郑玄受东汉末期“党锢之祸”的迫害，“隐修经业，杜门不出”，集中精力，潜心注经。“凡玄所注《周易》、《尚书》、《毛诗》、《仪礼》、《礼记》、《论语》、《孝经》、《尚书大传》、《中候》、《乾象历》，又著《天文七政论》、《鲁礼褅袷义》、《六艺论》、《毛诗谱》、《驳许慎五经异义》、《答临孝存周礼难》，凡百万余言”，最终创立“郑学”。流传至今的《十三经注疏》中，《毛诗》、《周礼》、《仪礼》、《礼记》仍为郑玄所注。郑玄通过精心的校勘和精审的诠释，融会今古，兼采众长，使经学从严格的师法、家法和繁琐的章句之学中解脱出来，从而吸引了大批儒生学者归附于郑门。郑玄所注经书问世后，其他今古文经注多被后世摒弃，经学至郑玄而一变。
两汉经学至郑玄遍注群经而得到了全面的总结，但汉末外戚宦官专权，党锢之祸迭兴，加之长期战乱，阻塞了儒生的进身之阶，经学逐渐走向衰落。三国曹魏统治者开始推行九品中正制的官吏选拔制度，注重门阀等级，只靠经明行修的儒家读书人已经很难登上仕途。利禄之路的断绝，使经学更加衰微。在经学内部，三国魏经学家王肃有意与郑学作对，融会今古，遍注群经，兴起“王学”。王肃作为司马昭的岳父，其学得到日渐得势的司马氏的支持，成为经学权威。郑、王之争加速了经学的衰微。西晋以后，家世阀阅成为仕进的唯一依据，出现所谓“上品无寒门，下品无势族”的局面，今古文经学在政治上的意义已不重要。今文经学著作大多在此后散佚，只有古文经学著作借助郑学、王学简洁明了等优势延续一线之传。
（第四节） 魏晋玄学化儒学及隋唐义疏化儒学
汉魏之际，社会持续动乱，经学衰微，要继续推行封建的纲常名教来治理社会，就必须用新的理论和思想为儒学注入新的活力。在时代的呼唤之下，人们开始重新认识先秦诸子百家的思想，力图为纲常伦理找到更为可靠的依据。在这一探索过程中，出现了研究《老子》、《庄子》、《周易》的热潮，士大夫并称之为“三玄”。他们或夸耀出身门第、容貌仪止，或从事虚无玄远的“清谈”，以此代替讲经习礼。他们跳出皓首穷经的经学之路，以思辨义理代替章句之学，最终导致魏晋玄学的产生。
一 玄学化儒学的演变发展
魏晋时期，玄学家们以本与末、有与无、名教与自然、才与性、言尽意与言不尽意等抽象的哲理问题作为谈论对象，企图以老、庄的道家思想改造儒家名教，宣扬“名教本于自然”、“名教即自然”的玄学思想。
玄学兴起于曹魏正始年间(240-249)，代表人物是何晏和王弼。何晏雅尚《易》、《老》，著《论语集注》。王弼注《老子》、《周易》，并作《周易略例》、《论语释疑》。他们引进老、庄“以无为本”的学说来诠释儒学，企图调和名教与自然的矛盾，对汉代以来烦琐的儒学进行了精心的玄学化改造。他们倾向于道家的“任自然”，提出“贵无论”的主张，将汉代天人感应的神学目的论，改造成为“有无本末之辨”的玄学本体论。依据这种理论，在名教与自然的关系上，玄学家们认为自然是本，名教是末，因而“名教本于自然”，由此为名教的存在找到了新的理论依据。将之运用到政治上，便为“圣人体无”，人君当效法自然，拱默无为，委政于臣下。这样的玄学，实际上是为当时曹爽、司马懿党争中的曹氏一党垄断政权作理论宣传。
司马氏掌控曹魏政权之后，以嵇康、阮籍为代表的“竹林名士”，蔑视和不满于司马氏标榜名教，诛除异己，杀害名士，改朝换代。但他们又不敢正面反抗，于是在行为上不守礼法，旷达不羁；在理论上谈玄说虚，师法老庄，猛烈抨击名教。阮籍说名教是“乱危死亡之术”，当时所谓的礼法之士，不过像裤裆中的虱子一样，“行不敢离缝隙，动不敢出裈裆”，“上欲图三公，下不失为九州牧”，实际上是一群利禄之徒。嵇康公开“非汤、武而薄周、孔”，倡言“越名教而任自然”，主张“崇简易之教，御无为之治”。这实际上进一步冲击了儒家学说。
