书。自宋、元以来，贵族们附庸风雅，出资编纂刊刻了不少古书，主要是医药和方术方面的，其中绝大部分在民间已经绝迹，只有在皇族和达官显贵的书房里才能见到。李时珍在楚王府三年多的时间，他还被特许抽空儿外出走访、治病，每年都能够回家探亲翻阅了众多书籍，抄录了有价值的资料，潜心研究。
李时珍还阅览了《泊宅编》、《两山墨谈》之类的上百部笔记小说，读刘贡父的《芍药谱》、范成大的《菊谱》、沈立的《海棠谱》、戴凯之的《竹谱》、叶廷挂的《香谱》和苏易简的《纸谱》等一些增录学著作，阅读了《桂海虞衡志》、《南方草木状》、《凉州异物志》有关边远地方药产的书籍。
嘉靖三十七年（1558年），明政府为补充太医院缺额，下令让全国各地举荐名医进京任职。
太医院是国家最高医政管理机构，同时兼管宫廷医疗之事，保存着大量的医药书籍，笼络了许多医学名人，是普通医生难得一进的场所。李时珍很荣幸地被楚王朱英偿保送到了太医院。他没过几天感到失望，太医院里的歪风邪气，上上下下一片浑噩，绝大多数职员为迎合嘉靖皇帝整天忙碌着炼制所谓长生不老的“仙丹”，把正常的医疗之事置之脑后。李时珍起初曾试探提出异议，申请由官方出面重修《本草》，却遭到拒绝和嘲讽。
大医院的主管官员骂他是“擅动古人经典，狂妄已极”。
李时珍忍气吞声心里另有一番打算。
在太医院可以名正言顺地阅览皇家医书，特别是那些绝版的珍本书，他把大部分精力用于读书和搜集资料上，做了数十万字的笔记。他的见识了更多来自四面八方的贡品药材。太医院下属的寿药房和御药库都是他经常出人的地方。李时珍大开眼界，发现了不同地区所产的同一药物的细微区别，如人参、当归和白术等，他都做了解释。他以前曾经看过《铜人针灸经》和《铜人腧穴针灸图经》两部书，但却从未见过钢人模型，当他听说这个标示人身各穴位的铜人模型正供在太医院药王庙里时，便多次前去观摩辨认，从而掌握了人体的每一个腧穴和脉络。
李时珍在大医院任职一年左右，觉得再没有什么值得留恋的地方，便毅然托病辞职还乡，集中精力从事自己的事业。李时珍回到斯州，乡亲们热情地欢迎他，称他为太医。
人们不必再为求医治病四处奔波，因为李时珍能治百病。荆穆王的妃子胡氏，因吃养麦面后惹气胃疼，医生采用催吐化滞疗法反而使病情加剧，疼痛难忍，于是请李时珍医治。李时珍启用《雷公炮炙论》中“心痛欲死，速觅延胡”的药方，立即称出延胡末三钱，用温酒调服，很快止住了疼痛，大便通畅，胃病好了。富顺王朱厚混的嫡长子经受不住兄弟之间争夺继承权的斗争，郁闷致病。李时珍给病人开了一服“附子和气汤”，顺气补身，一语双关。富顺王顿有感触，重申嫡长子的王位继承权不可动摇，释去了嫡长子的心理负荷，使其健康如初，王府平静祥和。
李时珍尽心竭力为病人治病，重修《本草》的计划，更难以实施。他再次应邀去楚王府，又当了两年奉祠正，巡访了武昌的山川河流、名胜僧阁，掌握了大量的第一手资料，成竹在胸，觉得应该脱离官场，过隐居生活，专心从事著述。李时珍在嘉靖四十年（1561年）前后，返回蕲州，把家搬到了雨湖北岸的红花园。李时珍为表示内心的喜悦，他特意给自己取了个“濒湖”的别号，并在自己的门首亲笔题了“进所馆”三个大字，立志不忘人间困苦，专心著述，造福子孙！
李时珍结合自己的兴趣爱好特长选定了医生行业，他发现医药学领域的诸多缺陷，立志重修一部权威性的本草学著作，排除种种困难和干扰。李时珍同方士邪说作斗争。首先遇到的就是风靡上层社会的方士邪说。
自魏晋南北朝以来，道教中的炼丹派广泛宣扬人吃了仙丹后可以长生不老。由于这种理论的奠基者葛洪等人多半都披着医学的外衣，通晓医药知识，因此他们的说教就更有欺骗性。受其影响，以往的本草学著作当中也夹杂着许多方土之说，是它对那些骑在人民头上作威作福而又贪生怕死的统治者来讲，无疑有着巨大的诱惑，上起皇帝，下至小吏，都把虚幻的长生不老作为人生的最高追求。
嘉靖皇帝从嘉靖二十二年（1543年）开始，就不理朝政，把心思用在炼制“不死之药”方面，招集了一大批方士，在皇宫中设立了炼金所和祭祀祈祷用的土台“坛酿”，不惜一切代价采集原料，炼制“金丹”。
有一位名叫陶仲文的方士，小吏出身，油嘴滑舌，深得嘉靖皇帝的宠信，赐予他礼部尚书、少保、少傅、少师等一大串头衔，封他为“神霄保国弘烈宣教振法通真忠孝秉一真人”，得意至极，就连朝廷大臣们也不敢怠慢！像严嵩那样的贪官污吏也都戴上特制的方士高帽上朝，开口神仙，闭口丹药，一方面是为了讨好皇上，另一方面也是希望自己能够永生于世，尽享天伦之乐。
