吕祖谦(1137-1181)字伯恭，婺州(今浙江金华)人，学者称东莱先生。吕氏家学渊源颇长，有“中原文献之传”。吕祖谦为学素有“博杂”之称，“不主一门”、“不私一说”，而“兼总众说，巨细不遗，挈领提纲，首尾该贯，……浑然若出一家之言”。吕氏婺学带有调和折衷的色彩，尤其注重史学，讲求致用，对朱熹理学的形成同样有着辅益之功。
在张栻、吕祖谦的切磋、辅益下，在与心学家陆九渊、浙东事功学派代表人陈亮、叶适等的争辩过程中，朱熹完成了理学的集成工作。朱熹(1130-1200)字元晦，号晦庵，晚号晦翁，祖籍徽州婺源(今属江西)，生于南剑州尤溪(今属福建)，是二程的四传弟子，其学被称为“闽学”。朱熹是我国古代社会后期最重要的儒学家，几与孔子齐名。他著述丰富，尤以《四书集注》、《周易本义》、《诗集传》、《伊洛渊源录》、《近思录》、《通鉴纲目》、《晦庵文集》等闻名于世，其语录被后学编辑为《朱子语类》，流传广泛。今有《朱子全书》一套，备载其学术著述。朱熹“绍道统，立人极，为万世宗师”。他“致广大，尽精微，综罗百代”，以二程理学为基础，广泛吸收、融会宋代各家学术，建立了一整套规模宏大、体系严密的客观唯心主义理学思想。
朱熹认为“理”是宇宙的本源，“气”是构成万物的材料，以为“未有天地之先，毕竟也只是理”。但就具体事物而言，他又认为“天下未有无理之气，亦未有无气之理”，理与气同时存在，密不可分。朱熹继承并发挥了张载、二程关于事物多样性与统一性、个别与一般的“理一分殊”之说。在朱熹看来，一般的存在与否并不取决于个别，而事事物物之所以如此差异又如此统一，则是被当然之理所决定的。朱熹因此认为事物的对立与差别都由天理决定，不能改变，从而论证社会等级制度永恒不变。他说：“三纲五常终变不得，君臣依旧是君臣，父子依据是父子。”在人性论上，朱熹把人性分为“仁义礼智”的“天命之性”(道心)与“饮食男女”的“气质之性”(人欲、人心)，以为天命之性“专指理言”，天理纯善，气质之性则“理与气杂”，有善有恶。为此，他主张以天理克制人欲，以道心主宰人心，要求“去人欲，存天理”，“正其谊不谋其利，明其道不计其功”。朱熹还进一步从修养论和认识论的角度作论证，提出结合“窒欲”、“主敬”的“涵养”工夫和“格物致知”的“穷理”工夫，使越来越“危”的“人心”由“危”转“安”，越来越“微”的“道心”由“微”转“著”，最终使“道心常为一身之主，而人心每听命焉”。自唐代韩愈提出“道统”说后，宋代学者多有论述，努力争夺道统继承人的地位。朱熹于此也勇于自我承担，利用《尚书·大禹谟》“人心惟然，道心惟微，惟精惟一，允执厥中”所谓“十六字心诀”，创造了“圣人传心”之论，或称之为“道统心传”。
(三)理学正统地位的确立
南宋理宗对周敦颐、二程、张载、朱熹等人大加表彰，确认他们的道统地位。淳祐元年(1151)，理宗亲撰《道统十三赞》，“就赐国子监，宣示诸生”，正式肯定二程、朱熹是孔、孟以来道统的真正继承人。程朱理学由此成为继孔、孟以来的正统思想和钦定的官方哲学。
元仁宗于延祐元年(1314)恢复科举考试，规定所用经书“专以周、程、朱子之说为主，定为国是，而曲学异说，悉罢黜之”。程朱理学在学术思想上的统治地位变得更加牢固。明代开国就制定了以“四书五经”为考试范围、以程朱注解为宗主的科举考试制度。明成祖永乐十二年(1414)又下令胡广等纂修《四书大全》、《五经大全》、《性理大全》，整理、总结、提炼程朱理学，并用之于科举。于是株守程朱理学的学术局面长期维持不变，直到明中期心学的重新兴起才有所变化。但事实上，即便到清代，程朱理学仍然是官方哲学，其官学地位并没有改变。