西晋时期玄学的代表人物是向秀和郭象。向秀作《庄子注》，后来郭象又加以补充、发挥，进一步振起玄风。他们发展了何晏、王弼“贵无论”思想，创立“独化论”，认为“生物者无物，而物自生”。在自然与名教方面，他们提出“名教即自然”的理论，倡言“圣人虽在庙堂之上，然其无异于山林之中”，人们都应该任由礼法名教、君臣上下、富贵贫贱等自然发展，不应干涉或强求。他们说：“以小求大，理终不得，各安其分，则大小俱足。”所以，向秀、郭象之论实际上是为门阀士族统治作理论论证，为门阀士族的执政与享乐找借口，因而得到官方的欣赏和提倡。
东晋以后，玄学开始同佛教结合，许多清谈名士都竞谈佛理，而许多僧侣也都长于清谈。儒学不仅玄学化，而且受到了传自域外的佛学的严重挑战，出现佛学化趋向。在南朝时期，兼通儒、释、玄成为儒学家和儒学著述的特色。
二 南学、北学与儒学传统地位的延续
由于玄学的兴起，佛、道二教迅速发展，儒学不仅玄学化、佛学化，表现出“儒玄并综”、“儒玄双修”的特征，而且远不如两汉时期兴盛。但是，官方正统统治思想仍然是儒学，儒家纲常伦理、道德礼治仍然是维系社会运转的重要思想支柱和制度保障。
东晋十六国以来，胡族统治者为争正统，“儒本道末”思想的提出和玄学向儒学的靠拢，使儒学在一定程度上重新受到统治者的重视。南北政权都采取了许多措施加强儒学，使儒学在南北朝时期得到了持续发展。其高峰，大致南朝在梁武帝统治时期，北朝则在孝文帝改制以后。
随着政治上南北分治形势的出现与发展，儒学在发展过程中也分化成南学和北学。南学指东晋南朝的儒学，而北学指北朝的儒学。南学、北学在治学趋向、所奉经典、治学方法等方面均有较大的差异。总的说来，南学继承了魏晋玄学之风，着重从综合、抽象义理的角度探求儒学精神，用老庄玄学的思想来改造儒学经义，注重文辞，较为虚浮华丽；北学延续了东汉经学，尤其是郑学的学风，注重兼通博考，讲求儒学经义，受老庄思想影响较少，较为朴实。当时就有“北人看书，如显处视月，南人学问，如牖中窥日”之说。由于南朝继承了中原儒学文化，并在玄学的方向上持续发展，所以自当时起，人们均以南学为儒学正统。东魏高欢就说：“江东复有一吴儿老翁萧衍者，专事衣冠礼乐，中原士大夫望之以为正朔所在。”
魏晋南北朝儒学是在与玄学、佛教和道教的较量中发展起来的。儒学作为以伦理、政治为轴心的人文之学，在哲学思辨方面不如玄学和佛、道二教，但她与国家制度、法律和公私生活关系密切，因而儒学在儒、玄、释、道中仍居于首位，在国家政治生活中发挥着重大作用。在加强皇权、重振封建纲常、建立中原正朔形象、感召四夷、建立大一统，尤其是在北方“以夏变夷”方面起到了不可替代的作用。
三 隋唐义疏化儒学
受到佛教经典阐释方式、佛教登坛讲经之风的影响，南北朝时期，儒学一变两汉明经之风，盛行义疏之学。义疏乃对经注而言，注以释经文，疏则演注义。南北朝诸儒治经多自出义疏。皮锡瑞说：“夫汉学重在明经，唐学重在疏注。当汉学已往，唐学未来，绝续之交，诸儒倡为义疏之学，有功于后世甚大。”南北朝义疏于隋唐经学有筚路蓝缕之功。
南北朝时儒学分立，南北儒学经典、义疏各异。随着隋、唐全国的统一，儒学思想的统一被提上议事日程。隋朝陆法言综合南北之学，写成《切韵》五卷，统一了书面的声韵，而儒学的统一并没有完成。唐朝初年，统治者进一步采取措施改变以前儒学多门、师法各异、章句繁杂、义疏不同的状况。太宗下令颜师古、孔颖达等正定五经文字，撰著五经义训，在以南学为本、兼取南北学术之长的基础上，最终完成了官修的《五经定本》、《五经正义》。同时，唐朝在选举制度方面确立了自愿报考、分科考试、择优录取的科举取士制度，明令每年明经取士以《五经正义》为标准，儒学由此结束了分裂局面，实现了统一。