为了给嘉靖皇帝修建“雷坛”。湖广一带的官员昧着良心把老百姓坑了个半死。全国其他各城区纷纷开设“坛醮’。李时珍的家乡蕲州自然不会寂寞。当地官吏乡绅和皇室成员联合倡议扩建瓦硝坝附近的两个道观，即东岳庙和玄妙观。这样，李言闻原先设置在玄妙观通明阁的诊所被迫搬了出来。玄妙观修成之后，由荆王朱厚烇和富顺王朱厚混等出面主持开了七七四十九天祈年大醮，祈求上苍保佑嘉靖皇帝福寿绵长。嘉靖皇帝对此比较满意，可是对炼丹的进度表示不满，几度催促，方士们只好借口说地方所献灵芝不合要求。嘉靖皇帝听风是雨，以礼部名义把各地官吏训斥一顿，勒令他们加紧采办。蕲州府的官员们考虑到辖区内山多，采集到灵芝的可能性大，便以积极的态度委任玄妙观的道士柳道春负责此事。柳道春整天坐着四抬大轿带着一帮爪牙耀武扬威地在蕲州各地山野游荡，搅得百姓不得安宁。更可怕的是，很多有钱人和愚昧的百姓竟然也听信了方士的煽动，胡乱地吞服所谓的丹药，引起种种恶果。李时珍再也无法按捺内心的愤怒，为了捍卫真理，拯救生灵，他勇敢地站出来与方士邪说作斗争。在那个年代，在那种氛围之下，李时珍敢于独树一帜，背其道而行之是需要非凡的胆略和才智的，更需要有超乎寻常的牺牲精神。早在太医院任职期间，他就针锋相对地驳斥过方士们炼丹的骗局，因而遭到排挤。但他并没有屈服！从太医院到楚王府、从新州到全国各地，到处都弥漫着炼制丹药的歪风邪气，一些不学无术的医生也误入歧途，不加分辨地引证《名医别录》、《雷公炮炙论》和《升炼丹药秘诀》等医书中有关炼丹的言论，大谈什么“九转丹”、“六一泥”之类的仙药，影响颇为恶劣。李时珍对此深恶痛绝，拿出更多的医书跟他们辩论，指出古代医学家有不少人受到方士的影响，有的甚至本身就是方士，他们的著作当中不可避免地散布一些方士的谬论，作为医生应该把这些糟粕与他们正确的医疗见解区别开来。李时珍列举了许多例证：晋代葛洪在《抱朴子》中讲人吃了上千年的白蝙蝠可以长生不死，南梁的《本草经集注》和唐朝的《重修本草》均对此深信不疑。自蝙蝠并不难找，有许多人吞食过可有成功的先例？陶弘景说人吃了一颗巴豆就死，老鼠吃了可长到30斤，我用巴豆给很多人治好了病，将做何解释？唐慎微在《证类本草》中提到用龟脑和菌桂吃上7年可以“长生不死”，且能“日行五百里，力举四千斤”，不少江湖之人照办过，可又有谁实现了梦想？那些医生们无法回答李时珍的问难。
李时珍只要有机会他就向民众讲述炼丹的危害。秦始皇东巡蓬莱仙山求取长生之药未能如愿，唐太宗和唐宪宗等明君吞服丹药反而中毒身亡。人之生死乃是无法改变的自然规律！亘古迄今，哪有不死之人？凡是长生不老之论调均系无稽之谈，“其谬可知”，纯属自欺欺人，不可轻信。
“割股疗亲”的荒唐做法，是从古《本草》中“人肉入药”演化而来的。有位名唤江伯儿的人，为标榜孝道，先在自己的肋部割肉给母亲治病，不见疗效，又狠心地将3岁的小儿子杀死谢神，令人心惊肉跳。李时珍有力地抨击了这种“愚民之见”，告诫人们不要听信谣言，盲目从事。说明任何长生不死的追求都是虚无缥缈的梦幻。
李时珍坚定不移地批判方士武当山上五龙宫道人盛传人长期吃“真武插仙枝”结的“仙果”可以永生不死。
李时珍非要弄个水落石出。他克服了千辛万苦绕路来到产地均州（今湖北丹江西北）。经详细询问，这种“仙果”
出产在太和山（今武当山）深处的道观附近。平时由道士严密封锁看管，果熟季节皇宫则派专员前来监督采摘，然后经几道简单的制作工序，即将“仙果”洗净风干，放进特制的瓷罐中用蜜汁液泡，腿透之后再由道长率徒弟护送进京，整个过程都是在皇宫专员的监督下进行的。
于是，道观周围就成了寻常人无法涉足的禁区。李时珍不甘心空手而归。他几次登山恳请乞求均遭拒绝，因为朝廷有规定：如果百姓私自采摘，连同守山道士一并治罪。所以李时珍只好不情愿地做一次小人，找两位农夫协助他在深夜进山偷取了几颗“仙果”，经研究和品尝，发现此果是经过前人嫁接而变种的榆树果实，名叫榔梅，其味道酸甜，与多数水果没太大不同，只不过经蜂蜜腌泡后具有“生津止渴”和“消酒”的作用，遂成为宫廷之贡品。以前就有几位皇帝和皇后妃嫔享用过，但却照样归天，谁也没能长生不老，说明朝廷深信不疑的也只不过是一个骗局而已。邪说，科学的态度辩证地对待炼丹之法。李时珍的朴素唯物主义思想尽管还停留在经验主义与机械论的基础之上。越发感到向民众推广医药知识的重要性，增强了著书立说的责任心和紧迫感。
嘉靖三十一年（1552年），时年35岁的李时珍就着手著述。