二 陆王心学
在宋代，除了以二程、朱熹为代表的程朱理学外，还有始于邵雍、程颢，至南宋陆九渊总结发展而形成的“心学”。明代中期，陆九渊心学经王守仁发扬为“王学”，盛极一时，直接影响了明代上百年的学术思想。陆九渊、王守仁开创的学术思想称为“陆王心学”。
(一)陆九渊心学及朱陆之辩
陆九渊(1139-1193)字子静，抚州金溪(今江西金溪)人，学者称象山先生。陆九渊将儒家思孟学派和佛教禅宗的思想糅合在一起，又接受程颢“天”即“理”、“天”即“心”的思想影响，提出“心即理”、“宇宙便是吾心，吾心即是宇宙”的主观唯心主义思想体系，史称“心学”。陆九渊是南宋理学中对后世影响仅次于朱熹的学者。
陆九渊发挥孟子“万物皆备于我”的观点，认为“心”是天地万物的本源。他说：“万物森然于方寸之间，满心而发，充塞宇宙，无非此理。”明王守仁概括为“心外无物”。陆九渊又说：“天下之理无穷，若以吾平生所经历者言之，真真所谓伐南山之竹不足以受我辞。然其会归，总在于此(心)。”明王守仁概括为“心外无理”。在这样的基本认识下，陆九渊以“吾之本心”为认识对象，以“发明本心”为认识目的，以“切己自反”为认识途径，并由此提出“一心向内”、“安坐瞑目”、“剥落物欲”等“发明本心”的方法。
陆九渊的“心学”与朱熹的“理学”曾在学术上进行过激烈的争论。淳熙三年(1176)，陆九渊与朱熹在江西信州(上饶)鹅湖寺进行了一场大辩论，史称“鹅湖之会”。朱熹以纲常伦理为客观存在的天理，主张通过“今日格一物，明日格一物”的反复积累，最终达到“豁然贯通”的“格物穷理”工夫；陆九渊则以纲常伦理为人人所固有的“本心”，认为“此心此理，我固有之”，只须存心养性就可以恢复“本心”。朱熹将陆九渊之学称为“易简工夫”，而陆九渊则说朱熹之学是“支离事业”。后世学者称朱熹之学为“道问学”，陆九渊之学为“尊德性”。
(二)王守仁心学
朱陆之争在程朱理学取得官学地位后并没有停止。元代理学除一部分坚守朱、陆学统的门徒以外，有不少有影响的理学家，尤其是南方大儒吴澄，看到朱陆“支离”、“简易”之蔽，主张打破门户，汇综二家之长，于是出现了朱陆合流的趋势。明代初年，学风保守，程朱理学牢牢地占据着统治地位。到了明代中叶，随着社会矛盾的加剧，陈献章(1428-1500)以“静中养出端倪”为学，湛若水(1466-1560)主张“随处体认天理”，传承发扬心学思想，学风开始发生变化。王守仁承其后，将陆九渊“心学”发扬光大，成就有明一代最为显耀的学术，与陆九渊之学合称为“陆王心学”。
王守仁(1472-1529)字伯安，浙江绍兴府余姚人，世称阳明先生。其著述被编纂成《王文成公全书》，其学称“姚江之学”、“王学”。王守仁28岁举进士，任刑部、兵部主事，因得罪权宦刘瑾，被谪为贵州龙场驿丞。刘瑾被诛后，王守仁受到重用，于正德十二、三年(1517-1518)镇压江西农民起义，十四年平息宁王朱宸濠的武装叛乱。他因受当权者所忌，虽加官进爵，实赋闲居家。嘉靖六年(1527)，王守仁出征广西，镇压思恩、田州壮族反叛，接着自作主张镇压八寨、断藤峡瑶族反明武装。嘉靖八年，王守仁在归途中病死于南安舟中。王守仁汲取先秦思孟学派和佛教禅宗思想，并直接继承陆九渊心学思想，构建了更为宠杂而深邃的主观唯心主义心学思想体系。他曾用“四句宗旨”概括其思想内涵：“无善无恶是心之体，有善有恶是意之动，知善知恶是良知，为善去恶是格物。”