唐朝廷颁布《周易》、《尚书》、《毛诗》、《礼记》、《左传》五经义疏之后，又出现了私修的《周礼》、《仪礼》、《穀梁传》、《公羊传》义疏，合称“九经注疏”或《九经正义》。唐玄宗开元年间，新增的四经注疏也用作开科取士的标准。
唐朝《九经正义》总结了自汉代以来的儒学，对儒家各种学说做了统一工作，并且成为科举考试的标准。不过，《九经正义》的编纂奉行“疏不破注”的原则，加之唐朝科举考试只要求墨守诸经正义的定论，不允许有所突破，儒学由此停滞不前。除此之外，当时科举以考试诗赋的进士科为重，明经科不受统治者和士人的青睐。同时，唐朝统治者奉行三教并重的原则，佛、道二教十分兴盛，并在理论思维，尤其是在心性论上占据优势。外部环境严重制约了唐代儒学的发展。
唐天宝十四年(755)，安史之乱爆发。从此以后，藩镇割据，王权旁落，唐朝走向衰落。面对混乱不堪的现实，儒家学者开始站出来复兴儒学，挽救唐王朝的衰亡，由此形成一股强劲的儒学新风。韩愈提出“道统论”，尊儒排佛，发挥《大学》、《中庸》之义，宣称要把孔、孟之道继续传承下去，并加以发扬光大。柳宗元则以“天人不相预”的思想，批判“天人感应”论，进一步清算儒学中的神学迷信思想，并与刘禹锡、李翱等一道，以儒为主，统合三教。他们还在文学上发起古文运动，倡导“文以载道”，企图利用文学形式宣扬儒家的仁义道德。与此同时，以啖助、赵匡、陆淳为代表，冲决经学樊篱，荡弃家法，凭己意解经，并借以针砭时弊，兴起了“《春秋》三传束高阁，独抱遗经究终始”的新《春秋》学。中晚唐儒学新风为宋代儒学的复兴打下了坚实的基础。
（第五节） 宋明理学化儒学
从西汉到隋唐的一千余年间，儒学偏重于名物制度、章句训诂，讲究师承家法。历史上将这一时期的儒学称为“汉学”。进入宋代以后，经传笺注的传统遭到遗弃，代之而起的是疑经惑传、以己意解经、讲求义理的新风尚，并逐渐形成了带有鲜明时代色彩的新儒学。历史上将其称之为“宋学”。在吸收先秦诸子、佛道二教，尤其是佛教哲学基础上形成的以程朱理学、陆王心学为核心的宋明理学则是宋学中最为核心的内容。
如果说玄学开启了儒学走向精微的哲理化，那么理学则更强化了这种趋势，并使儒学成为一种极富思辨色彩、超越佛道二教的哲学。宋明理学回应加强中央集权，防止地方割据，抵抗外来侵略，镇压农民起义，挽求统治危亡等时代需求，并沿着学术自身的逻辑向前发展。它以儒家纲常伦理为核心内容，以精巧的哲学思辨为理论基础，从宇宙本源的高度论证 了封建纲常伦理的合理性，成为封建社会后期六七百年的统治思想。
一 程朱理学
程朱理学又称“道学”，“宋初三先生”胡瑗、孙复、石介被称为“理学先驱”。他们尊崇儒学，排斥佛、老，不囿于传统注疏陈说，以“君臣父子、仁义礼乐”为“体”，以“诗书史传子集”为“文”，以“举而措之天下，能润泽斯民，归于皇极者”为“用”，通过其教学等活动而广泛影响于世。
继“宋初三先生”后，“北宋五子”周敦颐、张载、邵雍、程颢、程颐成为程朱理学的创始人，至南宋又出现“东南三贤”张栻、吕祖谦、朱熹，而由朱熹集理学之大成。
(一)“北宋五子”及其成就