王守仁早年信奉朱熹之学，但当他被贬贵州龙场驿丞时，面对亭前竹子，冥思苦想七天七夜，不但没有格出竹子之理，而且还大病一场。经过这次“龙场悟道”，王守仁否定了朱熹“格物致知”之说，转向心学。与陆九渊一样，王守仁认为“心”是一切事物的本源，主张“心外无物”，“心外无理”。他由此推出“心外无学”，并发挥孟子“良知良能”之说将纲常伦理看作是人们心中所固有的、先验的“良知”，认识纲常伦理就是所谓的“致良知”。王守仁改造朱熹“格物致知”的客观唯心主义认识论，把它解释成“致吾心之良知于事事物物”，也就是通过“正其不正，以归于正”，克服违背封建道德的思想，以纲常伦理规范自身行为，将心中固有的“良知”施诸行事，自觉地“为善去恶”。王守仁认为良知“昏蔽于物欲”，与朱熹一样，主张通过格除“物欲”以“致良知”。他有感于自己镇压人民起义之事，以为“破山中贼易，破心中贼难”。王守仁还进一步提出“知行合一”的思想，以为“外心以求理，此知行之所以二也。求理于吾心，此圣门知行合一之教”。他批评程朱将知行分为两件事，以为知行均产生于心，本来就是同一件事，知是行的主意，行是知的功夫，知是行之始，行是知之成，知行二者通过内心良知的发动而达到合一。
(三)王守仁心学的演变发展
王守仁反对宦官专权、镇压农民起义，官至南京兵部尚书，颇有文才武略。其学一出，天下景从，盛行于海内，一改明前期朱学一统天下的局面。史称：“宗守仁者曰姚江之学，别立宗旨，显与朱子背驰。门徒遍天下，流传逾百年，其学大行，其弊滋甚。”
王学兴起后，门派众多，而主要经由王畿、王艮的进一步传播发挥，将王学推广开来。王畿(1498-1583)发挥“良知”中先验性的一面，用禅宗顿悟的方法体会“良知呈露”的境界，公开与禅学结合，导致空谈心性，逐渐向末流发展。王艮(1483-1541)创建泰州学派，顺着王畿开辟的路，对“良知”的内容加以改造，倡导“百姓日用即道”，认为饥来吃饭困来眠，世间都是圣人，更无须修为研讨，结果走向良知的反面。其学派被斥为“小人之无忌惮”，而后儒称王学末流为“狂禅”也就在于此。王畿到处讲学，在上层社会影响甚大；王艮发展平民教育，在下层社会广泛传播。但无论是王畿还是王艮，王学在明代后期逐渐失去本来面目，最终陷入空谈的境地。
（第六节） 清代朴学化儒学
伴随着明朝的衰亡和清政权的崛起，在反思王学的空疏、重视经世致用的背景下，儒学出现了新的变化。到清代中期，在“文字狱”等政治高压下，在编纂《四库全书》等文治政策的引导下，又出现了盛极一时的乾嘉考据之学。当第一次鸦片战争爆发之后，内忧外患接踵而至，清政府统治力量日渐减弱，原本隐微的今文经学蓬勃兴起。清代学术发生了三次重大的变化，而以复兴汉学为号召的考据学占主导地位，所以历史上将清代学术称为考据学、新汉学、朴学，而清代的儒学主要是朴学化了的儒学。
皮锡瑞在《经学历史·经学复盛的时代》中说：“国朝经学凡三变。国初，汉学方萌，皆以宋学为根柢，不分门户，各取所长，是为汉、宋兼采之学。乾隆以后，许(慎)、郑(玄)之学大明，治宋学者已尟。说经皆主实证，不空谈义理。是为专门汉学。嘉(庆)、道(光)以后，又由许、郑之学导源而上，《易》宗虞氏(翻)以求孟(喜)义，《书》宗伏生、欧阳、夏侯，《诗》宗鲁、齐、韩三家，《春秋》宗《公》、《穀》二传。汉十四博士今文说，自魏、晋沦亡千余年，至今日而复明。实能述伏(生)、董(仲舒)之遗文，寻武(帝)、宣(帝)之绝轨。是为西汉今文之学。”梁启超也用“以复古求解放”一语概括清代学术。大体而言，清代学术可以分为初期、中期、晚期三个阶段。
一 明末清初的儒学新风
明末清初是清代儒学的奠基和启蒙时期，代表人物有顾炎武(1613-1682)、黄宗羲(1610-1695)、王夫之(1619-1692)、颜元(1635-1704)、李塨(1659-1733)等。他们具有强烈的民族意识，不与清廷合作，总结明亡教训，批判或修正明中后期王学末流“束书不观，游谈无根”的空疏学风，继承并发展宋、元、明考据学统传，开启清代考据学的先河。
此时期的学术以经世致用为主要特征。清初学者注重联系实践，反对空说与玄想。他们把明朝灭亡的原因归咎于王守仁心学，于是积极注重实际考察，学以致用。顾炎武一生足迹半天下，“自少至老未尝一日废书”。在后半生的游历生活中，顾炎武所至之地，则“以二马二骡载书自随。所至阨塞，即呼老兵退卒，询其曲折。或与平日所闻不合，则即坊肆中发书而对勘之。或径行平原大野，无足留意，则于鞍上默诵诸经；注疏偶有遗忘，则即坊肆中发书而熟复之”。顾炎武著《天下郡国利病书》120卷，关注于有关国计民生的学术研究。黄宗羲拜王守仁学派传人、著名理学家刘宗周为师，实得王学真传，但他反对王学末流，对王守仁“致良知”说进行了修正，而归向以经术经世。他著《明夷待访录》，以处衰世而陈法于后王。以颜元为代表的学者更是反对一切玄学与考证，以为通过宋明理学家所言读书、静坐和反省的片面认识而得到的知识就像镜花水月一样虚幻，只有离开空想与书本而在日常生活中求学问，“亲下手一番”去习行、践履，才能得到正确认识。他们以苦行为宗，因主张过于激烈，两传而终。
清初学者从事踏实的学问，讲求切实的训诂考据之学。顾炎武提出“舍经学无理学”、“经学即理学”，批评王学不读书的毛病，同时又提出“博学于文”，认为治学之路要从文字、音韵、训诂着手，再到研究经书，最后发挥孔孟之道。他著《音学五书》，探讨音韵之学，又著考据之作《日知录》实基于此。黄宗羲著述成果丰硕，不仅编纂《明文海》以总结明史，又编纂《明儒学案》、《宋元学案》等学术史著作，开创了以史见长的浙东学派。其著作达110多种，1300多卷，2000余万字。王夫之提出：“思不容不审，学不容不博。学非有碍于思，而学愈博则思愈远；思正有功于学，而思之困则学必勤。”他以“学思”相结合的治学方法，批判宋明理学，总结中国古代哲学，在自然观、认识论、辩证法、历史观等方面有所发展，达到中国古代唯物主义思想的最高峰，从而宣告了宋明理学的终结。
黄宗羲极力反对君主专制，以为“天下之治乱，不在一姓之兴亡，而在万民之忧乐”。其《明夷待访录》一书，“梁启超、谭嗣同辈倡民权共和之说，则将其书节钞印数万本，秘密散布，于晚清思想之骤变，极有力焉”。顾炎武主张限制君权，扩大地方权力，还继承并发挥自先秦儒家提出并逐渐形成的耻感文化传统，提出“行己有耻”的主张，大力宣扬儒家“礼义廉耻”之说。他说：“礼义，治人之大法；廉耻，立人之大节。盖不廉则无所不取，不耻则无所不为。人而如此，则祸败乱亡无所不至，况为大臣而无所不取、无所不为，则天下其有不乱、国家其有不亡者乎？然而四者之中，耻尤为要，故夫子之论士曰‘行己有耻’。孟子曰：‘人不可以无耻，无耻之耻，无耻矣。’又曰：‘耻之于人大矣，为机变之巧者，无所用耻焉。’所以然者，人之不廉而至于悖礼犯义，其原皆生于无耻也。故士大夫之无耻，是谓国耻。”基于如此认识，顾炎武提出“亡国亡天下”之说，梁启超将之概括为“天下兴亡，匹夫有责”的名言。
清初儒家博通经、史、诸子、群书、小学、历算、舆地、音律等，汉宋兼采，各取所长，而不存门户之见，规模气象都比较宏大。
二 清代中叶乾嘉考据之学
清代中叶为清代儒学全盛时期。此时考据学兴盛，形成乾嘉考据学派。他们抛弃顾炎武等人的经世致用思想，不谈“行己有耻”，而偏重于“博学于文”的方法，重视读书，反对空谈，沉溺于文献考据，虽有科学的实证精神，却于学术思想上显得局促不堪。