周敦颐(1017-1073)原名敦实，字茂叔，湖南道州营道(今湖南道县)人，人称濂溪先生，后世尊称为“理学开山祖师”。周敦颐著有《太极图说》、《易通》等书，其学被称为“濂学”。周敦颐糅合儒、道思想，提出“无极而太极”的宇宙生成论，认为宇宙的本源是太极(无极)，太极动静生阴阳，由阴阳而生五行，由五行而生万物。周敦颐又提出“主静立人极”的伦理修养思想。他主张“定之以中正仁义”，以建立符合统治要求的政治原则和道德标准，“俾人自易其恶，自至其中”。由于“欲动情胜”不可收拾，周敦颐又倡言“主静”、“慎动”，并以“立诚”的方式要求人们照着伦理道德标准去规范行为。
张载(1020-1077)字子厚，长安人，因家住陕西郿县横渠镇，世称横渠先生，所著有《正蒙》、《经学理窟》、《横渠易说》及《西铭》、《东铭》等。张载讲学关中，所创学派称为“关学”。张载虽为程朱理学创始人之一，但与理学正宗不同，而以“宗盟斯文，羽翼道统”，附翼于程朱理学。张载以“气”为万物本源，认为“太虚即气”，“太虚不能无气，气不能不聚而为万物，万物不能不散而为太虚”。气、太虚(宇宙)与万物三者实际上是同一实体的不同状态。张载认为每个人都有“天地之性”和“气质之性”，二者乃是善恶的根源。只有“自明诚”、“自诚明”两种修养方法，才能“变化气质”，因此，要“立天理”、“灭人欲”。通过《西铭》一文，张载提出了“理一分殊”的思想，认为事物各有区别，但每事物的本性决定于存在天地间的惟一的天性。此外，张载还提出了“穷神知化”、“穷理尽性”的认识论，又认为“德性所知，不萌于见闻”。
邵雍(1011-1077)字尧夫，自号安乐先生，谥康节，人称康节先生，河南共城(今河南密县东北)人。他长期隐居于洛阳，与司马光、程颢、程颐等关系亲密，所著有《皇极经世书》、《伊川击壤集》等。邵雍糅合儒、道思想，以图书、象数之学解释《周易》，建立了一个庞大的先天象数学理论体系。邵雍借《周易》的象数变化来推演宇宙的生成变化，认为宇宙的生成是象与数的演变，如切西瓜一样，一分为二，二分为四，不断发展变化。程颢称之为“加一倍法”。同时，邵雍又以“元、会、运、世”的循环论，借助《春秋》学来看待、评定历史，形成了“皇、帝、王、霸”，一代不如一代的倒退的历史观。
程颢(1032-1085)字伯淳，学者称明道先生，程颐(1033-1107)字正叔，学者称伊川先生，洛阳人，人称大程、小程，又合称为“二程”。二程少年时曾受业于周敦颐，其学被称为“洛学”，对理学的形成起到了最为突出的作用。二程以“理”、“天理”作为自己思想体系的核心。程颢自称：“吾学虽有所受，天理二字却是自家体贴出来。”二程认为理是宇宙的本源，先于气而存在，是自然界和人类社会的最高准则，社会等级秩序、人伦道德都是天理的体现。在天理、人欲关系上，二程认为二者不可并立，主张“灭私欲则天理明”，宣扬“饿死事极小，失节事极大”。他们还进一步提出用“主敬”、“涵养”的修养方法，“格物致知”的认识方法，去消除蒙蔽“天理”的“人欲”。二程洛学强化封建纲常伦理，最终造成了“以理杀人”的严重社会后果。
(二)“东南三贤”与朱熹的集成之功
北宋五子之学以周敦颐濂学、二程洛学为正宗，张载关学、邵雍象数之学则被看作理学辅翼。二程洛学经杨时、胡安国、尹焞、胡宏等人的传播，在南宋乾道(1165-1173)、淳熙(1174-1189)年间兴盛起来，并由朱熹集其大成，最终完成理学的建构。与朱熹同时而稍前，出现了以张栻为代表的“湖湘学”，以吕祖谦为代表的“婺学”。
张栻(1133-1180)字敬夫，号南轩，汉州绵竹(今四川广汉县)人。他从传承二程洛学的胡宏问学，“发明天理而见诸人事”，明人伦，剖析义利之辨，论“持养”本诸“省察”，注重“涵养工夫”，尤重“力行”，在理学上颇有建树。张栻与朱熹从过甚密，对朱熹集理学之成有重要的讲益、辅助之功。